View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3184_high_16 (Length: 449)

Name: NF3184_high_16
Description: NF3184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3184_high_16
NF3184_high_16
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-439)||(22831026-22831464)
chr7 (4-439)||(22815025-22815460)
chr7 (6-439)||(22889292-22889725)
chr7 (5-439)||(22840051-22840485)
chr7 (6-439)||(22898263-22898696)
chr7 (7-439)||(22809645-22810077)
chr7 (5-439)||(22875915-22876349)
chr7 (6-439)||(22893944-22894377)
chr7 (36-439)||(22805339-22805742)
chr7 (4-350)||(22885592-22885934)
chr7 (73-438)||(22880631-22880996)
chr7 (14-209)||(22858470-22858665)
chr7 (260-439)||(22858673-22858852)
chr7 (118-432)||(22842264-22842590)
chr7 (7-294)||(22913669-22913956)
chr7 (53-135)||(22922209-22922291)
chr7 (49-135)||(22933300-22933386)
chr7 (370-439)||(22914032-22914101)
chr7 (4-57)||(22880589-22880642)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-439)||(21150281-21150717)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (38-96)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 22831026 - 22831464
Alignment:
Q  1 agtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831026 agtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaattt 22831125  T
Q  101 tgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggta 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831126 ttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggta 22831225  T
Q  201 gcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22831226 gcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacac 22831325  T
Q  301 acttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaa 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831326 acttgcattcgaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaa 22831425  T
Q  401 gttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831426 gttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22831464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 4 - 439
Target Start/End: Original strand, 22815025 - 22815460
Alignment:
Q  4 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    
T  22815025 atcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatcttga 22815124  T
Q  104 cgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22815125 cgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcc 22815224  T
Q  204 cttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacact 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    | | |||| | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22815225 cttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacact 22815324  T
Q  304 tgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagtt 403  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||    | ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||    
T  22815325 ttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggtt 22815424  T
Q  404 aactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22815425 aactcagcaataccatcaagatttaaatgtgatgat 22815460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 6 - 439
Target Start/End: Original strand, 22889292 - 22889725
Alignment:
Q  6 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacg 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889292 catcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacg 22889391  T
Q  106 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  22889392 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagccct 22889491  T
Q  206 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttg 305  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  || |||    | | |||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| |||     
T  22889492 tttgttggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgcttt 22889591  T
Q  306 cattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaa 405  Q
    || ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| | || | |||    | ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  22889592 cactggaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaaccatgtcctttgtctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgtagttaa 22889691  T
Q  406 ctcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889692 ctcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22889725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Original strand, 22840051 - 22840485
Alignment:
Q  5 tcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgac 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||     
T  22840051 tcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaa 22840150  T
Q  105 gagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccc 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22840151 gagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagccc 22840250  T
Q  205 ttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacactt 304  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22840251 ttttgtaggagaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacactt 22840350  T
Q  305 gcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagtta 404  Q
     |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | | || | ||| |    |||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||    
T  22840351 ccgctggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcttgtcctttttcttgttttgtatcattggtgagtcttagtaagccagttgaggcta 22840450  T
Q  405 actcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  22840451 actcagcggtaccatcaagatataaatttgatgat 22840485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 6 - 439
Target Start/End: Original strand, 22898263 - 22898696
Alignment:
Q  6 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacg 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |   |      
T  22898263 catcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataat 22898362  T
Q  106 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccct 205  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  22898363 agtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagccct 22898462  T
Q  206 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttg 305  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    | | |||||| |||  ||||||||||||||||||| || ||||||     
T  22898463 tttgtaggagagacaacaaaaacaattccatggccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttc 22898562  T
Q  306 cattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaa 405  Q
    |||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||    
T  22898563 cattagaagtgttcttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctttttcttgcttggtatcattggtgagtctaagtaagccattggaggttaa 22898662  T
Q  406 ctcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898663 attagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22898696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Original strand, 22809645 - 22810077
Alignment:
Q  7 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||    
T  22809645 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaaga 22809744  T
Q  107 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctt 206  Q
    || || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||| |  ||||||||| |||||||    
T  22809745 gtatctagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagccctt 22809844  T
Q  207 ttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgc 306  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  22809845 ttgtaggtgaaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttc 22809944  T
Q  307 attggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaac 406  Q
    | ||  ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| | || | ||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  22809945 actgatagtgtttttgaaaactacaggatttggatagaaagcatgtcctttttcatgttctgtatcattggtgagtcttagtaagccatctggggttaac 22810044  T
Q  407 tcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810045 tcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22810077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Original strand, 22875915 - 22876349
Alignment:
Q  5 tcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgac 104  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |   |     
T  22875915 tcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaa 22876014  T
Q  105 gagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccc 204  Q
     ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  22876015 cagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagccc 22876114  T
Q  205 ttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacactt 304  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22876115 ttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactt 22876214  T
Q  305 gcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagtta 404  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | || | ||     | ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  22876215 ccattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggtta 22876314  T
Q  405 actcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22876315 actcagcaataccatcaagatataaatttgatgat 22876349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 439
Target Start/End: Original strand, 22893944 - 22894377
Alignment:
Q  6 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |      
T  22893944 catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaat 22894043  T
Q  106 agtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccct 205  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||| | || ||||||||||| ||||  |  | | ||||||||||||||||||    
T  22894044 agtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagccct 22894143  T
