View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3252_low_1 (Length: 898)

Name: NF3252_low_1
Description: NF3252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3252_low_1
NF3252_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-880)||(24485890-24486769)
chr1 (1-880)||(24494224-24495103)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-648)||(34295488-34296135)
chr5 (643-880)||(34293115-34293352)
[»] scaffold0039 (2 HSPs)
scaffold0039 (1-585)||(58338-58922)
scaffold0039 (735-881)||(59037-59183)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (737-853)||(81833-81949)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (768-853)||(32323656-32323741)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (768-853)||(18728692-18728777)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 880
Target Start/End: Original strand, 24485890 - 24486769
Alignment:
1 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaactgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattactgccaaagtaaattatgcaagctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
24485890 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaattgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattaccgccaaagtaaattatgtaagctga 24485989  T
101 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttgcaagcttcaaaccatggttaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
24485990 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttccaagcttcaaaccatggttaata 24486089  T
201 gtaagtttgagatatcttaccactcgtttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24486090 gtaagtttgagatatcttaccactcgtttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 24486189  T
301 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcggcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24486190 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcggcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 24486289  T
401 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataatcatgctgagataataagagaccatacttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
24486290 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataaccatgctgagataataagagaccatacttg 24486389  T
501 gttggaattagttcaattctaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 600  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24486390 gttggaattagttcaattccaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 24486489  T
601 tgctgctacctgttaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaaggcctgcacaccgtgcttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgt 700  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24486490 tgctgctacctgtgaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaaggcctgcacaccgtgtttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgt 24486589  T
701 acaaaacccaacagagagaacgaatgccttgaaagaatcatgccacgcgcgaggtgtttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
24486590 acaaaacccaacagagagaacgaatgccttgagagaatcatgccacgcgcgaggtgcttgtctcaaaccatatatagctttcttaagcttgcaaacatgt 24486689  T
801 tgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacattttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 880  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
24486690 tgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacatcttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 24486769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 880
Target Start/End: Original strand, 24494224 - 24495103
Alignment:
1 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaactgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattactgccaaagtaaattatgcaagctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
24494224 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaattgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattaccgccaaagtaaattatgtaagctga 24494323  T
101 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttgcaagcttcaaaccatggttaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
24494324 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttccaagcttcaaaccatggttaata 24494423  T
201 gtaagtttgagatatcttaccactcgtttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24494424 gtaagtttgagatatcttaccactcttttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 24494523  T
301 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcggcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
24494524 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcgtcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 24494623  T
401 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataatcatgctgagataataagagaccatacttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
24494624 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataaccatgctgagataataagagaccatacttg 24494723  T
501 gttggaattagttcaattctaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 600  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24494724 gttggaattagttcaattccaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 24494823  T
601 tgctgctacctgttaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaaggcctgcacaccgtgcttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24494824 tgctgctacctgttaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaaggcctgcacaccgtgtttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgt 24494923  T
701 acaaaacccaacagagagaacgaatgccttgaaagaatcatgccacgcgcgaggtgtttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgt 800  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24494924 acaaaacccaacatagagaacgaatgccttgagagaatcatgccacgcgcgaggtgcttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgt 24495023  T
801 tgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacattttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 880  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
24495024 tgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacatcttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 24495103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 34296135 - 34295488
Alignment:
1 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaactgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattactgccaaagtaaattatgcaagctga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
34296135 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaattgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattaccgccaaagtaaattatgtaagctga 34296036  T
