View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3173_high_14 (Length: 512)

Name: NF3173_high_14
Description: NF3173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3173_high_14
NF3173_high_14
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (12-494)||(5755468-5755956)
chr7 (24-478)||(5762551-5763008)
chr7 (136-226)||(30551947-30552039)
chr7 (281-389)||(8831208-8831316)
chr7 (120-227)||(28003343-28003450)
chr7 (136-226)||(6589558-6589650)
chr7 (120-227)||(18128520-18128629)
chr7 (136-223)||(20389644-20389734)
chr7 (136-227)||(41331327-41331420)
chr7 (135-227)||(32857980-32858075)
chr7 (128-226)||(1532441-1532538)
chr7 (136-213)||(23822251-23822330)
chr7 (135-217)||(12422352-12422435)
chr7 (194-223)||(3218074-3218103)
chr7 (172-220)||(32804629-32804677)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (281-448)||(44132-44296)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (136-226)||(16554304-16554396)
chr1 (133-227)||(802253-802349)
chr1 (120-217)||(2378113-2378212)
chr1 (133-222)||(12656368-12656458)
chr1 (127-222)||(48130173-48130268)
chr1 (135-219)||(46530162-46530248)
chr1 (133-227)||(47600659-47600754)
chr1 (136-223)||(363615-363705)
chr1 (172-217)||(46530411-46530456)
chr1 (171-227)||(25112508-25112564)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (120-188)||(45385841-45385911)
chr2 (120-227)||(8198648-8198756)
chr2 (120-227)||(8203408-8203516)
chr2 (135-223)||(3289442-3289532)
chr2 (134-227)||(4558914-4559009)
chr2 (133-188)||(8198416-8198473)
chr2 (133-188)||(8203176-8203233)
chr2 (133-188)||(5539073-5539131)
chr2 (120-161)||(45385920-45385961)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (134-220)||(2277209-2277297)
chr8 (120-217)||(15907692-15907790)
chr8 (133-223)||(45445197-45445287)
chr8 (172-227)||(37064691-37064746)
chr8 (120-177)||(41151-41209)
chr8 (133-219)||(3807008-3807094)
chr8 (120-219)||(8453004-8453104)
chr8 (120-162)||(12807703-12807745)
chr8 (120-227)||(15907946-15908055)
chr8 (120-161)||(34305232-34305273)
chr8 (136-188)||(45444993-45445045)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (120-218)||(33617909-33618007)
chr4 (120-227)||(22519809-22519918)
chr4 (133-228)||(2323284-2323381)
chr4 (128-222)||(22889578-22889674)
chr4 (128-222)||(22941242-22941338)
chr4 (133-223)||(20141742-20141835)
chr4 (137-219)||(14152178-14152258)
chr4 (136-219)||(34717576-34717659)
chr4 (138-207)||(34013792-34013861)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (128-219)||(33547742-33547836)
chr6 (133-223)||(16419594-16419689)
chr6 (120-227)||(16419837-16419946)
chr6 (127-221)||(7202262-7202356)
chr6 (120-226)||(12458392-12458501)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (136-227)||(37705096-37705189)
chr5 (135-223)||(29532053-29532142)
chr5 (120-219)||(30384197-30384297)
chr5 (134-219)||(13953532-13953618)
chr5 (136-213)||(29531876-29531954)
chr5 (128-186)||(26325910-26325970)
chr5 (172-220)||(42474901-42474949)
chr5 (120-171)||(10415458-10415509)
chr5 (130-219)||(10532376-10532469)
chr5 (133-177)||(37705088-37705132)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (136-227)||(44291415-44291508)
chr3 (133-221)||(44290993-44291081)
chr3 (133-210)||(33291581-33291660)
chr3 (120-226)||(51265634-51265739)
chr3 (133-220)||(53509226-53509314)
chr3 (55-114)||(19296176-19296235)
chr3 (56-114)||(19203353-19203410)
chr3 (120-216)||(1662257-1662354)
chr3 (128-161)||(46476848-46476881)
chr3 (122-219)||(34079694-34079793)
chr3 (133-220)||(30534425-30534513)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 494
Target Start/End: Original strand, 5755468 - 5755956
Alignment:
Q  12 atgaatacttga-attaaaaattatgtaatttgggattcctcgcgaaatgactaatcatgagtttgtttttcctcaaaaaacataagcatgcttataaga 110  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5755468 atgaatacttgagattaaaaattatgtaatttgggattcctcgcgaaatgactaatcatgagtttgtttttcctcaaaaaatataagcatgcttataaga 5755567  T
Q  111 aaaaagct-tattacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaatt 209  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5755568 aaaagactatattacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaatt 5755667  T
Q  210 gtaacaagttggtccttttttccgtatcaccatcatcagaatccgattcagactcagaatcactctttgtgtgattctattccattctaatttctctcaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5755668 gtaacaagttggtccttttttccgtatcaccatcatcagaatccgattcagactcagaatcactctttgtgtgattctattccattctaatttctgtcaa 5755767  T
Q  310 tacaaataatttttccaaaattaaagaaaataattggctctaattgtaagctatcatataagtttacaagataattcaaaatatatttaagttgtattgc 409  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5755768 taaaaatattttttccaaaattaaagaaaataattggctctaattataagctatcatataagtttacaagataattcaaaatatatttaagttgtattgc 5755867  T
Q  410 aatgttatgataatcatcttacaacattttggtgaccaatttcactttttatgtctctaatttccatttg----ctcaatttttctaca 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  5755868 aatgttatgataatcatcttacaacgttttggtgaccaatttcactttttatgtctctaatttccatttgtcatctcaatttttctaca 5755956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 24 - 478
Target Start/End: Original strand, 5762551 - 5763008
Alignment:
Q  24 attaaaaattatgtaatttgggattcctcgcgaaatgactaatcatgagtttgtttttc-ctcaaaaaacataagcatgcttataagaaaaaagctta-t 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |   ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | | | |    
T  5762551 attaaaaatcatgtaatttgggataccacagaaaatgactaatcatgagtttgtttttttctcaaaaaatataagcatgcatataagaaaaagggtaaat 5762650  T
Q  122 tacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt------cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaaca 215  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||          | |||||||||||||      |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  5762651 tacaccagaggttctttaagttatttaattg----------gtcctttaatttttttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaaca 5762740  T
