View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3231_low_39 (Length: 365)

Name: NF3231_low_39
Description: NF3231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3231_low_39
NF3231_low_39
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-354)||(28352073-28352426)
chr3 (1-354)||(28368006-28368358)
chr3 (1-354)||(28375824-28376176)
chr3 (1-354)||(28383646-28383998)
chr3 (18-315)||(38529528-38529825)
chr3 (86-354)||(4951164-4951432)
chr3 (128-352)||(27168983-27169206)
chr3 (97-301)||(7784561-7784764)
chr3 (128-349)||(4361867-4362085)
chr3 (320-354)||(24794898-24794932)
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (1-354)||(94783-95136)
scaffold0028 (1-354)||(104224-104577)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-354)||(7592489-7592842)
chr7 (1-354)||(15172802-15173155)
chr7 (1-347)||(15202228-15202571)
chr7 (1-237)||(4118893-4119129)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-354)||(18420035-18420388)
chr6 (1-354)||(23895968-23896321)
chr6 (97-350)||(14101770-14102022)
chr6 (284-351)||(12173195-12173260)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (1-354)||(24412311-24412664)
chr5 (1-354)||(30445181-30445534)
chr5 (1-354)||(30454553-30454906)
chr5 (1-354)||(30459611-30459964)
chr5 (17-354)||(22488686-22489022)
chr5 (1-354)||(18568521-18568874)
chr5 (1-354)||(24421771-24422113)
chr5 (18-310)||(4635463-4635754)
chr5 (26-200)||(24278813-24278987)
chr5 (26-200)||(24383227-24383401)
chr5 (256-341)||(22118460-22118545)
chr5 (317-354)||(4635745-4635782)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-354)||(3242639-3242992)
chr4 (1-354)||(3917549-3917902)
chr4 (1-354)||(26811991-26812344)
chr4 (1-354)||(26821458-26821811)
chr4 (1-354)||(54690265-54690618)
chr4 (1-354)||(54699696-54700049)
chr4 (1-354)||(37058570-37058923)
chr4 (11-354)||(15843249-15843591)
chr4 (128-349)||(18125763-18125981)
[»] scaffold0482 (1 HSPs)
scaffold0482 (1-354)||(3016-3369)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-354)||(7789430-7789783)
chr8 (266-354)||(20713818-20713906)
chr8 (283-352)||(15827408-15827476)
chr8 (283-352)||(15833720-15833788)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (1-310)||(31203-31512)
scaffold0040 (84-351)||(9612-9879)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (1-306)||(412781-413086)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-354)||(24023093-24023428)
chr2 (18-354)||(31710817-31711141)
chr2 (62-352)||(14272600-14272889)
[»] scaffold0233 (1 HSPs)
scaffold0233 (11-310)||(26500-26798)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (26-354)||(15810332-15810659)
chr1 (83-248)||(41000835-41001003)
chr1 (283-354)||(40999384-40999455)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 28352426 - 28352073
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28352426 tcatcagaagtgggctgcaagttatacaactcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28352327  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28352326 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28352227  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28352226 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28352127  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352126 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 28352073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 28368358 - 28368006
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28368358 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28368259  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28368258 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28368159  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28368158 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28368060  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368059 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 28368006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 28376176 - 28375824
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28376176 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28376077  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28376076 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28375977  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28375976 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28375878  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375877 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 28375824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 28383998 - 28383646
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28383998 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 28383899  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28383898 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 28383799  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28383798 tggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 28383700  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383699 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 28383646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 38529825 - 38529528
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattct 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||    
T  38529825 caagttaaacaactcattacagctggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagtcagacaattcagaaagaacattctgagaacggtct 38529727  T
Q  118 tgctattttaaagaagaaaaga-gaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacact 216  Q
     ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38529726 ggctattttaaagaagaaaaaaagaaatcaattgagactttggacaactataaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcaccaagacact 38529627  T
Q  217 cctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttc 315  Q
    |||| | |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38529626 cctcgcctataaatacaagggcctttgaagattataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttc 38529528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 86 - 354
Target Start/End: Original strand, 4951164 - 4951432
Alignment:
Q  86 gcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacag 185  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  4951164 gcaaatcagacataacattatgagaacgttcttcctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttagacagttatcaaaaacgtgtccaacaa 4951263  T
Q  186 ctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaag-agttttgcaagctaata-tctctcta 283  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| | |||  || |||||||||||  |||| |||||| |    
T  4951264 ctctagtttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggtta-aagatagaagttttgcaagtaaatattctctc-a 4951361  T
Q  284 agtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4951362 agtgaaaatcaccactacaaacaaaactctttgcaaacaaagcaaattccaagttctctcactatgtctct 4951432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 128 - 352
Target Start/End: Original strand, 27168983 - 27169206
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttata 227  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  | ||||||||||     ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  27168983 aagaagaaaagtgaaatcaattgaatcgttggacagctgcactaaacgtgtccaacacctctattttcactcttgatcaccaagtcactcctcacctata 27169082  T
Q  228 aatacaag-ggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctct-aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaag 325  Q
    || ||||| |||||  ||||||  ||   |||||||||| |||  |  || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  27169083 aacacaagtggtcta-gaaggttctatataagagttttgaaagtaagcat-tctctcaagtgaaaatcatcactacatacaaagttcttcacaaacaaa- 27169179  T
Q  326 caaattccaagctctctcactatatct 352  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||    
T  27169180 aaaatttcaagctctctcattatatct 27169206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 97 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 7784764 - 7784561
