View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3237_low_7 (Length: 642)

Name: NF3237_low_7
Description: NF3237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3237_low_7
NF3237_low_7
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (107-538)||(4783731-4784162)
chr7 (107-538)||(4816160-4816591)
chr7 (9-538)||(4636533-4637056)
chr7 (69-625)||(4711884-4712437)
chr7 (181-625)||(4845824-4846268)
chr7 (112-625)||(4630700-4631210)
chr7 (247-625)||(4662899-4663274)
chr7 (98-625)||(4666694-4667224)
chr7 (107-625)||(4863690-4864205)
chr7 (191-625)||(4653372-4653803)
chr7 (187-624)||(4697003-4697437)
chr7 (189-459)||(4643521-4643791)
chr7 (189-453)||(4672526-4672790)
chr7 (473-625)||(4672837-4672986)
chr7 (500-625)||(4643868-4643990)
chr7 (374-440)||(4647561-4647625)
chr7 (78-147)||(4846299-4846365)
chr7 (98-147)||(4643445-4643494)
chr7 (98-158)||(4672435-4672495)
chr7 (112-158)||(4697466-4697512)
chr7 (184-243)||(4647378-4647437)
chr7 (567-625)||(4637082-4637140)
chr7 (177-229)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (98-625)||(18925554-18926078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4784162 - 4783731
Alignment:
Q  107 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784162 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgtaggcataggttttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 4784063  T
Q  207 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784062 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccaccttatcac 4783963  T
Q  307 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 406  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783962 atcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4783863  T
Q  407 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4783862 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4783763  T
Q  507 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4783762 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4783731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4816591 - 4816160
Alignment:
Q  107 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4816591 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgaaggcataggttttggtaatcgatgtagcttgatcgaaa 4816492  T
Q  207 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4816491 gattaactttttcaatttgagagcttccgccatgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccatatcac 4816392  T
Q  307 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 406  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816391 atcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4816292  T
Q  407 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4816291 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4816192  T
Q  507 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4816191 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4816160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 9 - 538
Target Start/End: Original strand, 4636533 - 4637056
Alignment:
Q  9 gagatgaaactccaactatgactatggttgacttcttggactttgattttttagatgaaagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgtt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636533 gagatgaaactccaactatgactacagttgacttcttggacttttgtttttgagatgatagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgtt 4636632  T
Q  109 atatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaaga 208  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |   | ||||||||||| || |||||||| | || |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  4636633 atatttatcactaattttgaaaatctcgattccattaagaataacatcacgatatactgtaggcatgggttgtggtaatcgttgaagcttgattgaaaga 4636732  T
Q  209 ttaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacat 308  Q
    | |||| |||||||||||||| ||   || |      ||||||  ||  |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||    
T  4636733 taaactctttcaatttgagagattaatccct------ccatagaaacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacat 4636826  T
Q  309 cagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttac 408  Q
    | ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636827 ccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttac 4636926  T
Q  409 catataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttct 508  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  4636927 catataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttct 4637026  T
Q  509 ggtgcaatgtaatttggaatggtattgttt 538  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4637027 ggtgcaatgtaatttggaatgacattgttt 4637056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 69 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 4712437 - 4711884
Alignment:
Q  69 gtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgt 168  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||   |||||||||| ||    ||    
T  4712437 gtataatgtgtttgatgggattcaaaccagcgagattatt---tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcattatgacatcacggtaatttgt 4712341  T
Q  169 aggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatcctta 268  Q
        |||  || ||||  |||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||   ||||||   |||  |||| ||||||||||||    
T  4712340 gtagatactttctggttctcgttgaagcttaattgaaaggttaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtacattttcacagcataatcctta 4712241  T
Q  269 tgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcct 368  Q
    ||||||||||  |    | ||||||||||    |||||||||||   | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |    
T  4712240 tgaacaggaatcatgttaccaccactccagtaaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttat 4712141  T
Q  369 gtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctc 468  Q
      |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4712140 tcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcac 4712041  T
Q  469 atccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaca 568  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4712040 atccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaaca 4711941  T
Q  569 cttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  4711940 gttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaa 4711884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 181 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 4846268 - 4845824
Alignment:
Q  181 tggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaca 280  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||||      
T  4846268 tggtaatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtagattttcacagcataatccttatgaacaggaatc 4846169  T
Q  281 aaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgcc 380  Q
    |    | ||||||||||    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |  ||| || ||     
T  4846168 atgttaccaccactccaaaaaatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagca 4846069  T
Q  381 aatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccata 480  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||    
T  4846068 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccata 4845969  T
Q  481 acttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactt 580  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4845968 acttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacacta 4845869  T
Q  581 tgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4845868 agtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaa 4845824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 112 - 625
Target Start/End: Original strand, 4630700 - 4631210
Alignment:
Q  112 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagatta 211  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |  ||  | |||| || ||||  |||| | |||||||| |||||||||    