Q  216 agttggtccttt------tttccgtatcaccatcatcagaatccgattcagactcagaatcactctttgtgtgattctattccattctaatttctctcaa 309  Q
    ||||||| ||||      ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5762741 agttggttctttatgttttttccgtatcaccataatcataatctgattcagactgagaatcactctttgtg--attctattccattctaatttatctcaa 5762838  T
Q  310 tacaaataattttt-ccaaaattaaagaaaataattggctctaattgtaagctatcatataagtttacaagataattcaaaatatatttaagttgtattg 408  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5762839 tactaataattttttccgaaattaaaataaataattgactctatttataaggtatcatataagtttacaatgtaattcaaaatatatttaagttgtattg 5762938  T
Q  409 caatgttatgataatcatcttacaacattttggtgaccaatttcactttttatgtctctaatttccattt 478  Q
    ||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5762939 caatgttatgaaaattatcttgctacattttggtgaccaatttcactttttatgtctctaatttccattt 5763008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30552039 - 30551947
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtcctt 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  30552039 tttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 281 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 8831316 - 8831208
Alignment:
Q  281 tgattctattccattctaatttctctcaatacaaataatttttccaaaattaaagaaaataattggctctaattgtaagctatcatataagtttacaaga 380  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||  |||| ||  || |  |||||||||||||  |||    
T  8831316 tgattatattccattctaatttctctcaatacaattaattttccaaaaacaaaagaaaataattgcttctatttaaaatcgctcatataagtttatgaga 8831217  T
Q  381 taattcaaa 389  Q
    |||||||||    
T  8831216 taattcaaa 8831208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28003450 - 28003343
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||  | || | ||||||||||||| |||  || |||| ||||||||| |||||||||||    
T  28003450 attacaccagcgaacctttaaattatttaattgtaacaagttgatcgttaagttttttcgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagtt 28003351  T
Q  220 ggtccttt 227  Q
    | ||||||    
T  28003350 gatccttt 28003343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6589650 - 6589558
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtcctt 226  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  6589650 tttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18128629 - 18128520
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||| |  ||||||||||| |||||  |  |||| ||||||||||||||| |||    
T  18128629 attacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagttttttcgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaataag 18128530  T
Q  218 ttggtccttt 227  Q
    ||||| ||||    
T  18128529 ttggtgcttt 18128520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 223
Target Start/End: Original strand, 20389644 - 20389734
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |  ||||||   ||||||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20389644 tttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttggtc 20389734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 41331420 - 41331327
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttc--gtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||  ||||||| ||  ||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  41331420 tttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataacaagttggttcttt 41331327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 135 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 32858075 - 32857980
Alignment:
Q  135 ctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt---cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||| || ||| ||| |||||   | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  32858075 ctttaagatatttgattgtaataaataggtcctctaagtttttttccataccacttaaatcttttaagttaattaattgtaataagttggttcttt 32857980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1532538 - 1532441
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtcctt 226  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||   ||||| |||||||||||||||||     |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  1532538 agaggtcctttaagttatttaattacaacaagttggt--tttaagttttttcgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 213
Target Start/End: Original strand, 23822251 - 23822330
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||   ||||||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  23822251 tttaagttatttaattgtaacaaattagttctttaaatatttttcgtaacgcttaattcttttatgttatttaattgtaa 23822330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12422435 - 12422352
Alignment:
Q  135 ctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||||  || |||| |||| |||||| |||||||    
T  12422435 ctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttttgtatcacttacgtcttttaagttatttaattttaacaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 223
Target Start/End: Original strand, 3218074 - 3218103
Alignment:
Q  194 tttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3218074 tttatgttaattaattgtaacaagttggtc 3218103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 172 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32804677 - 32804629
Alignment:
Q  172 ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 220  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  32804677 ttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgcaacaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 86; Significance: 7e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 281 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 44296 - 44132
Alignment:
