View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3158_low_4 (Length: 479)

Name: NF3158_low_4
Description: NF3158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3158_low_4
NF3158_low_4
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (18-476)||(4644405-4644863)
chr1 (19-401)||(21527628-21528010)
chr1 (19-399)||(48266009-48266389)
chr1 (64-401)||(14365961-14366297)
chr1 (36-400)||(47115756-47116120)
chr1 (25-401)||(36305251-36305627)
chr1 (138-401)||(52336130-52336392)
chr1 (25-401)||(36928634-36929010)
chr1 (221-401)||(9528246-9528426)
chr1 (139-400)||(25639874-25640137)
chr1 (310-400)||(17921593-17921681)
chr1 (25-359)||(32353594-32353930)
chr1 (25-149)||(14119484-14119608)
chr1 (27-283)||(48073731-48073987)
chr1 (25-122)||(3692373-3692470)
chr1 (25-359)||(38231194-38231530)
chr1 (25-288)||(37530144-37530409)
chr1 (197-288)||(3692207-3692298)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (19-401)||(47540393-47540774)
chr4 (19-400)||(3130270-3130650)
chr4 (21-401)||(8655366-8655746)
chr4 (37-400)||(7663547-7663912)
chr4 (162-400)||(5817615-5817853)
chr4 (18-397)||(23279076-23279457)
chr4 (100-278)||(1121016-1121194)
chr4 (32-278)||(8487285-8487531)
chr4 (25-283)||(23873773-23874031)
chr4 (311-400)||(1121561-1121649)
chr4 (197-359)||(12776676-12776841)
chr4 (25-122)||(2631144-2631241)
chr4 (69-283)||(55298208-55298422)
chr4 (222-357)||(33312908-33313045)
chr4 (226-359)||(20673216-20673351)
chr4 (65-149)||(20673428-20673512)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-401)||(10487197-10487579)
chr5 (18-288)||(32917897-32918167)
chr5 (25-357)||(6264495-6264831)
chr5 (25-283)||(34480541-34480799)
chr5 (25-149)||(15499943-15500067)
chr5 (34-212)||(6020394-6020572)
chr5 (34-212)||(31862249-31862427)
chr5 (65-274)||(587110-587319)
chr5 (188-283)||(34858153-34858248)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (19-399)||(33629568-33629946)
chr6 (19-399)||(1682510-1682889)
chr6 (25-359)||(15673332-15673668)
chr6 (25-359)||(8873123-8873459)
chr6 (25-144)||(25317578-25317697)
chr6 (25-144)||(26205072-26205191)
chr6 (65-212)||(19256701-19256848)
chr6 (37-144)||(19348989-19349096)
chr6 (25-278)||(23347763-23348016)
chr6 (35-148)||(4406732-4406845)
chr6 (25-122)||(13755211-13755308)
chr6 (65-147)||(33745816-33745898)
chr6 (197-288)||(13755045-13755136)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (19-401)||(19385001-19385382)
chr8 (25-400)||(7451820-7452195)
chr8 (311-400)||(12531160-12531249)
chr8 (25-149)||(2871909-2872033)
chr8 (311-401)||(12220717-12220806)
chr8 (136-283)||(12218425-12218572)
chr8 (25-113)||(35405460-35405548)
chr8 (34-122)||(16421315-16421403)
chr8 (197-369)||(16421478-16421651)
chr8 (91-156)||(30501680-30501745)
chr8 (73-149)||(412711-412787)
chr8 (197-288)||(2871771-2871862)
chr8 (70-130)||(34642101-34642161)
chr8 (313-357)||(35405253-35405297)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (22-346)||(49732227-49732550)
chr3 (25-401)||(30167642-30168020)
chr3 (75-400)||(32004449-32004773)
chr3 (64-400)||(13447948-13448282)
chr3 (22-204)||(9378761-9378943)
chr3 (65-211)||(28675266-28675412)
chr3 (25-359)||(6176775-6177111)
chr3 (326-397)||(38542814-38542885)
chr3 (25-397)||(23601240-23601616)
chr3 (25-288)||(2813797-2814060)
chr3 (65-275)||(24227408-24227617)
chr3 (25-131)||(7146778-7146884)
chr3 (27-149)||(25873411-25873533)
chr3 (25-122)||(29309154-29309251)
chr3 (197-359)||(29308915-29309078)
chr3 (34-149)||(19824101-19824216)
chr3 (314-355)||(7146553-7146594)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (21-401)||(134929-135309)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (21-401)||(312756-313136)
scaffold0002 (21-401)||(328210-328590)
scaffold0002 (368-401)||(321782-321815)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (22-397)||(15653999-15654376)
chr7 (22-401)||(46623169-46623550)
chr7 (135-401)||(21277458-21277724)
chr7 (184-354)||(9546251-9546421)
chr7 (25-298)||(12379022-12379295)
chr7 (27-212)||(3104559-3104744)
chr7 (25-283)||(13439638-13439896)
chr7 (25-149)||(45942570-45942694)
chr7 (19-212)||(43104967-43105160)
chr7 (330-400)||(19402686-19402756)
chr7 (35-359)||(28326863-28327189)
chr7 (32-359)||(30385707-30386035)
chr7 (349-401)||(9534139-9534191)
chr7 (33-149)||(45235669-45235785)
chr7 (106-178)||(26714208-26714280)
chr7 (226-278)||(3632393-3632445)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (37-394)||(45420990-45421349)
chr2 (25-397)||(13549589-13549967)
chr2 (18-397)||(31085927-31086311)
chr2 (23-212)||(26180220-26180409)
chr2 (25-283)||(33547457-33547715)
chr2 (25-397)||(22052092-22052470)
chr2 (25-131)||(43627236-43627342)
chr2 (65-149)||(9949601-9949685)
chr2 (220-371)||(32145398-32145550)
chr2 (82-288)||(26681461-26681667)
chr2 (91-288)||(31594134-31594331)
chr2 (220-355)||(43627009-43627146)
chr2 (220-288)||(9949756-9949824)
chr2 (139-191)||(25784588-25784640)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (37-400)||(7141-7506)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (129-401)||(22614-22886)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (135-212)||(12277-12354)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (316-385)||(48545-48614)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (226-278)||(13640-13692)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 4644863 - 4644405
Alignment:
Q  18 ttctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtga 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  4644863 ttcttaccattttctacagtttacttatttgacagatggtgctaattctagacgttcttttatgcaacttgtttggcttctctgtgcctgggttgtgtgg 4644764  T
Q  118 aatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnn 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  4644763 aatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattcccagtttgttagacaaggtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcaaaaa 4644664  T
Q  218 nngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgt 317  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644663 aagctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgt 4644564  T
Q  318 aactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttcnnnnnnncatttaggt 417  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||    
T  4644563 aactcttggttcttgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcgttttggctttttcaaaaaaacatttaggt 4644464  T
Q  418 gacattatcgttgatgatattagccaaccacaatgtcataattagctttcttctctctc 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4644463 gacattatcgttgatgatattagccaaccacaatgtcataattagctttcttctttctc 4644405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 21528010 - 21527628
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21528010 tctgaccattttcttcagtttattcatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgga 21527911  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||          
T  21527910 atgagcgaaataatcgactgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagataaggtcaagatgttatccttagcttggttgaaggctaaaaa 21527811  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  21527810 agctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctcttatgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgtttg-ttttgttgta 21527712  T
Q  319 actcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21527711 actcttggttcctgtttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcactgttatataatttcattttggctttttc 21527628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Original strand, 48266009 - 48266389
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  48266009 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtgatgctaagtctagatgttattttatgcaacttatttggcttctctgtgtctgggttgtgtgga 48266108  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||          
T  48266109 atgagcgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttaggcaaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaa 48266208  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
      ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  48266209 aactacttttgtgtttgatacttagcagtggtggtcataccctcttgtgtgtttgggtataggttgatgtagctctgttgtgttggttg-ttttgttgta 48266307  T
Q  319 actcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttt 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48266308 actcttggttcctgtttgtagtctctatggcacacattgtgctctaggaattgcattgttatataatttcattttggctttt 48266389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 64 - 401
Target Start/End: Original strand, 14365961 - 14366297
Alignment:
Q  64 tctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattc 163  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  14365961 tctagacgttcttttatgcaacttatttagcttctctgtgcttgggttgtgtggaatgagcgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattc 14366060  T
Q  164 cccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctct 263  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  14366061 cccgtttgttagacaaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaaagcta-ttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcatgccctct 14366159  T
Q  264 tgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctct 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14366160 tgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttg-ttttgttgtaactcttggttcctgtttgcagtctctatggcacaccttgtgctct 14366258  T
Q  363 agggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14366259 agggattgcattgttatataattttattttggctttttc 14366297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 36 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 47116120 - 47115756
Alignment:
Q  36 gtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcat 135  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |    
T  47116120 gtttacttatttgacaggtggtgttaattctagacgttcttttatgcaatttatatgacttttttgtgcctgagttgtgtggaatgaacaaaataatcgt 47116021  T
Q  136 ctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttg 235  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||||||  |||||||||||       |||| |||||  ||||    
T  47116020 ctgtttaataatgtaataactctcattccctgtttgtcagacaaggtaaagatgttgtccttagaatggttgaaagctaaaaaagctatttttgcttttg 47115921  T
Q  236 gtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctgttg 335  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  47115920 gtacccagcagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgggtataggctaatgtagctttgttgggttggttgtatttgttgtaactcttggtttctgttg 47115821  T
Q  336 tagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  47115820 tagtctctaagacacaccttgtgctctaagaacttcattattatataatttcattttagcttttt 47115756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 36305627 - 36305251
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||||||||| |||||||    
T  36305627 cattttcttcaatttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggctactttgtgtctgggttgtgtggaatgaac 36305528  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||     
T  36305527 gaaataatcgtctgtttaataatgtaataactcccattctccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttaggttggttgaaagctaaaaaagctat 36305428  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg-ttgtttttgttgtaactct 323  Q
     ||||| ||  |||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||  |||||||| ||| ||||  |||||||||||||    
T  36305427 ctttgttttcagtacccaacagtggtggtcatgccctcttgtttgtttggctattggctaatgtagtcctgttgggatggtttgtaattgttgtaactct 36305328  T
Q  324 tggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36305327 tggttcctgtggtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggactgttttgttatat-atttcattttggctttttc 36305251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 138 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 52336392 - 52336130