Alignment:
Q  97 agaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttct 196  Q
    |||||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||  |||||||  |||||||| | ||||||||     
T  7784764 agaacattctaagaacattctgtctgttt-aaagaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggaaagctgccaaaaacatgtccaacaacactattttca 7784666  T
Q  197 cccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctctaagtgaaaatcat 295  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |  | |||||||   ||| |||||||||  |||| | || |||||| |||||||||||||    
T  7784665 ctcttgatcaccaaggcactgctcacctataaatacaagtggttatgaaggttgaaagtaagagttttaaaagcaagtattctctc-aagtgaaaatcat 7784567  T
Q  296 cactac 301  Q
    ||||||    
T  7784566 cactac 7784561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4362085 - 4361867
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttata 227  Q
    ||||||||||| |||  |||||||  ||||||||||||  |||||| | |||||||| |||| ||||| | ||||||||| ||| |||||| ||  ||||    
T  4362085 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 4361987  T
Q  228 aatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatat-ctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagc 326  Q
    |||||||| |  ||| ||| |   ||  |||| ||||| |||| || || ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  4361986 aatacaagtggttttaaagcttcaaataaagaattttgaaagcaaacattctctcta-gtaaaaatcatcactacatacaa-gctcttcacaaacaaa-c 4361890  T
Q  327 aaattccaagctctctcactata 349  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    
T  4361889 aaataccaagctctctcattata 4361867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 24794932 - 24794898
Alignment:
Q  320 acaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24794932 acaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 24794898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 95136 - 94783
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  95136 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 95037  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  95036 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 94937  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  94936 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 94837  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94836 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 94783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 104577 - 104224
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  104577 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 104478  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  104477 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 104378  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  104377 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 104278  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104277 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 104224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 7592489 - 7592842
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7592489 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 7592588  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7592589 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 7592688  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7592689 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 7592788  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592789 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 7592842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 15172802 - 15173155
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15172802 tcatcagaagtgagcagcaagttatacagctcattatagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 15172901  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15172902 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 15173001  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15173002 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 15173101  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  15173102 caaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccatgctctctcactatatctct 15173155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 15202228 - 15202571
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  15202228 tcatcagaagtgggcagcaagttatacaactcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgcttttaaagccagacaaatcagaaagaa 15202327  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  15202328 cattcatagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 15202427  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15202428 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaag---atatctctctaagtgaaaatcatcacta 15202524  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcacta 347  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15202525 caaacaaagctcttcgcaaacaaaggaaattccaagctctctcacta 15202571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4119129 - 4118893
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4119129 tcatcagaagtgagcaacaagttatacagctcattaaagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 4119030  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4119029 cattctgagaacgttttggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 4118930  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaaggg 237  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4118929 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaaggg 4118893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 18420035 - 18420388
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18420035 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 18420134  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18420135 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 18420234  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18420235 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 18420334  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18420335 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattcaaagctctctcactatatctct 18420388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 23896321 - 23895968
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23896321 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 23896222  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23896221 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 23896122  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23896121 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 23896022  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896021 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 23895968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 97 - 350
Target Start/End: Original strand, 14101770 - 14102022
Alignment:
Q  97 agaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttct 196  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  |||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||     
T  14101770 agaacattctgagaacgttcttcccgttttaatgaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggacagctgccaaaaacgtatccaacaactctattttca 14101869  T
Q  197 cccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctctaagtgaaaatcat 295  Q
    | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |  |||||| || | | |||||||||||  |||| |||| | |||| |||||||||||||    
T  14101870 ctcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaattggttttgaatgttaaatgcaagagtttttaaagcaaatattatctc-aagtgaaaatcat 14101968  T
Q  296 cactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatat 350  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  14101969 cactacatacaaaactcttcacaattaaaacaaactccaa-ctctctcactatat 14102022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 284 - 351
Target Start/End: Original strand, 12173195 - 12173260
Alignment:
