View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3219_low_2 (Length: 762)

Name: NF3219_low_2
Description: NF3219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3219_low_2
NF3219_low_2
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (178-752)||(15579284-15579879)
chr6 (178-744)||(33679598-33680185)
chr6 (178-752)||(28894883-28895470)
chr6 (355-752)||(35027536-35027949)
chr6 (178-752)||(12745947-12746521)
chr6 (506-752)||(11296449-11296695)
chr6 (196-428)||(26161003-26161228)
chr6 (234-428)||(11409798-11409986)
chr6 (177-299)||(35027958-35028081)
chr6 (436-553)||(7560769-7560886)
chr6 (178-287)||(25328038-25328146)
chr6 (178-287)||(26160573-26160681)
chr6 (344-426)||(25328179-25328261)
chr6 (344-426)||(26160714-26160796)
chr6 (632-731)||(7560591-7560690)
chr6 (632-731)||(2330896-2330995)
chr6 (440-522)||(17695999-17696081)
chr6 (321-361)||(11409947-11409987)
chr6 (685-731)||(17696245-17696291)
chr6 (452-522)||(31122852-31122922)
chr6 (320-361)||(35027875-35027916)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (178-752)||(56089717-56090303)
chr4 (234-752)||(26703893-26704427)
chr4 (235-752)||(19928086-19928619)
chr4 (234-752)||(13978315-13978849)
chr4 (416-752)||(15850552-15850889)
chr4 (177-327)||(15850319-15850469)
chr4 (366-428)||(15850481-15850543)
chr4 (632-731)||(23652884-23652983)
chr4 (632-668)||(14701511-14701547)
chr4 (440-522)||(14701318-14701400)
chr4 (686-731)||(11560470-11560515)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (178-752)||(38430515-38431109)
chr7 (235-752)||(44018195-44018724)
chr7 (178-751)||(26152282-26152866)
chr7 (178-752)||(6963417-6964003)
chr7 (177-752)||(43548343-43548909)
chr7 (469-751)||(3541570-3541853)
chr7 (178-428)||(3541863-3542107)
chr7 (528-752)||(12803666-12803891)
chr7 (234-401)||(16546772-16546933)
chr7 (234-401)||(16618729-16618890)
chr7 (234-327)||(23467984-23468077)
chr7 (605-734)||(28578318-28578449)
chr7 (690-731)||(20100305-20100346)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (234-752)||(4249567-4250101)
chr3 (235-752)||(28326629-28327159)
chr3 (235-752)||(28329954-28330484)
chr3 (234-428)||(18882337-18882525)
chr3 (183-428)||(36037806-36038044)
chr3 (178-665)||(18550796-18551305)
chr3 (636-752)||(3305449-3305565)
chr3 (679-752)||(27054514-27054587)
chr3 (632-722)||(20536999-20537089)
chr3 (321-361)||(18882486-18882526)
chr3 (436-548)||(20537175-20537285)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (178-752)||(2500410-2501003)
chr5 (178-752)||(33321326-33321911)
chr5 (179-747)||(26337113-26337693)
chr5 (178-752)||(33920272-33920857)
chr5 (178-752)||(9689892-9690478)
chr5 (178-752)||(35432878-35433464)
chr5 (240-428)||(34653618-34653800)
chr5 (234-428)||(3194260-3194448)
chr5 (178-315)||(40183020-40183157)
chr5 (632-731)||(25184989-25185088)
chr5 (622-734)||(36330329-36330443)
chr5 (92-156)||(1506458-1506522)
chr5 (321-361)||(34653617-34653657)
chr5 (322-361)||(3194410-3194449)
chr5 (440-522)||(4732446-4732527)
chr5 (611-660)||(16090911-16090961)
chr5 (440-518)||(25184795-25184873)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (178-752)||(28448-29037)
scaffold0083 (178-752)||(52251-52834)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (234-748)||(50197322-50197852)
chr1 (235-752)||(33897511-33898041)
chr1 (235-752)||(23441687-23442216)
chr1 (177-752)||(34553086-34553678)
chr1 (178-752)||(18391525-18392109)
chr1 (185-704)||(6194971-6195508)
chr1 (234-428)||(49718883-49719071)
chr1 (234-428)||(49715404-49715592)
chr1 (71-168)||(44142265-44142361)
chr1 (321-361)||(49719032-49719072)
chr1 (72-178)||(44129628-44129730)
chr1 (613-664)||(13795432-13795484)
chr1 (440-522)||(28917785-28917865)
chr1 (322-361)||(49715554-49715593)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (178-752)||(20088-20674)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (178-752)||(5827153-5827742)
chr8 (177-750)||(13331215-13331803)
chr8 (177-749)||(39660362-39660959)
chr8 (255-749)||(9466354-9466841)
chr8 (234-428)||(14187089-14187277)
chr8 (440-522)||(27864178-27864259)
chr8 (586-668)||(24903960-24904043)
chr8 (690-731)||(22653923-22653964)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (178-747)||(3385-3969)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (235-752)||(40678175-40678705)
chr2 (178-752)||(38316449-38317041)
chr2 (178-665)||(30994216-30994715)
chr2 (180-706)||(9748056-9748587)
chr2 (234-428)||(29434819-29435007)
chr2 (234-428)||(38325434-38325622)
chr2 (234-428)||(38327137-38327325)
chr2 (234-327)||(4576974-4577067)
chr2 (634-731)||(18011556-18011652)
chr2 (320-361)||(29434967-29435008)
chr2 (440-522)||(2648970-2649051)
chr2 (321-361)||(38325583-38325623)
chr2 (321-361)||(38327136-38327176)
chr2 (632-663)||(24385654-24385685)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (234-752)||(3746-4280)
[»] scaffold0637 (5 HSPs)
scaffold0637 (178-665)||(299-808)
scaffold0637 (426-752)||(1649-1975)
scaffold0637 (426-665)||(839-1078)
scaffold0637 (432-695)||(1385-1648)
scaffold0637 (426-695)||(1109-1378)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (502-752)||(13056-13307)
[»] scaffold0382 (2 HSPs)
scaffold0382 (234-428)||(16333-16521)
scaffold0382 (321-361)||(16482-16522)
[»] scaffold0214 (3 HSPs)
scaffold0214 (234-327)||(12731-12824)
scaffold0214 (234-327)||(26747-26840)
scaffold0214 (234-327)||(16805-16898)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (613-727)||(468871-468987)
scaffold0002 (341-382)||(469218-469259)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 15579879 - 15579284
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15579879 tgatgacagtacatcaacactagttttttagttatatttttgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagcccaag 15579780  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  15579779 attcataaaagataagttttgcacaaattggagaaaaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcatgtcacgatggacctgaatcgtggcaca 15579680  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg---------------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||                     || |||||||||||||||| || |||||    
T  15579679 tttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccatgtaggatt 15579580  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||| ||     
T  15579579 aatgagcaaatcgtaccacgatggtctcgtaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaatccagaagcgaccataag 15579481  T
Q  557 cttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15579480 cttagggtgcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaaaccgcagaacacgcagtagatctcacccaactcatagttggttctgattt 15579381  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  15579380 atgtatgttcactattttctatgtatttgattgttttgttatgagtagctaaactcttagattaattaagctatgagataaatctttgcgatctgtg 15579284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 178 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 33680185 - 33679598
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33680185 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgaatacatggataaatcagctcaag 33680086  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaa--aaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggca 375  Q
    ||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||   |||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  33680085 attcacataagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaatttacctgaagatg---gacctaaatcgtgccacaatggacctgaatcatggca 33679989  T
Q  376 cgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg---------------------ttaagtaaatttgctgccacgtggga 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||                     || ||||||||||||||||||| |||    
T  33679988 cgtttgaagcgtggaatttacctgaaaatactagaaaaatcatcgcacgatggatgtgtaatgtgccatgatggttgagtaaatttgctgccacgtagga 33679889  T
Q  455 ttaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |    
T  33679888 ttaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaactctaattctttgtctataaaagtcagatgcaaccaga 33679789  T
Q  555 atcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgat 653  Q
    | |||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||  || |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33679788 agcttagtatgcgattttagagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagaacacgtaatggatctcacccaactaatagttggttctgat 33679689  T
Q  654 ttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgt 744  Q
    |||||||||||   |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33679688 ttatgtatgttatattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgt 33679598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 28895470 - 28894883
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgt--catttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctca 275  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28895470 tgatgacagtacgt-attactagttttttagtcatatttgtgtgtcatttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcatctca 28895372  T
Q  276 agattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggca 375  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||       |||||    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28895371 agattcataaaatagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagcta------ctgga----tcgtgacacgatggacctgaatcgtggca 28895282  T
Q  376 cgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtggga 454  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||| ||||||||  ||    
T  28895281 catttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgttgccacgtcaga 28895182  T
Q  455 ttaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa 554  Q
    |||||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  28895181 ttaatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccaaa 28895082  T
Q  555 atcttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgat 653  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28895081 agcttagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgat 28894982  T
Q  654 ttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  28894981 ttatgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgtgtatctaaactcttagattgattaagccataagatgaatctttgtgatctgtg 28894883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 355 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 35027949 - 35027536
Alignment:
Q  355 cgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------ag 433  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     ||    
T  35027949 cgatggacttgaatcgtggcacgtttgaagcgtagaatttacttgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatgatttag 35027850  T
Q  434 taaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctg 533  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||   |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35027849 taaatttgctgccacgtcagattaatgaaggaatcttgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtcta 35027750  T
Q  534 taaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcaccc 633  Q
    |||||| |||||||||||| || ||     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  35027749 taaaagtcagatgcgaccagaagct-----gcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcaccc 35027655  T
Q  634 aactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaga 733  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35027654 atctcatagttggttctggtttatgtatgttcgctattttctatgtgtttgattgtttagttatgagtagctaagctcttagattgattaagccatgaga 35027555  T
Q  734 taaatctttgtgatctgtg 752  Q
    | |||||||||||||||||    
T  35027554 tgaatctttgtgatctgtg 35027536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 12745947 - 12746521
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagtttttt-agtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12745947 tgatgatagtacgtcattactagtttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgaatacatggttaaatcagctcaa 12746046  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||       ||| |    ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12746047 gattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagcta------ctgta----tcgtgccacgatggacctgaatcatggcac 12746136  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtgg---------------------cacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||||||| | || | ||||| |||| || ||||||||||| |||                     |||||||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  12746137 gtttgaagcatgaattttacatgaagatgctggaaaaatcatggtgcgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgttaaat 12746236  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||   ||| || ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  12746237 taatgaaggaattgtaccacgatggacgcgaaatgtggcacgatggtggaattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaa 12746336  T
Q  556 tcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
                 |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  12746337 a------------tttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaagaacacgcattggatttcaccaaactcatagttggttctggttt 12746424  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12746425 atgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatggatctttgtgatctgtg 12746521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 506 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 11296695 - 11296449
Alignment:
Q  506 cttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaa 605  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| |   | | ||| ||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  11296695 cttttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaagtgtgattttggagacctaaatagagcatagacaacaccaggaa 11296596  T