Alignment:
Q  138 gtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggt 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||        |||| |||||||||||||    
T  52336392 gtttaataatgtaataactttcattccccgtttgttagacaaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagataaaaaagctatttttgtgtttggt 52336293  T
Q  238 actcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctgttgta 337  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  52336292 actcagcagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttg-ttttgttgcaactcttggctcctgttgta 52336194  T
Q  338 gtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52336193 atctctatggcacacattgtgctctagagactgcattgttatataatttcattttggctttttc 52336130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 36929010 - 36928634
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  36929010 cattttcttcaatttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatttggctactttgtgcttgggttgtgtggaatgaac 36928911  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||     
T  36928910 gaaataatcgtctgtttaataatgttataactcccatccctcgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttaggttggttgaaagctaaaaaagctat 36928811  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg-ttgtttttgttgtaactct 323  Q
     ||||| |||||||| || ||||| ||||   |||||||||| ||||||||||| |||| | ||||  |  ||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  36928810 ctttgtttttggtacccaacagtggtggttaagccctcttgtttgtttgggtattggctaacgtagtccgattgggttggtttgtaattgttgtaactct 36928711  T
Q  324 tggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36928710 tggttcctatggtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggactgctttgttatat-atttcattttggctttttc 36928634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 221 - 401
Target Start/End: Original strand, 9528246 - 9528426
Alignment:
Q  221 ctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaac 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  9528246 ctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgtcctcttatgtgtttgggtataggctgatgtaactctgttgggttgtttg-ttttggtgtaac 9528344  T
Q  321 tcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9528345 tcttggttcctgtttgtagtctctatggcacaccttatgctctagggactgcattgttatataatttcattttagctttttc 9528426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 139 - 400
Target Start/End: Original strand, 25639874 - 25640137
Alignment:
Q  139 tttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggta 238  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| ||| |||||||||       ||||||||||| |||||||    
T  25639874 tttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagataaggttaagatgttgtccttaagttagttgaaagctagaaaagctacttttgtttttggta 25639973  T
Q  239 ctcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggtt--gtttttgttgtaactcttggttcctgttgt 336  Q
    | |||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| | || ||||||  ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||    
T  25639974 cccagcagtggtggtcataccctcttgtttgtttgggtattgactaatgtagtcctgttgggttggttttgtatttgttgtaactcttggttcctgtagt 25640073  T
Q  337 agtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||| ||||||    
T  25640074 agtctctaaagcagaccttgtgctctagagactgctttattatataatctcattttgacttttt 25640137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 310 - 400
Target Start/End: Original strand, 17921593 - 17921681
Alignment:
Q  310 tttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  17921593 tttgttgtaactcttggtttctgtagtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggactgctttgt--tataatctcattttggcttttt 17921681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Original strand, 32353594 - 32353930
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| || |||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  32353594 cattttttatagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 32353693  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  32353694 gtaataaccgtatgtttaattatgttgttacccccatcccttgtttacttgataagattaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 32353793  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gttgtaac 320  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||   ||||||| |||  |||||| |    ||||||||    
T  32353794 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttctgttgtgtt--ttgtttgtaaccgttgtaac 32353891  T
Q  321 tcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    ||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  32353892 tcttggtttttgaggtagtctctaaggcacaccttgtgc 32353930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 14119608 - 14119484
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||| ||||| || |||||| | |||| ||||||||| || |||||||    
T  14119608 cattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatatggcttttatgtgtctgggttgtttggaatgaac 14119509  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||    
T  14119508 gaaataatcgtctgtttaatcatgt 14119484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 283
Target Start/End: Original strand, 48073731 - 48073987
Alignment:
Q  27 ttttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacga 126  Q
    |||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  |  ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  48073731 ttttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgttagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgt 48073830  T
Q  127 aataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctactt 226  Q
    ||||| | | |||||||| | ||  | ||  |||| ||| ||||  | || |  || ||| |||||||  ||||||||||||||||       ||||| |    
T  48073831 aataaccgtatgtttaatcacgttgttacccccatcccctgtttacttgataaggttaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctacct 48073930  T
Q  227 ttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  48073931 ttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 48073987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 3692470 - 3692373
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  3692470 cattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgcctgggttgtgtggaatga 3692373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 38231530 - 38231194
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| |||| || |||| |||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||| || |||||||    
T  38231530 cattttttacatttcacttttttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgcctgagttgtttggaatgaac 38231431  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  |||| |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  38231430 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 38231331  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gttgtaac 320  Q
     || || ||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||    ||| || |||  |||||| |    ||||||||    
T  38231330 cttcgtttttgggactcatcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtattggctaatgttttcctggtgtgtt--ttgtttgtaaccgttgtaac 38231233  T
Q  321 tcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  38231232 tcttggtttctgatgttgtctctaaggcacaccttgtgc 38231194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37530409 - 37530144
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaatt--ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  |   |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| || |||||    
T  37530409 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttctgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatga 37530310  T
Q  123 acgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngct 222  Q
    ||  ||||||| | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |  || ||| || |||| ||||||||| |||||||       |||    
T  37530309 acttaataatcgtttgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttacttgataaggttaagttgatgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagct 37530210  T
Q  223 acttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| |||| ||||    
T  37530209 acctttgtttttggaactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttggatattggctaatgt 37530144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 3692298 - 3692207
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||| |||| |||| ||||    
T  3692298 taggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgagtattggctaatgt 3692207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 47540774 - 47540393
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47540774 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgga 47540675  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||          
T  47540674 atgaacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcatttcccgtttgttagacaaggtcaagatgttgtccttaacttggttgaaagctaaaaa 47540575  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47540574 agctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtaactctgttgggttggttg-ttttgttgta 47540476  T
Q  319 actcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47540475 actcttggttcctgttgtagtatctatagcacactttgtgcgttagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 47540393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 3130270 - 3130650
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  3130270 tctgaccattttcttcagtttacttagttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcctgggttgtgtgga 3130369  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||          
T  3130370 atgaacaaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgcttgttagacaaggtcaaattgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaa 3130469  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
      ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3130470 aactacttttgtgtttgatactcaacagtggtggtcttgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttt-gttgta 3130568  T
Q  319 actcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3130569 actcttggttcctgttgtagtctctacggcacaccttgtactttaggaactgcattgttatataatttcattttggcttttt 3130650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 21 - 401
Target Start/End: Original strand, 8655366 - 8655746
Alignment:
Q  21 tgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaat 120  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||||| |||||| ||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8655366 tgaccattttcttcagtttattcatttggcaggtgatgcaaagtcaaggcgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaat 8655465  T
Q  121 gaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnng 220  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||       |    
T  8655466 gagcgaaataatcgcctgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaggctaaaaaag 8655565  T
Q  221 ctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaac 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8655566 ctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttaccctctcatgtgtttgggtataggctgatgtagttatgttgggttgtttg-ttttgttgtaac 8655664  T
Q  321 tcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8655665 tcttggttcctgtttgtagtctctatggcacaccttgtgctctacgggctgcattgttatataatttcattttggctttttc 8655746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 37 - 400
Target Start/End: Original strand, 7663547 - 7663912
Alignment:
Q  37 tttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatc 136  Q
    |||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  7663547 tttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtc 7663646  T
Q  137 tgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttgg 236  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||    
T  7663647 tgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaggttaagatgttgtccttaggttggttgaaagctagaaaagctacttttgtttttgg 7663746  T