Q  206 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatgga--tacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacact 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  |  |||  | |||||| |||| |||||||||||||||| || || |||||    
T  22894144 tttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactataagttggaccttgatg--tcttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacact 22894241  T
Q  304 tgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagtt 403  Q
    | ||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||| | ||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||  || |||    
T  22894242 tccattggaagtgttcttcaaaactatagggtttggatagaaagcatgtgctttttcttgtttggtgtcattggtgagtcttagtaagccattggaggtt 22894341  T
Q  404 aactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22894342 aaattagcaataccatcaagatacaaatgagatgat 22894377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 36 - 439
Target Start/End: Original strand, 22805339 - 22805742
Alignment:
Q  36 ctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 135  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| |||||||||||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22805339 ctgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacaccaaaaacatggtt 22805438  T
Q  136 gctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattcca 235  Q
    || |||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22805439 gccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaacaaaaacaattcca 22805538  T
Q  236 tggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgat 335  Q
    |||||| ||| || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||  |||    
T  22805539 tggccagtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactggaagtgtttttgaaaactattggat 22805638  T
Q  336 ttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtga 435  Q
    |||||||||||||||   || |  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22805639 ttggatagaaagcatgacctattacttgttctgtatcattggtgagtcttagtatgccatctgaggttaactcagcaaaaccatcaagatataaatgtga 22805738  T
Q  436 tgat 439  Q
    ||||    
T  22805739 tgat 22805742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 4 - 350
Target Start/End: Original strand, 22885592 - 22885934
Alignment:
Q  4 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttga 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22885592 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttga 22885691  T
Q  104 cgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcc 203  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||  ||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||    
T  22885692 tcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--agagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcc 22885789  T
Q  204 cttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacact 303  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||    |||||||| | ||||  | || ||||||||||||| ||||||||    
T  22885790 cttttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacact 22885889  T
Q  304 tgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcat 350  Q
    | || ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22885890 ttcactg--agtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcat 22885934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 73 - 438
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880996
Alignment:
Q  73 atcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagacca 172  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   || ||||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagacca 22880730  T
Q  173 aagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaa 272  Q
    | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| || |||| | ||||| |||| ||    
T  22880731 aggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaa 22880830  T
Q  273 attcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatc 372  Q
    || |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||    | || ||    
T  22880831 atacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtgtc 22880930  T
Q  373 attggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatga 438  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880931 attggtgagtcttagtaagccatttgagtttaccttagcaataccatcaagatataaatgtgatga 22880996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 209
Target Start/End: Original strand, 22858470 - 22858665
Alignment:
Q  14 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||    
T  22858470 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 22858569  T
Q  114 gctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttg 209  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22858570 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 260 - 439
Target Start/End: Original strand, 22858673 - 22858852
Alignment:
Q  260 gattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtat 359  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22858673 gattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctgtat 22858772  T
Q  360 ctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858773 cttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 22858852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 118 - 432
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842590
Alignment:
Q  118 aacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaa 22842363  T
Q  218 ag----aaca--aaaacaattccatggccactaatag------atggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacacttg 305  Q
    ||    ||||  |||||||| || |||||||||| ||       |||||     |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||     
T  22842364 agttgaaacaacaaaacaatcccgtggccactaagagttagttctggatctggagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 22842463  T
Q  306 cattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaa 405  Q
    || | ||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||   || | | | |    |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  22842464 cactagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttgtattgttttgtatcattggtgagtcttggtaagccacctgaggttaa 22842563  T
Q  406 ctcagcaataccatcaagatataaatg 432  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22842564 ctcagcaataccatcaagatacaaatg 22842590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 7 - 294
Target Start/End: Original strand, 22913669 - 22913956
Alignment:
Q  7 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacga 106  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||   |  |    
T  22913669 atcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataata 22913768  T
Q  107 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagccctt 206  Q
    || |||||||| | |||||||||||||||  |  |||||||| |||| || |  || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22913769 gtatcaagctccaaaccaaaaacatggttattgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaaccctt 22913868  T
Q  207 ttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaaga 294  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||   |||||||||| |||  |||||||||| ||||||||    
T  22913869 ttgttggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaaga 22913956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 135
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  53 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 135  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  49 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 135  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||  |||||||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 439
Target Start/End: Original strand, 22914032 - 22914101
Alignment:
Q  370 atcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22914032 atcattggttaatcttagtaaaccatttgaggttaattcagcaacaccatcaagatataaatgtgatgat 22914101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 57
Target Start/End: Original strand, 22880589 - 22880642
Alignment:
Q  4 atcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatc 57  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22880589 atcatcataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 21150717 - 21150281
Alignment:
Q  3 tatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttg 102  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  21150717 tatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttg 21150618  T
Q  103 acgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagc 202  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  21150617 aacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagc 21150518  T
Q  203 ccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagtagttgagaaagatgacacac 302  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    | | |||||| |||| ||||||||||||| |||||  ||||||    
T  21150517 tcttttgtaggagaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacac 21150418  T
Q  303 ttgcattggaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagt 402  Q
    || |   |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||   || | ||  |  | |||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||    
T  21150417 tttcgccggaagtgttttcgaaaactataggatttggatagaaagcatgccctatttcatgatctgtatcactagtgagtcttagtaagccatttgaggt 21150318  T
Q  403 taactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150317 taactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgat 21150281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 96
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628336
Alignment:
Q  38 gatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaa 96  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaa 15628336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University