View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3210-Insertion-1 (Length: 690)

Name: NF3210-Insertion-1
Description: NF3210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3210-Insertion-1
NF3210-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-690)||(29155705-29156387)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (26-687)||(18555133-18555762)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 690
Target Start/End: Original strand, 29155705 - 29156387
Alignment:
Q  8 caaatgaaaatattatcatccatttattcatctttagatgaaattaacattgccctacttgatttacattactaggaaacatcctaaggacaactattct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29155705 caaatgaaaatattatcatccatttattcatctttagatgaaattaacattgccctacttgatttacattactaggaaacatcctaaggacaactattct 29155804  T
Q  108 ctcgggggtacaaaatttctagataccgactatttctgccactaattcatctaatatcaatctctcaaattctatgcctattacatcaatgtcatctctc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29155805 ctcgggggtacaaaatttctagataccgactatttctgccactaattcatctaatatcaatctctcaaattctatgcctattacatcaatgtcatctctc 29155904  T
Q  208 aacttcaaccactgagactcctcaatcagcaacttactcaggacatcatcctctacctttccttggttccctagcatctggaaaagaccatcttgaagcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29155905 aacttcaaccactgagactcctcaatcagcaacttactcaggacatcatcctctacctttccttggttccctagcatctggaaaagaccatcttgaagcc 29156004  T
Q  308 cgttaatcctttttgatccaaaaggtttgactgcatttctcacccatggctgtgggtcagtagattgcccatgaatcttgacaattcctgaattgatgcg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29156005 cgttaatcctttttgatccaaaaggtttgactgcatttctcacccatggctgtgggtcagtagattgctcatgaatcttcacaattcctgaattgatgcg 29156104  T
Q  408 gtcgaaaagcaatctcctttcagaccttgaacaagtagtcaaatcactgtacctctcttccagatcttcaaacacagaaacactcacagggcattctaga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29156105 gtcgaaaagcaatctcctttcagaccttgaacaagtagtcaaatcactgtacctctcttccagatcttcaaacacagaaacactcacagggcattctaga 29156204  T
Q  508 gattgccaaacttccaaattattatcagtttgtgcatcagcaatagcagattcagacaaaacatcaataatgtaagaagactcccagctatcttcagttc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29156205 gattgccaaacttccaaattattatcagtttgagcatcagcaatagcagattcagacaaaacatcaataatgtaagaagactcccagctatcttcagttc 29156304  T
Q  608 tccataatgcattcccttctaacattctagaagatacttccacgccatcttcatcacttgaaactagcataggtccctcctca 690  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29156305 tccataatgcatttccttctaacattctagaagatacttccacgccatcttcgtcacttgaaactagcataggtccctcctca 29156387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 18555762 - 18555133
Alignment:
Q  26 tccatttattcatctttagatgaaattaacattgccctacttgatttacattactaggaaacatcctaaggacaactattctctcgggggtacaaaattt 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  18555762 tccatctattcatctttagatgaaattaacatttccatactgtatttacatcactaggaaacatcctaaggacaactattctctcgggg-tacaaa-ttt 18555665  T
Q  126 ctagataccgactatttctgccactaattcatctaatatcaatctctcaaattctatgcctattacatcaatgtcatctctcaacttcaaccactgagac 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18555664 ctagataccggctatttctgccacaaaatcatctagtatcattctctcaacttctatgcctattacatcaatgtcatcactcaacttcaaccaccgagac 18555565  T
Q  226 tcctcaatcagcaacttactcaggacatcatcctctacctttccttggttccctagcatctggaaaagaccatcttgaagcccgttaatcctttttgatc 325  Q
    ||||            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  18555564 tcct------------tacgcaggacatcatcctctacctttccttggttccctagcatctggaaaagagcatcctgaagcccgttaatccttgttggtc 18555477  T
Q  326 caaaaggtttgactgcatttctcacccatggctgtgggtcagtagattgcccatgaatcttgacaattcctgaattgatgcggtcgaaaagcaatctcct 425  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18555476 caaaatgtttggctgcatttctcacccatggctgtggatcagtagattgctcatgaatcataacaattcctgaattgatgcggtcgaaaagcaatctcct 18555377  T
Q  426 ttcagaccttgaacaagtagtcaaatcactgtacctctcttccagatcttcaaacacagaaacactcacagggcattctagagattgccaaacttccaaa 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  18555376 ttcagaccttgaacaagtagtcaaatcactgcaccactcttccagatcttcaaacacagaaacactcacagggcattctagagattgccaaact---aaa 18555280  T
Q  526 ttattatcagtttgtgcatcagcaatagcagattcagacaaaacatcaataatgtaagaagactcccagctatcttcagttctccataatgcattccctt 625  Q
    ||||||||||||||               || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18555279 ttattatcagtttg---------------agcttcagacaagacatcaataatgtaagatgactcccagtcatcttcagttctccataatgcattgcctt 18555195  T
Q  626 ctaacattctagaagatacttccacgccatcttcatcacttgaaactagcataggtccctcc 687  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18555194 ctaacatttcagaagatacttccacaccatcttcatcacttgaaactagcatacgtccctcc 18555133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University