Q  281 tgattctattccattctaatttctctcaatacaaataatttttccaaaattaaagaaaataattggctctaattgtaagctatcatataagtttacaaga 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  44296 tgattctattccattctaatttctctcagtaccattagttttcccaaaattaaagataataattggatctatttagaagctatcatataagtttataaga 44197  T
Q  381 taattcaaaatatatttaagttgtattgcaatgttatgataatcatcttacaacattttggtgaccaa 448  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||  |||||   ||||||||||||||||    
T  44196 taattcaaaataaacataagttgtattgcattgttatgataactatctt---acattttggtgaccaa 44132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Original strand, 16554304 - 16554396
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtcctt 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  16554304 tttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 802349 - 802253
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  802349 tcctttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtccttt 802253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 217
Target Start/End: Original strand, 2378113 - 2378212
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||   |||||||| |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  2378113 attacaccagagatcctttaagttatttaattataacaaattgg-tctttaagttttttttcgcaccacttatatcttttaaattatttaattgtaacaa 2378211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 133 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12656458 - 12656368
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggcccttt-aattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    ||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  12656458 tcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaattttttcgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaataagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 222
Target Start/End: Original strand, 48130173 - 48130268
Alignment:
Q  127 cagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggt 222  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| || ||||  |   ||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48130173 cagaggtcctctaagttatttaattgaaataaatcagttgtttaagttttttgtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 219
Target Start/End: Original strand, 46530162 - 46530248
Alignment:
Q  135 ctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatt--ttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||  |||||| ||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||    
T  46530162 ctttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtt 46530248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 47600754 - 47600659
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggcccttta-attttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||| | |||| |  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  47600754 tcctttaaattatttaattgtaatatattggtcctttacattttttggtacaatttaacttttttatgataattaattgtaacaagttagtccttt 47600659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 223
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363705
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||   |||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 363705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 46530456 - 46530411
Alignment:
Q  172 ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  46530456 ttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattgtaacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 171 - 227
Target Start/End: Original strand, 25112508 - 25112564
Alignment:
Q  171 attttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  25112508 attttttcataccacttaagttatttaagctaattaattgtaataagttgatccttt 25112564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 120 - 188
Target Start/End: Original strand, 45385841 - 45385911
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccactta 188  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  45385841 attacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccactta 45385911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8198756 - 8198648
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt-cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | |||||| |||||||||||  || |||| | ||||||||||||| ||||    
T  8198756 attataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtctttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagt 8198657  T
Q  219 tggtccttt 227  Q
    ||| |||||    
T  8198656 tggcccttt 8198648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8203516 - 8203408
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt-cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | |||||| |||||||||||  || |||| | ||||||||||||| ||||    
T  8203516 attataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtctttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagt 8203417  T
Q  219 tggtccttt 227  Q
    ||| |||||    
T  8203416 tggcccttt 8203408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 3289532 - 3289442
Alignment:
Q  135 ctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||  |||||| ||| |||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  3289532 ctttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 4559009 - 4558914
Alignment:
Q  134 cctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||   |||||| |||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4559009 cctttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttccttt 4558914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 188
Target Start/End: Original strand, 8198416 - 8198473
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccactta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||||||||||||||    