Q  606 actgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagct 705  Q
     ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  11296595 gctgaagaacacactgtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttggttgtttagttatgagtagct 11296496  T
Q  706 aaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11296495 aaactcttaaattgattaagccatgtgatgaatctttgtgatctgtg 11296449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 26161228 - 26161003
Alignment:
Q  196 actagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagct 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |    
T  26161228 actagttttttagtcatatttgtgtcccttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttcaat-agctcaagattcataaaaaagaagtt 26161130  T
Q  296 ttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaattta 395  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||      || | ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26161129 ttgcacaaattggaaaagaatgcaagaattt------agctactggataaatcgtgccataatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaattta 26161036  T
Q  396 cctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | |||| || ||| ||||||| |||||||||||    
T  26161035 cttgaagatgctgaaaaaatcatggcacgatgg 26161003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 11409798 - 11409986
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  11409798 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 11409891  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  11409892 gctactggagaaattgtgccacgatggacctgagttgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgacacgatgg 11409986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 177 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 35028081 - 35027958
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagtttttt-agtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctca 275  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  35028081 atgatgacagtacatcattactagtttttttagtcatatttgtgtcttttttgtaatgttttgagagtccaatacttgtatacatggttaaatcagctca 35027982  T
Q  276 agattcataaaagagaagctttgc 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  35027981 agattcataaaagagaagttttgc 35027958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 436 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 7560886 - 7560769
Alignment:
Q  436 aatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgta 535  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| | |||||| |||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7560886 aatttgctgccacgttagattaatgaggaaatcgtgccacaaaggtctcaaaacttggcacgatgatgagcttttctgaaaccctaattctttgtctata 7560787  T
Q  536 aaagccagatgcgaccaa 553  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  7560786 aaagccagatgcggccaa 7560769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 178 - 287
Target Start/End: Original strand, 25328038 - 25328146
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25328038 tgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgacccttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttcaat-agctcaag 25328136  T
Q  278 attcataaaa 287  Q
    ||||||||||    
T  25328137 attcataaaa 25328146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 178 - 287
Target Start/End: Original strand, 26160573 - 26160681
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26160573 tgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgacccttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttcaat-agctcaag 26160671  T
Q  278 attcataaaa 287  Q
    ||||||||||    
T  26160672 attcataaaa 26160681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 344 - 426
Target Start/End: Original strand, 25328179 - 25328261
Alignment:
Q  344 aaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgat 426  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||| |||||||||    
T  25328179 aaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacttgaagatgctgaaaaaatcatggcacgat 25328261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 344 - 426
Target Start/End: Original strand, 26160714 - 26160796
Alignment:
Q  344 aaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgat 426  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||| |||||||||    
T  26160714 aaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacttgaagatgctgaaaaaatcatggcacgat 26160796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 632 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 7560690 - 7560591
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |  || | | | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  7560690 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgtttactcttgtaaatgtttatgattgtttagttatgagtagctaatctcttaggttgattgaaccatga 7560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 632 - 731
Target Start/End: Original strand, 2330896 - 2330995
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| || | |||   | | || |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330896 ccaactcatagttagttcggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtagctaaactcttagattgattgagccatga 2330995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Original strand, 17695999 - 17696081
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  17695999 tgctgccacgtaggattaatgatgtcatcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 17696081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 11409947 - 11409987
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11409947 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgacacgatgga 11409987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 685 - 731
Target Start/End: Original strand, 17696245 - 17696291
Alignment:
Q  685 attgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  17696245 attgtttagctatgagtagctaagctcttagtttgattgagccatga 17696291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 452 - 522
Target Start/End: Original strand, 31122852 - 31122922
Alignment:
Q  452 ggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||   ||| |||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  31122852 ggattaatgaagtaattgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 31122922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 35027916 - 35027875
Alignment:
Q  320 agaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  35027916 agaatttacttgaagatactggaaaaatcgtggcacgatgga 35027875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 56090303 - 56089717
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  56090303 tgatgacagtacgtcattactagttttttagttatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtattcatggttaaatcagctcaag 56090204  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||       |||    | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  56090203 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagcta------ctg----agtcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacg 56090114  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||||||||||||  ||||    
T  56090113 tttgaagcatggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacaatggtttagtaaatttgctgccacgtcagatt 56090014  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||     
T  56090013 aatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttatctataaaagtcagatgcgaccagaag 56089914  T
Q  557 cttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  56089913 cttagggtgcgattttagagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttctggttt 56089814  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  56089813 atgtatgttcgctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaaatgaatctttgtgatctgtg 56089717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 234 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 26704427 - 26703893
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||       
T  26704427 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagaaaagttttgtacaaattggagaagaatgcaagaatttagcta-- 26704330  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgat------- 426  Q
        ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||           
T  26704329 ----ctggagaaatcgtgccacaatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttatctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtg 26704234  T
Q  427 --------------ggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttct 512  Q
                  || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  26704233 taacgtgccacgatggatgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagattttct 26704134  T
Q  513 gaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    |||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  26704133 gaaaccttaattttttgtctatagaagccagatgcgatcaaaagctttgtgtgcaattttagagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccgca 26704034  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26704033 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttggttatgagtagctaaactc 26703934  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26703933 ttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 26703893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Original strand, 19928086 - 19928619
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||        
T  19928086 ttagagagtcaattgcttgtatacatgattaaatcatctcaagattcataaaagagaagttttgtacaaattggagaagaatgcaagaatttagct---- 19928181  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
    ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||          
T  19928182 at--tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcatggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggacgtgt 19928279  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19928280 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagtaaatcgtgccacgatggtatcgaaacgtggcacgatgatgggcttttctg 19928379  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatctta--ggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  19928380 aaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaagggggcgattttggagaccaaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaa 19928479  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  19928480 gaacacacggtggatctcacacaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgctattttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaactc 19928578  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  19928579 ttagattgattaagtaatgagatgaatctttgtgatctgtg 19928619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 234 - 752
Target Start/End: Original strand, 13978315 - 13978849
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||       
T  13978315 tttagagagtcaattgcttgtatacatgattaaatcatctcaagattcataaaagagaagtttttcacaaattggagaagaatacaagaatttagcta-- 13978412  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg----- 428  Q
        ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||         
T  13978413 ----ctggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcatggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtg 13978508  T
Q  429 ----------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttct 512  Q
                    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  13978509 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaattgtgccacgatggttacgaaacgtggcatgatggtgggcttttct 13978608  T
Q  513 gaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgc 610  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||  || || |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||     
T  13978609 gaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgtgatcagaagttttggggagcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctga 13978708  T
Q  611 agaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13978709 agaacacacggtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgctattttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaact 13978807  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13978808 cttagattgattaaaccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13978849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 416 - 752
Target Start/End: Original strand, 15850552 - 15850889
Alignment:
Q  416 cgtggcacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaa 515  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||   ||||||||    
T  15850552 cgtgtcacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacatggcaagatggtggc--tttctgaa 15850649  T
Q  516 accctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg---tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcag 612  Q
    ||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| |   | |||   || |||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||| ||    
T  15850650 accctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaagggggtgtgattttggagacctcaatagagcatagacaacaccaggaagctgaag 15850749  T
Q  613 aacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15850750 aacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatatatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttataagtagctaaactct 15850849  T
Q  713 tagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15850850 tagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 15850889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 177 - 327
Target Start/End: Original strand, 15850319 - 15850469
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  15850319 atgatgacagtacgccagcactaatttttaagtcatatttgagtcgtttttgtaatattttgagagtcaaatgcttgtataaaaggttaaatcagcttaa 15850418  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15850419 gattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaattta 15850469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 366 - 428
