View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3270_high_2 (Length: 771)

Name: NF3270_high_2
Description: NF3270
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3270_high_2
NF3270_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (25-745)||(44542111-44542833)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 745
Target Start/End: Original strand, 44542111 - 44542833
Alignment:
Q  25 ggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggttcatcctctgtttctgtggttgttagtccttctcgaggttcatccttctcttcctctccc 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542111 ggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggttcatcctctgtttctgtggttgttaggccttctcgaggttcatccttctcttcctctccc 44542210  T
Q  125 gaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatgcactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcctgatgatggaagcaagtattac 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44542211 gaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatgcactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcttgatgatggaagcaagtattac 44542310  T
Q  225 tgggctcattgtcgattttcccctcctgaaccaaattcaacatccaagttaaaggctatatata----ataaaatatcaaacagctgcatttgaataaac 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44542311 tgggctcattgttgattttcccctcctgaaccaaattcaacatccaagttaaaggctatatatatataataaaatatcaaacatctgcatttgaataaac 44542410  T
Q  321 tataatgaaggatatgaattaccagaatcaatggttgttcagagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgca 420  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542411 tataatgaaggat--gaattaccagaatcaatggttgttcagagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgca 44542508  T
Q  421 acaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtc 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542509 acaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtc 44542608  T
Q  521 tgcaaccgcaatcacggcgtaaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttaccaatca 620  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44542609 tgcaaccgcaatcacggcataaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttactaatca 44542708  T
Q  621 actatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtctttatcgtga 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  44542709 actatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtgtttatcgtca 44542808  T
Q  721 gccaataataattgttggtggtgag 745  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  44542809 gccaataataattgttggtggtgag 44542833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University