View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3205_low_5 (Length: 318)

Name: NF3205_low_5
Description: NF3205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3205_low_5
NF3205_low_5
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-304)||(24614611-24614914)
chr3 (1-304)||(24116460-24116763)
chr3 (1-304)||(24108753-24109056)
chr3 (1-304)||(23689712-23690015)
chr3 (1-304)||(23693170-23693473)
chr3 (1-304)||(23711610-23711913)
chr3 (1-304)||(23730066-23730369)
chr3 (1-304)||(23748521-23748824)
chr3 (1-304)||(24061949-24062252)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (45-217)||(11390762-11390934)
chr6 (45-217)||(11419690-11419862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 24614611 - 24614914
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24614611 cttatgtttttcttgttagaaacatgagagcgtgtcttttatccgatcaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgac 24614710  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24614711 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttggaaggtatcccttttggagcaat 24614810  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614811 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 24614910  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  24614911 aagt 24614914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 24116763 - 24116460
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||||    
T  24116763 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgac 24116664  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24116663 aaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaat 24116564  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  24116563 gatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatgg 24116464  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  24116463 aagt 24116460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 24109056 - 24108753
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24109056 cttatgtttttcttattagaaacataaggacatgccttttatctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgac 24108957  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24108956 aaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaat 24108857  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||||  |||||    
T  24108856 gatttgaagatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatggatacatgg 24108757  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  24108756 aagt 24108753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 23689712 - 23690015
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  23689712 cttatgtttttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgac 23689811  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  23689812 aaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaat 23689911  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23689912 gatttgaagatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 23690011  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  23690012 aagt 23690015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 23693170 - 23693473
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  23693170 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaac 23693269  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23693270 aaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaat 23693369  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23693370 gatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 23693469  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  23693470 aagt 23693473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 23711610 - 23711913
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  23711610 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaac 23711709  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23711710 aaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaat 23711809  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23711810 gatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 23711909  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  23711910 aagt 23711913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 23730066 - 23730369
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  23730066 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaac 23730165  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23730166 aaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaat 23730265  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23730266 gatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 23730365  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  23730366 aagt 23730369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 23748521 - 23748824
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  23748521 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaac 23748620  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23748621 aaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaat 23748720  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23748721 gatttgaaaatgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 23748820  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  23748821 aagt 23748824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 24061949 - 24062252
Alignment:
Q  1 cttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  24061949 cttatgtttttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgac 24062048  T
Q  101 aaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaat 200  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24062049 aaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaat 24062148  T
Q  201 gatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatgg 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24062149 gatttgaagatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatgg 24062248  T
Q  301 aagt 304  Q
    ||||    
T  24062249 aagt 24062252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 217
Target Start/End: Original strand, 11390762 - 11390934
Alignment:
Q  45 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 144  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  11390762 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11390861  T
Q  145 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 217  Q
    ||| | | ||||||||||||||  |||||  |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  11390862 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 11390934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 11419862 - 11419690
Alignment:
Q  45 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 144  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  11419862 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11419763  T
Q  145 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttggtggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 217  Q
    ||| | | ||||||||||||||  |||||  |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  11419762 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 11419690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University