Target Start/End: Original strand, 15850481 - 15850543
Alignment:
Q  366 aatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  15850481 aatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacttgaatatgctgaaaaaatcgtggcacgatgg 15850543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 632 - 731
Target Start/End: Original strand, 23652884 - 23652983
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |  | |||   | | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  23652884 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctctagtttatgcttatgattgtttagttatgagtatctaaactcttagtttgattgagccatga 23652983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 632 - 668
Target Start/End: Original strand, 14701511 - 14701547
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 668  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14701511 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgttcact 14701547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Original strand, 14701318 - 14701400
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||| |||||| |||   |||||||||||||| |  ||| | ||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  14701318 tgctgccacgtaggattagtgaagcaatcgtgccacgattggatcgtatcgtggcacgatgatgggcttttctggaaccctaa 14701400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 686 - 731
Target Start/End: Original strand, 11560470 - 11560515
Alignment:
Q  686 ttgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||    
T  11560470 ttgtttagttatgagtagctaaactcttggtttgattgagacatga 11560515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 38430515 - 38431109
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  38430515 tgatgacagtacgtaaacactagttttttagtcatatttgcgtcgtttttgtaatattttgagagtcaaatgcttgtatacatggt-aaataagctcaag 38430613  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag-atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  38430614 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaatgatgcaagaatttagctacaggatgctgaaaaaatcgtgtcatgatggacctgaatcatggcac 38430713  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacga---------------------tggttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    |||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||                      |||| ||||||||| || |||||| ||||    
T  38430714 gtttgaagagtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgacggatgtgtaacgtgccacggcggttgagtaaattttctaccacgtaggat 38430813  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||| |     
T  38430814 taatgagaaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcgaccagag 38430912  T
Q  556 tcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
      |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38430913 attagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttttgattt 38431012  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38431013 atgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 38431109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 44018724 - 44018195
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  44018724 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 44018632  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  44018631 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 44018536  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  44018535 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 44018436  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||    ||| |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |    
T  44018435 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagaggcgggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaa 44018336  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  44018335 gaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactc 44018236  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44018235 ttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 44018195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 178 - 751
Target Start/End: Original strand, 26152282 - 26152866
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa- 276  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     
T  26152282 tgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgtatacatggttaaatcagctcaaa 26152381  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||       |||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26152382 gattcataaaagtgaagttttgcacaaattggagaaaaat-caagaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtggcac 26152470  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||||||||| ||  |||    
T  26152471 gtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccaagtcagat 26152570  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  26152571 taatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctggaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaa 26152670  T
Q  556 tcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
     ||||||    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  26152671 gcttagggtgaatttcggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggtattgattt 26152770  T
Q  656 atgtatgttc-actattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 751  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26152771 atgtatgttctattatttt-tatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgt 26152866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 6963417 - 6964003
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6963417 tgatgacagtacaccattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 6963516  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||       |||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6963517 attcataaaagataagttttgcacaaattggagaaaaat-caagaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacg 6963605  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||                     ||||||||||||| |||||  ||||    
T  6963606 tttgaagcgtggaatttacctgaagatattggaaaaagcgtggcacgatggatatgtaacgcgccacgatggtttagtaaatttgctgtcacgtcagatt 6963705  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa-ttctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    |||||   |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  || |||||| || ||    
T  6963706 aatgaaggaatcatgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccgtaaattctttttctataaaattcatatgcgatcagaa 6963805  T
Q  556 tcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6963806 gctttgtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagagcacgcagtggatctcagccaactcatagttggttctgatt 6963905  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||  |  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6963906 tatgtatgttctattatttctatgtattcgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 6964003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 177 - 752
Target Start/End: Original strand, 43548343 - 43548909
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  43548343 atgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatgcatggttaaatcagttcaa 43548442  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||    ||  ||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43548443 gattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagct----at--tgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtggcac 43548532  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||                     ||||||||||||| ||||| ||||    
T  43548533 gtttgaagtgtggaatttacctaaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgtcacgtcggat 43548632  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||   ||||||||||||||                     ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| || ||    
T  43548633 taatgaaggaatcgtgccacgat---------------------ggtgggcttttcttaaaccctaattctttgtctataaaagtcaaatgcgatcagaa 43548711  T
Q  556 tctta-ggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43548712 gtttagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcgatggatctcacccaactcatagttggttctgatt 43548811  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||| ||||||  |  ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43548812 tatgcatgttctattatttctgtgtatttcattgtttagttatgagtagctaaactcttatattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 43548909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 469 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 3541853 - 3541570
Alignment:
Q  469 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-tgcga 567  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  3541853 gtgccacgatggaagcgaaacgtggcatgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgaccagaagcttagggtgcga 3541754  T
Q  568 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 667  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3541753 tttcggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcagcaaacttatagttggttctggtttatgtatgttcac 3541654  T
Q  668 tattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 751  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3541653 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgt 3541570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 178 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 3542107 - 3541863
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  3542107 tgatgacagtacgtcaacgctagttttttagtcatatttgcgtcgtttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgtatacatggttaaatcagcttaag 3542008  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      || | ||| | |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  3542007 attcataaaagagaagttttgcacaaattgtagaagaatgcaagaattt------agctactgaagaaatcgtgccacgatggacctaaattgtggcacg 3541914  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3541913 tttgaagcgtggaatttaccttaagatactggaaaaatcgtggcacgatgg 3541863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 528 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 12803891 - 12803666
Alignment:
Q  528 tgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggt-gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggat 626  Q
    ||||| |||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||||||    
T  12803891 tgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaggttgcgattttggagacctaaacagagcatagacagcaccagaaagctgaagaacatgcagtggat 12803792  T
Q  627 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12803791 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 12803692  T
Q  727 catgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||    
T  12803691 catgagatgaatctttgtgatttgtg 12803666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 234 - 401
Target Start/End: Original strand, 16546772 - 16546933
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  16546772 tttagagattcaattgattgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 16546865  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaa 401  Q
    | | || || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  16546866 gctactagagaaatcgtgctacgatggacctgaatcgtggcacggttgaagcatggaatttacctgaa 16546933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 234 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 16618890 - 16618729
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  16618890 tttagagattcaattgattgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 16618797  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaa 401  Q
    | | || || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  16618796 gctactagagaaatcgtgctacgatggacctgaatcgtggcacggttgaagcatggaatttacctgaa 16618729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 234 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 23468077 - 23467984
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23468077 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattgtagaagaatgcaagaattta 23467984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 605 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 28578449 - 28578318
Alignment:
Q  605 aactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgt-ttagttatgagta 702  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   || ||| |  || ||||| |||||||||||||    
T  28578449 aactgaagaacatgcagtggatctcacaccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcatttaattttatgttgttaattgtcttagttatgagta 28578350  T
Q  703 gctaaactcttagattgattaagccatgagat 734  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28578349 gctaaacttttagattgattgagccatgagat 28578318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 690 - 731
Target Start/End: Original strand, 20100305 - 20100346
Alignment:
Q  690 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20100305 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 20100346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 234 - 752
Target Start/End: Original strand, 4249567 - 4250101
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||       
T  4249567 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaatttagcta-- 4249664  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgat------- 426  Q
        ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||           
T  4249665 ----ctggagaaatcgtcgcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtgaaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtg 4249760  T
Q  427 --------------ggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttct 512  Q