Q  237 tactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg--ttgtttttgttgtaactcttggttcctgtt 334  Q
    ||| || ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  7663747 tacccatcagtggtggtcatgctctcttgtttgtttgggtattggctaatgtagtcttgttgggttggttttgtatttgttgtaactcttggttcctgta 7663846  T
Q  335 gtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  7663847 gtagtctctaaggcacaccttatgctttagggattgctttgttatataatctcattttggcttttt 7663912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 162 - 400
Target Start/End: Original strand, 5817615 - 5817853
Alignment:
Q  162 tccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccct 261  Q
    |||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5817615 tccccgcttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaaaactacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccct 5817714  T
Q  262 cttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgct 360  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5817715 cttatgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgtttg-ttttgttttaattcttggttcctgtttgtagtctctatggcacaccctgtgct 5817813  T
Q  361 ctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5817814 ctagggactgcattgttatataattttattttggcttttt 5817853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23279457 - 23279076
Alignment:
Q  18 ttctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtga 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| | |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||||||     
T  23279457 ttctgaccattttttacagtttacttatttgacaggtagtgctcactctagatgctcttttatgcaacttatatggcttctttgtgtgtgggttgtgtgg 23279358  T
Q  118 aatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnn 217  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||  | ||| |||| |||||||| |||||||  || ||||||||  | ||||| ||| | ||||          
T  23279357 aacgaacgaaataatcgtctgtttaataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaagatgtttcctttagggtggctaaaaggtaaaa 23279258  T
Q  218 nngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggt-tgg-ttgtttttgtt 315  Q
      ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||| || || ||| ||||  |||||    
T  23279257 aagctacttttgttttcggtacccaacagtggtggtcttgccctcttgtttgtttgggtataggttaatgttgctctgctgtgtgtggtttgtaattgtt 23279158  T
Q  316 gtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctt 397  Q
    |||||| |||||| |||| | |||||||| |||||||||| |||| | || ||||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  23279157 gtaacttttggtttctgtggcagtctctaaggcacaccttatgctttcggaactgttttgttatataattccattttagctt 23279076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 100 - 278
Target Start/End: Original strand, 1121016 - 1121194
Alignment:
Q  100 tgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttag 199  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  1121016 tgtgcctggattgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactcacatcccccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttag 1121115  T
Q  200 gttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtat 278  Q
    |||| ||||||         ||||  ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1121116 gttgattgaaaattaaaaaagctatctttgtttttggtacccaacagtggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtat 1121194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 278
Target Start/End: Original strand, 8487285 - 8487531
Alignment:
Q  32 tacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataa 131  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||| || | |||||| |||||    
T  8487285 tacagttcacttatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttttatgtgcctgggttgtttggactgaacgtaataa 8487384  T
Q  132 tcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtg 231  Q
     | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  |||| ||||| |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       ||||| |||||     
T  8487385 ccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtt 8487484  T
Q  232 tttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtat 278  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||    
T  8487485 tttgggactcagcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtat 8487531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 283
Target Start/End: Original strand, 23873773 - 23874031
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||| | |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  23873773 cattttttacagttcactcatttgataggtggaggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 23873872  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||| ||||  | || |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  23873873 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgtgacccccatcccctgtttacttgataagattaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 23873972  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  23873973 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 23874031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 1121561 - 1121649
Alignment:
Q  311 ttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    ||||||||||||||||   |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1121561 ttgttgtaactcttggactctgtggtagtttctaaggcacaccttatgctctagggactgctttgttatat-atttcattttggcttttt 1121649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 359
Target Start/End: Original strand, 12776676 - 12776841
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgt 296  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||   |||||    
T  12776676 taggttggttgaaagctaaaagagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttctgt 12776775  T
Q  297 tggg---ttggttgtttttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    || |   ||  ||||  | ||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||    
T  12776776 tgtgtttttttttgtaatcgttgtaactcttggttcctgaggtagtctcttaggcacaccttgtgc 12776841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 2631241 - 2631144
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  2631241 cattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgcatgggttgtgtggaatga 2631144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 55298422 - 55298208
Alignment:
Q  69 acgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgt 168  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| | | |||||||| ||||  | ||  | || ||| ||    
T  55298422 acgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccctatcccctgt 55298323  T
Q  169 ttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgt 268  Q
    ||  | || |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |    
T  55298322 ttacttgataagattaagttgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgttt 55298223  T
Q  269 gtttgggtataggct 283  Q
    |||||||||| ||||    
T  55298222 gtttgggtattggct 55298208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 33313045 - 33312908
Alignment:
Q  222 tacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgttgtaa 319  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||| || |||| |||    ||||||| |  ||| ||||  | ||| |||    
T  33313045 tacttttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggcattggctaatgattttctgttgtgttttgtttgtaatcgttataa 33312946  T
Q  320 ctcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgt 357  Q
    |||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  33312945 ctcttgattcctgaggtagtctctaaggcacaccttgt 33312908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 20673351 - 20673216
Alignment:
Q  226 tttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggtt--ggttgtttttgttgtaactct 323  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||  ||| ||||   | ||||| |||  | ||||  | |||||||||||    
T  20673351 tttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagctctcttgtttgtttgggtatttgctaatgtttttatgttgtgttttgtttgtaatcgttgtaactct 20673252  T
Q  324 tggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    |||||||||  |||||||||  ||||||||||||||    
T  20673251 tggttcctgaggtagtctcttaggcacaccttgtgc 20673216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 20673512 - 20673428
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||||| || |||||||  ||||| | | |||||||| ||||    
T  20673512 ctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgcctaggttgtttggaatgaacataataaccgtatgtttaatcatgt 20673428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Original strand, 10487197 - 10487579
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10487197 tctgaccattttcttcaatttatttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcctgggttgtgtgga 10487296  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||          
T  10487297 atgagcgaaataatcgtctgtttaataatgtaataacttccattctccgtttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaa 10487396  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  10487397 agctacttttgtgtttggtactcaacagtggtggtcttgccctcttatgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgtttg-ttttgttgta 10487495  T
Q  319 actcttggttcctgt-tgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10487496 actcttggttcatgtgtgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 10487579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32918167 - 32917897
Alignment:
Q  18 ttctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtga 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  32918167 ttctgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatttggcttctatgtgcctgggttgtttgg 32918068  T
Q  118 aatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnn 217  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  |||| ||||| |   | ||||||||||| ||||||||| | ||||          
T  32918067 aatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaagatgttgtctttaggttggcttaaagttaaaa 32917968  T
Q  218 nngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
      ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  32917967 aagctacctttgtttttggaactcagcagtggtggtcaagtcctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 32917897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 357
Target Start/End: Original strand, 6264495 - 6264831
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  6264495 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaaacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaac 6264594  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  |  | |  || ||| ||||||| |||||||||||||||||       |||||    
T  6264595 gaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactttataaggttaagttgttgtctttaggttggttgaaagctaaaaaagctac 6264694  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgttt--ttgttgtaac 320  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||   || |||| |  ||| |||| |  | ||||||||    
T  6264695 ttttgtttttggaactcagcagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttcagttgtgtcttgtttgtgtaatcgttgtaac 6264794  T
Q  321 tcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgt 357  Q
    |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||    
T  6264795 tcttggtttctgaggtagtctctaaggcacaccttgt 6264831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 34480799 - 34480541
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| |||  |||| ||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  34480799 cattttttacagttcactcttttggcaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaac 34480700  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |  || ||| || |||| ||||||||| |||||||       |||||    
