View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3259_low_12 (Length: 308)

Name: NF3259_low_12
Description: NF3259
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3259_low_12
NF3259_low_12
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (7-292)||(48653437-48653722)
chr1 (36-270)||(48617762-48617996)
chr1 (46-266)||(11547574-11547794)
chr1 (25-246)||(48661897-48662118)
chr1 (41-145)||(48667587-48667691)
chr1 (20-161)||(48629286-48629427)
chr1 (43-246)||(48585690-48585893)
chr1 (43-246)||(48640263-48640466)
chr1 (97-260)||(48656917-48657080)
chr1 (196-256)||(48629203-48629263)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-268)||(19665107-19665350)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (55-267)||(27224312-27224524)
chr8 (25-268)||(27228514-27228757)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 7 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 48653722 - 48653437
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatgagatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttg 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653722 tcgaagaaaatgagatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttg 48653623  T
Q  107 ctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653622 ctgcaaagggtgcttctgtcattttcatcacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattgg 48653523  T
Q  207 tgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcac 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653522 tgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcac 48653437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 270
Target Start/End: Original strand, 48617762 - 48617996
Alignment:
Q  36 tcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatg 135  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  48617762 tcatatccttcttatctcttatccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactagcaaagtgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatc 48617861  T
Q  136 acaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttg 235  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  48617862 acaacagagaaagctggcaaagacataagaactgttaacaatatcattgaaaaatcactcacttcaattggtgatggttctcttacttttgagttcttag 48617961  T
Q  236 atgattgtttagaagatgatgatcctattagagga 270  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  48617962 atgatggtttagaagatgatcatcctcttagagga 48617996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11547794 - 11547574
Alignment:
Q  46 cttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaa 145  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||| || ||| | |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |    
T  11547794 cttatctcttttccaggacaaggacacataaaccctcttcttagattagcaaagtgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatcacaacaaaga 11547695  T
Q  146 gagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgttt 245  Q
     |||||| |||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11547694 aagctggcaaagacatacaaacggttaacaacatcgttgaaaaatcagtcacatcaataggtaatggttctctcacttttgagttctttgatgatggttt 11547595  T
Q  246 agaagatgatgatcctattag 266  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  11547594 acaagatgatgatcctattag 11547574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48662118 - 48661897
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  48662118 gaagctcccattcatatcctccttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggaaagtgtcttgctgcaaaaggtgcctctg 48662019  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    |||||||||  |||||||| | |||||| ||||||||  ||| |||| || ||||||   | |||| |   ||||| || ||||||||||| |||| |||    
T  48662018 tcattttcaccacaacagagaaagctggcaaagacatgggaattgttgacgacatcaccaacaaattagcaactccgataggtgatggttctctcatttt 48661919  T
Q  225 tgagttctttgatgattgttta 246  Q
     |||||||||||| || |||||    
T  48661918 cgagttctttgatcatagttta 48661897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48667691 - 48667587
Alignment:
Q  41 tcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaac 140  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  48667691 tcctccttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggtaaatgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatcacaac 48667592  T
Q  141 agaaa 145  Q
    |||||    
T  48667591 agaaa 48667587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 48629427 - 48629286
Alignment:
Q  20 gatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgc 119  Q
    |||| |||| |||| ||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  48629427 gatccgaagttccccttcatatcctacttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggaaaatgtcttgctgcaaagggtgc 48629328  T
Q  120 ttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacat 161  Q
     |||||||| || |  |||||||| | ||| || ||||||||    
T  48629327 ctctgtcatctttactacaacagagaaagcaggcaaagacat 48629286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48585893 - 48585690
Alignment:
