View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3241_high_2 (Length: 593)

Name: NF3241_high_2
Description: NF3241
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3241_high_2
NF3241_high_2
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-577)||(41200137-41200713)
chr1 (1-557)||(1041836-1042392)
chr1 (1-557)||(41192901-41193457)
chr1 (420-577)||(41407570-41407727)
chr1 (1-217)||(41408355-41408571)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-557)||(33323427-33323983)
[»] scaffold0640 (2 HSPs)
scaffold0640 (1-237)||(2396-2632)
scaffold0640 (421-547)||(3216-3342)
[»] scaffold0271 (2 HSPs)
scaffold0271 (1-217)||(22884-23100)
scaffold0271 (421-577)||(23772-23928)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (234-319)||(38951714-38951799)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 41200713 - 41200137
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  41200713 agacatccaggagaactgctcccaccgtatgaaaccgagatattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcaccaatccaacaatcaacactggtttg 41200614  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200613 actttcaaacaaaatacgcccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacagtttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 41200514  T
Q  201 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200513 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 41200414  T
Q  301 aaattcttattgtgcctcatttcctttccatccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaaattgcttccatttcatcccca 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41200413 aaattcttcttgtgcctcatttcctttccgtccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaacttgcttccatttcatcccca 41200314  T
Q  401 cgatgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctag 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41200313 cgacgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacaaggtatcaaccaattaaatcatgctag 41200214  T
Q  501 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaaattctaacttaggcttcttc 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200213 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaataagtaggtccttccacttccaaattctaacttaggcttcttc 41200137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 1042392 - 1041836
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1042392 agacatccaggagaactgctcccaccgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 1042293  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1042292 actttcaaacaaaatacgcccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacagtttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 1042193  T
Q  201 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1042192 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 1042093  T
Q  301 aaattcttattgtgcctcatttcctttccatccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaaattgcttccatttcatcccca 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1042092 aaattcttcttgtgcctcatttcctttccgtccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaacttgcttccatttcatcccca 1041993  T
Q  401 cgatgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctag 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1041992 cgacgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacaaggtatcaaccaattaaatcatgctag 1041893  T
Q  501 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaa 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1041892 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggttcatccacttccaa 1041836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 41193457 - 41192901
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  41193457 agacatccaggagaactgctcccaccgtatgaaaccgagatattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcaccaatccaacaatcaacactggtttg 41193358  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41193357 actttcaaacaaaatacgcccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacagtttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 41193258  T
Q  201 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41193257 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 41193158  T
Q  301 aaattcttattgtgcctcatttcctttccatccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaaattgcttccatttcatcccca 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41193157 aaattcttcttgtgcctcatttcctttccgtccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaacttgcttccatttcatcccca 41193058  T
Q  401 cgatgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctag 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41193057 cgacgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacaaggtatcaaccaattaaatcatgctag 41192958  T
Q  501 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaa 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41192957 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggttcatccacttccaa 41192901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 420 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 41407727 - 41407570
Alignment:
Q  420 ccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctagcttacattatcctaaaatt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41407727 ccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagactaggtatcaaccaactaaatcatgctagcttacattatcctaaaatg 41407628  T
