View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3177_high_1 (Length: 670)

Name: NF3177_high_1
Description: NF3177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3177_high_1
NF3177_high_1
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (12-662)||(15645986-15646636)
chr2 (12-634)||(15655138-15655760)
chr2 (15-654)||(15625591-15626230)
chr2 (25-582)||(15534817-15535367)
chr2 (23-582)||(15518000-15518549)
chr2 (18-349)||(15494208-15494539)
chr2 (15-430)||(15605657-15606057)
chr2 (408-635)||(15494724-15494951)
chr2 (476-630)||(15607844-15607999)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 662
Target Start/End: Original strand, 15645986 - 15646636
Alignment:
12 tcatcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
15645986 tcatcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatgcaaaacagctatgtgta 15646085  T
112 atatagttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15646086 atatagttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaa 15646185  T
212 tattagttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15646186 tattagttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaa 15646285  T
312 accacgtgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
15646286 accacgtgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaattttaaaaaaataaaagttaatgtaaggatt 15646385  T
412 taccaggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15646386 taccaggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctc 15646485  T
512 tttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatatttctgc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15646486 tttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctattaacatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatatttctgc 15646585  T
612 aaatgagaagttctggaaatatcctttgttatctatggtggactgatgatg 662  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15646586 aaatgagaagttgtggaaatatcctttgttatctatggtggactgatgatg 15646636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 634
Target Start/End: Original strand, 15655138 - 15655760
Alignment:
12 tcatcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgta 111  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
15655138 tcattatcatcttcatatgttactatgatacccttaatatgccctatttgatgtacgagattgaagatactagcatgccgatgcaaaacagctatgtgta 15655237  T
112 atatagttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaa 211  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15655238 atatagtttgatttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaa 15655337  T
212 tattagttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
15655338 tattagttgagaaggttcattaatgattttatttagctcctcctttgatgagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaattggaaa 15655437  T
312 accacgtgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15655438 accacgtgatttttcatgcctgcaatacgagatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatt 15655537  T
412 taccaggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15655538 taccaggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctc 15655637  T
512 tttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatatttctgc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
15655638 tttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctattagcatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatatcgatcaatatttttgc 15655737  T
612 aaatgagaagttctggaaatatc 634  Q
    |||||||||  ||||||||||||    
15655738 aaatgagaaaatctggaaatatc 15655760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 654
Target Start/End: Original strand, 15625591 - 15626230
Alignment:
15 tcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgtaata 114  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
15625591 tcatcatcttcaaatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtataacattgtagatagcaacataccgatgcaatacagctatgtgtaata 15625690  T
115 tagttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatat 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
15625691 tagttcgatttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactaataagctccgataagaatccaaaatttccaacttctgcagcatcaaatat 15625790  T
215 tagttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaaacc 314  Q
    ||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||     
15625791 tacctgagaaggttcatttatgattttatttaactccacctttgatgagtagtgtttttcaagaatggtggtccaaagaaatttaactaattggaaaaca 15625890  T
315 acgtgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatttac 414  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15625891 atgtgacttttcatgcctgaaatacgaattatggttaattaagttaatgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatttac 15625990  T
415 caggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctcttt 514  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||     
15625991 cgggattggtcattatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccagaatttaaaggcaatccattttgagccaagatatgcaaagctgtctcttc 15626090  T
515 attcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatatttctgcaaa 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
15626091 attcacatcacgtgcaaaagctagtgcatttctatctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatatttttgcaaa 15626190  T
615 tgagaagttctggaaatatcctttgttatctatggtggac 654  Q
    | ||||||| || |||||| |  |||| || |||||||||    
15626191 taagaagttatgtaaatattccatgttgtccatggtggac 15626230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 25 - 582
Target Start/End: Original strand, 15534817 - 15535367
Alignment:
25 catatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgtaatatagttcggtt 124  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||    
15534817 catatgtcgctatgatatcctttatgtgccctatttgatgtacgacattgaagatactagcatgccgatgcaaaacagctatgtgtaatatcgttcgatt 15534916  T
125 tttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatattagttgagaa 224  Q
    || || |||||| |||||||||||||| |||||  |||| | |||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15534917 ttcgccatccacctcccatatcaagcttggatag-cactaataagctccgataaaaaccaaaaatttccaacttcagcagcatcaaatattagttgagaa 15535015  T
225 ggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaaaccacgtgatttt 324  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||   |||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||  |||||||    
15535016 ggttcatttatgatttcatttaactcct---ttgatgagtagtgtctgtctagaatcgtggtccaaagaaatttaacgaattgaaaaaccatatgatttt 15535112  T
325 tcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatttaccaggattggt 424  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
15535113 tcaggcctgcaatacaaaatttggtta-ttaagttaatgaaaccaatgtaaaaaaattaataaaatataaa-gttaatgtaagg-tttaccaggattggt 15535209  T
