View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3184_high_21 (Length: 412)

Name: NF3184_high_21
Description: NF3184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3184_high_21
NF3184_high_21
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-396)||(34231152-34231530)
chr5 (92-328)||(41570422-41570658)
chr5 (213-382)||(42125073-42125242)
chr5 (134-396)||(41712126-41712388)
chr5 (140-382)||(42130234-42130476)
chr5 (266-379)||(42118562-42118675)
chr5 (126-219)||(34239225-34239318)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (99-395)||(12249789-12250085)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (146-382)||(25521380-25521619)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (145-382)||(8524463-8524700)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (81-382)||(11119727-11120028)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 34231530 - 34231152
Alignment:
Q  18 gaatccggcatttgaccactgagtacattgtcatcgagatacagaaaggtaagatgtgaaaaggttaaaattgtggatggaattgaaccatttaggtggt 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34231530 gaatccgggatttgaccattgagtacattgtcatcgagatacagaaaggtaagatgtgaaaaggttaaaattgtggatggaattgaaccgtttaggtggt 34231431  T
Q  118 tccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagaga 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34231430 tccctgacagacgtagggaggcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgacccttggaatccacaacctgagagatccaaagtaatgagaga 34231331  T
Q  218 agtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaat 317  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231330 agtactacagctcaattctggaagttggccttcaaggtggtcattatatgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaat 34231231  T
Q  318 tttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttg 396  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34231230 tttccacttaagattgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagatcgattgaagagcaagtttatggagtttg 34231152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 92 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 41570658 - 41570422
Alignment:
Q  92 ggatggaattgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaa 191  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||| ||   |||| |||||||| || |  ||| |||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||  ||||    
T  41570658 ggatgggattgaaccattaaggttgttctctatgagacttagggaagtaaaatatgtgaggttagagaaagaaagaggaattggccctttgaatagacaa 41570559  T
Q  192 cctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttg 291  Q
      ||| ||||||||| |  | |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| |||    
T  41570558 tatgaaagatccaagattctaagagaagtgctacagctcaaatctggaagttgaccttcaaggttatcattctttgacatatctagctcttgaatatttg 41570459  T
Q  292 gtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaa 328  Q
    |||||||||||||| | |||||| | |||||||||||    
T  41570458 gtaaacaaagaatgttatttttccaatttccacttaa 41570422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 213 - 382
Target Start/End: Original strand, 42125073 - 42125242
Alignment:
Q  213 agagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttt 312  Q
    ||||||||||| || ||||  ||||| ||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  |||    
T  42125073 agagaagtactacaactcaattctggtagttgtccttcaaggttgtgattatatgacatatctaactcttgaatacttggtaaacaaagtaggcttcttt 42125172  T
Q  313 tcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaa 382  Q
    ||| ||||||| ||||   |||   | |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  42125173 tcagttttccagttaatcctgttgatttaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaagagcaa 42125242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 134 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 41712388 - 41712126
Alignment:
Q  134 ggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcata 233  Q
    ||||| |||| |||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||  |||   |||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||||      
T  41712388 ggaagtaagatgtgtgaggttcgaaaaatacaaaggaattggtccttggaattgacagtttgagagatgcaagttactgagagaagcactacagctcagt 41712289  T
Q  234 tctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttg 333  Q
    || ||||| |  |||| ||||| |  ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| | ||||| |  ||||| |||||   ||    
T  41712288 tcaggaagcttaccttgaaggttgaaattttgtgacatatctagttcttgaatgcctggtaagcagagaatgttatttttaaggtttccgcttaatcctg 41712189  T
Q  334 tctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttg 396  Q
    | |||  |||||||||||| |||| || | |||| |||||||||||||| |  ||||||||||    
T  41712188 tatctgcaagattaagagtcaccaaagtggaagaatgattgaagagcaaatccatggagtttg 41712126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 140 - 382
Target Start/End: Original strand, 42130234 - 42130476
Alignment:
Q  140 aagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctgga 239  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||| |||||||   |||| |||| |||| ||||| | ||| | | |  | |||||||| || || ||||  ||||||    
T  42130234 aagatgtgtgaggttagaaaaatacataggaatttccccttcgaatgcacatcctgacaaatctatgattctaagagaagtgctacaactcaattctgga 42130333  T
Q  240 agttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctc 339  Q
    |||||||||| ||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||  |||||| |||||| |||||  |||| |       
T  42130334 agttggccttgaagttcatcattatatgacatatctagctcttgaatacttgctaaacaaataaggcttcttttcagttttccgcttaatcttgtgtaat 42130433  T