101 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttgcaagcttcaaaccatggttaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
34296035 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttccaagcttcaaaccatggttaata 34295936  T
201 gtaagtttgagatatcttaccactcgtttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34295935 gtaagtttgagatatcttaccactcatttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 34295836  T
301 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcggcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
34295835 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcgacagatccatcattcagcttgagaggagtagt 34295736  T
401 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataatcatgctgagataataagagaccatacttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
34295735 catacataatggagtgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataaccatgctgagataataagagaccatacttg 34295636  T
501 gttggaattagttcaattctaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 600  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34295635 gttggaattagttcaattccaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaattgttgtaaaaatgtag 34295536  T
601 tgctgctacctgttaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaagg 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34295535 tgctgctacctgttaaaagtaaatcatcaacatatactaacaagaagg 34295488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 643 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 34293352 - 34293115
Alignment:
643 agaaggcctgcacaccgtgcttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgtacaaaacccaacagagagaacgaatgccttgaaagaatcatg 742  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
34293352 agaaggcctgcacaccgtgtttgttgtaaataaacaaagatggatcacttaggcttgtacaaaacccaacaaagagaacgaatgccttgagagaatcatg 34293253  T
743 ccacgcgcgaggtgtttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatg 842  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34293252 ccacgcgcgaggtgcttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatg 34293153  T
843 tagacattttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 880  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
34293152 tagacatcttcagttaattttccttgtaaaaaggcatt 34293115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 2)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 585
Target Start/End: Original strand, 58338 - 58922
Alignment:
1 cagacctgtattctgcctctgtggatgatctagcaactgttctctgtctttttgataaccatgaaacaggattactgccaaagtaaattatgcaagctga 100  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||   || || ||||||| | | |||||    
58338 cagacctatattctgcttctatggatgatcgcgcaactgttctttgcgtttttgacaaccatgagacaggattatcaccgaaataaattaggtaggctga 58437  T
101 tgtagatgttttgtcatcatgattacctccccagtcagcatcagtaaaggcatgcaatttgagatgaggtggttttgcaagcttcaaaccatggttaata 200  Q
     || |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||| | || || ||||| ||||||   || |||| ||| || ||||||||||| ||     
58438 agttgatgttttgtcatcataattaccaccccaattagcatcagtatatgcttgtaatttaagatgaacaggctttgtaagtttgaaaccatggttgatt 58537  T
201 gtaagtttgagatatcttaccactcgtttgagttgctgaaagtgcatttcagttggttgatgcataaattgtgacaatttatttattgcaaatgagagat 300  Q
    || |  || | ||| |||| ||||| ||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
58538 gtgaacttcaaataccttaacactcttttgagtcgctggaaatgcacttcagttggttgatgcataaattgcgacaatttgtttattgcaaatgagagat 58637  T
301 ctggcctggttaaagtgatgtactgcagtgcaccaatcatactacgaaacatcttggaatcagcagcggcagatccatcattcagcttgagaggagtagt 400  Q
    | ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||||    
58638 caggcctagttaatgtgatgtattgaagtgctccaataatgctacgaaacatttttgaatcagcaggggctgaaccatcatttagtttgagaggagtagt 58737  T
401 catacataatggag-tgttgaccgacttagcccctgacatgttgaacttttccaaaagttctctaatataatcatgctgagataataagagaccatactt 499  Q
    ||| || ||||||| |||||   |  |||||||||||||| |||||||  ||||| | |||||| || ||| |||| || |||||||  | |||| | ||    
58738 catgcacaatggagttgttg-ttgctttagcccctgacatattgaactcatccaataattctctgatgtaaccatgttgtgataatagcataccagattt 58836  T
500 ggttggaattagttcaattctaaggaaataatgagggaagccaagttgtttgagagagaacttagtggaaagctctgtcatgaatt 585  Q
      ||||||| | ||| || | ||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||    
58837 tattggaataaattctatgccaagaaagtaatgaggaaatccaagttgtttgagagaaaactttgttgaaagttctgtcatgaatt 58922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 735 - 881
Target Start/End: Original strand, 59037 - 59183
Alignment:
735 gaatcatgccacgcgcgaggtgtttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggtt 834  Q
    ||||||||||| || |||||||  || | ||||||||| || |||||||| || || |||| ||| || |||| |||||| || || || ||||| || |    
59037 gaatcatgccatgcacgaggtgcctgccacaaaccataaattgctttcttgagcttacaaatatgatgaggaaattcagaatggataaaacctgggggct 59136  T
835 gctgcatgtagacattttcagttaattttccttgtaaaaaggcattg 881  Q
    ||||||| || |||| ||||| |||||||||||| || |||||||||    
59137 gctgcatatacacatcttcagataattttccttgcaagaaggcattg 59183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 737 - 853
Target Start/End: Original strand, 81833 - 81949
Alignment:
737 atcatgccacgcgcgaggtgtttgtctcaaaccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgc 836  Q
    ||||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||| |||||| |||||||| || || |||||     
81833 atcatgccatgctcgaggagtctgccttaatccatatatagccttcttgagtttgcaaacatgattaggaaattcagaatgaatgaaaccaggtggttgt 81932  T
837 tgcatgtagacattttc 853  Q
    | |||| | ||||||||    
81933 tccatgaaaacattttc 81949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 768 - 853
Target Start/End: Original strand, 32323656 - 32323741
Alignment:
768 ccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacattttc 853  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||| |||||| |||||||| || || ||||| | |||| | ||||||||    
32323656 ccatatatagccttcttgagtttgcaaacatgattaggaaattcagaatgaatgaaaccaggtggttgttccatgaaaacattttc 32323741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 768 - 853
Target Start/End: Original strand, 18728692 - 18728777
Alignment:
768 ccatatatagctttcttaagtttgcaaacatgttgtggaagttcagagtgaatgaaccctggcggttgctgcatgtagacattttc 853  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||| |||||| |||||||| || || ||||| | |||| | ||||||||    
18728692 ccatatatagccttcttgagtttgcaaacatgattaggaaattcagaatgaatgaaaccaggtggttgttccatgaaaacattttc 18728777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University