View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3196_low_4 (Length: 657)

Name: NF3196_low_4
Description: NF3196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3196_low_4
NF3196_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-649)||(42223720-42224368)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 42224368 - 42223720
Alignment:
Q  1 tggacactgtacggtctgcctatggtgcacccggacagcgtgctcgtggtaaccatcaacggctcaggttgtgtgattgagatcatatatgtcacgctct 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42224368 tggacactatacggtctgcctatggtgcacccggacagcgtgctcgtggtaaccatcaacggctcaggttgtgtgattgagatcatatatgtcacgctct 42224269  T
Q  101 tcttgatttactctgatggcaacaaaaggctcaaggtccttatgtggctagttgttgaacttgttttcatcgcagctcttacatttgtcacgttgagcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42224268 tcttgatttactctgatggcaacaaaaggctcaaggtccttatgtggctagttgttgaactcgttttcatcgcagctcttacatttgtcacgttgagcct 42224169  T
Q  201 tgttcacgacgtcacgaaacgctctgccattgttggtacgacatgcattgtcttcaacattatgatgtatgttgcacctttagctgtgatggtatgtaat 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42224168 tgttcacgacgtcgcgaaacgctctgccattgttggtacgacatgcattgtcttcaacattatgatgtatgttgcacctttagctgtgatggtatgtaat 42224069  T
Q  301 catcaaacaaacacttaatcttaattttttgtttggaagcgtttttattgaatttgaagtatttgataaaatttactattgctttgcagaaactggtgat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42224068 catcaaacaaacacttaatcttaatttttggtttggatgcgtttttattgaatttgaagtatttgataaaatttactattgctttgcagaaactggtgat 42223969  T
Q  401 catgactaaaagcattgagtacatgccgctctccatatctcttgcttcctttcgaaatggtttggcttggacaacttactctctcctccctttcgacaaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42223968 catgactaaaagcattgagtacatgccgctctccatatctcttgcttcctttggaaatggtgtggcttggacaacttactctctcctccctttcgacaaa 42223869  T
Q  501 ttcatcactttaaacaagctaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctcgacatattgatgaaatagacgtaaagctaatgaatgtccattgctgttgt 600  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  42223868 ttcatcactgtaaacaaactaaatccttttgctttttttcctttttcctcgacatattgatgaaatagacgtaaagctaatgaatgaccattgttgttgt 42223769  T
Q  601 tctttgttaattctcagataccaaatggaattggaactttgttttctgt 649  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42223768 tctttgttaactctcagataccaaatggaattggaacattgttttctgt 42223720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University