425 catgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctctttattcacatca 524  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||   |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
15535210 catgatgtgattatgatcatgttctggataatgacaagaagaatccaatggcatttgatcttgagccaagagatgcaaagctgtttctttattcacatcg 15535309  T
525 cgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattg 582  Q
    |||||||||| |||| | ||| |  ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
15535310 cgtgcaaaagatagttctttcttgtctcttgccattttgaaggccaagtctgcaattg 15535367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 23 - 582
Target Start/End: Original strand, 15518000 - 15518549
Alignment:
23 ttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgtaatatagttcgg 122  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
15518000 ttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttgatgtatgacattgaagatactggcatgccgatgcaaaacagctatgtgtaatatagttcga 15518099  T
123 tttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatattagttgag 222  Q
    |||| || |||||| |||||||||||||| ||||   |||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
15518100 ttttcgcaatccacctcccatatcaagcttggatgggcactaataagctccgataagaacccaaaatttccaatttcagcagcatcaaatattagttgag 15518199  T
223 aaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaaaccacgtgatt 322  Q
    |||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||| ||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||    
15518200 aaggtttatttatgatttcatttaactccttctttgatgagtagtatctttctagaatcgtggtccagagaaatttaaccaattggaaaaccatatgatt 15518299  T
323 tttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatttaccaggattg 422  Q
    ||||| |||||| |||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||     |||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
15518300 tttcaggcctgcgatacaaaatttggttac-taagttaatgaaaccaatgtaaataaatt-----aat---aaagttaatgtaagg-tttaccaggattg 15518389  T
423 gtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctctttattcacat 522  Q
    || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| | || |||| |||    
15518390 gtgatgatgtgattatgatcatgttctggacaatgacaagaagaatccaatggcatttgatttttagccaagagatgtaaagctgttttttcattctcat 15518489  T
523 cacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattg 582  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
15518490 cacgtgcaaaagctagttctttcttgtctcttaccattttgaaggccaagtctgcaattg 15518549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 349
Target Start/End: Original strand, 15494208 - 15494539
Alignment:
18 tcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgtaatatag 117  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
15494208 tcatcttcaaatgtcactatgacatcctttatatgccctatttgatgtacgagattgaatatactagcatgccgatgcaaaacagctatgtgtaatatag 15494307  T
118 ttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatattag 217  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||   |||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15494308 ttcgatttttgctatccatctcccatatcaagcttggatgggcactaataagctccgataagaacccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatattag 15494407  T
218 ttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaaaccacg 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
15494408 ttgagaaggtttatttatgatttcgtttaactcatcctttgatgtgtagtgtctgtctagaatcgttgtccaaagaaatttaaccaattggaaaaccacg 15494507  T
318 tgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggt 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
15494508 tgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggt 15494539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 430
Target Start/End: Original strand, 15605657 - 15606057
Alignment:
15 tcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttgatgtaccagattgaagatactagcatgccgatacaaaacagctatgtgtaata 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||    
15605657 tcatcattttcatatgtcaatatgaaaccctttatatgccccatttgatgtatgaaattgaagatactataatgccgattcaagacagctatgtgtaata 15605756  T
115 tagttcggtttttgctatccacatcccatatcaagctaggataaacactgagaagctctgataagaatccaaaatttccaacttcagcagcatcaaatat 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||    
15605757 tagttcgatttttgcaatccacatcccatatcaagctaggataaacactgataagctctgataagaatccataatttccaacttctgcagcatcaaaaat 15605856  T
215 tagttgagaaggttcatttaggattttgtttaactcctcctttgaggagtagtgtttttcaagaatcgtggtccaaagaaatttaaccaactggaaaacc 314  Q
     ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||  | |||| ||||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
15605857 cagttgagaaggttgatttatgattttatgtaactcctc--tggagg-gtagtgttggtccaaaatcgttgtccaaagaaatttaaccaattggaaaacc 15605953  T
315 acgtgatttttcatgcctgcaatacgaaatatggttacttaagttaacgaaaccaatgtaaaagaatttaaaaaatataaaagttaatgtaaggatttac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| |            || ||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||    
15605954 acgtgatttttcatgcctgcaatacaaaatttggtgatttaatt------------tggaaaagaattaataaaatataaaatataatgcaaggatttac 15606041  T
415 caggattggtcatgat 430  Q
    ||||||||||||||||    
15606042 caggattggtcatgat 15606057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 408 - 635
Target Start/End: Original strand, 15494724 - 15494951
Alignment:
408 gatttaccaggattggtcatgatgggattatgatcatgttcaggacaatgacaaccggaatccaaaggcattcgattttgagccaagagatgcaaagctg 507  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
15494724 gatttaccaggattagtcatgatgggatgatgatcatgttccagacaatgacaacaagaatccaatggcatttgattttgagccaagagatgcaaagctg 15494823  T
508 tctctttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtctgcaattggagaaaattatattgatcaatattt 607  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||  ||||||||||||    
15494824 tctcttcattcacatcacgtgcaaaagcaagtgcatttctgcctcttgccattttcaaggccaagtctgcaattgggaaaaaatattatgatcaatattt 15494923  T
608 ctgcaaatgagaagttctggaaatatcc 635  Q
     ||||| ||  ||||||| |||||||||    
15494924 ttgcaattgcaaagttcttgaaatatcc 15494951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 476 - 630
Target Start/End: Original strand, 15607844 - 15607999
Alignment:
476 cattcgattttgagccaagagatgcaaagctgtctctttattcacatcacgtgcaaaagctagtgcattcctacctcttaccatttttaaggctaagtct 575  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| || ||||||    
15607844 cattagatttcgagccaagagatgcaaagctgtctcttcatttacatcacgtacaaaagctagttcattcctatctcttgccaattttaatgcaaagtct 15607943  T
576 gcaattgg-agaaaattatattgatcaatatttctgcaaatgagaagttctggaaa 630  Q
    |||||||| |||||| |||  |||||||||||| || || || |||||| ||||||    
15607944 gcaattggaagaaaaatattatgatcaatatttttgtaattgcgaagttgtggaaa 15607999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University