                  |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4249761 taacgtgccacgatggtggagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttct 4249860  T
Q  513 gaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcga--ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgc 610  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||     
T  4249861 gaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttagg-gggattttttggagacctaaacatagcatagacgacaccaggaagctga 4249959  T
Q  611 agaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4249960 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgctcactattttctatgcatttgattgtgtagttatgagtagctaaact 4250059  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4250060 cttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 4250101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Original strand, 28326629 - 28327159
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  28326629 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 28326721  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  28326722 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 28326817  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  28326818 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 28326917  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    ||| |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |    
T  28326918 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaa 28327017  T
Q  612 -gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28327018 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaact 28327117  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28327118 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28327159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Original strand, 28329954 - 28330484
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  28329954 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 28330046  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  28330047 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 28330142  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  28330143 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 28330242  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    ||| |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |    
T  28330243 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaa 28330342  T
Q  612 -gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28330343 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaact 28330442  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28330443 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28330484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 18882337 - 18882525
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||      |    
T  18882337 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctacacaaattgaagaagaatgcaagaattt------a 18882430  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  18882431 gctactggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgg 18882525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 183 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 36038044 - 36037806
Alignment:
Q  183 acagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattca 282  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  36038044 acagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcccttttgaaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttcaat-agctcaagattca 36037946  T
Q  283 taaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttga 382  Q
    ||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||      || | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36037945 taaaaaagaaattttgtacaaattggagaagaatgcaagaattt------agctactggataaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttga 36037852  T
Q  383 atcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | |||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||    
T  36037851 agcgtgaaatttacctgaagatattgaaaaaatcgtggcacgatgg 36037806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 178 - 665
Target Start/End: Original strand, 18550796 - 18551305
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagtttttt-agtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18550796 tgatgacactacgtcaacactagtttttttactcatatttgtgtcatttttgtaatattttgaaagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 18550895  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||||||||| ||  ||     ||||||| ||||| || ||| |||||||||||| || ||||    
T  18550896 gattcataaaagagaagtcttgcacaattttgagaagaatgcaagaactttgct-----tgctggagaaatcatgacactatggacctgaattgtcgcac 18550990  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggc---------------------acgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||| ||| ||||||||| ||||||   | || |||||||| ||||                     |||||||||  || |||||||||||||||  |||    
T  18550991 gttcgaagcgtggaattaacctgatgttgctagaaaaatcatggcatgatggatatgtaacgtgccacgatggttgggtgaatttgctgccacgtatgat 18551090  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacg----atggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgacc 551  Q
    |||||||||||| ||||||||    ||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||   | | ||| ||||||||| | ||||||    
T  18551091 taatgagcaaattgtgccacgatatatggtcgtgaaatgtggcacgatggtgggctttt-tgaaaccctaaaattctttctataaaagccataagcgacc 18551189  T
Q  552 a-aaatcttaggtgcgatttt-ggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttc 649  Q
    | | ||   ||  |||||||| |||||  |||||| |||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  18551190 atagattaaagaggcgattttcggagagttaaacagagcatagacgacaccagaaagctgaagaacacgcagtggatatcacccaactcatagctgtttc 18551289  T
Q  650 tgatttatgtatgttc 665  Q
      ||||||||||||||    
T  18551290 aaatttatgtatgttc 18551305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 636 - 752
Target Start/End: Original strand, 3305449 - 3305565
Alignment:
Q  636 ctcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagata 735  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  3305449 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatg 3305548  T
Q  736 aatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||    
T  3305549 aatctttgtgatctgtg 3305565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 679 - 752
Target Start/End: Original strand, 27054514 - 27054587
Alignment:
Q  679 tattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27054514 tatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 27054587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 632 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 20537089 - 20536999
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 722  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20537089 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgtttactcttgtctatgtttataattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 20536999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 18882486 - 18882526
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18882486 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgga 18882526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 436 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 20537285 - 20537175
Alignment:
Q  436 aatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgta 535  Q
    |||||||||||||||   ||||||||    || ||||||||| ||||||||||| || |||| || ||| ||||  ||||||||||||| ||||||| ||    
T  20537285 aatttgctgccacgtcaaattaatgaagtgattgtgccacga-ggtctcgaaacatgccacgatgatggcctttcatgaaaccctaatt-tttgtctata 20537188  T
Q  536 aaagccagatgcg 548  Q
    |||||||||||||    
T  20537187 aaagccagatgcg 20537175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 2501003 - 2500410
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  2501003 tgatgacagtacgttaacactaattttt-agtcatatttgcgtcgtttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggataaatcagctca-g 2500906  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa-gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  2500905 atccataaaagagaagtttt-cacaaattggagaatgatgcaagaatttagctacatgatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacttgaatcgtggcgc 2500807  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg---------------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||                     || ||||||||||||||||||| ||||    
T  2500806 gtttgaagcgtgaaatttacatgaagatgccggaaaaatcgtggcacgatggatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggat 2500707  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||| ||    
T  2500706 tgatgagcaaatcatgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagcgagaagcgaccagaa 2500608  T
Q  556 tcttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
     ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2500607 gcttggggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttgtgatt 2500508  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  2500507 tatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatttttgtgatctgtg 2500410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33321911 - 33321326
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33321911 tgatgacactacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 33321812  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||| ||| ||       |||||    ||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  33321811 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaagttagcta------ctgga----tcgtcccacgatggacctgaatcgtggtacg 33321722  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaat--------------------cgtggcacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggatta 457  Q
     ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |                    |||| |||||||||| |||||||||| || |||||  |||||    
T  33321721 cttgaagcgtggaattttcctgaagatactggaaaattgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgttgtcacgtcagatta 33321622  T
Q  458 atgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatc 557  Q
    ||||   || ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |    
T  33321621 atgaaggaaacgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgtgaccaaaagc 33321522  T
Q  558 ttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattta 656  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33321521 ttagggtgcgattttggagacctaaacatagcatagacagcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgattta 33321422  T
Q  657 tgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33321421 tgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33321326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 179 - 747
Target Start/End: Original strand, 26337113 - 26337693
Alignment:
Q  179 gatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaaga 278  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26337113 gatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaaga 26337212  T
Q  279 ttcataaaagagaagctttgcacaaattg-aagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| || || |||  ||||||||| ||       | |||    ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  26337213 ttcataaaagataagttttgcacaaattggaaaaaaaatcaaagaatttagcta------ccgga----tcgtgccacgatggacctgaattgtggcacg 26337302  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||||||||||||  ||||    
T  26337303 tttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagatt 26337402  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||     
T  26337403 aatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatgatgggcttttcagaaatcctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaag 26337502  T
Q  557 cttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattta 656  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | | |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26337503 cttaggggagattttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaataacacgcattcgatctcaccaaactcatagttggttctggttta 26337602  T
Q  657 tgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 747  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  26337603 tgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagacgagtctttgtgat 26337693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 33920272 - 33920857
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagtttt-ttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33920272 tgatgacagtacgtcattactagttttcttagtcatatatgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 33920371  T
Q  277 -gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggca 375  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||       |||||    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33920372 agattcataaaagagaagttttgcacaaattgaagaaaaat-caagaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtggca 33920460  T
Q  376 cgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcac---------------------gatggttaagtaaatttgctgccacgtggga 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||                     ||||||| ||||||||| || ||||||  ||    
T  33920461 cgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgttgcacaatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttactaccacgtcaga 33920560  T
Q  455 ttaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa 554  Q
    |||||||   |||||||||| ||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  33920561 ttaatgaaggaatcgtgccatgatggacgcgaaacgcggcacgatggtgggcttttctaaaactctaattctttgtctataaaagccaaatgcgaccaga 33920660  T
