View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3226-Insertion-6 (Length: 879)

Name: NF3226-Insertion-6
Description: NF3226
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3226-Insertion-6
NF3226-Insertion-6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-879)||(52987611-52988499)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 794; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 879
Target Start/End: Original strand, 52987611 - 52988499
Alignment:
Q  6 cactaaacaaagaaatgcttgcataaaaaactatcatctattcatcccacaattctggtccctgtatcaagatcaagatgttgtagcctattaaatataa 105  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52987611 cactaaacaaagaaatgtttgcataaaaaactatcatctattcatcccacaattctggtccctgtatcaagatcaagatgttgtagcctattaaatataa 52987710  T
Q  106 ccaattgcaattatttatttaaagttttccacat--------------ggtaaacattaatgtgcataaacaagattgctaactttgttgcttatgctgc 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||              ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52987711 ccaattgcaattatttatttaaagttttccatatttgttattccatatggtaaacattaatttgcataaacaagattgctaactttgttgcttatgctgc 52987810  T
Q  192 ctggagtcagttacacctattctgtaacaatttctgataaacctacaaaactaccagcccctgaatgtccatgcctgccacagcattccttcatgtagct 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52987811 ctggagtcagttacacctattctgtaacaatttctgataaacctacgaaactaccagcccctgaatgtccatgcctgccacagcattccttcatgtagct 52987910  T
Q  292 cttgcaacatccaccaacttctctcttgtcaaaactaatgcaagcatgcataattgacgattcgatcgattcctttgaatagccctcattcttgcaacat 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52987911 cttgcaacatccaccaacttctctcttgtcaaaactaatgcaagcatgcataattgacgattctatcgattcctttgaatagccctcattcttgcaacat 52988010  T
Q  392 ggactaacttccctctcatttggaccctcacagccaccacacacaacaggcaatttggggcagtctgtacaagaatctttttctttctctgccagacttg 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52988011 ggactaacttccctctcatttggaccctcacagccaccacacacaacaggcaatttggggcagtctttacaagaatctttttctttctctgccagatttg 52988110  T
Q  492 aacaaccatgcatcgaggctaattcaacgtgctcggttatgatgtcaatagatatttcatctgtctcgtgcttcttaaaatcagaatgacaacctgattt 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52988111 aacaaccatgcatcgaggctaattcaacgtgctcggttatgatgtcaatagatatttcatctgtctcgtgcttcttaaaatcagaatgacaacctgattt 52988210  T
Q  592 ctggtgctgaatgtcatgaatggttccatggtctttcagattttcacaaccatggttcgaatggcaatgcttagtgacttgttgagtttctttcttatca 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52988211 ctggtgctgaatgtcatgaatggttccatggtctttcagattttcacaaccatggttcgaatggcaatgcttagtgacttgttgagtttctttcttatca 52988310  T
Q  692 cagggactgagatggcaatgagaaccaagtgaagtgtgatcatgagtatccatgttgatatttttgttatggcagtgttttgtcccgtgggacttatgtc 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52988311 cagggactgagatggcaatgagaaccaagtgaagtgtgatcatgagtatccatgttgatatttttgtaatggcagtgttttgtcccgtgggacttatgtc 52988410  T
Q  792 cctggcaattgccatgactgttcaccgcatctgcaccaatatcttctgcatttagattc-aatcatgaaaatctgaacaacacttgttt 879  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52988411 cctggcaattgccatgactgttcaccgcatctgctccaatatcttctgcatttagattcaaatcatgaaaatctgaacaaaacttgttt 52988499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University