T  34480699 gtaataatcgtctgtttaatcatgtggttacccccatcccttgtttacttgataaggttaagttgatgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagctac 34480600  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  34480599 ctttgtttttggcactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 34480541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Original strand, 15499943 - 15500067
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |  | ||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||||||| | || |||||||    
T  15499943 cattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctagacggtcttttttgcaactcatttggcttctatgtgtctgggttatctggaatgaac 15500042  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    
T  15500043 gaaataaccatctgtttaatcatgt 15500067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 6020572 - 6020394
Alignment:
Q  34 cagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatc 133  Q
    ||||| ||| || |||||||||| | |||  ||||| ||||||||   |||||||| ||||| || | || |||||||||||| ||||| || |||||||    
T  6020572 cagttcactcatatgacaggtggaggtaaagctagatgttcttttcagcaacttatatggctcctttatgtctgggttgtgtggaatgagcgtaataatc 6020473  T
Q  134 atctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
       ||||||||||| |||| |||  ||| ||||||||| |  ||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  6020472 gcttgtttaataatataatcactcacataccccgtttgctcaacaaagttaagatgttgtctttaggttggctgaaagc 6020394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 31862427 - 31862249
Alignment:
Q  34 cagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatc 133  Q
    ||||||||| || ||||||||||||  ||  ||||||| ||||| || ||||| || |||||||| |||| ||||||| |||| |||||||  |||||||    
T  31862427 cagtttactcatatgacaggtggtggcaaagctagacggtctttcatgcaactaatatggcttctttgtgtctgggttttgtggaatgaacataataatc 31862328  T
Q  134 atctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    |  |||||||| || |   || |||||||||||| ||||| |||| ||| ||  || |||| ||||| ||| |||||||    
T  31862327 acttgtttaatgatattgcaatttccattccccgattgttggacaaagttaaattgatgtctttaggatggctgaaagc 31862249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 587319 - 587110
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattcc 164  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| || ||||| || || ||||| |||||||  || ||||  |||||  | ||| |||||||    
T  587319 ctagacgctctttcatgcaactcatttggcttttgtgtgcttgagttgtatggaacgaacgtaataatcgcctctttagaaatgttgttactcccattcc 587220  T
Q  165 ccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctctt 264  Q
     |  || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |        |||||||||| |||||||| || || || | |||||||||| ||    
T  587219 tctcttattagacaaagttaagatgttgtcattaggttggttgaaacctaaaaaaactacttttgtttttggtacacaacaatggtagtcgtgccctttt 587120  T
Q  265 gtgtgtttgg 274  Q
    || |||||||    
T  587119 gtttgtttgg 587110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 283
Target Start/End: Original strand, 34858153 - 34858248
Alignment:
Q  188 tgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
    |||||||  ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  34858153 tgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 34858248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 33629946 - 33629568
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33629946 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacagatggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgga 33629847  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    || ||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||          
T  33629846 attaacgaaataatcgcctgtttaataatataataactcccattccccgtttgttagacaaggtcaaattgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaa 33629747  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33629746 a-ctacttttgtgtttggtactcaacagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgagtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttt-gttgta 33629649  T
Q  319 actcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttt 399  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33629648 actcttggttcttgttgtagtctctatggcacaccttgtgctttagggactacattgttatataatttcattttggctttt 33629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1682889 - 1682510
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1682889 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgcta------gacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgga 1682796  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||          
T  1682795 atgaacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaggtcaaattgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaa 1682696  T
Q  219 ngc------tacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt 312  Q
             ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||     
T  1682695 taactactttacttttgtgtttggtactcaacagtggtggtcatgtcctcttgtgtgtttgggtataggctcatgtagctctgttggattggttgtttt- 1682597  T
Q  313 gttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttt 399  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  1682596 gttgtaactcttggttcttgtagtagtctctatggcacaccttgtgctttaggcactgcattgtcatataatttcattttgactttt 1682510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 15673668 - 15673332
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  15673668 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctatgtgcctgggttgtttggaatgaac 15673569  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| || |  | ||  |||| ||  |||| ||||| |   | ||| || ||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  15673568 gtaataaccgtttgtttaatcattttgttacccccatcccttgtttattagataagattaagctgctgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 15673469  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gttgtaac 320  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| |||| | |||| || |||  |||||| |    ||||||||    
T  15673468 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgttgttctggtgtgtt--ttgtttgtaaacgttgtaac 15673371  T
Q  321 tcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    ||||| || |||  ||||||||||  |||||||||||||    
T  15673370 tcttgatttctgaggtagtctctaacgcacaccttgtgc 15673332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Original strand, 8873123 - 8873459
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  |  ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  8873123 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgttagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaac 8873222  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |  || ||| || |||| ||||||||| |||||||       |||||    
T  8873223 gaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttacttgataaggttaagttgatgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagctac 8873322  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgttgtaactc 322  Q
     ||||| ||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||   || |||| |  ||| ||||    ||||||||||    
T  8873323 ctttgtttttggaactcaacagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttcagttgtgtcttgtttgtaaccgttgtaactc 8873422  T
Q  323 ttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    || ||| |||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  8873423 ttagtttctgaggtagtctctaaggcacaccttgtgc 8873459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 25317697 - 25317578
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||     
T  25317697 cattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatgaaa 25317598  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaat 144  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  25317597 gaaataaccgtctctttaat 25317578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 26205191 - 26205072
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||     
T  26205191 cattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatgaaa 26205092  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaat 144  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  26205091 gaaataaccgtctctttaat 26205072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 19256848 - 19256701
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattcc 164  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| || |||||| || |||||||||||||||   || |||||||||||  | || || |||||    
T  19256848 ctagacgctcttttatgcaactcatttggcttctgtgtgtctaggttgtttggaatgaacgaaataattgcctctttaataatgttgttacgtctattcc 19256749  T
Q  165 ccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    |||||| |||||||  || || |||||||| ||||| |||||||||||    
T  19256748 ccgtttattagacaaggttaatatgttgtctttaggatggttgaaagc 19256701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 19349096 - 19348989
Alignment:
Q  37 tttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatc 136  Q
    |||||| ||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |     
T  19349096 tttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatatggcttctctgtgcctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgta 19348997  T
Q  137 tgtttaat 144  Q
    ||||||||    
T  19348996 tgtttaat 19348989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 278
Target Start/End: Original strand, 23347763 - 23348016
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||| |||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  23347763 cattttttacagttcactcatttgacaggcggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttttatgtgcctgggttgtttggaatgaac 23347862  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||   ||| |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  23347863 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttaccagataagattaagttgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 23347962  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtat 278  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||    
T  23347963 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtat 23348016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 4406845 - 4406732
Alignment:
Q  35 agtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatca 134  Q
    |||||||| || ||| |||||||| |||  |||||||||| ||| | || || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||     
T  4406845 agtttactcatatgataggtggtggtaaagctagacgttcgtttctgcagctaatatgacttctttgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaacaatcg 4406746  T
Q  135 tctgtttaataatg 148  Q
    ||||||||||||||    
T  4406745 tctgtttaataatg 4406732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 13755308 - 13755211
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  13755308 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgtctgggttgtgtggaatga 13755211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 33745898 - 33745816
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataat 147  Q
    |||||||||| ||| | || || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  33745898 ctagacgttcatttcttcagctcatatggcttctttgtgcttgggttgtgtggaatgagcgaaataatcgtctgtttaataat 33745816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 13755136 - 13755045
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  13755136 taggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 13755045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Original strand, 19385001 - 19385382
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |    
T  19385001 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtccagacgttcttttatgcaacttatttagcttatctgtgcctgtgttgtgtgga 19385100  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnn 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||| |||||          
T  19385101 atgaacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttcttagacaaggtcaagatgttgtccttatcttggttaaaagctaaaaa 19385200  T
