View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3229_low_20 (Length: 449)

Name: NF3229_low_20
Description: NF3229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3229_low_20
NF3229_low_20
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (9-431)||(5352940-5353362)
chr4 (12-418)||(5391619-5392025)
chr4 (30-430)||(5425040-5425440)
chr4 (15-430)||(5347705-5348120)
chr4 (27-418)||(5469331-5469722)
chr4 (12-333)||(5411150-5411471)
chr4 (30-430)||(5377287-5377687)
chr4 (111-349)||(5500888-5501126)
chr4 (14-170)||(5400222-5400378)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (30-430)||(20327463-20327862)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (225-348)||(32547238-32547361)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 5353362 - 5352940
Alignment:
Q  9 agcagagatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccac 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5353362 agcacagatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaaatgatcagatggtaaattcccac 5353263  T
Q  109 ttaaatgattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaag 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5353262 ttaaatgattgagaaaaagagatatatatgtgaggtttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaag 5353163  T
Q  209 aagttgggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtattt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  5353162 aagttgggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattgacagtaagatagatcaatagtagacaaatgcttcagattggaaaaagaattt 5353063  T
Q  309 ggaagcgatcctgagaaatttgtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5353062 ggaagcgatcctgagaaatttgtatggcttagattcaagtattgaagagctgcaagcggtggaaagtctggtaaagaaccatggagatattgattatctg 5352963  T
Q  409 atatgtcaagtaactttaatgtt 431  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  5352962 atatgtcaagaaactttaatgtt 5352940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 5392025 - 5391619
Alignment:
Q  12 agagatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccactta 111  Q
    ||||||||||| |  || || ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    || |||||||| ||    |||||||||| ||| || |    
T  5392025 agagatgagggcattttacctttgaaagaattgaaccctaaatcaatgcttacaagattttgaagcccctcgaaatggctggatggtaaatccccgctca 5391926  T
Q  112 aatgattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaag 211  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |  || ||||| |  || ||||| | |||    
T  5391925 aatgattgagaaatagggatagatatgtgagattcttcgacatattgaaagaagggagtggacctgtgaggtagttggaagacatgtctagatacacaag 5391826  T
Q  212 ttgggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttgga 311  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  5391825 ttgggtgagttctgacattgaactgggaagtgttccgttgaattggcaataagatagatcaattgttgataactgctttagattggagatagtatttgga 5391726  T
Q  312 agcgatcctgagaaatttgtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgata 411  Q
    || | ||||||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||||||||  || || |||| ||||| |||||| |||||||    
T  5391725 agtggtcctgagaaatttgtattggtgagatttaagtagtgaagagatgcaagtggtggaaagtctggcaatgagccattgagattttgattgtctgata 5391626  T
Q  412 tgtcaag 418  Q
    |||||||    
T  5391625 tgtcaag 5391619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 30 - 430
Target Start/End: Original strand, 5425040 - 5425440
Alignment:
Q  30 ccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaatgattgagaaaaagtg 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||||| |||  |||  || |    
T  5425040 ccgttgaaagaattgaaccctaaattgatgctaacaagatttatgaggccctcaaaatgatttgatggtaaatttccacttaaataatttcgaaggaggg 5425139  T
Q  130 atatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaagttgggtgagttttgacat 229  Q
    |||||||| |||| || ||||||||  | ||||||||||||   ||||| |  |||||  | || |  || ||||||| |||||||||||| || |||||    
T  5425140 atatatatctgaggttcttggacatgcttaaagaagggagtaagcctgtgaagttattaaatgacaagtctagataaacaagttgggtgagcttagacat 5425239  T
Q  230 tgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagcgatcctgagaaattt 329  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5425240 tgaactgggaagtgttccattgaattggcagtgagatagatcaatagtcgacaggtgcttcagattggagatagtatttggaagtggtcctgagaaattt 5425339  T
Q  330 gtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgatatgtcaagtaactttaatg 429  Q
    |||| |   ||||| ||||| | ||||| | |||| | ||  || ||||  ||||||||||  |||| |||||| | |||||||||||| | ||||||||    
T  5425340 gtatcggcaagatttaagtacttaagagatgcaagtgttgagaaatctggcaaagaaccattaagattttgattgtatgatatgtcaaggacctttaatg 5425439  T