T  8198416 tcctttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccactta 8198473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 188
Target Start/End: Original strand, 8203176 - 8203233
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccactta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||||||||||||||    
T  8203176 tcctttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccactta 8203233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 188
Target Start/End: Original strand, 5539073 - 5539131
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccactta 188  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  5539073 tcctttaagctatttaattgtaataaattggtcctttaagttttttttcgtaccactta 5539131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 45385961 - 45385920
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaatt 161  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45385961 attacactagaggtcctttaagttatttaattggaacaaatt 45385920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2277297 - 2277209
Alignment:
Q  134 cctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2277297 cctttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 217
Target Start/End: Original strand, 15907692 - 15907790
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||  ||||||  ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  15907692 attacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattgg-tctttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataacaag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 45445287 - 45445197
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  45445287 tcctttaagttatttaattgtaataaattggttttttattttttttatataacttagatcatttatgttaattaatcgtaataaattggtc 45445197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37064746 - 37064691
Alignment:
Q  172 ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37064746 ttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 37064691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 41209 - 41151
Alignment:
Q  120 attacacca-gagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt 177  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  41209 attacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttt 41151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3807094 - 3807008
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||  ||| |||||  || |||| ||||||||||| |||||||||    
T  3807094 tcctttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagttttttatacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagtt 3807008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 219
Target Start/End: Original strand, 8453004 - 8453104
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt-cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||   || |||||||| ||||||||||| |||  |||  |||||||||||| ||||||    
T  8453004 attacactagagatcctttacgttatttcattgtgataaattggtttttaaattttttccgtaccacttacatccattaaattaattaattgttacaagt 8453103  T
Q  219 t 219  Q
    |    
T  8453104 t 8453104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 12807745 - 12807703
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattg 162  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  12807745 attacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattg 12807703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15908055 - 15907946
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |   |||||  ||||||| |||||||||  |  |||| ||||||||||| |||||||    
T  15908055 attacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataacaag 15907956  T
Q  218 ttggtccttt 227  Q
    ||| ||||||    
T  15907955 ttgatccttt 15907946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 34305273 - 34305232
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaatt 161  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34305273 attacaacggagatcctttaaattatttaattgtaacaaatt 34305232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 136 - 188
Target Start/End: Original strand, 45444993 - 45445045
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccactta 188  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| | || |||||||||||| ||||||    
T  45444993 tttaagttatttaatcgtaataaattggtctttaaattttttcgtaacactta 45445045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33618007 - 33617909
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||  || |||| ||||||||| ||||| ||||    
T  33618007 attacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttcgtaccgcttaggtcctttaagttaattaagtgtaataagt 33617909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22519918 - 22519809
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt---cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaa 216  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||| || |||||   |||||||||||  || |||| ||||||||||| ||||||    
T  22519918 attacaccagaggtc-tttaaattatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataacaa 22519820  T
Q  217 gttggtccttt 227  Q
    |||| ||||||    
T  22519819 gttgatccttt 22519809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 228
Target Start/End: Original strand, 2323284 - 2323381
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtcctttt 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||  ||  || || | ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  2323284 tcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgtaacaagttagtgctttt 2323381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 222
Target Start/End: Original strand, 22889578 - 22889674
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggt 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||  |||||| ||||| |||  ||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  22889578 agagatcatttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 222
