View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3206_low_3 (Length: 592)
Name: NF3206_low_3
Description: NF3206
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3206_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 43600561 - 43600023
Alignment:
| Q |
37 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
136 |
Q |
| |
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| T |
43600561 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
43600462 |
T |
|
| Q |
137 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
236 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43600461 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
43600362 |
T |
|
| Q |
237 |
ttgaaggaggaaagggaattgctgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
336 |
Q |
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| T |
43600361 |
ttgaaggaggaaagggaattgttgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
43600262 |
T |
|
| Q |
337 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
436 |
Q |
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| T |
43600261 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
43600162 |
T |
|
| Q |
437 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcatt-ccccaacaagctttaactaatagcatca |
535 |
Q |
| |
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|
| T |
43600161 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcattcccccaacaagctttaactaatagcatca |
43600062 |
T |
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| Q |
536 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
574 |
Q |
| |
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| T |
43600061 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
43600023 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 43606053 - 43605515
Alignment:
| Q |
37 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
136 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43606053 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
43605954 |
T |
|
| Q |
137 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
236 |
Q |
| |
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|
| T |
43605953 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
43605854 |
T |
|
| Q |
237 |
ttgaaggaggaaagggaattgctgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
336 |
Q |
| |
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| T |
43605853 |
ttgaaggaggaaagggaattgttgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
43605754 |
T |
|
| Q |
337 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
436 |
Q |
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|
|
| T |
43605753 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
43605654 |
T |
|
| Q |
437 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcatt-ccccaacaagctttaactaatagcatca |
535 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43605653 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcattcccccaacaagctttaactaatagcatca |
43605554 |
T |
|
| Q |
536 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
574 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43605553 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
43605515 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 43611545 - 43611007
Alignment:
| Q |
37 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
136 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
43611545 |
ccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgtacttctgataccagttgatagaaccttgtaggat |
43611446 |
T |
|
| Q |
137 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
236 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43611445 |
tcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttggttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaca |
43611346 |
T |
|
| Q |
237 |
ttgaaggaggaaagggaattgctgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
336 |
Q |
| |
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|
| T |
43611345 |
ttgaaggaggaaagggaattgttgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtcttttccaaccaaccagttactagtacaaaataaccga |
43611246 |
T |
|
| Q |
337 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
436 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
43611245 |
atgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattgagcctgcacctaacatacacattcctaatagtat |
43611146 |
T |
|
| Q |
437 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcatt-ccccaacaagctttaactaatagcatca |
535 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43611145 |
gcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaagcattcccccaacaagctttaactaatagcatca |
43611046 |
T |
|
| Q |
536 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
574 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43611045 |
ttgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
43611007 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 574
Target Start/End: Original strand, 55337826 - 55338389
Alignment:
| Q |
4 |
aaaaatacactcagattaatcgttcatgttcatccaccgtcgtcttcccaaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgta |
103 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55337826 |
aaaaatacactcagattaatcgttcatgttcatccaccgtcgtcttccccaaagcatccacactcaaaagaagacatcaagctgctgccaggatcgtgta |
55337925 |
T |
|
| Q |
104 |
cttctgataccagttgatagaaccttgtaggattcgtacgaatactgaacaggacttatttattaataaaactttgggaataatccttccttttgagttg |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55337926 |
cttctgataccagttgatagaaccttgtaagattcgtactaatactgaacaggacttatttattaataaaactctgggaataatccttccttttgagttg |
55338025 |
T |
|
| Q |
204 |
gttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgacattgaaggaggaaagggaattgctgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtctttt |
303 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55338026 |
gttatgcattgaaaacagaaaatacaaatgaaattgaaggaggaaagggaattgctgtgaacttccacaaactgctaggaaacaaggagcctagtctttt |
55338125 |
T |
|
| Q |
304 |
ccaaccaaccagttactagtacaaaataaccgaatgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctattga |
403 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
55338126 |
ccaaccaaccagtt-------caaaataaccgaatgccacctgctctcccttactctatttaaaacatacaactaaattaggattggccatttctatcga |
55338218 |
T |
|
| Q |
404 |
gcctgcacctaacatacacattcctaatagtatgcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcttggggattatgaag |
503 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
55338219 |
gcctgcacctaacgtacacattcctaacagtatgcctacgaacattcattaaatgaatgcctttcagcatgctgacctgaagagcatggggattatgaag |
55338318 |
T |
|
| Q |
504 |
cattccccaacaagctttaactaatagcatcattgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
574 |
Q |
| |
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|
|
| T |
55338319 |
cattccccaacaagctttaattaatagcatcattgaaagccttttaattttccagcatttatgacaatttc |
55338389 |
T |
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