T  4630700 tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcagcaggacatcacgatatattgtgtgtatagtttctggtgctcgtcgaagcttgattgaaagatta 4630799  T
Q  212 actttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcag 311  Q
    ||| |||||||||||||||||||  |||||||   ||||  |||  ||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4630800 actctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacataagcacaacataatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcag 4630899  T
Q  312 cacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccat 411  Q
    |  ||   ||||| | | | | | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | ||   |   |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4630900 ctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctatcaccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaatcttaccat 4630999  T
Q  412 ataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggt 511  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  4631000 ataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaacagcttctggt 4631099  T
Q  512 gcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaa 611  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4631100 gcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaa 4631196  T
Q  612 aatcgttgtcccaa 625  Q
    |||| |||||||||    
T  4631197 aatcattgtcccaa 4631210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 247 - 625
Target Start/End: Original strand, 4662899 - 4663274
Alignment:
Q  247 catagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatc 346  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | || ||  |||||||||||||||||| ||   |  |||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  4662899 catagtcacaccataatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattcttcaactaaattatcatctataaaaatc 4662998  T
Q  347 tgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 446  Q
    |||||  |||||||||| |  | | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4662999 tgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 4663098  T
Q  447 ttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 546  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4663099 ttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 4663198  T
Q  547 tagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    |||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| || ||||||    
T  4663199 tagatgatc---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaa 4663274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 98 - 625
Target Start/End: Original strand, 4666694 - 4667224
Alignment:
Q  98 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 197  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    ||||||||  ||    |||   | || || ||||| |||||| ||||    
T  4666694 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattaagaaggacatcactgtattttgtaaagacagtttctggtactcgttgaagct 4666793  T
Q  198 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 297  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||  ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |     
T  4666794 taattgaaagattaactctttcaatttgacggctccctccttgagaatccatagtcaaggcataatccttatgaacaggaaccatacgaacaccactact 4666893  T
Q  298 cctt---atcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaa 394  Q
    ||     | ||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||   |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||    
T  4666894 ccaataaagcacgtcagcccttggttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatatgccaatcaaactcacaa 4666993  T
Q  395 aaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtca 494  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| || ||||| |||| |||| |  ||||||||||||||||||| || || |    
T  4666994 aaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagtta 4667093  T
Q  495 agtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattcttt 594  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||  |||| ||  ||||||||  ||||||||||||| |||    
T  4667094 agtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttgtggatattgttt 4667193  T
Q  595 ctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4667194 ctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaa 4667224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 107 - 625
Target Start/End: Original strand, 4863690 - 4864205
Alignment:
Q  107 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 206  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    |||  ||| |  ||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  4863690 ttatttttatcgcttattttaaaaatctcgattccattcaacgtaacatcacggtattttgtaaacatggtctttggtaattgttgtaacttgagcgaaa 4863789  T
Q  207 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 306  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||| | ||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||| ||||||    
T  4863790 ggttaactctttcaatttgagagcttccttcttcagagtttatagacacagtataatccttatgaacaggaaccatacgagaaccgctccaccgtatcac 4863889  T
Q  307 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 406  Q
    ||||||  ||   ||||||| ||||| | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  4863890 atcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctatcacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4863989  T
Q  407 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 506  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |  ||| |||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4863990 accatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaactt 4864089  T
Q  507 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaag 606  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  4864090 ctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacg 4864186  T
Q  607 aggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  4864187 aggaaaatcattgtcccaa 4864205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 191 - 625
Target Start/End: Original strand, 4653372 - 4653803
Alignment:
Q  191 tgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcac 290  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||     
T  4653372 tgtagcttgattgtaagattaactctttcaatttgagtgcttccttcttcagagtgcatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcaaacgagcat 4653471  T
Q  291 cactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactc 390  Q
      |||||    |||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| || ||||| ||   ||||||||| |  |  |||||| |||||||||| ||    
T  4653472 tgctccatgaaatcacatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattc 4653571  T
Q  391 acaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcg 490  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||     
T  4653572 acaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgca 4653671  T
Q  491 gtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatatt 590  Q
    || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||   || || || |||||||||||||| |||||||||    
T  4653672 gttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttagtggatatt 4653768  T
Q  591 ctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
     |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  4653769 gtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaa 4653803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 187 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 4697437 - 4697003
Alignment:
Q  187 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 286  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||   ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  4697437 tcgttgtagcttgattgaaagattaagtctttcaatttgagagcttccttcttgagagtgcatagacacagcataatctttatgaacaggaaccatagga 4697338  T