Target Start/End: Original strand, 22941242 - 22941338
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggt 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||  |||||| ||||| |||  ||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  22941242 agagatcatttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 133 - 223
Target Start/End: Original strand, 20141742 - 20141835
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||   |||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20141742 tcctttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 20141835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 219
Target Start/End: Original strand, 14152178 - 14152258
Alignment:
Q  137 ttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  14152178 ttaagttatttacttgtaataaattggtctttaaatttttttgtaccatttatat--tttaagttatttaattgtaacaagtt 14152258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 34717659 - 34717576
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |   || | |||||||||| ||| ||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  34717659 tttaagttatttaattgtaataaatttgtatttaagttttttcgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtt 34717576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013792
Alignment:
Q  138 taagttatttaattgtaacaaattggccctttaattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||| ||| |||||| || ||||  ||||||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaattttttcatactacttaagtcctttaaattaattaa 34013792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Original strand, 33547742 - 33547836
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | |||| || |||||||  || |||| |||||||||||||||||||||    
T  33547742 agaggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtt 33547836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 223
Target Start/End: Original strand, 16419594 - 16419689
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-----ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||     || ||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16419594 tcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtc 16419689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 120 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 16419946 - 16419837
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggcccttta--attttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaag 217  Q
    |||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||| |||||| ||| | || | |||||||||||||||||    
T  16419946 attacatcggaggtcctttaagctatttaattgtaacaaattggtcctttatggtttttccgtatcacttagatcctataagctaattaattgtaacaag 16419847  T
Q  218 ttggtccttt 227  Q
     | |||||||    
T  16419846 ctagtccttt 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 221
Target Start/End: Original strand, 7202262 - 7202356
Alignment:
Q  127 cagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttgg 221  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||   |||||  ||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  7202262 cagaggtcctttaagttatttaaatataataaattgg--ttttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12458501 - 12458392
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt---cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaa 216  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||   |||||  ||||  || |||| |||||| ||||  |||||    
T  12458501 attacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaacaa 12458402  T
Q  217 gttggtcctt 226  Q
    ||||||||||    
T  12458401 gttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37705189 - 37705096
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||  ||||| |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37705189 tttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 37705096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29532142 - 29532053
Alignment:
Q  135 ctttaagttatttaattgtaacaaattggcccttt-aattttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtc 223  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||  |  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  29532142 ctttaagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaattttttcgtatcacttagcttctttatgttaattaactgtaaaaagttggtc 29532053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 219
Target Start/End: Original strand, 30384197 - 30384297
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||  |||||  || |||| |||| |||||||||||||||    
T  30384197 attacatcggagattctttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagttttttcgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagt 30384296  T
Q  219 t 219  Q
    |    
T  30384297 t 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13953618 - 13953532
Alignment:
Q  134 cctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||||   ||||| ||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13953618 cctttaagttgtttaattataataaattggttttttaagttttttcataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtt 13953532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 213
Target Start/End: Original strand, 29531876 - 29531954
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaa 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| || |||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  29531876 tttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagttttttcgtatcatttacgtcatttaagttatttaattgtaa 29531954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 128 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 26325970 - 26325910
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccact 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||  |||||||||||||||    
