View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3184_high_11 (Length: 510)

Name: NF3184_high_11
Description: NF3184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3184_high_11
NF3184_high_11
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-492)||(48911929-48912402)
chr4 (47-424)||(48958294-48958671)
chr4 (20-458)||(48965452-48965887)
chr4 (233-440)||(48962627-48962834)
chr4 (65-393)||(48951399-48951727)
chr4 (23-171)||(48961419-48961567)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (19-483)||(6104-6568)
scaffold0536 (23-462)||(10109-10546)
scaffold0536 (222-377)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (23-458)||(12589787-12590225)
chr6 (63-377)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (63-425)||(13440363-13440725)
chr2 (49-424)||(13448512-13448887)
chr2 (220-424)||(13455154-13455358)
chr2 (66-153)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (49-437)||(28385483-28385871)
chr5 (63-437)||(12540848-12541222)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (63-435)||(12641122-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (49-272)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 48912402 - 48911929
Alignment:
Q  19 tggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48912402 tggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcattc 48912303  T
Q  119 tccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48912302 tccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatt 48912203  T
Q  219 ggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  48912202 ggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctcagc 48912103  T
Q  319 tttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtca 418  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912102 cttctcttgaatagttctgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtca 48912003  T
Q  419 agttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaacaatttact 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48912002 agttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaataatttact 48911929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 47 - 424
Target Start/End: Original strand, 48958294 - 48958671
Alignment:
Q  47 ttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaaccc 146  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||| || || || |||||||| ||| |||||||||||||| | || |  ||  ||| |||||| |||||||||||||    
T  48958294 ttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccctttcttctcaggaacaaccc 48958393  T
Q  147 atatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccga 246  Q
    |||  ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  48958394 atacaaattcgtgacctgatgcttctatcccacacgcaatctcataaagttgtttatcagataaataacatatgcttccaaagcatatgtacaacactga 48958493  T
Q  247 gttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataaga 346  Q
    ||||| |   ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||| |||||| |||| | ||| |||| || |||||||||||| |||  ||||||||||    
T  48958494 gttatgtctcttcaagttgagccaactcagacaaccatgcacactaacaacattctcatttcccctctctgatttctcttgaatggtttggcgaataaga 48958593  T
Q  347 gaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttca 424  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  48958594 gaagcaggaccaagatgccaaaccttgtgacccgtgattttcttgtagtgttcgatgcactcttcaccatcaagttca 48958671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 458
Target Start/End: Original strand, 48965452 - 48965887
Alignment:
Q  20 ggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgct 119  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||||   ||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||| | |||| ||    
T  48965452 ggagcccaacccctaataatcaaacccttctt---tccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcct 48965548  T
Q  120 ccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcg 219  Q
    |  |||  || ||    |||| ||||||||| || || |||| ||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||  |    
T  48965549 ctttcccgttattaaggggaataacccatataaaatcatgacccgatgcttctattgcacacgcaatctcataaagctgtttatcctgataacgacagag 48965648  T
Q  220 gcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgct 319  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | | || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| |||| ||||    
T  48965649 gcttccaaagcttatgtacaacactgagttatgtcgcttggaattgagccaactcaaacactcttgcacgctcactgcactctcttgtcccctctctgct 48965748  T
Q  320 ttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaa 419  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||  |  || | || | ||  || |||||||| |||||||    
T  48965749 ttctcttgaacagttttacgaataagagaagctggaccaagatgccaagccttatgacccgtgctactcacataatatttaatgtactcttccccgtcaa 48965848  T
Q  420 gttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttga 458  Q
    | ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  48965849 gctcagcgaaattgttgacaatgagtccattacttttga 48965887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 233 - 440
Target Start/End: Original strand, 48962627 - 48962834
Alignment:
Q  233 atgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatag 332  Q
    ||||||| ||| ||||||| | | || || |||||||| | || |||||| || || | |||||||||||| | ||| || | ||||||||||||||  |    
T  48962627 atgtacaacactgagttatgtcgctttgaattaagccaccacagacactcttgtacgcccacaacactctcatgtcccctttctgctttctcttgaacgg 48962726  T
Q  333 ttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaatt 432  Q
     | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||    
T  48962727 atttgcgaataagagaaactggaccgagatgccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgttcgatgcactcttcaccgtcaagttcagcgaagtt 48962826  T
Q  433 gttgacaa 440  Q
    ||||||||    
T  48962827 gttgacaa 48962834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 393
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951727
Alignment:
Q  65 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 164  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
T  48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
Q  165 atgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagtt 264  Q
    || |||| ||| |||  ||||||||||| | ||| ||||| |  || | |||     |||||||||  ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcatacaattgcttatctgggaagtaacaaattgttccaaagctaatgtaaagcactgagttatcttgcttcgagtt 48951598  T
Q  265 aagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgc 364  Q
     | |||| ||||| |||  ||||| ||||   | || ||  ||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||||| |||||| || ||||||||||||    
T  48951599 caaccaattcaaatacttttgcacgctcatttcgctttcccctcctctatttgccttctcttgagtagttttgcgaacaagagaggccggaccaagatgc 48951698  T
Q  365 caagctttgtgacaagtagttttctcgta 393  Q
    ||||| |||||||   | |||||||||||    
T  48951699 caagccttgtgaccgatggttttctcgta 48951727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 171
Target Start/End: Original strand, 48961419 - 48961567
Alignment:
Q  23 gcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccg 122  Q
    ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||  | |||| | |      
T  48961419 gcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctcttcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctcatccactt 48961518  T
Q  123 tccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttc 171  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  48961519 tcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgcttc 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 6568 - 6104
Alignment:
Q  19 tggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||      
T  6568 tggagcccaacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcactctcatct 6469  T
Q  119 tccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatc 218  Q
    ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||  ||| | |||     
T  6468 tctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgtaaagttgtttatccgggaaaaggcata 6369  T
Q  219 ggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgc 318  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | || ||| ||||||||    
T  6368 agcttccaaagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcacactcacaacactttgttgtcccctctgtgc 6269  T
Q  319 tttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtca 418  Q
    ||| ||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6268 tttttcttgaacagttctacgaataagagaagccggaccaagatgccaagctttgtgacctgtagttttctcgtagtgttcgatgtactcttcaccgtca 6169  T
Q  419 agttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaactgtctcaagaagcgcttccaa 483  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  6168 agttcagaaaaattgttaacaatgattccgttgcttttgaaaaccgtctccaaaagcgcttccaa 6104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 10546 - 10109
Alignment:
Q  23 gcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccg 122  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || || || | |||||||||||||||||||| | | |||| |||      
T  10546 gcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctttcggtagccatttttctttctcctcttgactctcattctctt 10447  T
Q  123 tccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggct 222  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  10446 tccctttcttctcaggaacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgcacgcaatctcataaagttgtttatctgaaaaataacataggct 10347  T
Q  223 tccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttc 322  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  10346 tccaaagcaaatgtacaacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacactcatgcacactcacaacactctgttctcctctctctgttttc 10249  T
Q  323 tcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagtt 422  Q
    ||||||| |||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||| | || || |||||||||||    
T  10248 tcttgaacagttctacgaacaagataagctggactaagatgccaagctttctgacccgtagttttcttgtagtgttcgatgtgctatttaccgtcaagtt 10149  T
Q  423 cagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttgaaaac 462  Q
    |  ||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||    
T  10148 ctacaaaattattgacaaggatcccttgacttttgaaaac 10109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1319 - 1164
Alignment:
Q  222 ttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgcttt 321  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||| | || ||||| |||||| | ||  |||  ||||||||||     |||| |||||| || | ||||||    
T  1319 ttccaaagcatatgtagagtactgagttatctcgctttgagttgagccaagttaagaacttttgcacactcaacgtgctcttttctcccctatttgcttt 1220  T
Q  322 ctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgac 377  Q
    ||||||| | ||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  1219 ctcttgagtggttttgcgaacaagagatgctgggccaagaagccaagccttgtgac 1164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 23 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 12590225 - 12589787
Alignment:
Q  23 gcccaacccttaataatcatagccttcttctttc---cgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgct 119  Q
    ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||  |    
T  12590225 gcccaacccctaatgatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatcactctcatctt 12590126  T
Q  120 ccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcg 219  Q
    || ||| ||| || || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||      
T  12590125 ccttcccttttttctcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgagaaatagcatat 12590026  T
Q  220 gcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgct 319  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| | ||| || | ||||    
T  12590025 gctcccaaagcatatgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacactcttgcacgttcacaacactctcatttcccctatctgct 12589926  T
Q  320 ttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaa 419  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||| || | ||||||  || ||||    
T  12589925 ttctcttgaacagttttgtgaataagagaagctggaccaagatgccaagccttgtgacctgtggttttctcatagtgtttgacacactcttggccatcaa 12589826  T
Q  420 gttcagcaaaattgttgacaaggattccgttacttttga 458  Q
    ||||||| || ||||| |||| || ||| ||||||||||    
T  12589825 gttcagcgaagttgttaacaatgagtccattacttttga 12589787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 63 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 12483477 - 12483163
Alignment:
Q  63 ttctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgact 162  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  ||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||  | ||     
T  12483477 ttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttccttcccttttttctcaggaacaacccatatgaattttttacc 12483378  T
Q  163 cgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgag 262  Q
    ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| || ||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||| || || ||||| || |||    
T  12483377 cgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcagagaaattgcataggctcccaaagcatatgtacaacactgaattttcttgctttgag 12483278  T
Q  263 ttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagat 362  Q
    || ||||||||   |||||| ||||| |||||||||||||| | ||| |||| ||| || ||||||| ||||   | |||||| |||  |||||| | ||    
T  12483277 tttagccaactttgacactcatgcacgctcacaacactctcgtttcccctctctgccttttcttgaacagtttcacaaataagtgaatgtggacctaaat 12483178  T
Q  363 gccaagctttgtgac 377  Q
    ||||||| |||||||    
T  12483177 gccaagccttgtgac 12483163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 63 - 425
Target Start/End: Original strand, 13440363 - 13440725
Alignment:
Q  63 ttctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgact 162  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13440363 ttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgact 13440462  T
Q  163 cgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgag 262  Q
     |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||       ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||  |  |||    
T  13440463 agatgcttctattgcgcacgccatctcatatagttgtttatcagagaaatagttgatgcttccaaaacatatgtacaacaccgagttaactttctctgag 13440562  T
Q  263 ttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagat 362  Q
    |  ||||||||||  || |||||||   ||||| ||| ||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||    
T  13440563 tcgagccaactcatgcattcgtgcatgttcacatcaccctcctttcccctctctgctttctcttgaatggttttacgaataagagaagttggaccgagat 13440662  T
Q  363 gccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcag 425  Q
    ||||| | |||||||  || |||||||| ||||||| |||  ||||||| |||||||||||||    
T  13440663 gccaaaccttgtgacccgtggttttctcatagtgttggatgcactcttctccgtcaagttcag 13440725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 424
Target Start/End: Original strand, 13448512 - 13448887
Alignment:
Q  49 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 148  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  13448512 cttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttcgctctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccat 13448611  T
Q  149 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 248  Q
    ||||||  |||||  |||||||| ||| | || || ||||| || ||||||||||| |||||||       ||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  13448612 atgaatgggtgaccggatgcttctatcgcacatgccatctcgtatagttgtttatcagaaaaatagttgatgcttccaaaacatatgtacaacactgagt 13448711  T
Q  249 tatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagaga 348  Q
    || ||   |  || |  ||||||||||  | |||||||||| ||||| ||| ||| | ||| |||| || ||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  13448712 taactctctctgaatcgagccaactcaggctctcgtgcacattcacagcaccctcatttcccctctctgatttctcttgagcagttttgcgaataagaga 13448811  T
Q  349 agctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttca 424  Q
    || |||||||||||||||| | |||||||  || | ||||||||||||||  ||  ||||||| || |||||||||    
T  13448812 agttggaccaagatgccaaaccttgtgacccgtggctttctcgtagtgttgtatgcactcttctccatcaagttca 13448887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 424
Target Start/End: Original strand, 13455154 - 13455358
Alignment:
Q  220 gcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgct 319  Q
    ||||||||| ||||||||||  || |||||| ||   || |||| |||||| ||||  |||||||| ||| |||||| |  ||| | ||| |||| || |    
T  13455154 gcttccaaaacatatgtacaatactgagttaactctctttgagtcaagccagctcaggcactcgtgtacattcacaaaaacctcgtttcccctctctgat 13455253  T
Q  320 ttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaa 419  Q
