View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3229_low_43 (Length: 392)

Name: NF3229_low_43
Description: NF3229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3229_low_43
NF3229_low_43
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (16-377)||(29944644-29945005)
chr5 (39-372)||(30007130-30007463)
chr5 (39-372)||(30001014-30001347)
chr5 (16-369)||(30068029-30068383)
chr5 (39-362)||(29964860-29965183)
chr5 (39-362)||(30009615-30009938)
chr5 (16-372)||(30043512-30043868)
chr5 (39-384)||(29953570-29953915)
chr5 (16-372)||(29995341-29995697)
chr5 (39-375)||(29946618-29946954)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (245-294)||(43802254-43802303)
chr8 (245-294)||(43812823-43812872)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 29945005 - 29944644
Alignment:
16 attaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgaggg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29945005 attaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgaggg 29944906  T
116 agtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
29944905 agtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaaccaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttttcttcaaccattctcttat 29944806  T
216 ttcctacttcattttgtatttcatcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtact 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29944805 ttcctacttcattttgtatttcatcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtact 29944706  T
316 aaatgatgccacaaccatgtctagtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgacatgat 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29944705 aaatgatgccacaaccatgtctagtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgacatgat 29944644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 39 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30007463 - 30007130
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||     
30007463 atgcatttactataactcgagtctttttcgttataaaatatccatcaattgttatgctctctctacattcacgagggattaataagggtccaacaggata 30007364  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
30007363 aagtcttaaggtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaacttcttcagatccttctcttcaaccattcttttatttcctacttcattttgtatctca 30007264  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtcta 338  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||| | | |||||| |    
30007263 tcttgaagaattttcatcactcttgaatgccttagaagttcagataaagcccactcaatcgtggtagcagatgtatgaactgatgccgctatcatgtcga 30007164  T
339 gtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgac 372  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
30007163 gcaaaatagccttgatgttagttcgatcaatgac 30007130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 39 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30001347 - 30001014
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||     
30001347 atgcatttactataactcgtgtcttttcttttatagaataatcatcaattgttatgttctctctacattcacgagggattaataaaggtgcaacaggata 30001248  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30001247 aagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaggtaattaaaattcttcaaatccttttcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 30001148  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtcta 338  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||   | | | |||||||  || ||||||| | | |||||| |    
30001147 tcttgaagaattttcatcactcttggatgccttaaaagttcagataaagcccactctatcacgtttgaagatgtatcaattgatgcccctatcatgtcga 30001048  T
339 gtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgac 372  Q
    | |||||||| |||||| | ||||||||||||||    
30001047 gcaaaatagccttgatgatcgttcgatcaatgac 30001014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 369
Target Start/End: Original strand, 30068029 - 30068383
Alignment:
16 attaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgaggg 115  Q
    ||||||||||||| ||||||   |||||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
30068029 attaggatctctccctattgcccatgcatttaccataattctcgtcttttcctttataaaataatcatcaattgttatgttctctctacatttaggaggg 30068128  T
116 agtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttat 215  Q
    | ||  ||||||| ||| ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
30068129 actagtaagggtgcaacaggatacagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatccttctcttcaaccattcttttat 30068228  T
216 ttcctacttcattttgtatttcatcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccact-caattgtggtagcagatgtac 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  ||| | |||||||||||||     
30068229 ttcctacttcattttgtatctcatcttgaagaattttcatcactcttggatgccttaaaagtgcagataaagcccattaaaatcgaggtagcagatgtat 30068328  T
315 taaatgatgccacaaccatgtctagtaaaatagctttgatgttagttcgatcaat 369  Q
     || || |||||| | |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
30068329 caattgctgccactatcatgtcgagcaaaatagctttgatgttagatcgatcaat 30068383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 29965183 - 29964860
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| || |     
29965183 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggta 29965084  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
29965083 aagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcattctcttcgaccattcttttatttcctacttcattttgtatctca 29964984  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtcta 338  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||  || |  |||||||| ||||||||    
29964983 tcttgaagctttttcatcactcttggatgtctgaaaagttcagataaagcccactcaatcgtggtagtggctgtatcaattcctgccacaatcatgtcta 29964884  T
339 gtaaaatagctttgatgttagttc 362  Q
    ||||||| || |||||||||||||    
29964883 gtaaaattgccttgatgttagttc 29964860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 362
Target Start/End: Original strand, 30009615 - 30009938
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| || |     