Q  520 gatgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaaattctaacttaggcttcttc 577  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  41407627 gatgtcctttgaaaacatgtaggtccatccacttccaaattcagactttggcttcttc 41407570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 41408571 - 41408355
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  41408571 agacatccacgagagttgttcccaccatatgaaaccgagacatttgctgttgaagggatgaaatcaaacctgcagtagtccaacaatcaacagcggtttg 41408472  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41408471 actttcaaacaaaatatgcccctcggattcaacagaaaatgcgcaaagctcgcagtttatcggacaggaaaatacattgcaatattgaagagcatcttat 41408372  T
Q  201 tctattattacaacaat 217  Q
    |  ||||||||||||||    
T  41408371 tgcattattacaacaat 41408355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 33323983 - 33323427
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  33323983 agacatccaggagaactgctcccaccgtatgaaaccgagatattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcatcattccaacaatcaacactggtttg 33323884  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33323883 actttcaaacaaaatacgcccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacagtttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 33323784  T
Q  201 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33323783 tctattattacaacaatctcgcgaacttcatatctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctg 33323684  T
Q  301 aaattcttattgtgcctcatttcctttccatccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaaattgcttccatttcatcccca 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33323683 aaattcttcttgtgcctcatttcctttccgtccgtgttcttgagctgtaaaagtaagctcattcattttttgttgaaaacttgcttccatttcatcccca 33323584  T
Q  401 cgatgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctag 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33323583 cgacgccctttaagttcttccaacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacaaggtatcaaccaattaaatcatgctag 33323484  T
Q  501 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaa 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33323483 cttacattatcctaaaattgatgtcctttgaaaacaagtaggttcatccacttccaa 33323427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 2396 - 2632
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  2396 agacatccacgagaactgttcccaccgtatgaaatcgagacatt-gatgttgaagggttgaaatcaaacctgcagtagtccaacaatcaacagtggtttg 2494  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  2495 actttcaaacaaaatatgccccttggattcaacagaaaatgcgcaaagctcacagtttatcggacaggaaaatacattgcaattttgaagagcatcttat 2594  T
Q  201 tctattattacaacaatctc-gcgaacttcatatcttt 237  Q
    |  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2595 tgcattattacaacaatctcggtgaacttcatatcttt 2632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 421 - 547
Target Start/End: Original strand, 3216 - 3342
Alignment:
Q  421 caacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctagcttacattatcctaaaattg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3216 caacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagactaggtatcaaccaactaaatcatgctagcttacattatcctaaaatgg 3315  T
Q  521 atgtcctttgaaaacaagtaggtccat 547  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  3316 atgtcctttgaaaacatgtaggtccat 3342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 2)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 22884 - 23100
Alignment:
Q  1 agacatccaggagaactgctcccactgtatgaaaccgagacattcgcggttgaagggttgaaatcaaacctgcagcagtccaacaatcaacactggtttg 100  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  22884 agacatccacgagagttgttcccaccatatgaaaccgagacatttgctgttgaagggatgaaatcaaacctgcagtagtccaacaatcaacagcggtttg 22983  T
Q  101 actttcaaacaaaatacacccctccgattcaacagaaaatggtcaaagctcacaatttatcggataggaaaatacattgcaatattgaaaagcatcttat 200  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22984 actttcaaacaaaatatgcccctcggattcaacagaaaatgcgcaaagctcgcagtttatcggacaggaaaatacattgcaatattgaagagcatcttat 23083  T
Q  201 tctattattacaacaat 217  Q
    |  ||||||||||||||    
T  23084 tgcattattacaacaat 23100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 421 - 577
Target Start/End: Original strand, 23772 - 23928
Alignment:
Q  421 caacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagacatggtatcaaccaattaaatcatgctagcttacattatcctaaaattg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23772 caacttctcagatactttatcagaagaagaaatgttccataacatttgagactaggtatcaaccaactaaatcatgctagcttacattatcctaaaatgg 23871  T
Q  521 atgtcctttgaaaacaagtaggtccatccacttccaaattctaacttaggcttcttc 577  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  23872 atgtcctttgaaaacatgtaggtccatccacttccaaattcagactttggcttcttc 23928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38951799 - 38951714
Alignment:
Q  234 ctttcctgatttttacaaagcgcttccaccagtttttcttattcgtttcacccttatcgaaatcctgaaattcttattgtgcctca 319  Q
    |||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||| |||| | || ||| ||||||||||||  |||||||| || |||||||    
T  38951799 ctttcctgatgttcacaaaacgcttcaaccagtttttcctattagctttaccattatcgaaatcccaaaattcttcttttgcctca 38951714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University