T  26325970 agagatcctttaagttatttaattgtattaaattagtcctttaaatttttttcgtaccact 26325910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 220
Target Start/End: Original strand, 42474901 - 42474949
Alignment:
Q  172 ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 220  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  42474901 tttttttgtaccacttaaatcttttaagttaattaattgtaataagttg 42474949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10415509 - 10415458
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa 171  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  10415509 attacacgagagatcttttaagttatttaattgtaataaattgatcctttaa 10415458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 10532469 - 10532376
Alignment:
Q  130 agatcctttaagttatttaattgt-aacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagtt 219  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||||| | |||||   ||||||||||||||||| ||| | || |||| |||||||| |||||||    
T  10532469 agatcttttaagttatttaattattaacaaattggtcatttaagttttttttcgtaccacttacatcttataagttatttaattgtcacaagtt 10532376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 133 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 37705132 - 37705088
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt 177  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  37705132 tcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttt 37705088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44291508 - 44291415
Alignment:
Q  136 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| ||| ||||||  || |||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  44291508 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtccttt 44291415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 133 - 221
Target Start/End: Original strand, 44290993 - 44291081
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttgg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |     |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  44290993 tcctttaagttatttaattgtaacaaaatttt--tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttgg 44291081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 33291660 - 33291581
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa--ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||  |||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  33291660 tcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaattg 33291581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 226
Target Start/End: Original strand, 51265634 - 51265739
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||   ||||| |||||||||||||||||     |||| |||| |||||||||||||||    
T  51265634 attacacaagaggtcctttaagttatttaattacaacaagttggt--tttaagttttttcgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagt 51265731  T
Q  219 tggtcctt 226  Q
    ||||||||    
T  51265732 tggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 220
Target Start/End: Original strand, 53509226 - 53509314
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatt-ttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | | |  |||| ||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  53509226 tcctttaagttatttaattataacaaatttgtcttcaaattattttcgtaccaattaaattctttaagttaattaattgtaaaaagttg 53509314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 19296235 - 19296176
Alignment:
Q  55 gaaatgactaatcatgagtttgtttttcctcaaaaaacataagcatgcttataagaaaaa 114  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  19296235 gaaatgactaatcatgatcttgtttttcctcaataaatataagcatggatataagaaaaa 19296176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 114
Target Start/End: Original strand, 19203353 - 19203410
Alignment:
Q  56 aaatgactaatcatgagtttgtttttcctcaaaaaacataagcatgcttataagaaaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| || |||||||||||    
T  19203353 aaatgactaatcatgagtttgtttctcct-aaaaaatataagcacgcatataagaaaaa 19203410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 120 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 1662354 - 1662257
Alignment:
Q  120 attacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa-ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaa 216  Q
    |||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||  | ||||| ||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  1662354 attacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttttataccacttagatccattatgttaattaattgtaacaa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 128 - 161
Target Start/End: Original strand, 46476848 - 46476881
Alignment:
Q  128 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaatt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46476848 agagatcctttaagttatttaattgtaacaaatt 46476881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 34079793 - 34079694
Alignment:
Q  122 tacaccagagatcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagt 218  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||   |||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||||||||| |||||    
T  34079793 tacactagagattctttaagttatttaattataacaagttgggtttttaagtctttttttgtaccacttacatctttta-gttatttaattgtagcaagt 34079695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 133 - 220
Target Start/End: Original strand, 30534425 - 30534513
Alignment:
Q  133 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaa---ttttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 220  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||   |||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30534425 tcctttgagttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttg 30534513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University