View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3193_low_5 (Length: 524)

Name: NF3193_low_5
Description: NF3193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3193_low_5
NF3193_low_5
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (7-414)||(22352129-22352536)
chr3 (93-484)||(22466335-22466726)
chr3 (75-506)||(22356344-22356769)
chr3 (1-487)||(22441028-22441514)
chr3 (132-493)||(22628863-22629221)
chr3 (84-482)||(22435003-22435398)
chr3 (1-492)||(22633747-22634235)
chr3 (1-494)||(22366216-22366703)
chr3 (366-469)||(22457161-22457264)
chr3 (366-469)||(22480142-22480245)
chr3 (443-487)||(22352538-22352582)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 7 - 414
Target Start/End: Original strand, 22352129 - 22352536
Alignment:
Q  7 tcttttccttcatcaggagcaatactctctttaagttcattactcatataagcaaagcggcgaactataagctggtgtaagtgtttaatgccagttgtta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| | ||||||||||  ||  ||| |||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  22352129 tcttttccttcatcaggagcaatgctctgtctaagttcttcactcatataatgaagacggagaacttgaagctcgtgtaagtgttgaatgccagttggta 22352228  T
Q  107 atgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattcatggaaatcagcaag 206  Q
    | ||||||||||| || ||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352229 acgtcatcagttggggaatgtaccataaagtgagctttttcagagaacccaatgcaccttcgtcaataaggatgtgactcaattcatggaaatcagcaag 22352328  T
Q  207 acatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagggacaac 306  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352329 atatagtttcttcaaattcataaacaacccttcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagggacaac 22352428  T
Q  307 aaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352429 aaatttggcatactttggagtaatttcattgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcag 22352528  T
Q  407 gcaacttc 414  Q
    ||||||||    
T  22352529 gcaacttc 22352536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 93 - 484
Target Start/End: Original strand, 22466335 - 22466726
Alignment:
Q  93 aatgccagttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattca 192  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |  |  ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   |    
T  22466335 aatgccagttggtaatgtcatgagttgggggttgaaggataagttgagctttttcagagaacccaatgcaccttcgtctataaggatgtgactcaaggaa 22466434  T
Q  193 tggaaatcagcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaa 292  Q
    | ||||| || |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||| || ||||| | ||||  |    
T  22466435 tagaaattagtaagatatagttccttcaaattcttaaaccacccatcctgaaaatgtatactttcaaatttgtcttcataatggcgaccatcgccagtga 22466534  T
Q  293 aagtgagggacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttt 392  Q
    ||  ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||  ||   |||| || |||| ||||||||| | ||||||    
T  22466535 aacagaggagcaacaagtttggcatactttggagtaatttcattgcatcattcccttccttcctaactgtcaccttgagctcaacaagatttttgagttt 22466634  T
Q  393 tgaaatccactcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatg 484  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||| | ||  |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  22466635 tgaaatccactcaggtaactttcttaaatgccagtcaagtttaacacgttgaagcctaggtgggggtgaattcaaatccagaccaatgaatg 22466726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 75 - 506
Target Start/End: Original strand, 22356344 - 22356769
Alignment:
Q  75 aagctggtgtaagtgtttaatgccagttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaatt 174  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||   ||| |     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22356344 aagcttgtgtaagtgttgaatgccagttggtaaagtcatcagttggaagatggcgtcaaaagtgagctttttcagagaacccaatgcaccttcgtcaatt 22356443  T
Q  175 aggatgtgactcaattcatggaaatcagcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataac 274  Q
    |||||||||||||| |    ||||| ||||||| |||||| |||||| ||| ||||| | |||||||| |||||||||||||| |      ||||||||     
T  22356444 aggatgtgactcaaattgaagaaattagcaagatatagttccttcaagttcttaaaccatccatcttggaaatgtaaactttcca------cttcataa- 22356536  T
Q  275 ggtgaccaccaccagcaaaagtgagggacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagctt 374  Q
      |  ||  |  ||   ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | ||| |||  | || ||||||||    
T  22356537 --tttccttcctcaaagaattcgagggacaacaaatttggcatactttggagtaatttcattgcatcattcacttccctcgtaaggcttacattcagctt 22356634  T
Q  375 aacaagattctggagttttgaaatccactcaggcaacttctttaattt---cccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatca 471  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22356635 gacaagattttggagttttgaaatccactcaggcaacttatttaatttaaggtcttgaagtttaacacgttgaagcataggtgggggtgaattcaaatca 22356734  T