Q  555 atcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  33920661 agcttagg-gcaattttggagacctaaacagagcatagacgtcaccaggaagctgaagaacacgtggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtt 33920759  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33920760 tatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttattagtagctaaactcttagatcgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33920857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 9689892 - 9690478
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9689892 tgatgacagtacgtcattgctagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagttcaag 9689991  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||       |||||    ||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  9689992 attcataaaagagaagttttgcacaaattgaagaagaac-caaaaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatgaacctgaatcgtggcacg 9690080  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||||| ||||||  ||||    
T  9690081 tttgaagcgtgaaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctaccacgtcagatt 9690180  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| || ||     
T  9690181 aatgaaggaatcgtgctacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctcaaaccctaattctttgtctataaaagtcatatgcgatcagaag 9690280  T
Q  557 ctt-ag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| | | ||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  9690281 ctttagtgtgcgattttggagacctaaacatagcatagacgatactaggaagccgaagagcacgcattggatctcacaaaactcatagttggttctggtt 9690380  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  9690381 tatgtatgtttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagattgattgagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 9690478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 35433464 - 35432878
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35433464 tgatgacagtacgtcaacacta-tttattagtcatatttgtatattttttataatgttttgagagtcaaatgcgtgtatgcatggttaaatcagctcaag 35433366  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||       | ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  35433365 attcataaaagagaagttttgcataaattggagaagaatgcaagaatttagcta------cgggagaaatcgtgccacgatggacctgaattgtggcacg 35433272  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatg--------------------gttaagtaaatttgctgccacgtgggatta 457  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| |  |||||||||||||||| ||||                    ||| ||||||||| ||||||| | |||| |    
T  35433271 tttgaagcgtgtaatttacctaaaattgttggaaaaatcgtggcatgatgatgtgtaacgtgccacgatagttgagtaaattttctgccacttaggataa 35433172  T
Q  458 atgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatc 557  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || || |    
T  35433171 atgagtaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattcgttgtctataaaagccagatgcgatcagaagc 35433072  T
Q  558 tta-ggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattta 656  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   ||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  35433071 ttatggttcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccagaaagcctaagagcacatagtagatctcaccaaactcatagttggttctggttta 35432972  T
Q  657 tgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35432971 tgtatg-ccacta-tttctatgtatttgattgtttagttatgagtaaataaactcttagattgattaagccatgggatgaatctttgtgatctgtg 35432878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 240 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 34653800 - 34653618
Alignment:
Q  240 gagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgct 339  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||      || | ||    
T  34653800 gagtcaattgtttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattgaagaagaatgcaagaattt------agctact 34653707  T
Q  340 ggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  34653706 ggagaaatcgtgccacgatggacctgaattgtagcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcaccatgg 34653618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 3194260 - 3194448
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  3194260 tttagagagtcaattgtttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 3194353  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3194354 gctactggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacatttaaagcgtgaaatttatctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgg 3194448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 178 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 40183157 - 40183020
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40183157 tgatgacagtacgtcattactaattttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 40183058  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  40183057 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaa 40183020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 632 - 731
Target Start/End: Original strand, 25184989 - 25185088
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || | |||   | | ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  25184989 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgattgtttagttatgagtggttaaactcttagtttgattgagccatga 25185088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 622 - 734
Target Start/End: Original strand, 36330329 - 36330443
Alignment:
Q  622 tggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattg-tttagttatgagtagctaaactcttagattg 719  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |  || |||| ||| ||||||||||||| | || |||||||     
T  36330329 tggatctcacaccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgttattaattgttttggttatgagtagcttagcttttagattc 36330428  T
Q  720 attaagccatgagat 734  Q
    | ||||| |||||||    
T  36330429 actaagcaatgagat 36330443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 1506522 - 1506458
Alignment:
Q  92 tacattactacattttaaaatataattcacttgtaacaatcatctaatttattgtcttttatatg 156  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1506522 tacattactgcatattaaaatgtaatttacttgtatcaatcatctaacttgttgtcttttatatg 1506458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 34653657 - 34653617
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  34653657 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcaccatgga 34653617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Original strand, 3194410 - 3194449
Alignment:
Q  322 aatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3194410 aatttatctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgga 3194449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 4732527 - 4732446
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||| | ||||||||||    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4732527 tgctgccacttaggattaatgaagccatcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 4732446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 611 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 16090961 - 16090911
Alignment:
Q  611 agaacacgcagtggatct-cacccaactcatagttggttctgatttatgta 660  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16090961 agaacaagtagtggatcttcaaccaactcatagttggttctgatttatgta 16090911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 440 - 518
Target Start/End: Original strand, 25184795 - 25184873
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaacc 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||    ||||||||| ||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25184795 tgctgccacgtaggattaatgaagtgatcgtgccatgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaacc 25184873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 28448 - 29037
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28448 tgatgacagtatgtcaacactaggtttttagtcatatttgcgtcgtttttgtaatgttttgagattcaaatgcttgtatacatggttaaatcagcttaag 28547  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||       ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||     
T  28548 attcataaaagataagttttgcacaaattcgagaagaatgcaagaatttaacta------ctggagaaatcgtgccacgatgggcctgaatcatggcaca 28641  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcac---------------------gatggttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||                     ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  28642 tttgaagcgtggaatttacctgaatatgctggaaaaatcgtggcacaatggatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggatt 28741  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||| ||||| ||||||| ||     
T  28742 aatgagaaaatcgtaccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtttttaaaatccagaagcgaccagaag 28840  T
Q  557 cttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||  | |||||||||| |||||||||   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  28841 cttggggtgcgattttggggacctaattagagcatagacgacaccaggaagtcgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttatggttt 28940  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28941 atgtatgttcactattttctatgtatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 29037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 52251 - 52834
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52251 tgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 52350  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    ||||| |||||||||| |||| |||||||| |||| |||  || || ||| ||       |||||    ||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  52351 attcaaaaaagagaagttttgtacaaattggagaaaaatcaaaaaagttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtg-caca 52439  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaat---------------------cgtggcacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||                     |||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||    
T  52440 tttgaagcgtggaattcaccttaagatactggaaaaatgatggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagatt 52539  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||||||||||| | | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||     
T  52540 aatgaaggaatcgtgccacgatggacgcaaaatgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaacc-taattctttttctataaaagtcatatgcgaccaaaag 52637  T
Q  557 cttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  52638 cttagggtgcgattctggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttcaggttt 52737  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  52738 atgtatgttcgctattttctatttatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagacatgagatgtatctttgtgatctgtg 52834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 234 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 50197852 - 50197322
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||       
T  50197852 tttagagagtcaattgcttgtatacatgattaaatcatctcaagattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaatttagcta-- 50197755  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg----- 428  Q
        ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||         
T  50197754 ----ctggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtg 50197659  T
Q  429 ----------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttct 512  Q
                    || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |    
T  50197658 taacgtgccacgatggttgagtaaatttgctaccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaatgtggcacgatggtgggctttttt 50197559  T
Q  513 gaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| || || ||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |    
T  50197558 gaaaccctaattctttgtctattaaagtcagatgcgatcagaagcttaaagagcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctaaa 50197459  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  50197458 gaacacgcggtggatctcacccagctcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtaactaaactc 50197359  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatc 748  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50197358 ttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatc 50197322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Original strand, 33897511 - 33898041
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  33897511 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 33897603  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  33897604 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 33897699  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  33897700 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 33897799  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg---cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgc 610  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | | |||| || ||    || ||   |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||      
T  33897800 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaaggcgatcagaaggagagatggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaa 33897899  T
Q  611 agaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  33897900 agaacacgcattggatctcaccaagctcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaact 33897999  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33898000 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 33898041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 23442216 - 23441687
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  23442216 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataacagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 23442124  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||          
T  23442123 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagattctggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 23442028  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  23442027 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 23441928  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||    ||| |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |    