Q  219 ngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgta 318  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19385201 agctacttttgtgttcggtactcagcagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttg-ttttgttgta 19385299  T
Q  319 actcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19385300 actcttggttcctattgtagtctctatggcacaccttatgctttagggactgtattgttatataatttcatttcggctttttc 19385382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 25 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7452195 - 7451820
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||||||||| |||||||    
T  7452195 cattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggctactttgtgactgggttgtgtggaatgaac 7452096  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
     |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||     
T  7452095 aaaataatcgtctgtttaataatgttataactcccatcccccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttaggttggttgaaagctaaaaaagctat 7451996  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg-ttgtttttgttgtaactct 323  Q
     ||||| |||||||| || ||||| |||||  |||||||||| | ||||||||| |||| | ||||  | |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  7451995 ctttgtttttggtacccaacagtggtggtcaagccctcttgtttatttgggtattggctaacgtagtccggttgggttggtttgtaattgttgtaactct 7451896  T
Q  324 tggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7451895 tggttcctatggtagtctctaaggcacagcttgtgctctagggactgctttgttatat-atttcattttggcttttt 7451820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 12531160 - 12531249
Alignment:
Q  311 ttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  12531160 ttgttgtaactcttggttcctgtaatagtttctaaggcacaccttatgctctagggactgctttgttatataatcttattttggcttttt 12531249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 2872033 - 2871909
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | || ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  2872033 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgttgctggacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 2871934  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    | ||||||||  |||||||| ||||    
T  2871933 gtaataatcagatgtttaatcatgt 2871909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 401
Target Start/End: Original strand, 12220717 - 12220806
Alignment:
Q  311 ttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  12220717 ttgttgtaactcttgattcctgtggtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggattgttttgttatat-atttcatttttactttttc 12220806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 283
Target Start/End: Original strand, 12218425 - 12218572
Alignment:
Q  136 ctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttg 235  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||||||       ||||  ||| | ||||    
T  12218425 ctgtttaataatgtaataactctcatttcccgtttattagacaaggaaaagatattgtccttaggttggttgaaagctagaaaagctatctttatttttg 12218524  T
Q  236 gtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| || | ||| ||||||| ||||    
T  12218525 gtactcagcagtggtggtcatgcccttttctttgtctgggtattggct 12218572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 35405548 - 35405460
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgt 113  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| |||||||||    
T  35405548 catttttttcagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaacttatatggtttctatgtgtctgggttgt 35405460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 122
Target Start/End: Original strand, 16421315 - 16421403
Alignment:
Q  34 cagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||  ||||||||||| |||||    
T  16421315 cagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtttgggttgtgtggaatga 16421403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 369
Target Start/End: Original strand, 16421478 - 16421651
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgt 296  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| || |   |||||    
T  16421478 taggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttggaactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatat-tttctgt 16421576  T
Q  297 tgggttggttgttttt----gttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggact 369  Q
    || |||  |||||| |    |||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| |||||||| | ||||||    
T  16421577 tgtgtt--ttgtttgtaaccgttgtaactcttggtttctgaggtagtctctaaggcacatcttgtgcttttgggact 16421651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 91 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 30501745 - 30501680
Alignment:
Q  91 tggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataact 156  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  30501745 tggcttctttgtgcttgggttttgtggaatgaacgtaataaccgtctgtttaataatgttataact 30501680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 149
Target Start/End: Original strand, 412711 - 412787
Alignment:
Q  73 tcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    |||||||| ||||| || | |||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  412711 tcttttatgcaactaatattgcttctttgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgt 412787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 2871862 - 2871771
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  2871862 taggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 2871771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 70 - 130
Target Start/End: Original strand, 34642101 - 34642161
Alignment:
Q  70 cgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaata 130  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||| |||||||| ||||    
T  34642101 cgttctttcatacaacttatatggctcctatgtgtctgggtagtgtggaatgaacgtaata 34642161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 313 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35405297 - 35405253
Alignment:
Q  313 gttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgt 357  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||    
T  35405297 gttgtaactcttggtttctgatgtagtctctaaggtacaccttgt 35405253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 49732227 - 49732550
Alignment:
Q  22 gaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatg 121  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  49732227 gaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcccgggttgtgtggaacg 49732326  T
Q  122 aacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngc 221  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||    
T  49732327 agcgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaaagc 49732426  T
Q  222 tacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaact 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49732427 tacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcatgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttg-ttttgttgtaact 49732525  T
Q  322 cttggttcctgttgtagtctctatg 346  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  49732526 cttgattcctgttgtagtctctatg 49732550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Original strand, 30167642 - 30168020
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  30167642 cattttcttcagtttacttatttgacgggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaac 30167741  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  30167742 gcaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaagttaagatgttgtccttaggttggttgaaagctagaaaagctac 30167841  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg--ttgtttttgttgtaactc 322  Q
    |||||| | |||||| | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  30167842 ttttgtttatggtacccggcagtggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtagtcttgttgggttggttttgtatttgttgtaactc 30167941  T
Q  323 ttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30167942 ttggttcgtgtagtagtttctaaggcacaccttgtgctttagggactgctttgttatataatctcattttggctttttc 30168020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 75 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32004773 - 32004449
Alignment:
Q  75 ttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgtta 174  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||  ||| ||||||| |  || |||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  32004773 ttttatgcaacttatttgccttctctttgtttggattgtgtggatagagcgaaataatcgtctgtttaataatgcaataactctcattccccgtttgtta 32004674  T
Q  175 gacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgg 274  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  32004673 gacaaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaagaactacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcatgccctcttgtatgtttgg 32004574  T
Q  275 gtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcatt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32004573 gtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttt-gttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacacgttgtgctctagggactgcatt 32004475  T
Q  375 gttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  32004474 gttatataattttattttggcttttt 32004449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 64 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 13448282 - 13447948
Alignment:
Q  64 tctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattc 163  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||     
T  13448282 tctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgagttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactcccattt 13448183  T
Q  164 cccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctct 263  Q
    |||| ||||||| ||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  13448182 cccgcttgttaggcaaggtcaaattgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaaa-ctacttttgtgtttggtactcaacagtggtggtcttgctctct 13448084  T
Q  264 tgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctcta 363  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13448083 tgtgtgtttgagtataggttgatgtagctctgttgggttggttgtttta-ttgtaactcttggttcctgctgtagtctctatggcacaccttgtgcttta 13447985  T
Q  364 gggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  13447984 gggactgcattggtatataatttcattttggcgtttt 13447948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 9378943 - 9378761
Alignment:
Q  22 gaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatg 121  Q
    ||||||||  ||||||||||| || ||||| |||||| ||||  ||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  9378943 gaccatttgttacagtttactcatatgacaagtggtggtaatgatagtcgttcttttatgcaactcatatgacttctgtgtgcctgggttgtttggaatg 9378844  T
Q  122 aacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttgg 204  Q
    || ||||  ||| |||||||||||||||  | ||| |||| |||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||    
T  9378843 aatgaaactatcgtctgtttaataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaagatgttgtctttaggttgg 9378761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 65 - 211
Target Start/End: Original strand, 28675266 - 28675412
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattcc 164  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||||||  | ||| |||||||    
T  28675266 ctagacgttcttttatgcaactcatttgacttctgtgtgtctgtgttgtgtggaattaacgaaataatcgcctatttaataatgttgttactcccattcc 28675365  T
Q  165 ccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaag 211  Q
     || ||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  28675366 tcgattgttagacaaggttaagatgttgtctttaggctggttgaaag 28675412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 359
Target Start/End: Original strand, 6176775 - 6177111
