View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3232_high_2 (Length: 796)

Name: NF3232_high_2
Description: NF3232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3232_high_2
NF3232_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (3-772)||(32382247-32383015)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 32383015 - 32382247
Alignment:
Q  3 gatgtcgaagaatatactataacaaaatacaatttctttggtggtaaaagcgtagggactgattggccatgaatggatctgatggttagttttattgttt 102  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32383015 gatgtctaaaaaaatactataacaaaatacaatttctttggcggtaaaagcgtagggactgattggccatgaatggatctgatggttagttttgttgttt 32382916  T
Q  103 tattcaaatgttaacattctaactatagacatggtgaatgggtttaacacattaataggtaacatgtaagaggaagcacgcaatctaaggatcataatca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32382915 tattcaaatgttaacattctaactatagacatggtgaatgggtttaacacattaataggtaacatgaaagaggaagcacgcaatctaaggatcataatca 32382816  T
Q  203 atggtaagttagagaggttaacggagagtttgaatggttaataaacacttacacatatgtatataacatgacaaatcattgaaccatcatgtaaatgttc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32382815 atggtaagttagagaggttaacggagagtttgaatggttaataaacacttacacatatgtatataacatgacaaatcattgaaccatcatgtaaatgttc 32382716  T
Q  303 tcatcttagttctttattccattacaacatagtataagatagtaattgttaatcaggatcaaagcaaaatggagagaacaacgtttttgtttatgttatg 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32382715 tcatcttagttctttattccattacaacatagtataagatagtaattgttaatcacgatcaaagcaaaatggagagaacaacgtttttgtttatgttatg 32382616  T
Q  403 tctcttgattggtacaacatcaatggtaatgggtgaagacacttacttttatttcacatggcatgttacatatggtacactttcccctgctggtgttcct 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32382615 tctcttgattggtacaacatcaatggtaatgggtgaagacccttacttttatttcacatggcatgttacatatggtacactctcccctgctggtgttcct 32382516  T
Q  503 caacaggttattctcatcaacaacgaatttcccggccccaacatcaattccaccagtaacaataacctcgttgttaacgtcttcaatgaactcgacgagc 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32382515 caacaggttattctcatcaacaacgaatttcccggccccaacatcaattccaccagtaacaataacctcgttgttaacgtcttcaatgaactcgacgagc 32382416  T
Q  603 ctttgcttttcacatggtattacatacatactcatttcattttcaaattgctgacattatatgatttttatttattttgatgcttctccgagactataac 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32382415 ctttgcttttcacatggtattacatatatactcatttcattttcaaattgc-gacattatatgatttttatttattttgatgcctctctgagactataac 32382317  T
Q  703 acgacaattgtatttgatcgtgatttgaaatttgtttannnnnnnnnngatttgatcaattaataaatga 772  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||    
T  32382316 acgacaattgtatttgatcgtgatttgaaatttgtttattttgtttttgatttgatcaattaataaatga 32382247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University