View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3218_low_10 (Length: 398)

Name: NF3218_low_10
Description: NF3218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3218_low_10
NF3218_low_10
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (18-393)||(2672196-2672571)
chr6 (18-393)||(2568821-2569196)
chr6 (18-392)||(2596380-2596754)
chr6 (18-393)||(2440128-2440503)
chr6 (18-393)||(2592074-2592449)
chr6 (18-393)||(2623618-2623993)
chr6 (18-393)||(2641036-2641411)
chr6 (18-393)||(2450853-2451225)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-393)||(17870232-17870610)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (52-108)||(5766109-5766165)
chr2 (48-108)||(5823502-5823562)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Original strand, 2672196 - 2672571
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672196 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 2672295  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2672296 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcatttgaagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaaccgtat 2672395  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672396 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 2672495  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672496 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 2672571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Original strand, 2568821 - 2569196
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2568821 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctcta 2568920  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  2568921 tcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttat 2569020  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  2569021 catcgtaagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgttcccttaatgaccttagatt 2569120  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2569121 atatgtctttatgtctctaccatcaattgtcactatccctttaagtggatcatagaatctttcaataagtcctatg 2569196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 392
Target Start/End: Original strand, 2596380 - 2596754
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2596380 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctcta 2596479  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  2596480 tcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgtgagcatttgcagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaactttat 2596579  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  2596580 catcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgatcgtagatt 2596679  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctat 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2596680 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaaatggatcatagaatctctcaattagtcctat 2596754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2440503 - 2440128
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2440503 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctcta 2440404  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  2440403 tcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgtgagcatttgcagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaactttat 2440304  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  2440303 catcatatgctccatatacaatattttctcttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatatgtttccttaatgatcgtagatt 2440204  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2440203 ataagtttttatgtctctaccatcaactgtcactatccctttaagtggatcatagaatctctcaattagtcctatg 2440128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2592449 - 2592074
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2592449 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctcta 2592350  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||    
T  2592349 tcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctctataatttcactttcatcaaccttat 2592250  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||    
T  2592249 catcatatgatccatatgcaatattttctttgatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttccttagtgaccttagatt 2592150  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    |||  | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  2592149 ataaatttttatgtccctaccatcaattgtcactatccctttaagtggatcatagaacctctcaattagtcctatg 2592074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2623993 - 2623618
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623993 acttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 2623894  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||    
T  2623893 tcaccacacaatgtgtcatatccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaacctgat 2623794  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    || |||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2623793 caccatatgatccatatgcaatattttcttttatggtaccaccaaacaatgttggttcttgactcacaagtgcaatgtgtttccttaatgaccttagatt 2623694  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  2623693 ataagtttttatgtctctgccatcaattgtcactatcccttcaagtggatcatagaacctctcaattagtcctatg 2623618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Original strand, 2641036 - 2641411
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2641036 acttgttgcttcatccaaaagtaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctcta 2641135  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||    
T  2641136 tcaccacacaatgtatcataaccatcttgtaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctgaataatctcactctcatcaactttat 2641235  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  2641236 catcataggctccgtatgcaatattttcccttatggtaccaccaaacagtgttggttcttgacttacaagtgcaatgtgtttccttaacgaccttagatt 2641335  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||| | |||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2641336 ataagactttatatcttcaccatcaattgtcactatccctttaattggatcatagaatctctcaattagtcctatg 2641411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2451225 - 2450853
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||     
T  2451225 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctcta 2451126  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||| || |||||||||||||||||||||   |    
T  2451125 tcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctgcatctataatctcactctcatcaacc---t 2451029  T
Q  218 catcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctgagatt 317  Q
     |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||||| |||||||| |||||    
T  2451028 tatcatatgctccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaacaatgttggctcttgactcacaagtgaaatatgcttccttaatgaccttagatt 2450929  T
Q  318 atatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    ||| | |||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  2450928 ataagactttatatcactaccatcaatcgtcactatcccttttattggatcataaaatctctcaattagtcctatg 2450853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Original strand, 17870232 - 17870610
Alignment:
Q  18 acttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctg 117  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || ||   |||||| |||||| ||    
T  17870232 acttgttgcttcatctagaagcaacacctttggattcttcaacatggctctagctattgctatcctttgtttttgcccccctgaaagttgcactcctttg 17870331  T
Q  118 tcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcattcgaagcctttgatgcctcgataatctcactctcatcaaccgtat 217  Q
    || |||||| | || ||||| |||||||| || ||||  || |||||||||||||| |   |  |||||||||| || |||||| | ||||| |   | |    
T  17870332 tccccacaccatgtctcatacccatctttcaaacttgcaatgaaatcatgagcattggctactcttgatgcctctatgatctcagtttcatcgatgttgt 17870431  T
Q  218 catcat----aagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaacaatgttggttcttgactcacaagggcaatgtgtttcctcaatgacctga 313  Q
    || |||      | |||||||||||| || || |||||||| ||| | | ||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || | |||| | |    
T  17870432 ca-catgttgttgttccatatgcaatgttgtctcttatggttccatttatcaatgttggttcttggctcacaagtgctatgtgttttcttagtgacttta 17870530  T
Q  314 gattatatgtctttatgtctctaccgtcaattgtcactatccctttaagtgggtcatagaatctctcaattagtcctatg 393  Q
    | |||||||  ||||||| | |||| || ||||||||  | ||||| | ||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  17870531 ggttatatgattttatgtttgtaccatctattgtcacatttccttttattggatcatagaatctctctattaatcctatg 17870610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 5766165 - 5766109
Alignment:
Q  52 ttcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttga 108  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||    
T  5766165 ttcttcaatattgccctagcaattgcaattctttgcttttgtccaccagaaagttga 5766109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 5823562 - 5823502
Alignment:
Q  48 tggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttga 108  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||    
T  5823562 tggattcttcaatatggcccttgcaattgcaattctttgcttttgtccaccagaaagttga 5823502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University