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  6176775 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttttatgtgcctgggttgtttggaatgaac 6176874  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||   |||  |  ||||  |||| |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  6176875 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttaccctcatctcttgtttactagataagattaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 6176974  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgttgtaactc 322  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| | || ||||   |||| || |  ||| ||||  ||||||||||||    
T  6176975 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtattgactaatgtttttctggtgtgttttgtttgtaattgttgtaactc 6177074  T
Q  323 ttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    |||||| |||  |||||||||| |||||| |||||||    
T  6177075 ttggtttctgaggtagtctctaaggcacatcttgtgc 6177111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 326 - 397
Target Start/End: Original strand, 38542814 - 38542885
Alignment:
Q  326 gttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctt 397  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  38542814 gttcctgtagtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggactgctttgttatataattccattttggctt 38542885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23601616 - 23601240
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  23601616 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 23601517  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  |||| |   | ||| || ||||  ||||||||||||||||       ||||     
T  23601516 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaagctgctgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctat 23601417  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gttgtaac 320  Q
     ||||| ||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||   | ||||| |||  |||||| |    ||||||||    
T  23601416 ctttgtttttgggactcaacagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttatgttgtgtt--ttgtttgtaaccgttgtaac 23601319  T
Q  321 tcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgc--attgttatataatttcattttggctt 397  Q
    |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||| |  |||  |||||||||||||||||||||    
T  23601318 tcttggtttctgaggtagtctctaaggcacaccttgtgcgtttggaactactaattcgtatataatttcattttggctt 23601240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 25 - 288
Target Start/End: Original strand, 2813797 - 2814060
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  2813797 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcgtttatgcaactaatatgacttctatgtgcctgggtagtctggaatgaac 2813896  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  |||| |   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  2813897 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaagttgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 2813996  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
     ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  2813997 ctttgtttttgggactcagcaatggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 2814060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 24227617 - 24227408
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattcc 164  Q
    |||||||  |||| || ||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||  ||| |  | ||| |||||||    
T  24227617 ctagacgccctttcatgcaactcatttgg-ttctgtgtgcttgggttgtatgaaatgaacgtaataatcgcctctttagaaatattgttactcccattcc 24227519  T
Q  165 ccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctctt 264  Q
    | | || ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| ||    
T  24227518 cagcttattagacaaagttaagatgttgtcgttaggttggttgaaagctaaaaaaattacttttgtttttagtactcagcaatggtggtcgtgccctttt 24227419  T
Q  265 gtgtgtttggg 275  Q
    || ||||||||    
T  24227418 gtctgtttggg 24227408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 7146884 - 7146778
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  7146884 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttttgcaacttatatggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 7146785  T
Q  125 gaaataa 131  Q
    | |||||    
T  7146784 gtaataa 7146778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 149
Target Start/End: Original strand, 25873411 - 25873533
Alignment:
Q  27 ttttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacga 126  Q
    |||| ||||||| ||| ||||| ||||||||| |  | |||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||| || ||||||||     
T  25873411 ttttttacagttcactcatttggcaggtggtggtgctgctaggcgttcttttatgcaactcatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgt 25873510  T
Q  127 aataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    ||||||| |||||||||| ||||    
T  25873511 aataatcgtctgtttaatcatgt 25873533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 29309251 - 29309154
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  29309251 cattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgtctgggttgtgtggaatga 29309154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 29309078 - 29308915
Alignment:
Q  197 taggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgt 296  Q
    ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| || | ||||   |||||    
T  29309078 taggttggttgaaagctaaaaaagctacctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattgggtaatgt-tttctgt 29308980  T
Q  297 tgggttggttgttttt----gttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    || |||  |||||| |    |||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| |||||||    
T  29308979 tgtgtt--ttgtttgtaaccgttgtaactcttggtttctgaggtagtctctaaggcacatcttgtgc 29308915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 149
Target Start/End: Original strand, 19824101 - 19824216
Alignment:
Q  34 cagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatc 133  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||  ||| |||||| ||| ||||||| || ||  |||| ||| | ||| ||||||| || ||||| ||||| |    
T  19824101 cagtttacttatttgacaggtgttggtaaagctaaacgttcctttttacaactaatctgaattctatgtacttggattgtgtggaacgaacgtaataacc 19824200  T
Q  134 atctgtttaataatgt 149  Q
      ||||||||||||||    
T  19824201 gcctgtttaataatgt 19824216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 7146594 - 7146553
Alignment:
Q  314 ttgtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacacctt 355  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  7146594 ttgtaactcttggtttctgtggtagtctctaaggcacacctt 7146553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 401
Target Start/End: Original strand, 134929 - 135309
Alignment:
Q  21 tgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaat 120  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  134929 tgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaat 135028  T
Q  121 gaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnng 220  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||       |    
T  135029 gagcgaaataatcgcctgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaggctaaaaaag 135128  T
Q  221 ctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaac 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  135129 ctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctctcatgtgtttgggtataggctgatgtaattatgttgggttgtttg-ttttgttgtaac 135227  T
Q  321 tcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    | |||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  135228 ttttggtttcggtttgtagtctctatggcacgccttgtgctctaggggctgcattgttatataatttcattttggctttttc 135309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 401
Target Start/End: Original strand, 312756 - 313136
Alignment:
Q  21 tgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaat 120  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  312756 tgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaat 312855  T
Q  121 gaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnng 220  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||       |    
T  312856 gagcgaaataatcgcctgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaggctaaaaaag 312955  T
Q  221 ctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaac 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  312956 ctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctctcatgtgtttgggtataggctgatgtaattatgttgggttgtttg-ttttgttgtaac 313054  T
Q  321 tcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    | |||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  313055 ttttggtttcggtttgtagtctctatggcacgccttgtgctctaggggctgcattgttatataatttcattttggctttttc 313136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 21 - 401
Target Start/End: Original strand, 328210 - 328590
Alignment:
Q  21 tgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaat 120  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  328210 tgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaat 328309  T
Q  121 gaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnng 220  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||       |    
T  328310 gagcgaaataatcgcctgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagataaggtcaagatgttgtccttagcttggttgaaggctaaaaaag 328409  T
Q  221 ctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaac 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  328410 ctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctctcatgtgtttgggtataggctgatgtaattatgttgggttgtttg-ttttgttgtaac 328508  T
Q  321 tcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    | |||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  328509 ttttggtttcggtttgtagtctctatggcacgccttgtgctctaggggctgcattgttatataatttcattttggctttttc 328590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 368 - 401
Target Start/End: Original strand, 321782 - 321815
Alignment:
Q  368 ctgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  321782 ctgcattgttatataatttcattttggctttttc 321815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 22 - 397
Target Start/End: Original strand, 15653999 - 15654376
Alignment:
Q  22 gaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatg 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  15653999 gaccattttcttcagtttacttatttgataggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatg 15654098  T
Q  122 aacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngc 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||||        |    
T  15654099 aacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactcccattccccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtctttaggatggttgaaagctaataaaac 15654198  T
Q  222 tacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg--ttgtttttgttgtaa 319  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||| ||||||   |||||||||||  ||||  |||||||||    
T  15654199 tacttttgtttttggtacccagcagtgatggtcatgccctcttgtttgcttgggtattggctaatgtagtcatgttgggttggttttgtaattgttgtaa 15654298  T
Q  320 ctcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctt 397  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  15654299 ctcttggttcctgtagtagtctctaagacacaccttgtgctctagggactgctttgttatataatctcattttggctt 15654376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 46623550 - 46623169
Alignment:
Q  22 gaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatg 121  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  46623550 gaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgggtcgtgtgaaatg 46623451  T
Q  122 aacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngc 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||       ||    
T  46623450 aacgaaataatcgtctgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaggttaagatgttgtccttaggatggttgaaagctaaaaaagc 46623351  T
Q  222 tacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttg--gttgtttttgttgtaa 319  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||||||   ||||||||||   |||| ||||||||||    