Q  430 t 430  Q
    |    
T  5425440 t 5425440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 430
Target Start/End: Original strand, 5347705 - 5348120
Alignment:
Q  15 gatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaat 114  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || || |  |||  |||||| ||||||||||    
T  5347705 gatgatggaacattcccattgaaagaattgaaccctaaattgatgctaacaagatttatgaggccctcaaaatggttggattttaaatttccacttaaat 5347804  T
Q  115 gattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaagttg 214  Q
    ||||| |||  || |||| || | |||| |||||||||||  | ||||||||||||   ||||| |  |||||  | || |  || ||||||| ||||||    
T  5347805 gattgcgaaggagggatagatgtctgaggtttttggacatgctcaaagaagggagtaagcctgtgaagttattaaatgacaagtctagataaacaagttg 5347904  T
Q  215 ggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagc 314  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  5347905 ggtgagttcagacattgaactaggaagtgttccattgaattggcagtgagataggtcaatagtcgacaggtgcttcagattggagatagtatttggaagt 5348004  T
Q  315 gatcctgagaaatttgtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgatatgt 414  Q
    | ||||||||||||||||| |   ||||| ||||| |  |||| | |||| ||||  || ||||  ||||||||||  |||| |||||| ||||||||||    
T  5348005 ggtcctgagaaatttgtatcggcaagatttaagtacttcagagatgcaagtggtgagaaatctggcaaagaaccattaagattttgattgtctgatatgt 5348104  T
Q  415 caagtaactttaatgt 430  Q
    |||| | |||||||||    
T  5348105 caaggacctttaatgt 5348120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 27 - 418
Target Start/End: Original strand, 5469331 - 5469722
Alignment:
Q  27 tttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaatgattgagaaaaa 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  |  || ||||||||  | ||||||||  | ||    |||||||||| ||| || || ||||||||||| |    
T  5469331 tttcctttgaaagaattgaaccctaaatcaatactgacaagatttttaaggccctcataatggctggatggtaaatccccgctcaagtgattgagaaata 5469430  T
Q  127 gtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaagttgggtgagttttga 226  Q
      |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||| |  || ||||||| |||||||||||||| |||    
T  5469431 aggatagatatgtgaggttcttggacatattgaaagaagggagtgtacctgtgaggttattggaagacacgtctagataaacaagttgggtgagttctga 5469530  T
Q  227 cattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagcgatcctgagaaa 326  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||| |||    
T  5469531 cattgaattgggaagtgttccattgaactggcaataagatagatcaatggttgataactgctttagattggagatagtatttggaagtgctcctgaaaaa 5469630  T
Q  327 tttgtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgatatgtcaag 418  Q
    |||| ||     || ||||| ||| |||||| | |||| | ||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  5469631 tttgaattcgcgagtttcaaatatcgaagagatgcaagtgctgggaagtctgctaacggaccatgaagatattgattgtttgatatgtcaag 5469722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 5411471 - 5411150
Alignment:
Q  12 agagatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccactta 111  Q
    ||||| |||||||  |||||  ||||| |||||||||||||||  ||| | ||||||||  | || |||||||| ||    |||||||||| |||||| |    
T  5411471 agagaggagggaatgtttcctgtgaaataattgaaccctaaatcaacgatgacaagatttttaagaccctcgaaatggctggatggtaaatccccactca 5411372  T
Q  112 aatgattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaag 211  Q
    ||||||||||||| |  |||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  || | ||||| |||    
T  5411371 aatgattgagaaataaggataaatatgtgaggttcttggacatattgaacgaagggagtggacctgtgaggttattggaagacatgtctaaataaacaag 5411272  T
Q  212 ttgggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttgga 311  Q
    ||||||||||| |||||||||  | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5411271 ttgggtgagttctgacattgaattgggaatcgttccattgaatttgcagtaagatagatcaatggttgatatctgcttcagattggagatagtatttgga 5411172  T
Q  312 agcgatcctgagaaatttgtat 333  Q
    || | |||| ||||||||||||    
T  5411171 agtggtcctaagaaatttgtat 5411150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 5377687 - 5377287
Alignment:
Q  30 ccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaatgattgagaaaaagtg 129  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || |  |  ||||||||||| |||||||||| |||   ||  || |    
T  5377687 ccgttgaaagaattgataccgaaattgatgctaacaagatttatgaggccctcaaaatagttggatggtaaatttccacttaaataatttccaaggaggg 5377588  T
Q  130 atatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaagttgggtgagttttgacat 229  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||  | ||||||||||||   ||||| |  |||||  | || |  || ||||||| || |||||||||||  |||||    
