View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3193_low_6 (Length: 469)

Name: NF3193_low_6
Description: NF3193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3193_low_6
NF3193_low_6
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (153-460)||(5313362-5313673)
chr8 (19-329)||(15125267-15125577)
chr8 (21-329)||(5306017-5306325)
chr8 (19-327)||(11832550-11832858)
chr8 (19-329)||(5283275-5283585)
chr8 (24-328)||(5290771-5291075)
chr8 (21-326)||(14950092-14950397)
chr8 (404-460)||(5306409-5306465)
chr8 (402-460)||(14949681-14949739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-329)||(31526769-31527082)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 153 - 460
Target Start/End: Original strand, 5313362 - 5313673
Alignment:
Q  153 caagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgagataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggac 252  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5313362 caagctggcaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttagagataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggac 5313461  T
Q  253 ctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaactgtaagttacaaactcgaaaggttgtgtttctt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  5313462 ctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaactgtaagttacaaactcaacaggttgtgtttttt 5313561  T
Q  353 ccaattccaaattcatcatattcatgaagatggtatcttatatttttcctcccatgatatt----tcactataatggaaatcaggttaatgtagttagcg 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5313562 ccaattccaaattcatcatattcatgaagatggtgtcttatatttttcctcccatgatatttcactcactataatggaaatcaggttaatgtaggtagcg 5313661  T
Q  449 cactagcctatg 460  Q
    ||||||||||||    
T  5313662 cactagcctatg 5313673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Original strand, 15125267 - 15125577
Alignment:
Q  19 cagaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnn 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||           
T  15125267 cagaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagaccttaacaataatgagagtgaaaaaaa 15125366  T
Q  119 cttaaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | | | ||||||||||| || || |||    
T  15125367 cttaaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctatgtctccagccttaaaagatgttaatttagag 15125466  T
Q  219 ataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaa 318  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15125467 ataaaatggagacagaaaattgcagtttgtggaccagttggatctggaaaatcatctcttttgtatgcaatacttggagagatccctaagatttcaggaa 15125566  T
Q  319 ctgtaagttac 329  Q
    |||||||||||    
T  15125567 ctgtaagttac 15125577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 329
Target Start/End: Original strand, 5306017 - 5306325
Alignment:
Q  21 gaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnnct 120  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||| || |||||| |||| ||||       |     
T  5306017 gaggctctatccattctgattcaagttaaggtttcgttcgatcgtctcaataaccttctgcttgatgaagaactaaacaatgatgatagtgaaagaaacc 5306116  T
Q  121 taaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgagat 220  Q
    || | || |||   ||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | || | |||||||| |||||| ||  | || ||    
T  5306117 tagagcaatgtaaggttaatgctatggaaattcaagatggcaacttcatttgggatcataaatctttgtctccaactttaacagatgtaaatatagaaat 5306216  T
Q  221 aaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaact 320  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5306217 caaatggggacagaaaatagcagtttgtggaccagttggagccggaaaatcatcacttttgtatgcaatacttggagagattcctaagatttaaggagct 5306316  T
Q  321 gtaagttac 329  Q
    |||||||||    
T  5306317 gtaagttac 5306325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 327
Target Start/End: Original strand, 11832550 - 11832858
Alignment:
Q  19 cagaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnn 118  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||||| ||||  | |           
T  11832550 cagaggctctttccattatgattcaagttaaagttttgttcgatcgtcttaataactttttgcttgatgaagaaatatacaatgatgatggcgaaagaaa 11832649  T
Q  119 cttaaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgag 218  Q
    |||||| || |||||||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| || | |||||||| |||||| ||  | ||     
T  11832650 cttaaagcaatgttcagttaattctatggaaattcaagatggagacttcatttgtgatcataaatctgtgtctccaactttaagagatgttaatatagaa 11832749  T
Q  219 ataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaa 318  Q
    || |  |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11832750 atcaggtggggacagaaaattgcagtttgtggaccagttggagctggaaaatcatctcttttgtatgcaatactaggagagattccaaagatttcaggaa 11832849  T
Q  319 ctgtaagtt 327  Q
    |||||||||    
T  11832850 ctgtaagtt 11832858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5283585 - 5283275
Alignment:
Q  19 cagaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnn 118  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| ||||  | |           