T  46623350 tacttttgtttttggtacccagtagtggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtattggttaatgtagtcatgttgggttgattttgtatttgttgtaa 46623251  T
Q  320 ctcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| | ||||| || |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  46623250 ctcttgattcctgtagtagtctctaagacacactttatgctgtagggactgctttgttatataatctcattttgactttttc 46623169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 135 - 401
Target Start/End: Original strand, 21277458 - 21277724
Alignment:
Q  135 tctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgttt 234  Q
    |||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||  ||||| |||    
T  21277458 tctgtttaataatgtaataactcctatcctccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttaggttggttgaaagctaaaaaagctatctttgttttt 21277557  T
Q  235 ggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggtt-gtttttgttgtaactcttggttcctgt 333  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||  | ||||||  |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  21277558 ggtacccagcagtggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtattggctaacgtagtccggttgggacggtttgtaattgttgtaactcttggttcctgt 21277657  T
Q  334 tgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
     ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21277658 ggtagtgtctaaggcacaccttgtgctctagggactgctttgttatat-atttcattttggctttttc 21277724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 184 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 9546421 - 9546251
Alignment:
Q  184 aagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9546421 aagatgttgtccttagcttggttgaaagctaaaaaagctacttttgtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctcttatgtgtttgggtataggct 9546322  T
Q  284 gatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggttcctg-ttgtagtctctatggcacacct 354  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9546321 gatgtagctctgttgggttgtttg-ttttgttgtaactcttggttcctgtttgtagtctctatggtacacct 9546251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 298
Target Start/End: Original strand, 12379022 - 12379295
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  12379022 cattttttacagtttacttattttacaggtggtggtaaagctagacgttcttttatgcaactcgtatggcttctgtgtgcctgcgttgtgtggaatgaac 12379121  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    |||||||    ||||||||||||||| | ||| |||| ||| |||| |||||||  || ||| ||||||| ||||||||| |||||||       ||||     
T  12379122 gaaataaatgcctgtttaataatgtagttactcccatcccctgtttattagacaatgttaagttgttgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagctaa 12379221  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttg 298  Q
     ||||| ||||| || ||||| || |||||   ||| ||||| |||||||| ||||||| |||| | |||||||    
T  12379222 ctttgtttttggaacacagcaatggtggtcaaacccgcttgtttgtttgggcataggctaatgttgttctgttg 12379295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 3104744 - 3104559
Alignment:
Q  27 ttttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacga 126  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||  | || ||| | |||||||| ||||| || |||||||||    
T  3104744 ttttttacagtttattcatttgacaagtggtgctaatgctagacgttcttttatgcaactattatgtcttatgtgtgcctgtgttgtttggaatgaacga 3104645  T
Q  127 aataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    || ||||  || |||||| |||| |||||| |||||||  ||||| ||||||  || ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  3104644 aacaatcgcctatttaatgatgttataactcccattccatgtttgctagacaaggttaagatgttgtctttaggttggctgaaagc 3104559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 13439896 - 13439638
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  13439896 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 13439797  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| | ||  | ||  |||| ||| ||||  | || |  || ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  13439796 gtaataaccgtatgtttaatcacgttgttacccccatcccctgtttacttgataaggttaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 13439697  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
     ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  13439696 ctttgtttttgggactcagcagtgttggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 13439638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 45942694 - 45942570
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | ||| || ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  45942694 cattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctacacattcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaac 45942595  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||    
T  45942594 gaaataaccatttgtttaatcatgt 45942570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 43105160 - 43104967
Alignment:
Q  19 tctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaa 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||   || ||||  |||||||  |||| ||||||||| | || || ||| |||| || |    
T  43105160 tctgaccattttctgcagtttactcatttgacaggtggtggtagagctcgacgggcttttatgtaactcatttggcttttgtgcgcttggcttgtttgga 43105061  T
Q  119 atgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    |||||| ||| ||||  ||||||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||  || |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  43105060 atgaacaaaacaatcgcctgtttaataatgtggttactcccattccccgtttattagacaaggttaagatgttttctttaggatggttgaaagc 43104967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 330 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 19402756 - 19402686
Alignment:
Q  330 ctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  19402756 ctgtagtagtctctaaggcacaccttgtgctctagggactgctttgttatataatctcattttggcttttt 19402686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 28327189 - 28326863
Alignment:
Q  35 agtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatca 134  Q
    |||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| |     
T  28327189 agttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcttgggttgtttggaatgaacgtaataaccg 28327090  T
Q  135 tctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgttt 234  Q
      |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  |||| |   | ||| || ||||  ||||||||||||||||       ||||  ||||| |||    
T  28327089 aatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaagctgctgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctatatttgttttt 28326990  T
Q  235 ggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gttgtaactcttggttcc 330  Q
    || |||||||||||  ||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||   ||||||  |||  |||||| |    |||||||||||||||| |    
T  28326989 gggactcagcagtggcggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttctgtt--gttttttgtttgtaaccgttgtaactcttggtttc 28326892  T
Q  331 tgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  28326891 tgtggtagtctctaaggcacaccttgtgc 28326863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 30386035 - 30385707
Alignment:
Q  32 tacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataa 131  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |  | |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||    
T  30386035 tacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacattc-tttatgcaacttatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgtaataa 30385937  T
Q  132 tcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtg 231  Q
     | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  ||||||   | ||| |||||||  ||||||||||||||||       ||||| |||||     
T  30385936 ccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagacaagattaagttgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaatgctacatttgtt 30385837  T
Q  232 tttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgttgtaactcttggttc 329  Q
    ||||| | ||||||| |  ||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||   |||| || |  ||| ||||    ||||||||||||||||     
T  30385836 tttgggattcagcaggggcggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttctggtgtgtcttgtttgtaaccgttgtaactcttggttt 30385737  T
Q  330 ctgttgtagtctctatggcacaccttgtgc 359  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  30385736 ctgatgtagtctctaaggcacaccttgtgc 30385707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 349 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 9534191 - 9534139
Alignment:
Q  349 acaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9534191 acaccttgtgctctagggactatattgttatataatttcattttggctttttc 9534139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 45235785 - 45235669
Alignment:
Q  33 acagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataat 132  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  | | |||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||| ||||||||| || |||||| |||||||     
T  45235785 acagtttactcatttgacaggtggtggaattgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttccatgtgtctgggttgtttggaatgaatgaaataac 45235686  T
Q  133 catctgtttaataatgt 149  Q
    | | |||||||| ||||    
T  45235685 cgtttgtttaatcatgt 45235669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26714280 - 26714208
Alignment:
Q  106 tgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagaca 178  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||  | ||| | |||||||| ||||||||||    
T  26714280 tgggttgtgtcgaaagaacgaaataatcgtctgtttaataatgttgttactccaattccccgattgttagaca 26714208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3632445 - 3632393
Alignment:
Q  226 tttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtat 278  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||    
T  3632445 tttgtttttgggactcagcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtat 3632393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 37 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 45421349 - 45420990
Alignment:
Q  37 tttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatc 136  Q
    |||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  45421349 tttacttatttgacaggtggtaatgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtc 45421250  T
Q  137 tgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttgg 236  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| | |||    
T  45421249 tgtttaataatgtaataactcacattccacgtttgttagacaaagttaagatgttgtccttaggttggttgaaagctagaaaagctacttttgtttatgg 45421150  T
Q  237 tactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg--ttgtttttgttgtaactcttggttcctgtt 334  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  45421149 tacccagcagtggtggtcatgccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtagtcttgttgggttggttttgtatttgttgtaactcttggttcctgta 45421050  T
Q  335 gtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttgg 394  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  45421049 gtagtctctaaggcacaccttgtgctttagggactgctttgttatataatctcattttgg 45420990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 13549967 - 13549589
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  13549967 cattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcctgggttgtgtggaatgaac 13549868  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  |||| ||||| |   | ||||||||||| ||||||||  | ||||        |||||    
T  13549867 gaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaagatgttgtctttaggttgacttaaagttaaaaaagctac 13549768  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgt--tgggttggttgtttttgttgtaactc 322  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||   |||||  ||| ||||||||  || |||||||||    
T  13549767 ctttgtttttggaactcagcagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtctttctgttgtggcttggttgtaattcttgtaactc 13549668  T