Q  340 taagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaa 382  Q
     |||||||||||| || | ||| |||||||| |||| ||||||    
T  42130434 gaagattaagagtgactaaagataaagattggttgaggagcaa 42130476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 266 - 379
Target Start/End: Original strand, 42118562 - 42118675
Alignment:
Q  266 tgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaa 365  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||  |||||| ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||    
T  42118562 tgacatatctagctcttccatgcttggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccacttaatcctgtctctgcaagattaagagtaaccaaagaggaa 42118661  T
Q  366 gattgattgaagag 379  Q
    ||||| ||||||||    
T  42118662 gattggttgaagag 42118675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 34239318 - 34239225
Alignment:
Q  126 agacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaag 219  Q
    |||| |||| ||| ||||||||| ||||| || |||||  ||||||| |  ||||||| | ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34239318 agacttaggaaagtaagacgtgtgaggttggagaaagatggaggaataggcccttggagttcacaatctgtgagatccaaggaaatgagagaag 34239225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 99 - 395
Target Start/End: Original strand, 12249789 - 12250085
Alignment:
Q  99 attgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgaga 198  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| |||| || ||||  |||| |||| | ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  12249789 attgaaccattaagttggttttctgagagacttatggaattaagatgtgtgaagttagaaaaggacagaggaattggcccttggaatccacaatctgaga 12249888  T
Q  199 gatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaaca 298  Q
    |||| |||||| ||||| ||| | |||| ||||  || ||||| | ||||| ||||| |  ||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  12249889 gatctaaggtagtgagaaaagcattgcaactcaattcaggaagctcgccttgaaggtaggaattctctgacatgtctagctcttgaatacttggcaaaca 12249988  T
Q  299 aagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagttt 395  Q
    ||||    ||||||| ||||||||||||||   |||   | |||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  12249989 aagagcattcttttttaattttccacttaattctgttgatttaagattaagagtaaccaaataggaagatttattgaagagaaaatttatggagttt 12250085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 25521619 - 25521380
Alignment:
Q  146 tgtaaggttagaaaaagacagag---gaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagt 242  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||   |||| |||||||||| |||| | ||||||  |  | |||||||| || |||||||  || ||||||    
T  25521619 tgtaaggttagaaaaagacatagtaggaatttccccttcgaatccacaagctgacaaatccaatattctaagagaagtgctacagctcaattccggaagt 25521520  T
Q  243 tggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaa 342  Q
    ||||||| ||| |  ||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||   |||   | |||    
T  25521519 tggccttgaagttcatcattaaatgacatatctatttcttgaatacttggtaaacaaagaatgctccttttgaattttcctcttaatcctgttgatttaa 25521420  T
Q  343 gattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaa 382  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||    
T  25521419 gatttagagtaaccaaagaggaagattggttgaaaagcaa 25521380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 145 - 382
Target Start/End: Original strand, 8524463 - 8524700
Alignment:
Q  145 gtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttg 244  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||   || ||||||  ||||  ||| ||||||||| |  | ||||||||  |||| || |  |||||||||||    
T  8524463 gtgttaggttagaaaaagacattggaatttccccatggaattgacaatttgacagatccaagattctaagagaagtgttgcaacttaattctggaagttg 8524562  T
Q  245 gccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaaga 344  Q
    ||||| ||| |  ||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||  ||||||||  ||||    
T  8524563 gccttgaagttcatcattaaatgacatatctagttcttgaatacctggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttccgcttaatcttgtctctgcaaga 8524662  T
Q  345 ttaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaa 382  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||| ||||| |||||    
T  8524663 ttaagagtgaccaaagaggaagattggttgaatagcaa 8524700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 382
Target Start/End: Original strand, 11119727 - 11120028
Alignment:
Q  81 gttaaaattgtggatggaattgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatcctt 180  Q
    ||||||| || |||||| |||||||| |||||| |||| | ||| |||  ||  || | |||| |||  |||||||||||||| | |||||||   ||||    
T  11119727 gttaaaagtgaggatgggattgaaccgtttaggcggttacttgagagaattaaagaggtaagatgtgcgaggttagaaaaagaaataggaattttccctt 11119826  T
Q  181 ggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctc 280  Q
    |||||  |||| |||| ||||| ||| |  | |||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||| || |  |||||  ||||||| ||||||    
T  11119827 ggaattgacaaactgacagatctaagattctaagagaaatgctgcaactcaattctggaagttggccttcaaagttgggattatccgacatatatagctc 11119926  T
Q  281 ttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagc 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | |||||||| || ||||||||    ||  || ||||| ||||  |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  11119927 ttgaatacttggtaaacaaagaaagttatttttcaagttcccacttaattcagttgctttaagactaagtataaccaaagaggaagattggttgaagagc 11120026  T
Q  381 aa 382  Q
    ||    
T  11120027 aa 11120028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University