T  5283585 cagaggctctttccattatgattcaggtgaaagtttcgtttgatcgtcttaataactttttgcttgatgaagagataaacaatgatgatggcgaaagaag 5283486  T
Q  119 cttaaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgag 218  Q
    ||| || || | ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||| |||||| ||  | ||     
T  5283485 cttgaagcaattttcagttaatgctatggaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatcagtgtctccaactttaagagatgttaatatagaa 5283386  T
Q  219 ataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaa 318  Q
    || |   ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  5283385 atcaggcggggacagaaaattgcagtttgtggaccagttggagctggaaaatcatctcttttgtattcaatactaggagagattccaaagatttcaggaa 5283286  T
Q  319 ctgtaagttac 329  Q
    |||||||||||    
T  5283285 ctgtaagttac 5283275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 5291075 - 5290771
Alignment:
Q  24 gctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnncttaa 123  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| ||||       | ||     
T  5291075 gctctatccattctgattcaagttaaggtttcgttcgatcgtcttactaattttttgcttgatgaagaactaaacaatgatgatagtgaaagaaacatac 5290976  T
Q  124 accagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgagataaa 223  Q
    | ||   ||| || |||||| |  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || | ||| ||||| ||||| || || || || ||    
T  5290975 agcaactttcggtcaatgctgtggagattcaagatggaaacttcaattgggatcatgaatctatgtctccaaccttaaaggatgtaaatttagaaatcaa 5290876  T
Q  224 atggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaactgta 323  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  5290875 atggagacagaaaatagcagtttgtggaccagttggagctggaaaatcatcacttttgtatgcaatacttggagagattcccaagattcaaggaactgta 5290776  T
Q  324 agtta 328  Q
    |||||    
T  5290775 agtta 5290771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 21 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 14950397 - 14950092
Alignment:
Q  21 gaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgagagtgnnnnnnnct 120  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| | |||||| |||| |||||| || |||||| |||| |||        ||    
T  14950397 gaggctctatccactatgattcaagttaaggtttcgtttgatcgtcttaaaagctttttgcttgctgaagaactaaacaatgatgatagtaaaagaaact 14950298  T
Q  121 taaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttcgagat 220  Q
    |||| |  ||||  ||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||| || || ||    
T  14950297 taaagccatgtttggttaatgctgtcgacattcaagatggtaacttcatttgggatcatgaatctgtatctccaactttaacaaatgtgaatttagatat 14950198  T
Q  221 aaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcaggaact 320  Q
     |||||| |||| ||||| |||||||||||| | || ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||||||    
T  14950197 caaatggagacacaaaattgcagtttgcggagcagtgggatccggaaaatcatctcttttgtatgcaatactcggagagatttccaagattcaaggaact 14950098  T
Q  321 gtaagt 326  Q
    ||||||    
T  14950097 gtaagt 14950092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 404 - 460
Target Start/End: Original strand, 5306409 - 5306465
Alignment:
Q  404 ccatgatatttcactataatggaaatcaggttaatgtagttagcgcactagcctatg 460  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | || |||| |||||||    
T  5306409 ccatgatattttactataatggaaaacaggttaatgtaggtggcacacttgcctatg 5306465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 402 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 14949739 - 14949681
Alignment:
Q  402 tcccatgatatttcactataatggaaatcaggttaatgtagttagcgcactagcctatg 460  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  14949739 tcccataatattttgctataatggaaaacaggttaatgtaggtggcacactagcctatg 14949681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 31527082 - 31526769
Alignment:
Q  19 cagaggctctatccaatatgattcaagctaaggtttcattcgatcgtcttaataacttttttcttgatgaagacctcaacaataatgaga---gtgnnnn 115  Q
    |||| |||||||| | | ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| |||| |   |||        
T  31527082 cagaagctctatcgattttgattcaagttaaggtttcctttgatcgtcttaataactttttgcttgatgaagaacttcacaatgatgataatagtgaaaa 31526983  T
Q  116 nnncttaaaccagtgttcagttaatgctttacaaattcaagatggaaacttcatttgggatcatgaatctgtatcccaaactttaaaagatgtgaacttc 215  Q
       | |||| || ||||||  |||||   |  ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||| || ||     
T  31526982 acacataaagcattgttcatctaatgtcgtggaaattcaagctggcaacttcacttgggatcttgaatctgtgtccccaactttaacagatgttaattta 31526883  T
Q  216 gagataaaatggggacagaaaatagcagtttgcggacctgttggagctggaaaatcatctcttctgtatgcaatacttggagagattcctaagatttcag 315  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||    
T  31526882 gaaataaaacggggacagaaaatagcagtttgtggaccggttggagctggaaaatcgtctcttctgtatgcaatactcggagagattccaaatattcaag 31526783  T
Q  316 gaactgtaagttac 329  Q
    ||||||||||||||    
T  31526782 gaactgtaagttac 31526769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University