View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3208_high_1 (Length: 639)

Name: NF3208_high_1
Description: NF3208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3208_high_1
NF3208_high_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-636)||(7713455-7714090)
chr7 (3-636)||(7731132-7731771)
chr7 (1-636)||(7726972-7727613)
chr7 (3-636)||(7699110-7699743)
chr7 (3-636)||(7739290-7739929)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (342-629)||(12908070-12908357)
chr3 (3-153)||(12907713-12907863)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7714090 - 7713455
Alignment:
Q  1 tcctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttcttctgcaacgcc 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||  | |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714090 tcctccaaacatgtttatgctactcagcctaacactcttcttcctttcttccatctacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttcttctgcaacgcc 7713991  T
Q  101 gacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7713990 gacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaact 7713891  T
Q  201 tcgtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcgccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacct 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  7713890 tcgtaggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccggcgtcaccatcggccgtggctggggtctttccggtacacttccagcggagtttggcgacct 7713791  T
Q  301 cccttatcttaacttcctcccattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgacctt 400  Q
    ||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||    
T  7713790 cccttatcttagcatgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactagaaaatctcgacctt 7713691  T
Q  401 ggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattc 500  Q
    || |||||||| |||||||| || |||||    ||||| ||| ||||| || || | || ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  7713690 ggctccaacagccttagtgggccaatccctgaatttctgggcaagttgaagcgcctccaagaggttgatttgtccaacaacaagttatccggtgctattc 7713591  T
Q  501 cggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagag 600  Q
    |||||||| | | |  | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  7713590 cggcgtcgctcgacaacctacagtctctttcgcagttcaatgttagctttaaccagctctgtggtgcgatccctactgggttgagcaagtttgcaaagag 7713491  T
Q  601 ttcgtttgatcataataaatgcctctgtgctgctcc 636  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  7713490 ttcgtttgagcataataaatgcctttgtgatgctcc 7713455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7731771 - 7731132
Alignment:
Q  3 ctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatg---acttcttctgcaacgc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||   |||||   | |||| |||||||||    
T  7731771 ctccaaacatgtttctcctactccacttgacactcctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgatgatgttgagttctcctgcaacgc 7731672  T
Q  100 cgacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactgg 196  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||    
T  7731671 caatgacaaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactgg 7731572  T
Q  197 aacttcgtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcgccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcg 296  Q
    | ||||||||| || || | |||    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7731571 agcttcgtcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagtagagtttggcg 7731472  T
Q  297 acctcccttatcttaacttcctcccattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttga 396  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7731471 acctcccttatcttaacttcctctcattagccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactcaaaagactacaaaaacttga 7731372  T
Q  397 ccttggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgtt 496  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731371 ccttggttccaacagtcttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgtt 7731272  T
Q  497 attccggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaa 596  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||    
T  7731271 attccggcgtcgttcggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccaactgtgtggtgctatccctactggattgagcaagtttgcaa 7731172  T
Q  597 agagttcgtttgatcataataaatgcctctgtgctgctcc 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7731171 agagttcgtttgatcataataaatgcctttgtggtgctcc 7731132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7727613 - 7726972
Alignment:
Q  1 tcctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatg---acttcttctgcaac 97  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||   |||||   | |||| ||||||     
T  7727613 tcctccaaacaagtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgatgatgttgagttctcctgcaat 7727514  T
Q  98 gccgacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gact 194  Q
    ||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||  || || ||||||   ||||    
T  7727513 gccaatgacaaagccactctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctctccgattgggacaacagtacagactgttgtagcgact 7727414  T
Q  195 ggaacttcgtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcgccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttgg 294  Q
    ||| ||||||||| || |||| |||    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7727413 ggagcttcgtcgggtgtggcaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttctggtacgcttccagcagagtttgg 7727314  T
Q  295 cgacctcccttatcttaacttcctcccattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaactt 394  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7727313 cgacctcccatatcttaacttcctctcattggctgaaatgcccaaagtaaccggaccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactacaaaaactt 7727214  T
Q  395 gaccttggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtg 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727213 gaccttggttccaacagtcttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtg 7727114  T
