View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3177-Insertion-2 (Length: 827)

Name: NF3177-Insertion-2
Description: NF3177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3177-Insertion-2
NF3177-Insertion-2
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (7-827)||(15645177-15645997)
chr2 (209-827)||(15654229-15654844)
chr2 (224-827)||(15624552-15625152)
chr2 (292-827)||(15533776-15534311)
chr2 (318-827)||(15493437-15493946)
chr2 (292-827)||(15517263-15517798)
chr2 (9-200)||(15654958-15655147)
chr2 (297-577)||(15601210-15601490)
chr2 (11-200)||(15625409-15625598)
chr2 (574-827)||(15591759-15592012)
chr2 (11-146)||(15494077-15494212)
chr2 (21-127)||(15534698-15534804)
chr2 (30-127)||(15517883-15517980)
chr2 (7-59)||(15605613-15605665)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15645997 - 15645177
Alignment:
Q  7 aaatgatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15645997 aaatgatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaaatcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgcgtc 15645898  T
Q  107 gagttactatggtttgaggtacatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattccgttcc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15645897 gagttactatggtttgaggtacatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattccattcc 15645798  T
Q  207 actataaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645797 actataaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacat 15645698  T
Q  307 tttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645697 tttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcat 15645598  T
Q  407 gaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645597 gaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaa 15645498  T
Q  507 ctactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645497 ctactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctc 15645398  T
Q  607 atctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645397 atctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattg 15645298  T
Q  707 gtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcattt 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  15645297 gtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttctttatagtatactaccatggttcgacgtgggttcctggtttcattt 15645198  T
Q  807 cattattttctttcctcccaa 827  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  15645197 cagtattttctttcctcccaa 15645177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 209 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15654844 - 15654229
Alignment:
Q  209 tataaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacatt 307  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||    |||||| ||| ||||||||||    
T  15654844 tataaataaagctcttcattgagtatgtatttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatatctatat----tttacttaacgtatatacatt 15654749  T
Q  308 ttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654748 ttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatg 15654649  T
Q  408 aaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654648 aaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaac 15654549  T
Q  508 tactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctca 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654548 tactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctca 15654449  T
Q  608 tctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattgg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654448 tctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattgg 15654349  T
Q  708 tcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcatttc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654348 tcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcatttc 15654249  T
Q  808 attattttctttcctcccaa 827  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  15654248 agtattttctttcctcccaa 15654229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 224 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15625152 - 15624552
Alignment:
Q  224 taattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacattttcatgtgacagaaa 322  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   || ||||| || |||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625152 taattgagtatttgtttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatagctatat----tttacttaacatatatacattttcatgtgacagaaa 15625057  T
Q  323 gtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625056 gtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacagcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 15624957  T
Q  423 atgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 522  Q
    | |||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15624956 acgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 15624857  T
Q  523 taccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactgcgata 622  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15624856 taccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatttgcattcatctcatctgcgaccgcgata 15624757  T
Q  623 ttgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatttatct 722  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||  |||||    
T  15624756 ttgattttcttgtcgattcttgtctcacgttatggagagtacgacttctataaatcactacctttaaaactaatatctggattgatcacattagctatct 15624657  T
Q  723 ccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcatttcattattttctttcct 822  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  15624656 ccgcaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcataatatacttccatggttcgacgttggttcccagtttcatttcaatattttctttcct 15624557  T
Q  823 cccaa 827  Q
    |||||    
T  15624556 cccaa 15624552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 292 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15534311 - 15533776
Alignment:
Q  292 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 391  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  15534311 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagtta 15534212  T
Q  392 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 491  Q
    ||||||| |||||||| || |||||| ||  |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15534211 ttctcaaatgagcatgcaaaactaagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15534112  T
Q  492 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 591  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  15534111 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgc 15534012  T
Q  592 atctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaag 691  Q
    |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| |||||||||||    
T  15534011 atctgcattcatttcatcttcgaccgccatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagcgcgatttctataaatcactgcctttaaag 15533912  T
Q  692 ctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtggg 791  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | || | |  ||||||||||  |||||||||||||| |||||||     
T  15533911 ctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatgatagcacttagcagttccttcttcataacatactaccatggttcgatgtgga 15533812  T
Q  792 ttcctggtttcatttcattattttctttcctcccaa 827  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  15533811 ttcctagttgcatttcaatattttctttcctcccaa 15533776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 318 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15493946 - 15493437
Alignment:
Q  318 agaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   | ||||||  ||| | | |||||| |||| || ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  15493946 agaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagcatgaaaaactaag 15493847  T
