View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3272_low_2 (Length: 641)

Name: NF3272_low_2
Description: NF3272
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3272_low_2
NF3272_low_2
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (1-614)||(44308418-44309031)
chr1 (7-485)||(44194465-44194942)
chr1 (7-485)||(44300899-44301376)
chr1 (1-172)||(44315459-44315630)
chr1 (492-614)||(44301410-44301535)
chr1 (492-612)||(44194976-44195098)
chr1 (520-612)||(44316982-44317074)
chr1 (492-527)||(44315979-44316014)
chr1 (340-390)||(44315804-44315854)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-172)||(23714954-23715125)
chr3 (1-172)||(23733410-23733581)
chr3 (1-172)||(23751865-23752036)
chr3 (1-114)||(23696555-23696668)
chr3 (492-562)||(23696072-23696146)
chr3 (492-562)||(23714505-23714579)
chr3 (492-562)||(23732961-23733035)
chr3 (492-562)||(23751416-23751490)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 614
Target Start/End: Original strand, 44308418 - 44309031
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44308418 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcacgcaagccaagaattacaaacaac 44308517  T
Q  101 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacnnnnnnntccaaaacttgaaacatgtgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  44308518 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttaaaaaaagctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaaatccaaaacttgaaacatgtgc 44308617  T
Q  201 aggttttgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcggtgttgttggc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44308618 aggttttgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcggtgttgttggt 44308717  T
Q  301 gacggacctactcaatgcgatagaataatggctgatgcgcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcctattccttagttctcttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44308718 gacggacctactcaatgcgatagaataatggctgatgcgcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcctattccttagttctcttg 44308817  T
Q  401 catccagagccgttgataaactttaaattgcattccttgcatggttatgttattttgggtataatcagacccaaaatgagaagaaaagtcgtttaatttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44308818 catccagagccgttgataaactttaaattgcattccttgcatggttatgttattttgggtataatcaaacccaaaatgagaaaaaaagtcgtttaatttt 44308917  T
Q  501 agggtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcatttaataaagtaaattaatagcaatgtgttgctattctaccgtgttctgaatat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44308918 agggtctccttaatttggtgtgataatgtatatggagggagagtcatttaataaagtaaattaatagcaatttgttgctattctaccgtgttccgaatat 44309017  T
Q  601 ttattgttgagtta 614  Q
    ||||||||||||||    
T  44309018 ttattgttgagtta 44309031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 44194465 - 44194942
Alignment:
Q  7 gtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaactctcaa 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44194465 gtttccttaatttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtagcaatgttctatcgagcccacaaatagcgcaagccaaggataacaaacaactctcaa 44194564  T
Q  107 aggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacnnnnnnntccaaaacttgaaacatgtgcaggttt 206  Q
      |||||| ||||||| ||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  44194565 tagctgtcgttgaaatcgccataaaaaaatctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaaatccaaaacttgaaacatgtgcaggttt 44194664  T
Q  207 tgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcggtgttgttggcgacgga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||  || |||    
T  44194665 tgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcaaagttgctgttgatgga 44194764  T
Q  307 cctactcaatgcgatagaataatggctgatgcgcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcctattccttagttctcttgcatcca 406  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||    
T  44194765 cctactcaatgtgatagagtaatggctgatgagcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcgcattccttagtgaacttgcatcca 44194864  T
Q  407 gagccgttgataaactttaaattgcattccttgcatggttatgttattttgggtataatcagacccaaaatgagaagaa 485  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  44194865 aagccgttgataaactttaaattgcattccttgtatggttgtgttattttgggtatactta-acccaaaatgagaagaa 44194942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 44300899 - 44301376
Alignment:
Q  7 gtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaactctcaa 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44300899 gtttccttaatttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtagcaatgttctatcgagcccacaaatagcgcaagccaaggataacaaacaactctcaa 44300998  T
Q  107 aggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacnnnnnnntccaaaacttgaaacatgtgcaggttt 206  Q
      |||||| ||||||| ||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  44300999 tagctgtcgttgaaatcgccataaaaaaatctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcacaaaaaaatccaaaacttgaaacatgtgcaggttt 44301098  T
Q  207 tgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcggtgttgttggcgacgga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||  || |||    
T  44301099 tgcttatgatggagtagtagggtctttcaaaagttgcttgggtgaaatcactgaggatcctcaaactgctagttatgattgcaaagttgctgttgatgga 44301198  T
Q  307 cctactcaatgcgatagaataatggctgatgcgcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcctattccttagttctcttgcatcca 406  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||    
T  44301199 cctactcaatgtgatagagtaatggctgatgagcatattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcgcattccttagtgaacttgcatcca 44301298  T
Q  407 gagccgttgataaactttaaattgcattccttgcatggttatgttattttgggtataatcagacccaaaatgagaagaa 485  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  44301299 aagccgttgataaactttaaattgcattccttgtatggttgtgttattttgggtatactta-acccaaaatgagaagaa 44301376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Original strand, 44315459 - 44315630
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44315459 ccactagtttccttaatttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcacgcaagccaagaattacaaacaac 44315558  T