T  23441927 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaa 23441828  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  23441827 gaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactc 23441728  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23441727 ttagattgattaagccatgatatgaatctttgtgatctgtg 23441687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 177 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 34553678 - 34553086
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||||  ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34553678 atgatgatcgtacgtcattattagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 34553579  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||       |||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34553578 gattcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacctgaatcgtggcac 34553489  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcac---------------------gatggttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||                     ||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  34553488 gtttgaagcttggaatttacctgaagatactgaaaaaatcgtggcacaatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagat 34553389  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||   ||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||    
T  34553388 taatgaaggaattgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaattcagatgcgaccagaa 34553289  T
Q  556 tcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcat-----agttggttc 649  Q
     ||||| | |   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||    
T  34553288 gcttagagaggatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttgagttggttc 34553189  T
Q  650 tgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 749  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  34553188 tggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagttaaactcttagattgattaagcaatgagatgaatctttgtgatct 34553089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 18391525 - 18392109
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18391525 tgatgacaatacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcttttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtata-atggttaaatcagctcaag 18391623  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||       |||||    ||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  18391624 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatt-aagaatttagcta------ctgga----tcgtgccacgatggacttgaatcgtggcacg 18391712  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgat---------------------ggttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||                     |||| |||||||||||||||||||  ||||    
T  18391713 tttgaagcgtgaaatttacctaaagatactggaaaaattgtggaacgatagatatgtaacgtgccatgatggtttagtaaatttgctgccacgtcagatt 18391812  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   ||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||     
T  18391813 aatgaaggaattgtgccacgatggacacgaaacgtggcacgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaag 18391912  T
Q  557 cttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18391913 ctttgtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 18392012  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||   |  ||||||| ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18392013 atgtatgttatattatttctatgtatttgatgttttagttatgagaagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 18392109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 185 - 704
Target Start/End: Original strand, 6194971 - 6195508
Alignment:
Q  185 agtacgtcaacactagtttttt-agtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcat 283  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||| ||||||||||      
T  6194971 agtacgtcaacactagtttttttagttatatttttgtcatttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgaatacatggataaatcaactcaagattctc 6195070  T
Q  284 aaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaa 383  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||       ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  6195071 aaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatacaagaatttagcta------ctggagaaatcgtgccacaatgaacctgaatcgtggcacgtttgaa 6195164  T
Q  384 tcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg---------------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgag 462  Q
     |||| | |||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||                     || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6195165 gcgtgaagtttacctgaagatgttggaaaaatcgtggtacgatggatgcgtaacgtgccacgacagttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgag 6195264  T
Q  463 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-atcttag 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||| |||||| |||| || || | | ||   ||    
T  6195265 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctaaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaactagagattaaag 6195363  T
Q  562 gtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 659  Q
    |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6195364 gtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaagaagctgaagaacacgtggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 6195463  T
Q  660 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagc 704  Q
    ||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6195464 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagc 6195508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 49718883 - 49719071
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  49718883 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 49718976  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||| ||| |||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  49718977 gctactggagaaattgtgccacgatggacctgagttgtggcacatttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgacacgatgg 49719071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 49715404 - 49715592
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||      |    
T  49715404 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcataaattggagaagaatgcaagaattt------a 49715497  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  49715498 gctactggagaaattgtgccacgatggacctgagttgtggcacgtttgaagcgtgaaatttacctgaagatgctggaaaaattgtgacacgatgg 49715592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 71 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 44142361 - 44142265
Alignment:
Q  71 gagttagaagagtgcacacattacattactacattttaaaatataattcacttgtaacaatcatctaatttattgtcttttatatgttaacccaattt 168  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  44142361 gagttcgaagagtgcacaaattgcattactacattttaaaatataattcatctgtaacaatcatctaatttattgtc-tttatatgtcaacacaattt 44142265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 49719032 - 49719072
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49719032 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgacacgatgga 49719072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 44129730 - 44129628
Alignment:
Q  72 agttagaagagtgcacacattacattact--acattttaaaatataattcacttgtaacaatcatctaatttattgtcttttatatgttaacccaattta 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||      ||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||||    
T  44129730 agttagaagagtgcacacattacattacaggactttttaaa------ttcacttgtaacagtcatccaatttacagtcatttatatgttaacacaattta 44129637  T
Q  170 atccttaat 178  Q
     | ||||||    
T  44129636 cttcttaat 44129628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 613 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 13795484 - 13795432
Alignment:
Q  613 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 664  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13795484 aacacgcagtagatctcacaccaactcatagttggttttgatatatgtatgtt 13795432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Original strand, 28917785 - 28917865
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  28917785 tgctgccacgtaggattaatgaagtcatcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc--ttctgaaaccctaa 28917865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Original strand, 49715554 - 49715593
Alignment:
Q  322 aatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  49715554 aatttacctgaagatgctggaaaaattgtgacacgatgga 49715593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 20674 - 20088
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  20674 tgatgacagtacatcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgcatacatggttaaatccactcaag 20575  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||  ||||||||| ||    ||  ||||    |||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  20574 attcataaaagagaaattttgcacaaattggagaaaaatcaaagaatttagct----at--tgga----tcgtgctacgatggacctgaattgtggcacg 20485  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     ||||||||||||||||| |  ||||    
T  20484 tttgaagcgtagaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtgccacgatggtttagtaaatttgctgccacttcagatt 20385  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||     
T  20384 aatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaag 20285  T
Q  557 cttagg-tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20284 cctagggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctggttt 20185  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20184 atgtatgttcgatattttctatgtatttgattttttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 20088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Original strand, 5827153 - 5827742
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5827153 tgatgaaagtacgtcaaaactagttttttagtcatatttgcgttgtttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaatcagcttaag 5827252  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||       ||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  5827253 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaattcaagaatttagcta------ctggagaaatcgtgctacgatggacctgaatcatggcgcg 5827346  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg---------------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||                     || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  5827347 tttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtgtaacgtgccatgatggttgagtaaatttgctgcctcgtaggatt 5827446  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||| | ||| | ||||||||||| ||||||| ||     
T  5827447 aatgggcaaatcgtgccacaatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggttttt-tgaaaccccaattttgtgtatataaaagccagaagcgaccagaag 5827545  T
Q  557 cttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    ||| | | ||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  5827546 ctttgcgggcgattttgaagacctaaatagagcatagacgacactaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttttggttt 5827645  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5827646 atgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtggctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 5827742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 177 - 750
Target Start/End: Original strand, 13331215 - 13331803
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||    
T  13331215 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgaatacatggataaatcagctcaa 13331314  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||       |||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  13331315 gattcacaaaagagaatttttgcacaaattggagaagaatgcaaaaatttagcta------ctggaggaatcgtgccacgatggacctaaatcgtggcac 13331408  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaat-------------------cgtggcacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggatta 457  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| ||                   |||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13331409 gtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctgaaaatattggcacgatgaatgtgtaacgttccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggatta 13331508  T
Q  458 atgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-at 556  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| | ||    
T  13331509 atgagaaaatcgtgacacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagat 13331607  T
Q  557 cttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatt 654  Q
       |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13331608 taaaggtgtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagctggttctgatt 13331707  T
Q  655 tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctg 750  Q
    || ||||||||  |  ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13331708 tacgtatgttctattatttatatgtatttgattgtttagttatgcgtagctaaactcttggattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctg 13331803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 177 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 39660959 - 39660362
Alignment:
Q  177 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaa 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||    
T  39660959 atgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcataattgcgtcgtttttgtaatgttttgagagtcaaatacttgtatacatggt-aaataagctcaa 39660861  T
Q  277 gattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag-atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggca 375  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39660860 gattcatataagagaagttttgcacaaattttagaatgatgcaagaatttagctacaggatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaaccgtggca 39660761  T