Q  323 ttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcatt----gttatataatttcattttggctt 397  Q
    ||||||   |  |||||| ||| ||||||||||||||  | |||||||| ||     |||||||||| |||||||||||    
T  13549667 ttggttttggaggtagtcgctagggcacaccttgtgcgtttgggactgcctttttgtttatataattccattttggctt 13549589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 31085927 - 31086311
Alignment:
Q  18 ttctgaccattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtga 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||||||||||||| ||     
T  31085927 ttctgatcattttttacagtttactcatttgtcaggtggtggtaatgctagacgttcttttatgcaactcatatgccttttgtgtgcctgggttgtttgg 31086026  T
Q  118 aatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnn 217  Q
    ||| |||||||||| |   |||||||||||||  | ||| |||| ||  |||| |||||||   | |||| |||||| ||||||| |||||||||         
T  31086027 aattaacgaaataaccgcatgtttaataatgttgttactcccatcccgtgtttattagacaagattaagacgttgtctttaggttagttgaaagctaaaa 31086126  T
Q  218 nngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgtt 315  Q
      ||||| ||||| |||||||  || ||||| |||||  |||||||||| ||||||| |||||||| |||||  |||| || |   || ||||  | |||    
T  31086127 aagctacatttgtttttggtatacaacagtggtggtcaagccctcttgtttgtttggatataggctaatgta-ttctgctgtgacatgtttgtaatcgtt 31086225  T
Q  316 gtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgt----tatataatttcattttggctt 397  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||| || |||||||||||| | ||||||||  |||    |||||||||||||||||||||    
T  31086226 gtaactcttggtttctgaagtagtctctaaggtacaccttgtgcttttgggactgctctgtttagtatataatttcattttggctt 31086311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 212
Target Start/End: Original strand, 26180220 - 26180409
Alignment:
Q  23 accattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatga 122  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| |    
T  26180220 accattttttacaatttacttttttggcaggtggtggtaatgctaggcgttcttttctgcaactcatatggcttctgtgtgcctgagttgtatgaaataa 26180319  T
Q  123 acgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    |||||||||||  || | |||||||||  | ||| |||| |||||||| |||||||  || |||||| |||| ||||||| | |||||||    
T  26180320 acgaaataatcgcctttataataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaagatgatgtctttaggttagctgaaagc 26180409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 33547715 - 33547457
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  33547715 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatctggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 33547616  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    | ||||| | | |||||||| ||||  | ||  |||| ||| ||||  | || |  || ||| |||||||  ||||||||||||||||       |||||    
T  33547615 gtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccctgtttacttgataaggttaagctgttgtctctaggttggttgaaagctaaaaaagctac 33547516  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggct 283  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  33547515 ctttgtttttgggactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggct 33547457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 22052470 - 22052092
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |  | ||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||||||| | || |||||||    
T  22052470 cattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctagacggtcttttttgcaactcatttggcttctatgtgtctgggttatctggaatgaac 22052371  T
Q  125 gaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctac 224  Q
    ||||||| | || ||||||| ||||  | ||  |||| |   |||| ||||| |   | ||| ||||||| ||||||||| | |||||       |||||    
T  22052370 gaaataaccgtcagtttaatcatgttgttacccccatccattgtttattagataagattaagttgttgtctttaggttggcttaaagctaaaaaagctac 22052271  T
Q  225 ttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgt--tgggttggttgtttttgttgtaactc 322  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||   |||||  ||| ||||||||     ||||||||     
T  22052270 ttttgtttttggaactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtctttctgttatggcttggttgtaacacttgtaactg 22052171  T
Q  323 ttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgc---attg-ttatataatttcattttggctt 397  Q
    ||||||  ||  |||||||||| |||||||||| |||  | ||||||||   |||| |||||||||| |||||||||||    
T  22052170 ttggtttttgaggtagtctctagggcacaccttatgcgtttgggactgctttattgtttatataattccattttggctt 22052092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 25 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 43627342 - 43627236
Alignment:
Q  25 cattttctacagtttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaac 124  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  43627342 cattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaac 43627243  T
Q  125 gaaataa 131  Q
    | |||||    
T  43627242 gtaataa 43627236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 149
Target Start/End: Original strand, 9949601 - 9949685
Alignment:
Q  65 ctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgt 149  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  9949601 ctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgtaataatcgtctgtttaatcatgt 9949685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 32145550 - 32145398
Alignment:
Q  220 gctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttggg--ttggttgtttttgttgt 317  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||| || |   |  || |  |||||||    
T  32145550 gctacctttgtttttggtacacagcagtgt-ggtctagccctcttgtttgtttgggtataggctaatgttgttctgctgtgctctatttctaattgttgt 32145452  T
Q  318 aactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgc 371  Q
    |||||||| || |||  ||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  32145451 aactcttgatttctgcagtagtttctaaggcacaccttgtgctttcgggactgc 32145398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 26681667 - 26681461
Alignment:
Q  82 caacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatag 181  Q
    ||||| || |||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |  |    
T  26681667 caactaatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttacttgataagg 26681568  T
Q  182 tcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtatagg 281  Q
    | ||| ||||||| ||||||||| |||||||       ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| ||    
T  26681567 ttaagttgttgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagctacctttgtttttggaactcaacagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattgg 26681468  T
Q  282 ctgatgt 288  Q
    || ||||    
T  26681467 ctaatgt 26681461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 31594331 - 31594134
Alignment:
Q  91 tggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgt 190  Q
    |||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||| ||||  | ||  |||| ||  ||||  | || |  || ||  ||     
T  31594331 tggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttacttgataaggttaaattga 31594232  T
Q  191 tgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    |||| ||||||||| |||||||       ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  31594231 tgtctttaggttggctgaaagctaaaaaagctacctttgtttttggaactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 31594134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 43627146 - 43627009
Alignment:
Q  220 gctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgttttt----gtt 315  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||| ||||   ||||||  |||  |||||| |    |||    
T  43627146 gctacatttgtttttgggactcagcagtggtggtcaaaccctcttgtttgtttgggtattggctaatgtttttctgtt--gttttttgtttgtaaccgtt 43627049  T
Q  316 gtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacacctt 355  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  43627048 gtaactcttggtttttgtggtagtctctaaggcacacctt 43627009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 220 - 288
Target Start/End: Original strand, 9949756 - 9949824
Alignment:
Q  220 gctacttttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgt 288  Q
    ||||| ||||| ||||  ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  9949756 gctacctttgtttttgacactcagcagtggtggtcaagccctcttgtttgtttgggtattggctaatgt 9949824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 25784640 - 25784588
Alignment:
Q  139 tttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgtt 191  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |  |||||||||||    
T  25784640 tttaataatgtaataactctcattccccgattgttagataaggtcaagatgtt 25784588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 37 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7506 - 7141
Alignment:
Q  37 tttacttatttgacaggtggtgctaattctagacgttcttttatacaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtgaaatgaacgaaataatcatc 136  Q
    |||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  7506 tttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtc 7407  T
Q  137 tgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctacttttgtgtttgg 236  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||    
T  7406 tgtttaataatgtaataactctcattccccgtttgttagacaaggttaagatgttgtccttaggttggttgaaagctagaaaagctacttttgtttttgg 7307  T
Q  237 tactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttgg--ttgtttttgttgtaactcttggttcctgtt 334  Q
    ||| || ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  7306 tacccatcagtggtggtcatgctctcttgtttgtttgggtattggctaatgtagtcttgttgggttggttttgtatttgttgtaactcttggttcctgta 7207  T
Q  335 gtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggcttttt 400  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  7206 gtagtctctaaggcacaccttatgctttagggattgctttgttatataatctcattttggcttttt 7141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 129 - 401
Target Start/End: Original strand, 22614 - 22886
Alignment:
Q  129 taatcatctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagcnnnnnnngctactttt 228  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||        | ||||||    
T  22614 taatcgtctctttaataatgtaataactctcattctccgtttgttagattaggtcaaaatgttgtctttagcttgattgaaagctaaaaaaaccactttt 22713  T
Q  229 gtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtataggctgatgtagctctgttgggttggttgtttttgttgtaactcttggtt 328  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  22714 gtgtttggtactcagcagtggtggtcttgccctcttatgtatttgggtataggctgatatagttctgttgggttgtttg-ttttgttgtaactcttggtt 22812  T
Q  329 cctg-ttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatttcattttggctttttc 401  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22813 cctgtttgtagtctgtatgacacaccttgtgctctagggactgtattgttatataatttcattttggctttttc 22886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 135 - 212
Target Start/End: Original strand, 12277 - 12354
Alignment:
Q  135 tctgtttaataatgtaataacttccattccccgtttgttagacatagtcaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 212  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12277 tctgtttaataatgtaataactcctatcccccgtttgttagacaaggtaaagatgttgtccttaggttggttgaaagc 12354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 316 - 385
Target Start/End: Original strand, 48545 - 48614
Alignment:
Q  316 gtaactcttggttcctgttgtagtctctatggcacaccttgtgctctagggactgcattgttatataatt 385  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48545 gtaactcttgattcctgttgtagtttctaaggcacaaattgtgctctaaggactgcattgttatataatt 48614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 278
Target Start/End: Original strand, 13640 - 13692
Alignment:
Q  226 tttgtgtttggtactcagcagtgttggtcgtgccctcttgtgtgtttgggtat 278  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||    
T  13640 tttgtttttgggactcagcagtggtggtcacgccctcttgtttgtttgggtat 13692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University