View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3185_high_1 (Length: 800)

Name: NF3185_high_1
Description: NF3185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3185_high_1
NF3185_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (26-792)||(43365300-43366066)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 43366066 - 43365300
Alignment:
Q  26 ttgcaaaaaagtataggatgaaatttctacccaataattataggtctgcacaaattggtgattgatatacagattttgtatgtgccgttcggctnnnnnn 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||          
T  43366066 ttgcaaaaaagtataggatgaaatttctacccaataattataggtctgcacaaattggtgatcgatatacagattttgtatgtgccgttcggctaaaaaa 43365967  T
Q  126 nctcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaatactgctatgtggatgcaatatttcttgtattgaaa 225  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43365966 actcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaa 43365867  T
Q  226 aaatacagattgtttgtgggtgcagctaattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttc 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365866 aaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttc 43365767  T
Q  326 tggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacatt 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365766 tggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacatt 43365667  T
Q  426 ttcattgtaccccttaatttgtaagtagtatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccg 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365666 ttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccg 43365567  T
Q  526 gaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctac 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365566 gaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctac 43365467  T
Q  626 gagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttcattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttat 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365466 gagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagtgtttaattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttat 43365367  T
Q  726 taataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgatgatg 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43365366 taataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgatg 43365300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University