Q  376 cgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacg---------------------atggttaagtaaatttgctgccacgtggga 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||                     |||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  39660760 cgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaattgtggcacgatggatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgatgccacgtagga 39660661  T
Q  455 ttaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa 554  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| | ||||||||||||||||| | ||||  | ||||||||| |||| | |     
T  39660660 ttaatgagaaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtgacacaatggtggac-tttctgaaaccctaattttgtgtcaattaaagccagaagcgatc-ag 39660563  T
Q  555 atcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctga 652  Q
    |  ||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39660562 agattaggtgtgcgattttggagacctaaacagagcaaagacggcatcaggaagctgaagaacgcgcggtggatctcacccaactcatagtacgttctga 39660463  T
Q  653 tt----tatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatc 748  Q
    ||    |||||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  39660462 tttatatatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcacgagatgaatctttatgatc 39660363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 255 - 749
Target Start/End: Original strand, 9466354 - 9466841
Alignment:
Q  255 atacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtca 354  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||||| ||       || || |||||||| |     
T  9466354 atacatggataaatcagttcaagattcacaaaagagaagttttgcacaaattggataagaatacaggaatttagcta------ctagagaaatcgtgccg 9466447  T
Q  355 cgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaat---------------------cgtggcacgatggttaag 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||                     |||| |||||||||||||    
T  9466448 cgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctaaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtgtaacgtgccacgatggttaag 9466547  T
Q  434 taaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctg 533  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||                     |||||| |||| ||||||||||||| | |||||     
T  9466548 taaatttgctgccacataggattactgagcaaatcgtgccacgat---------------------ggtgggatttt-tgaaaccctaattttgtgtcta 9466625  T
Q  534 taaaagccagatgcgaccaaa-atcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacc 632  Q
    |||||| ||||  |||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9466626 taaaagtcagaaacgaccagagattatgggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaacaggaagctgaagaacacacagtggatctcacc 9466725  T
Q  633 caactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt-ttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9466726 caactcatagttgcttctgatttatgtatgtt--atattattctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatga 9466823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 14187089 - 14187277
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||      |    
T  14187089 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcatgaaagagaagttctgcacaaattgaaaatgaatgcaagaattt------a 14187182  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  14187183 gctactggagaaatcatgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttaactgaagatgctggaaaaatggtggcacgatgg 14187277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 27864259 - 27864178
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27864259 tgctgccacgtaggattaatgaaggcatcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 27864178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 24904043 - 24903960
Alignment:
Q  586 agcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 668  Q
    |||||||| | |||||||| |||| |||||| ||  || ||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24904043 agcatagaagacaccaggagactgaagaacaagccctgaatctcataccaactcatagttggtccagatttatgtatgttcact 24903960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 690 - 731
Target Start/End: Original strand, 22653923 - 22653964
Alignment:
Q  690 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22653923 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 22653964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 178 - 747
Target Start/End: Original strand, 3385 - 3969
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  3385 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgcgtcgtttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatgggtaaatcaacttaag 3484  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||    ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  3485 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgaaagaagttagct----at--tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcatg 3578  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatg---------------------gttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||                     ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  3579 tttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgaatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgctaccacgtaggatt 3678  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||| ||||||     
T  3679 aatgagaaaattgtgccacaatggtcttgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcggccaaaag 3777  T
Q  557 ctta-ggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    |||  || ||||||||||||||||||| | ||  |||||| | ||||||| | | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  3778 cttgcggggcgattttggagacctaaatagagtgtagacgacgccaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggttt 3877  T
Q  656 atgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 747  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3878 atgtatgtttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattaattaagccatgagaagaatctttgtgat 3969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 235 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 40678705 - 40678175
Alignment:
Q  235 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaag 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  40678705 ttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaag-tttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttac------ 40678613  T
Q  335 atgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg------ 428  Q
        |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||          
T  40678612 ----tggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggacgtat 40678517  T
Q  429 ---------------ttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctg 513  Q
                   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  40678516 aacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctg 40678417  T
Q  514 aaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    ||| |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |    
T  40678416 aaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagaggggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaa 40678317  T
Q  612 -gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaact 710  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40678316 agaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaact 40678217  T
Q  711 cttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40678216 cttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 40678175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 178 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 38317041 - 38316449
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  38317041 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgttttgagagtcaaatgtttgaatacatggataaatcacctcaag 38316942  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      || | || || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  38316941 attcacaaaagagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------agctacttgagaaatcgtgctacgatagacctgaatcgtggcacg 38316848  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaat---------------------cgtggcacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||                     |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||    
T  38316847 tttgaagcgtggaatttacctgaaaatgctggaaaaatcgtaacacgatggatgtgtaacgtgccacgatggttgagtaaatttgctgccacataggatt 38316748  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgacca-aaa 555  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| | |    
T  38316747 aatgagcaaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggac-tttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagaga 38316649  T
Q  556 tcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgat 653  Q
    |   ||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38316648 ttaaaggtgtgcgattttggagacctaaactgagcatagacaacaccaggaagctgaagaacatgcagtgcatctcacccaactcattgttggttctgat 38316549  T
Q  654 ttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttaga-ttgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38316548 ttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagatttgattaagccatgagatgaatctttgtgatatgtg 38316449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 178 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 30994715 - 30994216
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30994715 tgatgacagtacgtcattactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcttgtatacatggttaaattagctcaag 30994616  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacg 377  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||||||||      | | |||||    ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  30994615 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaaaaatcaaagaattta------gttactgga----tcgtgccacgatggacctaaatcgtggcacg 30994526  T
Q  378 tttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta---------------------agtaaatttgctgccacgtgggatt 456  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||                     |||||||||||||||||||  ||||    
T  30994525 tttgaaacgtggaatttacctgaagatactggaaaaatcgtggcacgatggatatgtaacgtaccacgatgatttagtaaatttgctgccacgtcagatt 30994426  T
Q  457 aatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaat 556  Q
    |||||   |||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||     
T  30994425 aatgaaggaatcgtgccacgatggacgcgaaacgtgccacgatggtgggattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaag 30994326  T
Q  557 ctta-ggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 655  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994325 cttagggtgcgattttggagacctaaacttagcataaacggcaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgattt 30994226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 180 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 9748587 - 9748056
Alignment:
Q  180 atgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9748587 atgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcgtttttgtaatgttttgagattcaaatgcttgtatacatggttaaatcagcttaagat 9748488  T
Q  280 tcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtt 379  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      || | || || ||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  9748487 tcataaaatagaagttttgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------agctacttgagaaaccgtgccacgatagacctgaatcatggcacgtt 9748394  T
Q  380 tgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtgg---------------------cacgatggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaa 458  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||                     |||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||    
T  9748393 tgaagcgtggaatttaactgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtgtaaagtgccacgatggttgagtatatttgcggccacgtaggattaa 9748294  T
Q  459 tgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatct 558  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||          |    
T  9748293 tgagcaaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagc---------tt 9748204  T
Q  559 taggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatg 658  Q
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||    
T  9748203 ggggtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagttgaagaacacgcgttggatctcaccaaactcctagttgattctggtttatg 9748104  T
Q  659 tatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagcta 706  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9748103 tatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagcta 9748056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 29434819 - 29435007
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  29434819 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattt------a 29434912  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
    | | ||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  29434913 gctactggagaaattgtgccacgatggacctgagttgtggcacgtttgaagcgtagaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgg 29435007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 38325434 - 38325622
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||| ||       
T  38325434 tttagagagtcaattgtttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaataggagaagaatgcaaaaatttagcta-- 38325531  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
        ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  38325532 ----ctggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctgaaaaaatcgtggcacgatgg 38325622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 38327325 - 38327137