Q  284 agtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 351  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  12173195 agtgaaaatcatcactatatacaaa-ctcttcacaaacaaa-caaattctaagttctctcaatatatc 12173260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 24412311 - 24412664
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24412311 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 24412410  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24412411 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 24412510  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24412511 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 24412610  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24412611 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatctct 24412664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 30445534 - 30445181
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445534 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30445435  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30445434 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30445335  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30445334 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30445235  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445234 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 30445181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 30454906 - 30454553
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454906 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30454807  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30454806 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30454707  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30454706 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30454607  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454606 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 30454553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 30459964 - 30459611
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459964 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 30459865  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30459864 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 30459765  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30459764 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 30459665  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459664 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 30459611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 17 - 354
Target Start/End: Original strand, 22488686 - 22489022
Alignment:
Q  17 gcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22488686 gcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttc 22488784  T
Q  117 ttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacact 216  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488785 tggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacact 22488884  T
Q  217 cctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttca 316  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22488885 cctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcg 22488984  T
Q  317 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488985 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 22489022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 18568521 - 18568874
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568521 tcatcagaagtggactgcaagttacacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 18568620  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18568621 cattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 18568720  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18568721 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 18568820  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568821 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 18568874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 24421771 - 24422113
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24421771 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 24421870  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24421871 cattctg-----------gctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccagcagctctattttctccct 24421959  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24421960 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 24422059  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24422060 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatctct 24422113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 310
Target Start/End: Original strand, 4635463 - 4635754
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattct 117  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||  |||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4635463 caagttatacaactcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaatagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattttgagaacattct 4635561  T
Q  118 tgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactc 217  Q
     ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4635562 agctattttaaagaagaaaagaaaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcatccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactc 4635661  T
Q  218 ctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4635662 ctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagctagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactgcaaacaaagc 4635754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24278987 - 24278813
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattt 125  Q
    |||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||| |||||||    
T  24278987 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24278890  T
Q  126 t-aaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatca-aaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    | ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  24278889 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24278813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Original strand, 24383227 - 24383401
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattt 125  Q
    |||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||| |||||||    
T  24383227 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24383324  T
Q  126 t-aaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatc-aaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    | ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  24383325 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24383401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 256 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 22118545 - 22118460
Alignment:
Q  256 aagagttttgcaagctaatatctctct-aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctc 341  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22118545 aagagttttgaaagcaaatat-tctctcaagtgaaaatcatcactacatacaaagctcttcacaaacaaatcaaattccaagctctc 22118460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 354
Target Start/End: Original strand, 4635745 - 4635782
Alignment:
Q  317 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4635745 caaacaaagcaaattccaagctccctcactatatctct 4635782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 3242992 - 3242639
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3242992 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 3242893  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3242892 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3242793  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3242792 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 3242693  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242692 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 3242639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 3917549 - 3917902
