View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3210R-Insertion-2 (Length: 880)

Name: NF3210R-Insertion-2
Description: NF3210R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3210R-Insertion-2
NF3210R-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-880)||(30482512-30483394)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 30483394 - 30482512
Alignment:
Q  9 gataccaaacctt-aacgttattgatcgcagtggcaggtttgttgtgtatgctatacacgtatatatataactcagacaagtaaatcaatctccatttaa 107  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483394 gataccaaacctttaacgttattgatcgcagtggcaggtttgttgtgtatgctatacacgtatatata--actcagacaagtaaatcaatctccatttaa 30483297  T
Q  108 ttcccatttatatattatagctagagattatctgatttttaattttcaactgtccaatattgaatgatttgtttatctgccagatgagagtatcctctag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30483296 ttcccatttatatattatagctagagattatctgatttttaattttcaactgtccaatattgaatgatttgtttatctgccagatgagaatatcctctag 30483197  T
Q  208 gattttatatttaagtcaatttaatcgtgagataagataacttgctgtcaattagttgaccatttagtatttagtatagtttcttctcaatcttaatgca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483196 gattttatatttaagtcaatttaatcgtgagataagataacttgctgtcaattagttgaccatttagtatttagtatagtttcttctcaatcttaatgca 30483097  T
Q  308 tgcattgtatataactaggttacgtctacttaatatatagttaatacctagttaaggaattatcctagtttgatcgccgaaatagaggtgaacacattaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30483096 tgcattgtatataactaggttacgtctacttaataa----ttaatacctagttaaggaattatcctagtttgatcgccgaaatagaggcgaacacattaa 30483001  T
Q  408 taattcaagtgtggactagcacatatgctaaatttttcaaaattattattctaaac-nnnnnnnatgttcatcatttaaagctaactttggaggtttaga 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483000 taattcaagtgtggactagcacatatactaaatttttcaaaattattattctaaacttttttttatgttcatcatttaaagctaactttggaggtttaga 30482901  T
Q  507 agttgagaagagattaatgtaaaaggaaggaggatgttggatcatgaggggagtttgaggattatctacatttgattaagaataatcatataaaaagaat 606  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30482900 agttgataagagattaatgtaaaaggaaggaggatgttggatcatgaggggagtttgaggattatctacatttgattaagaacaatcatataaaaagaat 30482801  T
Q  607 ttgacaccaagtttttactcaacattgagtttatgagttctttc--ac------nnnnnnnnnngttttgaaaactt-atattcgatttaaggatcgact 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||                 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  30482800 ttgacaccaagtttttactcaacattgagtttatgagttctttcttacttttttttttttttcttttttgaaaacttgatattcgatttaaggatcgatt 30482701  T
Q  698 aattcgaagggatcaatcccacttgtgtgggtccgtttaaagacaaagccaagttctacatggatttgcccatcaaatttgacatcagagagaatcggac 797  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30482700 aattcaaagggatcaatcccacttgtg-gggcccgtttaaagacagagccaagttctgtatggatttacccaccaaatttgacatcagagagaatcggac 30482602  T
Q  798 c--agacattgagagaagcacattc-aagatgtc-aaccaaccattaggccaattct-aatggata-tctctcac-tatatattactcaa 880  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  30482601 ctgagacattgagagaagcacattcgaagatctcaaaccaaccattaggccaattctaaacggatattctctcacttatatattactcaa 30482512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University