Q  472 agatcaatgaatgtgtcatattccattccgattcc 506  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  22356735 agatcaatgaatgcgccatatcccattccgattcc 22356769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 22441028 - 22441514
Alignment:
Q  1 caatgctcttttccttcatcaggagcaatactctctttaagttcattactcatataagcaaagcggcgaactataagctggtgtaagtgtttaatgccag 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||    | |||||  |||||  |||||||||| |||||||     
T  22441028 caatgctcttttccttcatcagaagcaatactctctttaagttcatcactcatatcataaagaatgagaacttcaagcttttgtaagtgttgaatgccac 22441127  T
Q  101 ttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattcatggaaatc 200  Q
    ||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||  | ||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| || |||||     
T  22441128 ttggtaacgtcatcagttgggggatggaccctaattttagcattttcagacaaccgaatgcaccttcgtcaataaggatatatctcaatttattgaaatg 22441227  T
Q  201 agcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagg 300  Q
    |  || |  ||||| |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   | |  |||| | |  | |  ||||    
T  22441228 aaaaataattagttccttcaaattcgtaaaccatccaacttgaaaatgtaacctttcgaatttgtcttcataataatcagaaccatccgagatatggagg 22441327  T
Q  301 gacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaatcc 400  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||| | | |||||| |||  ||||| | ||||||||||| ||   |||||||  |||||    
T  22441328 gacaacaagtttggcatacttatgagtaatttcattgcatcattttgttgcttcgtaagtgtcactctaagcttaacaaggtttctgagtttttgaatcc 22441427  T
Q  401 actcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatgtgt 487  Q
    ||||||| ||||| | ||| ||||| || | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22441428 actcaggaaacttatataaattcccgtcgaatttaacatgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatccagatcaatgaatgtgt 22441514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 132 - 493
Target Start/End: Original strand, 22628863 - 22629221
Alignment:
Q  132 taaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattcatggaaatcagcaagacatagtttcttcaaattcataaac 231  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||| | ||  |   ||  || |  ||||| ||||||||||||||||    
T  22628863 taaattgagctttttcagagagcccaatgaaccttcgtcaataacgatgtaactcaagttatcaagtccaaaaatagttagttccttcaaattcataaac 22628962  T
Q  232 tacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagggacaacaaatttggcatactttggagtaatt 331  Q
     | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||   | || |||||   || |   |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  22628963 catccatcttgaaaatgtaacctttccaatttgtcttcataatcatcactaccactgacata---gagggacagcaattttcgcatactttggagtaatt 22629059  T
Q  332 tccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcaggcaacttctttaatttcccttcaag 431  Q
    || ||||||||||| || |||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  || |  ||    
T  22629060 tcattgcatcattcccttgcttcgtaagcatcactctcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcaggtaatttcttaaaatatccatagag 22629159  T
Q  432 tttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatgtgtcatatt 493  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  22629160 tttaacacgttgaagcctaggtgggggtgacttctaatccagatcaatgaatgtgtcatatt 22629221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 84 - 482
Target Start/End: Original strand, 22435003 - 22435398
Alignment:
Q  84 taagtgtttaatgccagttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtga 183  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||   | || ||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  22435003 taagtgttgaatgccagttggtaacgtcatcaacaggggaatgtaccataaagtgagctttttcagagaacccaatgcaccttcgtcaataaggatgtta 22435102  T
Q  184 ctcaattcatggaaatcagcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccac 283  Q
    |||||   |  |||||||  |||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||   | |  |     
T  22435103 ctcaagctacagaaatcacgaagatatagttccttcaaattcataaaccatccatcttcaaaatgtaacctttccaatttgtcttcataa---tcaggaa 22435199  T
Q  284 caccagcaaaagtgagggacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagatt 383  Q
    ||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||  ||||  | |   ||  | |||||||||||||||    
T  22435200 caccagagatatggagggacaacaagtttggcatactttgaagtaatttcattgcatcattcacttccttcaaacgtggcaaatccagcttaacaagatt 22435299  T
Q  384 ctggagttttgaaatccactcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaa 482  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |  ||    ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22435300 ttggagttttgaaatccactcaggaaacttatttgaatatccaaagagtttaacacgttcaagcctaggtgggggtgaattcaaatccagatcaatgaa 22435398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 22633747 - 22634235
Alignment:
