View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3249_low_3 (Length: 715)

Name: NF3249_low_3
Description: NF3249
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3249_low_3
NF3249_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-700)||(4861088-4861782)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 4861782 - 4861088
Alignment:
Q  7 ggagcagagataagtgagcaaaggggattgctagattattttgtcagtgtatgatatttggcatcttctttttaatttcctagccatacgtaccaaggtt 106  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4861782 ggagcacaaataagtgagcaaaggggattgatagattattttgtcagtgcatgatatttggcatcttctttttaatttcctagccatacgtaccaaggtt 4861683  T
Q  107 atagacccacttctgaatttgtttcgtgtacgtacgtacgtacgtggtt-gttactatagttttgatacatcatagatatgaatagggatggaatttaca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4861682 atagacccacttctgaatttgtttcgtgtacgtacgtacgtacgtggtttgttactatagttttgatacatcatagatatgaatagggatggaatttaca 4861583  T
Q  206 ttttcttaattacaaattgcatataattaaaaattgagaagacgcacggatactcaattacagaatatatgaaagagaaagaaaaacgagacgtacggac 305  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4861582 ttttcttaatgacaaattgcatataattaaaaattgagaagacgcacggatactcaattacagaatatatgaaagagaaagaaaaacgagacgtacggac 4861483  T
Q  306 aagagatgggtagaggaaacacaacaaaagatatagacaaaactttcatattagtgttaaaagtattggtatatcaattgagtaagagtcccacgttaga 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4861482 aagagatgggtagaggaaacacaacaaaagatatagacaaaactttcatattagtgttaaaagtatttgtatatcaattgagtaagagtctcacgttaga 4861383  T
Q  406 agnnnnnnntgattgttaaacacattatatgtgaaatgagttataagtataatgtctacaggttttggattaaaatatgtcgtccaactcatttatatga 505  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4861382 agaaaaaaatgattgttaaacacattatatgtgaaatgacttataagtataatgtctaaaggctttggattaaaatatgtcgtccaactcacttatatga 4861283  T
Q  506 ttgtttaaaatttgatatgatgattcttcggatccctcataaacaaaccgtgatattaaagtcgatggttgaaccaactcattgtatctaaagtctttta 605  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  4861282 ttgtttaaaatctgatatgatgattcttcggatccctcatgaacaaactgtgatattaaagttgatggttgaaccagttcattgtatctaaagtctttta 4861183  T
Q  606 gacaaggaggttcaggcagtgtgtcttgaagattgccactaatgatagtgcaagtagaaatagatgaaaatgtttcgtttgacacgggtgaactt 700  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4861182 gacaaggatgttcaggcagtgtgtcttgaagattgccactaatgatggtgcaagtagaaatagatgaaaaagtttcgtttgacgcgggtgaactt 4861088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University