    || |||||||  ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||  || ||||| |||||||||| |||  ||||||| || ||||    
T  13455254 ttttcttgaacggttctgcaaataagagaagttggaccaatatgccaaaccttgtgacctgttgttttttcgtagtgttggatgcactcttctccatcaa 13455353  T
Q  420 gttca 424  Q
     ||||    
T  13455354 attca 13455358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 153
Target Start/End: Original strand, 13455000 - 13455087
Alignment:
Q  66 tctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaa 153  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  13455000 tctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctccggaacaacccatatgaa 13455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 437
Target Start/End: Original strand, 28385483 - 28385871
Alignment:
Q  49 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 148  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  28385483 cttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccat 28385582  T
Q  149 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 248  Q
    ||||||  |||||  |||||||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  28385583 atgaatgggtgacctgatgcttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatatgtacacaactgagt 28385682  T
Q  249 tatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagaga 348  Q
    || || | |  || || |||||  |||  ||||||||| | |||||| ||||||  | |||  ||| |||||||||||||| |||| | |||||||  ||    
T  28385683 taactcgctgtgatttgagccagttcaggcactcgtgctcgctcacatcactcttgtttcccttctctgctttctcttgaacagttttacgaataaagga 28385782  T
Q  349 agctggaccaagatgccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttga 437  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  28385783 agttggaccaagatgccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgtttgacacactcttctccatcaagttcaacaaagttgttga 28385871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 63 - 437
Target Start/End: Original strand, 12540848 - 12541222
Alignment:
Q  63 ttctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgact 162  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||  ||| | |||| |||||||||||||||||||||  |||||     
T  12540848 ttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagtctcatcttctttccctctcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgacc 12540947  T
Q  163 cgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgag 262  Q
    |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | ||||||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |  |||    
T  12540948 cattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaaatgatttatgcttccaaaacatatgtacaccactgagttaacttgctgtgag 12541047  T
Q  263 ttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagat 362  Q
    || ||||| || |   |||||||| | ||| || ||| ||| | ||| |||  |||||||||||||||  || |  |||||| ||||| |||||||||||    
T  12541048 ttgagccagctaagggactcgtgctcgctcgcagcaccctcatttcccctccctgctttctcttgaatgtttttctgaataaaagaagttggaccaagat 12541147  T
Q  363 gccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgttga 437  Q
    ||||||| |||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  12541148 gccaagccttgtgacccgtggttttctcgtagtgttggacacactcttctccatcaagttcaacaaagttgttga 12541222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 12641494 - 12641122
Alignment:
Q  63 ttctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgact 162  Q
    |||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |   ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||     
T  12641494 ttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctcatcttttttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacc 12641395  T
Q  163 cgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgag 262  Q
     ||   ||| || |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| | |   ||| ||||| |||||||| | ||| || |||||||| || ||     
T  12641394 tgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagttgtttatcagagaaataagagatgctcccaaaacatatgtataacactgaattatcttgctttgaa 12641295  T
Q  263 ttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctctgtgctttctcttgaatagttgtgcgaataagagaagctggaccaagat 362  Q
    || |||||||  | |||||  ||| | || || |||||||| |  || |||   | |||||||| || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12641294 ttgagccaacctagacacttatgcgcgctaaccacactctcattgcccctcatagatttctcttcaaaagttttgcgaataagacaagttggaccaagat 12641195  T
Q  363 gccaagctttgtgacaagtagttttctcgtagtgttcgatatactcttcaccgtcaagttcagcaaaattgtt 435  Q
    ||||||| |||| ||   | |||||||| ||||||| |||  | |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  12641194 gccaagccttgtaacccatggttttctcatagtgtttgatgcaatcttcaccatcaagttcaacaaagttgtt 12641122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 3417557 - 3417334
Alignment:
Q  49 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 148  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  ||  | | |||||| ||| |||||||||||    
T  3417557 cttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttttcctttcttctcaagaacaacccat 3417458  T
Q  149 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 248  Q
    ||||||  ||||| ||||||||| ||  || | ||||||||||| ||||||||||| || ||||    |  ||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  3417457 atgaatgggtgacccgatgcttctattgcgtatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatagtttaagcttccaaaacatatgtacaacactgagt 3417358  T
Q  249 tatcttgtttcgagttaagccaac 272  Q
    || ||||||  ||||| |||||||    
T  3417357 taacttgttgtgagttgagccaac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University