Q  43 ctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacag 142  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||| || | | |  || | |||| ||||| | ||||||||||||||||  |||| || ||||  |||||||    
T  48585893 ctccttgtctcttttccagcacaaggacacataaaccatcttgttggactaggaaagtatcttgctgcaaagggtgccactgttatcttcaccacaacag 48585794  T
Q  143 aaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattg 242  Q
    | |  ||||| ||| ||||  || ||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||||| |    
T  48585793 agacggctggcaaaaacatgcgagctgctaacaacatcattgacaaattagcaactccaattggtgatggtactttcgctttcgagttctttgatgatgg 48585694  T
Q  243 ttta 246  Q
    ||||    
T  48585693 ttta 48585690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48640466 - 48640263
Alignment:
Q  43 ctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacag 142  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||| || | | |  || | |||| ||||| | ||||||||||||||||  |||| || ||||  |||||||    
T  48640466 ctccttgtctcttttccagcacaaggacacataaaccatcttgttggactaggaaagtatcttgctgcaaagggtgccactgttatcttcaccacaacag 48640367  T
Q  143 aaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattg 242  Q
    | |  ||||| ||| ||||  || ||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||| ||| |    
T  48640366 agacggctggcaaaaacatgcgagctgctaacaacatcattgacaaattagcaactccaattggtgatggtactttcgctttcgagttctttgacgatgg 48640267  T
Q  243 ttta 246  Q
    ||||    
T  48640266 ttta 48640263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48657080 - 48656917
Alignment:
Q  97 aagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattca 196  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||  | | |||||| ||||||||   ||||| ||||||||| | | | ||| ||  ||    
T  48657080 aagtgtcttgctgcaaagggttcttctgtcatcttcaccacaacgcagaaagctggcaaagacatggaaactgctaacaacataactaacaaaacaacca 48656981  T
Q  197 ctccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcc 260  Q
    ||||||| ||| | ||||  ||||||||||| || ||||| ||| ||||  |||| ||||||||    
T  48656980 ctccaatcggtaagggtttcctcacttttgatttatttgacgatggtttgaaagacgatgatcc 48656917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 48629263 - 48629203
Alignment:
Q  196 actccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatg 256  Q
    |||||||| || |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  48629263 actccaataggcgatggttgcctcactttcgagttctttgatcattgtttactagatgatg 48629203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 25 - 268
Target Start/End: Original strand, 19665107 - 19665350
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |    
T  19665107 gaagcacccattcacatcctccttatctcatatccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactagcaaagtgtcttgctgcaaagggttcttcag 19665206  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    |||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||||   ||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  19665207 tcatcttcatcactacagagaaagctggcaaagacatgcaaactgttaacaacatcactcacaaatcactcactccaataggtgatggttctctcatttt 19665306  T
Q  225 tgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagag 268  Q
      | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19665307 ccacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagag 19665350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 55 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27224524 - 27224312
Alignment:
Q  55 tatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaa 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||| || ||||| |||||||| | |||||| |    
T  27224524 tatccagcacaaggacacataaatcctatgcttagactaggaaagtgtcttgcatcaaagggttcttctgttatcttcatcacaacagagaaagctggca 27224425  T
Q  155 aagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatga 254  Q
    ||||  | |||||||||||||| |||| |||||||| | ||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  27224424 aagaattgagaactgttaacaatatcactgaaaaattagtcattccagttggtaatggttctctcacatttcagttctttgatgacggtttatcagatga 27224325  T
Q  255 tgatcctattaga 267  Q
    |||||| ||||||    
T  27224324 tgatcccattaga 27224312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 27228757 - 27228514
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    |||||||||||  || | |||||| | || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  27228757 gaagctcccatcaatattctccttgtatcatatccagcacaaggacacataaatcctatgcttagattaggaaagtgtcttgcatcaaagggttcttctg 27228658  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    | || ||||| ||||| || | |||||| | |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| ||||||| ||| | ||    
T  27228657 ttatcttcatcacaactgagaaagctggcagagagttgagaactgttaacaacatcattgataaatcagtcattccagttggtaatggttctctcgcatt 27228558  T
Q  225 tgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagag 268  Q
     ||||||||||| ||  |||||  |||||||||||| |||||||    
T  27228557 cgagttctttgaagacggtttatcagatgatgatcccattagag 27228514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University