Q  418 agaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttacca 517  Q
     ||| |||||||||| ||||||       ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15493846 ggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgcaactactttacca 15493747  T
Q  518 ggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactg 617  Q
    || |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| |||||| || |||| |    
T  15493746 ggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagacacatttgcatttatctcagcttcgaccg 15493647  T
Q  618 cgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatt 717  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15493646 cgatattgatattcttgtctattcttgtatcgcgttatcgagagtatgacttctataaatcactgcctttaaagctaatatttggattgatcacattatt 15493547  T
Q  718 tatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcatttcattattttct 817  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| || || ||||     
T  15493546 catctccataacaagcatgatggtagcattaagtacttccttcttcataatatactaccatggttcgatgtggattcctagttgcattacaatactttcc 15493447  T
Q  818 ttcctcccaa 827  Q
    ||||||||||    
T  15493446 ttcctcccaa 15493437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 292 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15517798 - 15517263
Alignment:
Q  292 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 391  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| ||     
T  15517798 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactg 15517699  T
Q  392 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 491  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15517698 ttctcaaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15517599  T
Q  492 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 591  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||| |||| || | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  15517598 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtatcgataacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgc 15517499  T
Q  592 atctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaag 691  Q
    |||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||    
T  15517498 atctgcgttcatttcatcttcgacagccatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagcgtgacttctataaatcactacctttaaag 15517399  T
Q  692 ctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggtttgatgtggg 791  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | || | |  ||||||||||   | ||||||||||| |||||||     
T  15517398 ctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcacttagcagttccttcttcataaccttctaccatggttcgatgtgga 15517299  T
Q  792 ttcctggtttcatttcattattttctttcctcccaa 827  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  15517298 ttcctagttgcatttcaatattttctttccttccaa 15517263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 15655147 - 15654958
Alignment:
Q  9 atgatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtcga 108  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15655147 atgataatgacagaaacactttattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgcgtcga 15655048  T
Q  109 gttactatggtttgaggtacatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655047 gttagtatggtttgaggtacatgcaatgcaactcttttt--atcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 15654958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 297 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 15601490 - 15601210
Alignment:
Q  297 atatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctc 396  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||    
T  15601490 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctc 15601391  T
Q  397 aattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgttt 496  Q
    ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||       | || |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15601390 aaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgttt 15601291  T
Q  497 gctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttt 577  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  15601290 gctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaaaccaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgttt 15601210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 11 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 15625598 - 15625409
Alignment:
Q  11 gatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtcgagt 110  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  | ||||    
T  15625598 gatgatgacagaaacactttattgcacttggctgcaaaattagcaccacaagttcaacttgaattggtttctgggtcagcttttcaaatgtgccttgagt 15625499  T
Q  111 tactatggtttgaggtacatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15625498 tattatggtttgaggtacatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcaagctacttccacacttatcctattc 15625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 574 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 15592012 - 15591759
Alignment:
Q  574 gttttcaatatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctat 673  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||  |  | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15592012 gtttgcaatatcagatgcacttgcatttatctcatcttcgacaacattgttgatattcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctat 15591913  T
Q  674 aaatcattgcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatact 773  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||    
T  15591912 aaatcactgccttcaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatact 15591813  T
Q  774 accatggtttgatgtgggttcctggtttcatttcattattttctttcctcccaa 827  Q
    |||||| || | ||||||||||| ||| ||||||| |  |||| ||||||||||    
T  15591812 accatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattatttccttcctcccaa 15591759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 15494212 - 15494077
Alignment:
Q  11 gatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtcgagt 110  Q
    ||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15494212 gatgaagacagaaacactatattacacttggctgcaaaattagcacgacgaggtcaacttgaattggtttctggagcagcttttcaaatgtgtgtcgagt 15494113  T
Q  111 tactatggtttgaggtacatgcaatgcaaccctttt 146  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  15494112 tagtatggtttgaggtacatgtaatgcaaccgtttt 15494077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 15534804 - 15534698
Alignment:
Q  21 gaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtcgagttactatggtt 120  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||    
T  15534804 gaaacactttattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaggtcaacttgaattggtttctggagcagcttttcaaatgtgccttgagttattatggtt 15534705  T
Q  121 tgaggta 127  Q
    |||||||    
T  15534704 tgaggta 15534698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 15517980 - 15517883
Alignment:
Q  30 tattgcacttggctgcaaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgtgtcgagttactatggtttgaggta 127  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15517980 tattgcacttagctggaaaattagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgtcgagttattatggtttgaggta 15517883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 15605665 - 15605613
Alignment:
Q  7 aaatgatgatgacagaaacacactattgcacttggctgcaaaattagcaccac 59  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15605665 aaatgatgaagacagaaacactttattgcacttggctgcaaaattagcaccac 15605613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University