View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3231_low_10 (Length: 575)

Name: NF3231_low_10
Description: NF3231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3231_low_10
NF3231_low_10
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-549)||(7713922-7714471)
chr4 (1-557)||(7527773-7528329)
chr4 (1-549)||(7128936-7129484)
chr4 (1-557)||(7494056-7494612)
chr4 (1-549)||(7481654-7482202)
chr4 (1-557)||(7519723-7520279)
chr4 (1-549)||(7722210-7722758)
chr4 (32-380)||(7506351-7506699)
chr4 (412-463)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-514)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (441-521)||(10126928-10127008)
chr3 (441-521)||(10363787-10363867)
chr3 (441-521)||(10663526-10663606)
chr3 (412-463)||(4497228-4497279)
chr3 (412-463)||(4528479-4528530)
chr3 (441-521)||(10088790-10088870)
chr3 (441-521)||(10195673-10195753)
chr3 (441-521)||(10375834-10375914)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 7714471 - 7713922
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7714471 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctctttatgatgccgatgactttctcaattacttcaacacggaagacctgaggtgacaagt 7714372  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7714371 gatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttctttcaaaatggttcagaaaattaaggaacta 7714272  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714271 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 7714172  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  7714171 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacgatgtgaaggagaatgtttcagt 7714072  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagac-tgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatg 499  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7714071 tatttctataattggaatcggaggacttggaaagacgtgcacttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattttgagttgaaaaaatg 7713972  T
Q  500 ggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 549  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  7713971 ggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattgctgcaaagatca 7713922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 7527773 - 7528329
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7527773 accatcaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgcttttgatgatgccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggcgacaagt 7527872  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  7527873 gatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaactt 7527972  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7527973 agtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcct 7528072  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||  ||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528073 ttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 7528172  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7528173 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgg 7528272  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatct 557  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  7528273 gtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcataaaatct 7528329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 7129484 - 7128936
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  7129484 accatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcgacaagt 7129385  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  7129384 gatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaactt 7129285  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7129284 agtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcct 7129185  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7129184 ttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcaat 7129085  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129084 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 7128985  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 549  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||    
T  7128984 gtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaaaatca 7128936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 7494056 - 7494612
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||    
T  7494056 accatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgaggcgacaggt 7494155  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| || | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  7494156 gatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaactt 7494255  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||   |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7494256 agtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactcactcct 7494355  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494356 ttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 7494455  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  7494456 tatttctataattggaatcggaggactggggaagactgcgcttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacattttgagtttaaaaaatgg 7494555  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatct 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  7494556 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctgcaaagatcataaaatct 7494612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Original strand, 7481654 - 7482202
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  7481654 accatcaagttcaactctggctggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacactgaagacttgaggcgacaagt 7481753  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
     |||| || | ||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  7481754 catgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaactt 7481853  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7481854 agtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcct 7481953  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7481954 ttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcaat 7482053  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  7482054 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttcagttgaaaaagtgg 7482153  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 549  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||  |||||||||    
T  7482154 gtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcatcaaagatca 7482202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 7519723 - 7520279
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7519723 accatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagt 7519822  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| |  | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||     
T  7519823 gatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataattaaggaactt 7519922  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7519923 agtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcct 7520022  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  7520023 ttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgacagagaatgtttcagt 7520122  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7520123 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaaaaatgg 7520222  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatct 557  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  7520223 gtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcacagaatct 7520279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 7722758 - 7722210
Alignment:
Q  1 accatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  7722758 accatcaagttcaactctggcttgaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacgtgcttgatgactttaacactgaagacttgaggcgacaagt 7722659  T
Q  101 gatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaacta 200  Q
    ||||| || | ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||     
T  7722658 gatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcatacaaaatggttcagaaaattaaggaactt 7722559  T
Q  201 agtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcct 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  7722558 agtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttgagacaaagagaaactcattctt 7722459  T
Q  301 ttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagt 400  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7722458 ttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatttgaaagagaatgtttcagt 7722359  T
Q  401 tatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722358 tatttctataattggaattggaggactcggaaagactgcgcttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgg 7722259  T
Q  501 gtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 549  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| |||||||||    
T  7722258 gtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcttcaaagatca 7722210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 32 - 380
Target Start/End: Original strand, 7506351 - 7506699
Alignment:
Q  32 caaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggtt 131  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||    
T  7506351 caaagatgctcttgatgatgctgatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttt 7506450  T
Q  132 cgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaata 231  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||    
T  7506451 cacatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggta 7506550  T
Q  232 agagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagaga 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  7506551 agagaatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagaga 7506650  T
Q  332 tgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaat 380  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7506651 tgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaat 7506699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 18035241 - 18035190
Alignment:
Q  412 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 463  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18035241 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 18035190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 16750769 - 16750270
Alignment:
Q  13 aactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatca 112  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |  |    || |||||| ||  ||| |||||  |||  ||  |    
T  16750769 aactatgggtggagaagctcaaagatactcttgatgatgctgatgacttgcttgatgatgtttttactgaagacttgtagcgtcaagtactgacaaaaga 16750670  T
Q  113 caagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaatt 212  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||| |||||    
T  16750669 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaatt 16750570  T
Q  213 gaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgagg 312  Q
    ||||  ||||| | | ||| || || ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||  || |||| |||||| ||||| |||| |||||    
T  16750569 gagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgagg 16750470  T
Q  313 aagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataat 412  Q
    || |||| || |||||||| || || |||||  | |||||| |||| ||||| ||||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||||| || ||    
T  16750469 aaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgttgaacactgacatcgatgtcaaaggaaatgtttcagttatttccatcat 16750370  T
Q  413 tggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttct 512  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| |  |  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||    
T  16750369 tggaattggaggacttggaaagaccgca-ttgctcaacttgtgtac-atgataagaccgttcaacaacattttgaattgaaaaagtgggtgtgtgttgct 16750272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Original strand, 10126928 - 10127008
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10126928 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 10363867 - 10363787
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10363867 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtctctgaggatttt 10363787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Original strand, 10663526 - 10663606
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10663526 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10663606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 463
Target Start/End: Original strand, 4497228 - 4497279
Alignment:
Q  412 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 463  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4497228 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4497279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 463
Target Start/End: Original strand, 4528479 - 4528530
Alignment:
Q  412 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 463  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4528479 ttgggattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4528530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Original strand, 10088790 - 10088870
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10088790 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10088870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Original strand, 10195673 - 10195753
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10195673 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10195753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 441 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 10375914 - 10375834
Alignment:
Q  441 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 521  Q
    ||||| |||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||||| |||||   ||||| |||||| ||||| ||||||    
T  10375914 cttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggatttt 10375834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University