View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3196_low_11 (Length: 386)

Name: NF3196_low_11
Description: NF3196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3196_low_11
NF3196_low_11
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-386)||(1962848-1963233)
chr8 (2-386)||(2015197-2015581)
chr8 (10-384)||(2018588-2018962)
chr8 (9-172)||(2432951-2433114)
chr8 (10-328)||(2008191-2008509)
chr8 (10-328)||(2011806-2012124)
chr8 (10-311)||(1968523-1968824)
chr8 (42-151)||(2004843-2004952)
chr8 (47-151)||(1964747-1964851)
chr8 (188-328)||(2004989-2005129)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (37-384)||(5902029-5902376)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (267-328)||(18189870-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 1963233 - 1962848
Alignment:
Q  1 ctcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1963233 ctcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcatctgtcattgct 1963134  T
Q  101 tctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963133 tctataggacccttttcaatttccaggaagctattaataagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgac 1963034  T
Q  201 ttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963033 ttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagt 1962934  T
Q  301 ttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962933 ttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 1962848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 2 - 386
Target Start/End: Original strand, 2015197 - 2015581
Alignment:
Q  2 tcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgctt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2015197 tcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcagtgctt 2015296  T
Q  102 ctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgact 201  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  2015297 ctataggaccgttttcgatttctatgaaactattaataagaataccatcaaaaagacgcaatttttcaacaccttggagtaagtatttgtaagattgact 2015396  T
Q  202 tgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtt 301  Q
     ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  2015397 ggatctatcttgagctagctcaaaaagatcccgaccatgaatcggaacactacctggtatttgaataggcccaggaagatctctgtactcgcatgatgtt 2015496  T
Q  302 tccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 386  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015497 tccttatctaacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtggctgaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 2015581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Original strand, 2018588 - 2018962
Alignment:
Q  10 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 109  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||  ||||||  || ||||| | |||||||||||||    
T  2018588 attatcatcatcacccgatttggttggcgtttggataattggtccaacagcataaacatcagggttgccacttctgtcttctgtgagtgcttctatagga 2018687  T
Q  110 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 209  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2018688 cctttttcaatttctaggaagctattaataagaataccatcaaaaagacggaatttttcaacacgttcaagtaagaatttgtaagattgacttgatctat 2018787  T
Q  210 cttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatc 309  Q
    |||||||| |||||| || |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||     
T  2018788 cttgagcttggtcaacaagatcctgaccatgaattggtacacagcctggtatttgaataggctctagaagatctttgtactgacatgatgtttccttatt 2018887  T
Q  310 caacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 384  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  2018888 caacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtgactgaagaaggaaagtaaacataggacaacatgttgaa 2018962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 2433114 - 2432951
Alignment:
Q  9 tattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagg 108  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  2433114 tattagcatcatcgtcagaacttgttattgtctggatgatgggtccaacaggatacacaagaggattttcacttccttcatctgtcagtgcttttatagg 2433015  T
Q  109 acccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaaca 172  Q
    |||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  2433014 acccctttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcaacaaaacggtattttttaaca 2432951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 328
Target Start/End: Original strand, 2008191 - 2008509
Alignment:
Q  10 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 109  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||| ||| || ||| |||||||   || ||||    
T  2008191 attagcatcatcaccagattttgtttctgtttcgataataggtccaacaggatacactggagggttgtcacctccctcctctttcattgcacttagagga 2008290  T
Q  110 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 209  Q
    ||| | || ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |  ||  ||   || |||| || |||| |||   ||||||| ||||||||||||||    
T  2008291 cccatctctatttctaggaagctattaacaagaacaccatcagcagaacttaaaagtttaacaaatgggaggaagtgtttgtaagcttgacttgatctat 2008390  T
Q  210 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 308  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||  ||||| |  || ||||||||||||||||  ||||||||| | | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  2008391 cttgagctatgctcaag-aaatccctgccatggagtggtacacaacctggtatttttataggctctagtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 2008489  T
Q  309 ccaacttgagcaaatggaag 328  Q
    ||| |||  |||||| ||||    
T  2008490 ccagcttaggcaaatagaag 2008509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 328