Q  101 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcac 172  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||| |       ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  44315559 tctcaaaggctatcactgaaatcgccatgaaaaaagctgttgaaggacaagctttccttaaaggtttggcac 44315630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 492 - 614
Target Start/End: Original strand, 44301410 - 44301535
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtct---ccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcatttaataaagtaaattaatagcaatgtgttgctattctaccg 588  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44301410 tttaattttagggtcttctccttaatttggtgtgatgatatatatggagggagagtcatttaataaactaaattaatagcaatttgttgctattctaccg 44301509  T
Q  589 tgttctgaatatttattgttgagtta 614  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  44301510 tgttccgaatatttattgttgagtta 44301535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 492 - 612
Target Start/End: Original strand, 44194976 - 44195098
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtct---ccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcatttaataaagtaaattaatagcaatgtgttgctattctaccg 588  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44194976 tttaattttagggtcttctccttaatttggtgtgatgatatatatggagggagagtcatttaataaactaaattaatagcaatttgttgctattctaccg 44195075  T
Q  589 tgttctgaatatttattgttgagt 612  Q
    ||||| | ||||||||||||||||    
T  44195076 tgttc-ggatatttattgttgagt 44195098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 520 - 612
Target Start/End: Original strand, 44316982 - 44317074
Alignment:
Q  520 gtgatgatgtatatggagggagagtcatttaataaagtaaattaatagcaatgtgttgctattctaccgtgttctgaatatttattgttgagt 612  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44316982 gtgatgatgtatatggagggtgagtcatttaataaagtaaattaatagcaatttgttgctattctaccgtgttccaaatatttattgttgagt 44317074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 492 - 527
Target Start/End: Original strand, 44315979 - 44316014
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtctccttaatttggtgtgatgat 527  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44315979 tttaattttagggtctacttaatttggtgtgatgat 44316014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 340 - 390
Target Start/End: Original strand, 44315804 - 44315854
Alignment:
Q  340 catattgttaaccctgctattactgctcttaacaagcaaatcctattcctt 390  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||||||    
T  44315804 catattgttaaccctgctgttactgctcttaaccgtcaaatcttattcctt 44315854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23715125 - 23714954
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | | |||    
T  23715125 ccactagtttccttactttgcgacggttcatccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaac 23715026  T
Q  101 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcac 172  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||| |       |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  23715025 tctcaaaggctgtcgctgaaatcgccattaaaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcac 23714954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23733581 - 23733410
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | | |||    
T  23733581 ccactagtttccttactttgcgacggttcatccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaac 23733482  T
Q  101 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcac 172  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||| |       |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  23733481 tctcaaaggctgtcgctgaaatcgccattaaaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcac 23733410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23752036 - 23751865
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | | |||    
T  23752036 ccactagtttccttactttgcgacggttcatccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaac 23751937  T
Q  101 tctcaaaggctgtcattgaaatggccttnnnnnnngctgtcgaaggacaagcttttcttaaaggattggcac 172  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||| |       |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  23751936 tctcaaaggctgtcgctgaaatcgccattaaaaaagctgtcgaaggagaagctttccttaaaggattggcac 23751865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 23696668 - 23696555
Alignment:
Q  1 ccactggtttccttactttgcgctgcttcatccaacaaggtagaatgtaacaaggttctatcaagcccacaaatcgcgcaagccaagaataacaaacaac 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | | |||    
T  23696668 ccactagtttccttactttgcgacggttcatccaacaaggtagaatgcagcaaggttctatcaagcccacaaaccgcgcaagccaagaattggacagaac 23696569  T
Q  101 tctcaaaggctgtc 114  Q
    ||||||||||||||    
T  23696568 tctcaaaggctgtc 23696555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 492 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 23696146 - 23696072
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtca----tttaataaagtaaatt 562  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  23696146 tttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcagtcgtttaataaagtaaatt 23696072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 492 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 23714579 - 23714505
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtca----tttaataaagtaaatt 562  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  23714579 tttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcagtcgtttaataaagtaaatt 23714505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 492 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 23733035 - 23732961
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtca----tttaataaagtaaatt 562  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  23733035 tttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcagtcgtttaataaagtaaatt 23732961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 492 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 23751490 - 23751416
Alignment:
Q  492 tttaattttagggtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtca----tttaataaagtaaatt 562  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  23751490 tttaattttattgtctccttaatttggtgtgatgatgtatatggagggagagtcagtcgtttaataaagtaaatt 23751416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University