View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3223_low_1 (Length: 849)

Name: NF3223_low_1
Description: NF3223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3223_low_1
NF3223_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-835)||(39298015-39298835)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 39298835 - 39298015
Alignment:
Q  1 aggcggccgagcttgcgtcgaaatcggtggatgttgtgaaaggtttggctgcttctgctggcgagactgctaaggagtttactgctaagaagaaagatga 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298835 aggcggccgggcttgcgttgaaatcggtggatgttgtgaaaggtttggctgcttctgctggtgagactgctaaggagtttactgctaagaagaaagatga 39298736  T
Q  101 atcatggcgtgactatgagactaaaagggcttctggtcaacttcaggttctgttctatacattcatcacttttattagactatttcttttttatcatcat 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298735 atcatggcgtgaatatgagactaaaagggcttctggtcaacttcaggttctgttctatacattcatcacttttattagactatttcttttttatcatcat 39298636  T
Q  201 gtttacttttcataatcaaatgtttagttaagtttgattcaactggtataaatgacatgatacttgataatgaatgaatacactgaaaattttggtttga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||                  
T  39298635 gtttacttttcataatcaaatgtttaattaagtttgattcaactggtataaatgacatgatacttgataatgactgaatacactga-------------- 39298550  T
Q  301 ttttaggaaggtgaagagatcatgccatcatccggaggtatcggcgaaaatgtgagcaactattctcaaaaaatgatgccaactggggaaagaactcaag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298549 ttttaggaaggtgaagagatcatgccatcatcaggaggtatcggcgaaaatgtgagcaactattctcaaaaaatgatgccaactggggaaagaactcaag 39298450  T
Q  401 cacaaggtactaattatcaagagaaggggaggggaagcaatgtgatgtcaagcattggtgaaactgtgggaaatgttggagagaaagttggtgaaacaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298449 cacaaggtactaattatcaagagaaggggaggggaagcaatgtgatgtcaagcattggtgaaactgtgggaaatgttggagagaaagttggtgaaacaat 39298350  T
Q  501 ggcaaatgttggtgataaaatgaagaaaccatttgaaaacatgacaagttcaggtcaagtacaaggaggaagtgataaaccattaggaggaagtgatgta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298349 ggcaaatgttggtgataaaatgaagaaaccatttgaaaacatgacaagtacaggtcaagtacaaggaggaagtgataaaccattaggaggaagtgatgta 39298250  T
Q  601 ttgggagctgtgactgaaactgtgagtgatattggaaataacatggttaaagcaacagataatagtaaagttaatctttctcaagagggacaaggtggtg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39298249 ttgggagctgtgactgaaactgtgagtgatattggaaataacatggttaaagcaacagataatagtaaagttaatatttctcaagagggacaaggtggtg 39298150  T
Q  701 gtgttttggatgctattggtgaaaccatagctgaaattgcacatacaactaaagtcattgttgttggtgaggatgatgaagtagtacatgagtcaaggaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39298149 gtgttttggatgctattggtgaaaccatagctgaaattgcacatacaactaaagtcattgttgttggtgaggatgatgaagtattagatgagtcaaggaa 39298050  T
Q  801 gaatattgggtcagagtctcactcaagtggtcgtg 835  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298049 gaatattgggtcagagtctcactcaagtggtcgtg 39298015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University