T  5377587 atagatatgtgaggttcttggacatgctcaaagaagggagtaagcctgtgaagttattaaatgacaagtctagataaacaatttgggtgagttcagacat 5377488  T
Q  230 tgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagcgatcctgagaaattt 329  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||||||||||    
T  5377487 tgaactgggaagtgttccattgaattggcagtgagatagatcaatagtcgacaggtgcttcagatttgagatagtatttggtagtggtcctgagaaattt 5377388  T
Q  330 gtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgatatgtcaagtaactttaatg 429  Q
    |||| |   ||||| | ||| | ||||| | |||| ||||  |||||||  |||||||||   |||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  5377387 gtatcggcaagatttaggtacttaagagatgcaagtggtgagaagtctggcaaagaaccactaagattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatg 5377288  T
Q  430 t 430  Q
    |    
T  5377287 t 5377287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 111 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 5501126 - 5500888
Alignment:
Q  111 aaatgattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaa 210  Q
    ||||||||| |||| |  |||| ||||||||| |  || ||||||||||||||||| || | |||||| |  ||||| || ||||  || ||| ||| ||    
T  5501126 aaatgattgtgaaataaggatagatatgtgaggtccttagacatattgaaagaaggaagggaacctgtgatgttatttgaggataagtctagaaaaacaa 5501027  T
Q  211 gttgggtgagttttgacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttgg 310  Q
    |||  ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  5501026 gtttagtgagttctgacattgaactgggaagtgttccattgaattggcagtaagagagatcaatggttgataactgcttcagattggatatagtatttgg 5500927  T
Q  311 aagcgatcctgagaaatttgtatggcttagattcaagta 349  Q
    ||| | ||| || |||||||||| |   |||||||||||    
T  5500926 aagtggtccagaaaaatttgtattggcaagattcaagta 5500888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 5400378 - 5400222
Alignment:
Q  14 agatgagggaacatttccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaa 113  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || || |  |||||||||||  | ||||||    
T  5400378 agatgatggcacattcccgttgaaagaattgaaccctaagttgatgctaacaagatttatgaggccctcaaaatggttggatggtaaatttgcccttaaa 5400279  T
Q  114 tgattgagaaaaagtgatatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagt 170  Q
    | |||  |||  || ||||||||| |||| || ||||||||  | ||||||||||||    
T  5400278 taatttcgaaggagagatatatatatgaggttcttggacatgcttaaagaagggagt 5400222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 30 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 20327862 - 20327463
Alignment:
Q  30 ccgttgaaagaattgaaccctaaattgacgcttacaagattaatgaggccctcgaagtgatcagatggtaaattcccacttaaatgattgagaaaaagtg 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||  |||  ||||||||||| | | |||||| |||  |||  || |    
T  20327862 ccgttgaaagaattgaaccctaaattgatgctaacaagatttatgaggccctcaaaaagattggatggtaaatttcaa-ttaaataatttcgaaggaggg 20327764  T
Q  130 atatatatgtgagatttttggacatattgaaagaagggagtggacctgttagattattcgaagatagatcgagataaagaagttgggtgagttttgacat 229  Q
    |||||||| |||| || ||||||||  | ||||||||||||   ||||| |  |||||  | || |  || | ||||| |||||||||||| |  |||||    
T  20327763 atatatatctgaggttcttggacatgcttaaagaagggagtaagcctgtgaagttattaaatgacaagtctaaataaacaagttgggtgagctcagacat 20327664  T
Q  230 tgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagcgatcctgagaaattt 329  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  20327663 tgaactgggaagtgttccattgaattggcagtgagatagatcaatagtcgacaggtgcttcagattggagatagtatttggaagtggtcctgagaaattt 20327564  T
Q  330 gtatggcttagattcaagtattgaagagctacaagcggtggaaagtctgataaagaaccatggagatattgattatctgatatgtcaagtaactttaatg 429  Q
    |||| |   ||||| | ||| | ||||| | |||| ||||  |||||||  |||||||||   |||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  20327563 gtatcggcaagatttaggtacttaagagatgcaagtggtgagaagtctggcaaagaaccactaagattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatg 20327464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 32547361 - 32547238
Alignment:
Q  225 gacattgatctaggaagtgttccattgaattggcagtaagatagatcaatggtagacaaatgcttcagattggaaatagtatttggaagcgatcctgaga 324  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |  |||||||| |  |||||||| ||| ||| ||||  ||||| || |||||  | |||||| |    
T  32547361 gacattgaactaggaagtgtaccattaaattgacaatttgatagatctaatgtagacaattgcctcaaattgtgaatagaatctggaattggtcctgaaa 32547262  T
Q  325 aatttgtatggcttagattcaagt 348  Q
    ||||||||||||| ||||||||||    
T  32547261 aatttgtatggctaagattcaagt 32547238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University