Q  1 caatgctcttttccttcatcaggagcaatactctctttaagttcattactcatataagcaaagcggcgaactataagctggtgtaagtgtttaatgccag 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  ||  ||  | | |||||  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  22633747 caatgctcttttccttcattaggagcaatgctctgtttaagttcataactcatcaaatgaagacagagaacttcaagcttgtgtaagtgttgaatgccag 22633846  T
Q  101 ttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattcatggaaatc 200  Q
    ||| |||  |||||||||  ||||| |     ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |  ||||||    
T  22633847 ttggtaacatcatcagttcggggatggctttcaaagtgagctttctcagagaacccaatgcaccttcgtcaataaggatgtgactcaacttaaagaaatc 22633946  T
Q  201 agcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagg 300  Q
    |  || |   || |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || || ||  ||| ||||  ||    |  | |||| |  |     |||    
T  22633947 aaaaatagccaggttcttcaaattcataaaccatccatcttcaaaatgtaacctctccaatgtgttttcaacact---aaaatcaccggagatttcaagg 22634043  T
Q  301 gacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggcttcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaatcc 400  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||  ||||| ||   |||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  22634044 gacaacaagtttggcatacttttgagtaatttcattgcatcattcccttccttcgtaatcgtcaccttcaacttaacgagatattggagttttgaaatcc 22634143  T
Q  401 actcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatgtgtcatat 492  Q
    |||||||||| |||  ||| | ||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  22634144 actcaggcaatttcaataaataccctataagtttaacacgttgaagctttggtgggggtgaattcaaatccatatcaatgaatgtgttatat 22634235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Original strand, 22366216 - 22366703
Alignment:
Q  1 caatgctcttttccttcatcaggagcaatactctctttaagttcattactcatataagcaaagcggcgaactataagctggtgtaagtgtttaatgccag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||   |||||||| |||||  | | |||||  |||||  |||||||||| ||||||||    
T  22366216 caatgctcttttcctttatcaggagcaatgctctgtataagttccacactcatatcagcaagccagagaacttcaagcttttgtaagtgttgaatgccag 22366315  T
Q  101 ttgttaatgtcatcagttgtgggatagaccataaactgagcttttccagagaacccaatgcaccttcgtcaattaggatgtgactcaattcatggaaatc 200  Q
    ||| |||  || ||||||| ||| |     ||||| |||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||     
T  22366316 ttggtaaactcgtcagttgggggttgccgtataaagtgagttttttcagagaactcaacgcaccttcgtcaataaggatgtgactcaagttattgaaatg 22366415  T
Q  201 agcaagacatagtttcttcaaattcataaactacccatcttgaaaatgtaaactttcgaaattgtcttcataacggtgaccaccaccagcaaaagtgagg 300  Q
    | |||   | |||| ||| |||||| ||||    ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||        ||||||||  | |  ||||    
T  22366416 atcaatcgacagttcctttaaattcttaaat---ccaacttgaaaatgtaacctttccaatttgtcttcataatt------accaccagagatatggagg 22366506  T
Q  301 gacaacaaatttggcatactttggagtaatttccttgcatcattctctggct---tcggaagattcactttcagcttaacaagattctggagttttgaaa 397  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||   ||| |||  |||| ||||  | |||||| ||   |||||||| ||    
T  22366507 gacaacaagtttggcatactttggagtaatttcattgcatcgttcccttcctccttcgtaagtctcaccttcatgtcaacaaggtttgtgagttttggaa 22366606  T
Q  398 tccactcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatgtgtcatattc 494  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||  || | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22366607 tccactcaggaaacttctttaaattcccgtagagtccaatatgttgaagcataggtgggggtgaattcaaatccagatcaatgaatgtctcatattc 22366703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 366 - 469
Target Start/End: Original strand, 22457161 - 22457264
Alignment:
Q  366 tttcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattc 465  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||| ||| ||| ||||| |||||  ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  22457161 tttcagcttaacaagattttgaagttttggaatccacagaggcaacatctctaacttcccatcaagagtaagatgtcgaagcataggtggtggtgaattc 22457260  T
Q  466 aaat 469  Q
    ||||    
T  22457261 aaat 22457264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 366 - 469
Target Start/End: Original strand, 22480142 - 22480245
Alignment:
Q  366 tttcagcttaacaagattctggagttttgaaatccactcaggcaacttctttaatttcccttcaagtttaagacgttgaagcttaggtgggggtgaattc 465  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||| ||| ||| ||||| |||||  ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  22480142 tttcagcttaacaagattttgaagttttggaatccacagaggcaacatctctaacttcccatcaagagtaagatgtcgaagcataggtggtggtgaattc 22480241  T
Q  466 aaat 469  Q
    ||||    
T  22480242 aaat 22480245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 443 - 487
Target Start/End: Original strand, 22352538 - 22352582
Alignment:
Q  443 gaagcttaggtgggggtgaattcaaatcaagatcaatgaatgtgt 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22352538 gaagcttaggtgggggtgaattcaaatccagatcaatgaatgtgt 22352582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University