30009615 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggta 30009714  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
30009715 aagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcattctcttcgaccattcttttatttcctacttcattttgtatctca 30009814  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtcta 338  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||  || |  |||||||| ||||||||    
30009815 tcttgaagctttttcatcactcttggatgtctgaaaagttcagataaagcccactcaatcgtggtagtggctgtatcaattcctgccacaatcatgtcta 30009914  T
339 gtaaaatagctttgatgttagttc 362  Q
    ||||||| || |||||||||||||    
30009915 gtaaaattgccttgatgttagttc 30009938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Original strand, 30043512 - 30043868
Alignment:
16 attaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgaggg 115  Q
    ||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
30043512 attaggatctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattgttgtgctctctctagattcacgaggg 30043611  T
116 agtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttat 215  Q
    | ||  || ||||  || || | ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| | ||||||||| ||||    
30043612 actagtaacggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttctttagatccttctcgttaaccattcttttat 30043711  T
216 ttcctacttcattttgtatttcatcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtact 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||      
30043712 ttcctacttcattttgtatctcatcttgaagctttttcatcactcttggatgtcttaaaagttcagataaagcccattcaatcgaggtagcagatgtatc 30043811  T
316 aaatgatgccacaaccatgtctagtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgac 372  Q
    || || |||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
30043812 aattgctgccactatcatgtcgagcaaaatagccttgatgttagttcgatcaatgac 30043868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 39 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 29953915 - 29953570
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |     
29953915 atgcatttactataactcgagtcttttcctttataaaatatccatcaattgttacactctctctacattcacgagggagtaataagggtgcaacagggta 29953816  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||  ||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||    
29953815 aagtcttaaagtttcatgaaccaccatctctaagtaacttaagttctctaaatctttctcttcaatcattctttcatttcctacttcattttgtatctca 29953716  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtcta 338  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||  || || |||||||  || |||||    
29953715 tcttgaaggattttcattacccttggatgtcttagaagttcggataaagcccattcaatcacggtagcagatgtatcaattgctgccacagtcaagtcta 29953616  T
339 gtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgacatgatattcttc 384  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
29953615 gtaaaattgccttgatgttagttcgatcaatgaaatgattttcttc 29953570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 29995697 - 29995341
Alignment:
16 attaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgaggg 115  Q
    ||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| | |||||||||    
29995697 attaggatctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgaggg 29995598  T
116 agtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttat 215  Q
    | ||  || |||| ||| || | ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||| |||| | |||| ||||    
29995597 actagtaatggtgcaacagggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttcttcatatctttctcctcaatctttcttttat 29995498  T
216 ttcctacttcattttgtatttcatcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactcaattgtggtagcagatgtact 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||      
29995497 ttcctacttcattttgtatctcatcttgaagctttttcatcactcttggatgtcttaaaagttcagataaagcccattcaatcgaggtagcagatgtatc 29995398  T
316 aaatgatgccacaaccatgtctagtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgac 372  Q
     | || |||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
29995397 gattgctgccactatcatgtcgagcaaaatagccttgatgttagttcgatcaatgac 29995341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 39 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 29946954 - 29946618
Alignment:
39 atgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |     
29946954 atgcatttactataactcgtgtcttttccattataaaatatccatcaattgttatactctctctacattcacgagggagtaacaagggtgcaacagggta 29946855  T
139 aagtcttaaagtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttctcttcaaccattctcttatttcctacttcattttgtatttca 238  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | || ||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
29946854 aagtcttaaagtttcatgaaccaccatatctaagtaacttaacttctctaaatctttctcttcgaccattcttttatttcctacttcattttgtatatca 29946755  T
239 tcttgaagatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggat-aaagcccactcaattgtggtagcagatgtactaaatgatgccacaaccatgtct 337  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||||||||||||   || || ||||| |||| |||||    
29946754 tcttgaagggttttcatcactcttggattccttaaaagttcagataaaagcccattcaatcgcggtagcagatgtttcaattgctgccataaccgtgtct 29946655  T
338 agtaaaatagctttgatgttagttcgatcaatgacatg 375  Q
    ||||| || || || ||||| | ||||||||| |||||    
29946654 agtaatat-gccttaatgtttggtcgatcaataacatg 29946618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 43802303 - 43802254
Alignment:
245 agatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactc 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  || || ||||||||||||||    
43802303 agatttttcatcactcttggatgcctcatgagctctgataaagcccactc 43802254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 43812872 - 43812823
Alignment:
245 agatttttcatcactcttggatgccttaaaagttcggataaagcccactc 294  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |  || |||||||||||||||||    
43812872 agatttttcattactcttggatgcctcatgagctcggataaagcccactc 43812823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University