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3917549 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 3917648  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3917649 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3917748  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3917749 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 3917848  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917849 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 3917902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 26811991 - 26812344
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26811991 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 26812090  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26812091 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 26812190  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26812191 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 26812290  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812291 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 26812344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 26821458 - 26821811
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26821458 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 26821557  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26821558 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 26821657  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26821658 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 26821757  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821758 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 26821811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 54690618 - 54690265
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54690618 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 54690519  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54690518 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 54690419  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54690418 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 54690319  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690318 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 54690265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 54700049 - 54699696
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54700049 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaaagaa 54699950  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54699949 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 54699850  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54699849 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 54699750  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699749 caaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 54699696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 37058570 - 37058923
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37058570 tcatcagaagtgggcacaaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaaacaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 37058669  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37058670 cattttgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 37058769  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058770 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 37058869  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058870 caaacagagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 37058923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 11 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 15843591 - 15843249
Alignment:
Q  11 tgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgaga 110  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  15843591 tgggcagcaaattatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaacattatgaga 15843493  T
Q  111 acattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaa 210  Q
    || || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843492 acgttatggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttgaacagctataaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaa 15843393  T
Q  211 gacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 310  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843392 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 15843293  T
Q  311 tcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843292 tcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 15843249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 18125981 - 18125763
Alignment:
Q  128 aagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttata 227  Q
    ||||||||||| |||  |||||||  ||||||||||||  |||||| | |||||||| |||| ||||| | ||||||||| ||| |||||| ||  ||||    
T  18125981 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 18125883  T
Q  228 aatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatat-ctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagc 326  Q
    |||||||| |  ||| ||| |   ||  |||| ||||| |||| || || ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  18125882 aatacaagtggttttaaagcttcaaataaagaattttgaaagcaaacattctctcta-gtaaaaatcatcactacatacaa-gctcttcacaaacaaa-c 18125786  T
Q  327 aaattccaagctctctcactata 349  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    
T  18125785 aaataccaagctctctcattata 18125763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: scaffold0482
Description:

Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 3016 - 3369
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3016 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 3115  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3116 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 3215  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3216 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatcacta 3315  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3316 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 3369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 7789783 - 7789430
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789783 tcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 7789684  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7789683 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 7789584  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7789583 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatcacta 7789484  T
Q  301 caaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789483 caaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 7789430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 266 - 354
Target Start/End: Original strand, 20713818 - 20713906
Alignment:
Q  266 caagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20713818 caagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccaagctctctcactatatctct 20713906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 283 - 352
Target Start/End: Original strand, 15827408 - 15827476
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatct 352  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  15827408 aagtgaaaatcatcactacatacaaagtttttcacaaacaaa-caaattccaagctatctcattatatct 15827476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 283 - 352
Target Start/End: Original strand, 15833720 - 15833788
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatct 352  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||    
T  15833720 aagtgaaaatcatcactacatacaaagctcctcacaaacaaa-caaattgcaagccctctcattatatct 15833788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 31512 - 31203
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31512 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaaagaa 31413  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31412 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 31313  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31312 tgttcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 31213  T