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||| ||       
T  38327325 tttagagagtcaattgtttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaataggagaagaatgcaaaaatttagcta-- 38327228  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
        ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  38327227 ----ctggagaaatcgtgccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctgaaaaaatcgtggcacgatgg 38327137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 234 - 327
Target Start/End: Original strand, 4576974 - 4577067
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4576974 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagatttataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattta 4577067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 634 - 731
Target Start/End: Original strand, 18011556 - 18011652
Alignment:
Q  634 aactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 731  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  18011556 aactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 18011652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 320 - 361
Target Start/End: Original strand, 29434967 - 29435008
Alignment:
Q  320 agaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29434967 agaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgga 29435008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2649051 - 2648970
Alignment:
Q  440 tgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 522  Q
    ||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2649051 tgctgccacgtaggattaatgaggtgatcgtgtcacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 2648970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 38325583 - 38325623
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  38325583 gaatttacctgaagatgctgaaaaaatcgtggcacgatgga 38325623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 38327176 - 38327136
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  38327176 gaatttacctgaagatgctgaaaaaatcgtggcacgatgga 38327136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 632 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 24385685 - 24385654
Alignment:
Q  632 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24385685 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 24385654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 234 - 752
Target Start/End: Original strand, 3746 - 4280
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagct-ttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctga 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||      
T  3746 tttagagagtcaattgcttgtatacatgattaaatcatctcaagattcataaaagagaagttgttgcacaaattggagaagaatgcaagaatttagcta- 3844  T
Q  333 agatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatggtta- 431  Q
         ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  3845 -----ctggagaaatcgtaccacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatactggaaaaatagtggcacgatggatat 3939  T
Q  432 --------------------agtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttc 511  Q
                        |||||||||||||| || |  |||||||||   |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3940 gtaacgggccatgatggtttagtaaatttgctgcaacatcagattaatgaaggaatcgtgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttc 4039  T
Q  512 tgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca 611  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || || |||  | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |    
T  4040 tgaaaccctaattctttgtctataaaatccagatgcgatcagaagcttgaggggatttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaagaagctaaa 4139  T
Q  612 gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactc 711  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  4140 gaacacgcagtggatctcgccaaactcatagttggttctggtttatgcatgttcgctaatttctatgtatttgattgtttagttatgagacgctaaactc 4239  T
Q  712 ttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4240 ttagatagattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 4280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 5)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 178 - 665
Target Start/End: Original strand, 299 - 808
Alignment:
Q  178 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcatttttgtaatgtttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaag 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  299 tgatgacagtacgtcaacactagttttttagtcatatttgtgtcctttttgtaatgttttgagagtcaaatgcatgtatacatggttaaatcagcttaag 398  T
Q  278 attcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacct-gaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcac 376  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||    |||| || ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||    
T  399 attcataaaagagaagttttgcacaaattggagaataatgcaagaatttagctactggatgttgaaaaaatcttaccacgatggacctgaatcgtgacac 498  T
Q  377 gtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcac---------------------gatggttaagtaaatttgctgccacgtgggat 455  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||                     ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  499 gtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatggatgtttaacgtgccatgatggttgagtaaatttactgccacgtaggat 598  T
Q  456 taatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaa 555  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  ||| | |    
T  599 taatgaggaactcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggc-tttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagaaacc-aga 696  T
Q  556 tcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgat 653  Q
      ||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  697 gattaggtgtgcgattttggagacctaaagagagcataaacgacaccaggaggctgaagaacacgcaatggatttcacccaactcaaagttggttttgat 796  T
Q  654 ttatgtatgttc 665  Q
    ||||||||||||    
T  797 ttatgtatgttc 808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 426 - 752
Target Start/End: Original strand, 1649 - 1975
Alignment:
Q  426 tggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattc 525  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||     
T  1649 tggtttagtaaatttactgccacataggattaatgagcaaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattt 1747  T
Q  526 tttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtg 623  Q
    ||| ||| | ||||||||| ||||||| |   |||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||  |||||||||| ||    
T  1748 tttttctatgaaagccagaagcgaccagaga-ttaggtgtgcgattttggagacctaaacagagcagagacgataccaggaagctaaagaacacgcaatg 1846  T
Q  624 gatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatta 723  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||  |  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1847 gatttcacccaactcataattggttttgatttaagtatgttctattatttctatgcatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatga 1946  T
Q  724 agccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1947 agccatgagatgaatctttatgatctgtg 1975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 426 - 665
Target Start/End: Original strand, 839 - 1078
Alignment:
Q  426 tggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattc 525  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||     
T  839 tggttgagtaaatttactgccacgtaggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattt 937  T
Q  526 tttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtg 623  Q
    | ||||| ||||||||||| | |||| | |  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||    
T  938 tgtgtctataaaagccagaagggacc-agagattaggtgtgcgattttggagacctaaacagagcatggacgacactaggaagctgaagaacacgcaatg 1036  T
Q  624 gatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 665  Q
    ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  1037 gatttcacccaacttatagttggttttgatttatgtatgttc 1078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 432 - 695
Target Start/End: Original strand, 1385 - 1648
Alignment:
Q  432 agtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtc 531  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||    
T  1385 agtaaatttactgccacataggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtc 1483  T
Q  532 tgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctc 629  Q
    | ||||||||||| |||||| | |  ||||  ||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||    
T  1484 tataaaagccagaagcgacc-agagattaggtgtgcgatttcgaagacctaaaccgagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcaatggatttc 1582  T
Q  630 acccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagtt 695  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||  |  |||||||  |||| |||||||||||    
T  1583 acccaacttatagttggttttgatttgtgtatgttctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 426 - 695
Target Start/End: Original strand, 1109 - 1378
Alignment:
Q  426 tggttaagtaaatttgctgccacgtgggattaatgagcaaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattc 525  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||     
T  1109 tggttgagtaaatttactgccacgtaggattaatgagcaactcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggc-tttatgaaaccttaattt 1207  T
Q  526 tttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag--gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtg 623  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||| | |  ||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| |     
T  1208 tgtgtctataaaagccagaagcgacc-agagattaggtgtgcgattttggagacctaaatagagcatagacgacactaggaagctgaagaatacgcaata 1306  T
Q  624 gatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagtt 695  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||  |||| |||||||||||    
T  1307 gatttcacccaactcgtagttggttttgatttatgtatgttctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 160; Significance: 7e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 502 - 752
Target Start/End: Original strand, 13056 - 13307
Alignment:
Q  502 tgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcacc 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13056 tgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttggtgggcgatttaggagacctaaacagagcatagacggcacc 13155  T
Q  601 aggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgag 700  Q
    ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13156 aggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcattgttggttctggtttatgtatgttcattattttatatgtatttgattgtttagttatgag 13255  T
Q  701 tagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 752  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13256 tagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0382 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0382
Description:

Target: scaffold0382; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 428
Target Start/End: Original strand, 16333 - 16521
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaatttacctgaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||| |        
T  16333 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcttaaaagagaagttctacacaaattggagaagaatgcaagaatttaac---- 16428  T
Q  334 gatgctggaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttgaatcgtggaatttacctgaaaatactggaaaaatcgtggcacgatgg 428  Q
      | ||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  16429 --tactggagaaatcgtgcaacgatggacctaaatcgtggcacgtttgaagcgtggaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgg 16521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0382; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 16482 - 16522
Alignment:
Q  321 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtgtcacgatgga 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16482 gaatttacctgaagatgctggaaaaatcgtggcacgatgga 16522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 3)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 234 - 327
Target Start/End: Original strand, 12731 - 12824
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12731 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctacacaaattgaagaagaatgcaagaattta 12824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 234 - 327
Target Start/End: Original strand, 26747 - 26840
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26747 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctacacaaattgaagaagaatgcaagaattta 26840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 234 - 327
Target Start/End: Original strand, 16805 - 16898
Alignment:
Q  234 tttagagagtcaattgcttgtatacatggttaaatcagctcaagattcataaaagagaagctttgcacaaattgaagaagaatgcaagaattta 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16805 tttagatagtcaattgcttgtatacatggttaaatcatctcaagattcataaaagagaagttctgcacaaattggagaagaatgcaagaattta 16898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 613 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 468987 - 468871
Alignment:
Q  613 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgt-ttagttatgagtagctaaact 710  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   |  || |||| |  || ||||| ||||||| |||||||||| ||    
T  468987 aacacacagtggatctcacaccaactcatagttggtcctgatttatgtatgttttattattcctatgttgttaattgtcttagttaagagtagctaagct 468888  T
Q  711 cttagattgattaagcc 727  Q
     ||||||||||||||||    
T  468887 tttagattgattaagcc 468871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 469259 - 469218
Alignment:
Q  341 gaaaaatcgtgtcacgatggacctgaatcgtggcacgtttga 382  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  469259 gaaaaatcgtgccacgatggacctgtatcgtggcacgtttga 469218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University