View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3237_high_4 (Length: 683)

Name: NF3237_high_4
Description: NF3237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3237_high_4
NF3237_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-666)||(76045-76701)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 76701 - 76045
Alignment:
Q  8 cagcacagatcctttacaccccttgcatctcaggagttgactaaagatttaggtggtaatgacacagaatacaaaggtggcnnnnnnncattcacaaatt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  76701 cagcacagatcctttacaccccttgcatctcaggagttgactaaagatttaggtggtaatgacacagaatacaaaggtggctttttttcattcacaaatt 76602  T
Q  108 tcataatactttctgttttattcccgactttatgtgattcatattttccatgttgtgttgaaatttttctatatttatgacaaggaatatgatcctctat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76601 tcataatactttctgttttattcccgactttatgtgattcatattttccatgttgtgttgaaatttttctatatttatgacaaggaatatgatcctctat 76502  T
Q  208 aggactctaaaattttgaagttgcagaatgcaatttaaaatcttgatctatattgtaaaatataactgtggtgtaaaaggatagtcttgtcgcaattatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76501 aggactctaaaattttgaagttgcagaatgcaatttaaaatcttgatctatattgtaaaatataaccgtggtgtaaaaggatagtcttgtcgcaattatt 76402  T
Q  308 agatttggattctttgcagcaactacaccatgcagctcagtacagagccatcacatctgtgtttataatttctctctcaggtctaatggctttgcaacaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  76401 agatttggattctttgcagcaactacaccatgcagctcagtgcagagccatcacatctgtgtttataatttc--tctcaggtctaatggctttgcaacaa 76304  T
Q  408 gctacatcgtgtcactgctgcatagaatcaatccatacaaagagtggttgctatgtgactagacgtcatgagttcgagttcttgaattagcatctttcaa 507  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76303 gctacatcgtgtcgctgctgcagagaatcaatccatacaaagagtggttgctatgtgactagacgtcatgagttcgagttcttgaattagcatctttcaa 76204  T
Q  508 atgtagagtaaatacaactacactagaaccacaatggatccaacccttgtttggacatcactgtagtgggagctctttagcgccagtttccgttttacaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76203 atgtagagtaaatacaactacactagaaccacaatggatccaacccttgtttggacatcactatagtgggagctctttagcgccagtttccgttttacaa 76104  T
Q  608 ctggaaactagagtgcgaaatgaacatcatgaggactaccaactagagtagtcttatgt 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76103 ctggaaactagagtgcgaaatgaacatcatgaggactaccaactagagtagtcttatgt 76045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University