Target Start/End: Original strand, 2011806 - 2012124
Alignment:
Q  10 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 109  Q
    ||||||||||||| ||||   ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||     
T  2011806 attagcatcatcaacagaacctgttactgtctggatgatgggtccaacaggatagacagaagggttgccacttccttcctctgtcaatgcatttataggt 2011905  T
Q  110 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 209  Q
    ||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||  || ||  ||  ||| ||||  ||| || ||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  2011906 cccatttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcagcaaaacttaaacttttaacatgttgaaggaagtatttgtaagcttgacttgatctat 2012005  T
Q  210 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 308  Q
    ||||| ||| ||||||| | |||||  ||||| |  || || || || |||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  2012006 cttgaactatggtcaag-agatccctgccatggagtggtacgcagcccggtactttgataggctctgggagatctctgtactcacatgttgtttcctcat 2012104  T
Q  309 ccaacttgagcaaatggaag 328  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  2012105 ccaacttaggcaaatagaag 2012124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 1968824 - 1968523
Alignment:
Q  10 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 109  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||||||| || ||| |||||||   ||||||     
T  1968824 attagcatcatcacctgaacttgtttctgtttggataattggtccaacaggatacactggagggttgtcacttccctcctctttcattgcacttataggt 1968725  T
Q  110 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 209  Q
    ||| | || | |||||||||||||||||  | ||||||||||  || ||  ||   || || |  | |||| |||   ||||||  ||||||||||||||    
T  1968724 cccatctccaattccaggaagctattaacaaaaacaccatcagcaaaacttaaaagtttaaaaagtgggaggaagtgtttgtaaacttgacttgatctat 1968625  T
Q  210 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 308  Q
    ||||||||| | ||||| | |||||  ||||| || || ||||| ||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  1968624 cttgagctacgctcaag-agatccctgccatggattggtacacagcctggtatttttataggctctggtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 1968526  T
Q  309 cca 311  Q
    |||    
T  1968525 cca 1968523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 151
Target Start/End: Original strand, 2004843 - 2004952
Alignment:
Q  42 ggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattag 141  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||   |||||||||| | || ||||| |||||||||||||  ||    
T  2004843 ggatgatgggtccaacaggatacacaggagggttttcacttccttcatctttcattgcacttataggacccatctccatttctaggaagctattaacaag 2004942  T
Q  142 aacaccatca 151  Q
    ||||||||||    
T  2004943 aacaccatca 2004952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 47 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 1964851 - 1964747
Alignment:
Q  47 atgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacac 146  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||||  |||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||  |||||||    
T  1964851 atgggtccaacaggatacacagaagggttgccacttccttcctctgtcggtgcttttataggtcccatttccatttctaagaagctattaacaagaacac 1964752  T
Q  147 catca 151  Q
    |||||    
T  1964751 catca 1964747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 328
Target Start/End: Original strand, 2004989 - 2005129
Alignment:
Q  188 ttgtaagattgacttgatctatcttgagctagg-tcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctg 286  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||| || | ||||  ||||| || || ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||      
T  2004989 ttgtaagcttgacttgacctatcttgagttgggctcatgaga-tccctgccatggattggtacacaacctggtatttttataggcactggtatatctcca 2005087  T
Q  287 tactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 328  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||  |||||| ||||    
T  2005088 tactcacatgatgtttcttcatccaacttaggcaaatagaag 2005129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5902376 - 5902029
Alignment:
Q  37 tgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctatta 136  Q
    |||||||||||||||||||| ||  ||||||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5902376 tgtttggataatgggtccaatagggtacacagcagggttaccacttccttcttctgtcagtgcttctataggacctttttcaatttccaggaagctatta 5902277  T
Q  137 attagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgac 236  Q
    || || |  ||||||| |  || |||| ||| || || |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  | ||||||||    
T  5902276 ataagtatgccatcaacagaacagaatcttttaatacgttggagtaagaatttgtaagattggctcgatctatcttgagcttgggcaacgagatcccgac 5902177  T
Q  237 catgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaaga 336  Q
    || |||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||    
T  5902176 cacgaattggtacacaacctggtgcttgaataggttctggcagatctctgtactcacatgatgtttccttatccaatttgagcaaatagaagtagaaaga 5902077  T
Q  337 caaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 384  Q
    ||||| |||| | | || |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  5902076 caaagtggtggctgcaggagggaagtaaacataggacaacatgttgaa 5902029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 18189931 - 18189870
Alignment:
Q  267 taggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 328  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||  |||||| ||||    
T  18189931 taggctctggtagatttctgtactcacatgttgtttcctcatccaacttaggcaaatagaag 18189870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University