Q  301 caaacaaagc 310  Q
    ||||||||||    
T  31212 caaacaaagc 31203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 84 - 351
Target Start/End: Original strand, 9612 - 9879
Alignment:
Q  84 aggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaac 183  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  9612 aggcaaatcagacagaacattctgagaacgttctagctatttttaagaagaaaagtgaaaacaaatgagactttggacagctatcaaaaatgtgtccatc 9711  T
Q  184 agctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctct 282  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||     ||||||||| | | |||||||||||| |||  |||| ||||||     
T  9712 aactctattttcacccttgatcaccaagacactcctcacctatatatacaaatagttttgaaggttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc- 9810  T
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 351  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9811 aagtgaaaaacatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaatttcaagctctctcactatatc 9879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 412781 - 413086
Alignment:
Q  1 tcatcataagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  412781 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaatagtgctttcaaagtcagacaaatcagaaagaa 412880  T
Q  101 cattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctccct 200  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  412881 cattatgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaaagagtccaacaactctattttctccct 412980  T
Q  201 tgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  412981 tgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 413080  T
Q  301 caaaca 306  Q
    ||||||    
T  413081 caaaca 413086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 24023428 - 24023093
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattct 117  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  24023428 caagttaaacagctcattacagttggttctctcacgcgcaag-aaagcaacagtgctttcaaagtaaggcaattcagacagaacattctaagaacgttct 24023330  T
Q  118 tgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactc 217  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24023329 ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcactaagacactc 24023230  T
Q  218 ctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcac 317  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24023229 ctcacctataaatacaagggcttttgaaggttataaccaagacttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 24023130  T
Q  318 aaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24023129 aaataaagcaaattccaagctctctcactatatctct 24023093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 31711141 - 31710817
Alignment:
Q  18 caagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattct 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||              
T  31711141 caagttatacagctcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggaaaatcagaaagaacattctg---------- 31711053  T
Q  118 tgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactc 217  Q
     |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31711052 -gctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcgtccaacaactctattttctcacttgatcaccaagacactc 31710954  T
Q  218 ctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcac 317  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31710953 ctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgc 31710854  T
Q  318 aaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31710853 aaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 31710817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 62 - 352
Target Start/End: Original strand, 14272600 - 14272889
Alignment:
Q  62 aagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggac 161  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14272600 aagcaacaatgctttcaaagttaggcaattcagacagaacattctgaaaacgttctggctatttataagtagaaaagagaaatcaattgagactttggac 14272699  T
Q  162 agctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagt 261  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||    
T  14272700 agctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggtctttgaaggttaaaggtaagagt 14272799  T
Q  262 tttgcaagctaata-tctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatct 352  Q
    |||| |||| || | ||||| | | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  14272800 tttgaaagcaaacattctct-tgaatgaaaatcatcactacatacaaaactcttcacaaacaaaacaaactccaa-ctctctcactatatct 14272889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0233 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0233
Description:

Target: scaffold0233; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 26798 - 26500
Alignment:
Q  11 tgggctgcaagttatacagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgaga 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26798 tgggcagcaagttatacagctcattacagctgattaactcatgcgcatacaa-gcaacagtgctttcaaagccagacaaatcagaaagaacattctgaga 26700  T
Q  111 acattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaa 210  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26699 acgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaatgtgtccaacatctctattttctcccttgatcaccaa 26600  T
Q  211 gacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 310  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26599 gacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagc 26500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 15810659 - 15810332
Alignment:
Q  26 acagctcattacagctggttaactcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattt 125  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||   |||||| | |||||||||| | |||||||||||| ||||||  ||||||    
T  15810659 acagctcattacagctggttctctcactcgcaagcaa-gcaacagtgcaagcaaagttatgcaaatcagacataacattctgagatcattctgtctattt 15810561  T
Q  126 taaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaacgcgtccaacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcactta 225  Q
    | ||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||| |||| ||    
T  15810560 ttaagaagaaaaatgaaatcaattaggactttggacagctatcaaaaatgtgtccaacaactctatttgcaccattgatcaccaagacactcatcaccta 15810461  T
Q  226 taaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaa 324  Q
    |||||||||| |  ||||||  | | | |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15810460 taaatacaagtggttttgaattttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc-aagtgaaaaacatcactacaaacaaagctcctcgcaaacaaa 15810362  T
Q  325 gcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15810361 gcaaatttcaagctctctcactatatctct 15810332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 41001003 - 41000835
Alignment:
Q  83 caggcaaatcagaaagaacattctgagaacattcttgctattttaaagaagaaaagagaattcaattgagactttggacagctatcaaaaa---cgcgtc 179  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||  | | ||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| |||||   || |||    
T  41001003 caggcaaatcagacataacattctgagatctttctgcccaattttaagaagaaaagtgaaatcaaatgagactttggacatctataaaaaaaaacgtgtc 41000904  T
Q  180 caacagctctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacttataaatacaagggtctttgaaggt 248  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  |||||||||    
T  41000903 caacatctctattttcactcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggt 41000835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 283 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 40999455 - 40999384
Alignment:
Q  283 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatctct 354  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40999455 aagtgaaaaacatcactacatacaaagctcttcgcaaacaaagtaaattccaagctctctcactatatctct 40999384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University