View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3173_high_3 (Length: 760)

Name: NF3173_high_3
Description: NF3173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3173_high_3
NF3173_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-743)||(50802137-50802875)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 743
Target Start/End: Original strand, 50802137 - 50802875
Alignment:
Q  1 gctatcatagcttggagtcttagtcttgggaagaaacgtaatttgatgttgtgggaggatgcaaaggactctcaatggtgactcgcgcgacacaattctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50802137 gctatcatagcttggagtcttagtcttgcgaagaaacgtaatttgatgttgtgggaggatgcaaaggactctcaatggtgactcgcgcgacacaattctt 50802236  T
Q  101 acacacatggccagcagcacacaatatgcgcaacaaagatcactgcactgtatgattggtttctctgcgcctgcggcatgcagaagtaaaatgcaacata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50802237 acacacatggccagcagcacacaatatgcgcaacaaagatcactgcactgtatgattggtttctctgcgcctgcggcatgcagaagtaaaatgcagcata 50802336  T
Q  201 gatgcgaacaatactcaaagatcaaaacggtgtgggtgctggtttttacctgaggaatcatagaggggagaggcttgaggtctgatcttcaagcaatcaa 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50802337 gatgcgaacagtactcaaagatcaaaacggtgcgggtgctggtttttacctgaggaatcatagaggggagaggcttgaggtctgatcttcaagcaatcaa 50802436  T
Q  301 atgaactgtctcaatggttatatattcttgacatagattgtaatcgggtannnnnnnagagaggttgtaaacgggtggttggtttatgacatgttcaatg 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50802437 atgaactgtctcaatggctatatattcttgacatagattgtaatcgggtatttttttagagaggttgtaaacgggtggttggtttatgacatgttcaatg 50802536  T
Q  401 ataaatcagattatactaaacatagatctttagtgcttgaacgtagatccttgttaagatatttaaacaacaactatcaagttgttttaactagatgatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50802537 ataaatcagattatactaaacatagatctttagtgcttgaacgtagatccttgttaagatatttacacaacaactatcaagttgttttaactagatgatc 50802636  T
Q  501 agctaatgatagtgcccattctctagctagaacgaacatctatctcttacgttcatcatcgcattattaatgaaattcattaaacttttttctcacaaaa 600  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50802637 agctaatgatattgcccattctctagcta----gaacatctatctcttacgttcatcatcgcattattaatgaaattcattaaacttttctctcacaaaa 50802732  T
Q  601 cttgaactcgtaattttgtgtaaagagagagaattaagctcattgtgacttgaacaaaagaaatgagtagatcaatttaaattttattttatcttaaact 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50802733 cttgaactcgtaattttgtgtaaagagagtgaattaagctcattgtgacttgaacaaaagaaatgagtagatcaatttaaattttattttatcttaaact 50802832  T
Q  701 gaaactcaataatcaacagtactgtcatcatttgtgatacttg 743  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  50802833 gaaactcaataatcaacagaactgtcatcattagtgatacttg 50802875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University