Q  495 ttattccggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgc 594  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  7727113 ttattcccgcgtcgttcggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccaactgtgtggtgcgatacctactgggttgaacaagtttgc 7727014  T
Q  595 aaagagttcgtttgatcataataaatgcctctgtgctgctcc 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7727013 aaagagttcgtttgatcataataaatgcctttgtggtgctcc 7726972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7699743 - 7699110
Alignment:
Q  3 ctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttcttctgcaacgccga 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7699743 ctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttcttctgcaacgccga 7699644  T
Q  103 cgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  7699643 cgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccatttcggtggtcccaaaggccgcctcgacgactgggacaacaacaccgaatgttgtgactggagcttc 7699544  T
Q  203 gtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcgccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcc 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  7699543 gtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcggagtttggcaacctcc 7699444  T
Q  303 cttatcttaacttcctcccattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttgg 402  Q
    ||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  7699443 cttatcttagcatgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttgg 7699344  T
Q  403 ttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccg 502  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||| | ||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||    
T  7699343 ttccaacagccttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcactattccg 7699244  T
Q  503 gcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagtt 602  Q
    |||||  | |||  | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| |||| ||||||   |||| |     
T  7699243 gcgtcactcggcaacctacaatctctttcgcagtttaatgttagctttaaccagctctgtggtgcaattcctgctgggttgaagaagtttaacaagaatg 7699144  T
Q  603 cgtttgatcataataaatgcctctgtgctgctcc 636  Q
     |||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  7699143 tgtttgagcataataaatgcctttgtggtgctcc 7699110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 7739929 - 7739290
Alignment:
Q  3 ctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatg---acttcttctgcaacgc 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||   |||||   | |||| |||||||||    
T  7739929 ctccaaacaagtttctcctactccacttgacactcctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgatgatgttgagttctcctgcaacgc 7739830  T
Q  100 cgacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactgg 196  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||    
T  7739829 caatgacaaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactgg 7739730  T
Q  197 aacttcgtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcgccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcg 296  Q
    | ||||||||| || || | |||    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7739729 agcttcgtcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgctaccagcggagtttggcg 7739630  T
Q  297 acctcccttatcttaacttcctcccattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttga 396  Q
    |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||    
T  7739629 accttccatatcttaacttcctctcattggccgaaatgcccaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaaactcga 7739530  T
Q  397 ccttggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgtt 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  7739529 ccttggttccaacagtcttagtgggtcgatccccactttcctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaataagttaaccggtgtt 7739430  T
Q  497 attccggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaa 596  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||||    
T  7739429 attccggcgtcgttcggctccctaccgtctctttcccagtttaacgtcagctttaaccaactgtgtggtgctatccctactggattgagcaaatttgcaa 7739330  T
Q  597 agagttcgtttgatcataataaatgcctctgtgctgctcc 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7739329 agagttcgtttgatcataataaatgcctttgtggtgctcc 7739290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 342 - 629
Target Start/End: Original strand, 12908070 - 12908357
Alignment:
Q  342 taactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctagg 441  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | | | ||  ||  | |||   |||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  12908070 taactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaaaattgcgaagcctcaaacttaactccaacaaccttagtggcccgatccccaccttcctagg 12908169  T
Q  442 ccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaat 541  Q
    || |||| || ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | | || |||||||||| || ||||| |||    
T  12908170 ccggttgaagcgcttagaagaggttgatttgtctaacaacaagttatccggtgttattccagcgtcgctcgccaccctaccgtctctctcccagttgaat 12908269  T
Q  542 gtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatcataataaatgcctctgtg 629  Q
    || |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  ||||||  |||||| |||||||||||||| ||||    
T  12908270 gttagctctaaccatctgtgtggtgcgatacctactgggttgaagaagttggagaagagtatgtttgagcataataaatgcctttgtg 12908357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 153
Target Start/End: Original strand, 12907713 - 12907863
Alignment:
Q  3 ctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccaactacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttcttctgcaacgccga 102  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||| ||  |||||||| |||||||||||     | || || | |||| || || |    
T  12907713 ctcctaacatgtttcttctactccagttaacactcatcttcctctctttcatatacttctctaaatcaaacgcttcaaacgatttatcctgccaccccaa 12907812  T
Q  103 cgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacgg 153  Q
     || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  12907813 tgataaagctgctctcctcaaaataagagaccatttcggcggccctaacgg 12907863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University