Q  287 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 386  Q
    | |  ||||||    |||||||||||  ||   || |||||| ||| | ||||||| || |||||   |||||||||    | ||||||||||  |||||    
T  4697337 gtagtactccaagaaatcacatcagcgtttatctccgccaaagtattagctatgaatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaa 4697238  T
Q  387 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 486  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  4697237 actcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttct 4697138  T
Q  487 agcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtgga 586  Q
     || || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  |||||||||    
T  4697137 tgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtgga 4697041  T
Q  587 tattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtccca 624  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4697040 tattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtccca 4697003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 189 - 459
Target Start/End: Original strand, 4643521 - 4643791
Alignment:
Q  189 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 288  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||| |  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  4643521 gttgaagcttgattgaaagattagctctttcaagttgagagcttccttcttgatagtccatagacattgcataatccttatgaacaggaaccaaacgagc 4643620  T
Q  289 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 388  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||    
T  4643621 accactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaac 4643720  T
Q  389 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatc 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4643721 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattgaaatc 4643791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 189 - 453
Target Start/End: Original strand, 4672526 - 4672790
Alignment:
Q  189 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 288  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  4672526 gttgaagcttaatagaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacatagtgacagcataatccttatgaacaggaaccatacgagc 4672625  T
Q  289 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 388  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||| | | | | |||| |||||||||||   |||||||||    |   ||||| |||  ||||||    
T  4672626 accactccaacttataacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaac 4672725  T
Q  389 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4672726 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 473 - 625
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4672986
Alignment:
Q  473 attccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttg 572  Q
    |||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  573 atacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaa 4672986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 500 - 625
Target Start/End: Original strand, 4643868 - 4643990
Alignment:
Q  500 acagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctcca 599  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  4643868 acagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgat---gttcataatcatttgatacgcttagcggatattgtttctcca 4643964  T
Q  600 agtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  4643965 agtaacgaggataatcattgtcccaa 4643990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 440
Target Start/End: Original strand, 4647561 - 4647625
Alignment:
Q  374 atatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaat 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  4647561 atatgtcaatcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 4846365 - 4846299
Alignment:
Q  78 gtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 147  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  4846365 gtttgttgggattcataccagccagattgtt---tttatcacttactttgaaaatctcgattccattcaa 4846299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 147
Target Start/End: Original strand, 4643445 - 4643494
Alignment:
Q  98 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 147  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4643445 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattcaa 4643494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 158
Target Start/End: Original strand, 4672435 - 4672495
Alignment:
Q  98 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 158  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4672435 gcgagattattatttttatcacttactttgaaaatctcgattccatttaatgtgacatcac 4672495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 4697512 - 4697466
Alignment:
Q  112 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 158  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4697512 tttatcatttattttcaaaatctcgatgccattcaatgtgacatcac 4697466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 243
Target Start/End: Original strand, 4647378 - 4647437
Alignment:
Q  184 taatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgaga 243  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||    
T  4647378 taatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttgattccttcctccttgaga 4647437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 567 - 625
Target Start/End: Original strand, 4637082 - 4637140
Alignment:
Q  567 cacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    |||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  4637082 cacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaa 4637140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 177 - 229
Target Start/End: Original strand, 4661636 - 4661688
Alignment:
Q  177 attttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagag 229  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4661636 attttgataatggttgaagcttgattgaaagatcaactctttcaatttgagag 4661688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 98 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 18926078 - 18925554
Alignment:
Q  98 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 197  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||    |     |||  || ||||  |||||||||||    
T  18926078 gcgagattgttatttttgtcacttattttcaaaatctcgatcccattcaatgtgacattacggtattttgagtagatattttctggtgctcgttgtagct 18925979  T
Q  198 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 297  Q
    | || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  || ||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  18925978 ttattgaaagattaactcttttaatttgcgagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactcca 18925879  T
Q  298 ccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaa 397  Q
        |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||| |  |  || ||||||||||||||||| ||||||    
T  18925878 atgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaa 18925779  T
Q  398 tgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagt 497  Q
    || || ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || || ||||    
T  18925778 tgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagt 18925679  T
Q  498 atacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctc 597  Q
    ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    |  | || || ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  18925678 atacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat---gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctc 18925582  T
Q  598 caagtaaagaggaaaatcgttgtcccaa 625  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18925581 caagtaacgaggaaaatcgttgtcccaa 18925554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University