View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3282-Insertion-7 (Length: 915)

Name: NF3282-Insertion-7
Description: NF3282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3282-Insertion-7
NF3282-Insertion-7
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (8-899)||(49683250-49684138)
chr1 (448-910)||(49688144-49688600)
chr1 (436-910)||(49710848-49711323)
chr1 (508-895)||(49714504-49714891)
chr1 (443-892)||(49215529-49215971)
chr1 (8-218)||(49675897-49676107)
chr1 (518-849)||(49725328-49725657)
chr1 (172-218)||(49671698-49671744)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 49684138 - 49683250
Alignment:
Q  8 gttaacttcttattcttcaacaatttcatctcaacgtggtcgagtgaagacagtgacagtgaacgtacattaatacgtgatatccctgctccacgaccta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49684138 gttaacttcttattcttcaacaatttcatctcaacgtggtcgagtgaagacagtgacagtgaacgtacattaatacgtgatatccctgctccacgaccta 49684039  T
Q  108 ttacttcatcttcatgtccaaactcttccctcccactgccactataaatttttctcgatacctccaaaacctcatccattgaaggcctcaattccttgtc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49684038 ttacttcatcttcatgtccaaactcttccctcccactgccactataaatttttctcaacacctccaaaacctcatccattgaaggcctcaattccttgtc 49683939  T
Q  208 ccgttgcaaacccgtgtcnnnnnnnnnnnngtttcattcaaatagnnnnnnnaaaacttctaatgctgtcggacccaaattgggcatcaacatcacattc 307  Q
    ||||||||||||||||||            |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49683938 ccgttgcaaacccgtgtcttttttttt---gtttcattcaaatagtttttttaaaacttctaatgctgtcggacccaaattgggcatcaacgtcacattc 49683842  T
Q  308 gaaaatgtgtttctgtctctctaaaaatgatgatcatgatctcagagagtttcctcattccttaattgctcattggtaataaaacataatccagagatat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683841 gaaaatgtgtttctgtctctctaaaaatgatgatcatgatctcagagaatttcctcattccttaattgctcattggtaataaaacataatccagagatat 49683742  T
Q  408 aatacaaaagaaatgatgtcannnnnnnctagtgctacatactctacattgcaacttaatatccacacaaattaaagtgtttcagatgataaattgatca 507  Q
    |||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683741 aatacaaaagaaatgatgacatttttttctagtgctacatactctacattgcaacttaatatccacacaaattaaagtgtttcagatgataaattgatca 49683642  T
Q  508 aagatcttgaaggagaggacaaaaagggtttgggtggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49683641 aagatcttgaaggagaggacaaaaagggtttgggtggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttattcattgctggtcgatg 49683542  T
Q  608 tgaagggtcggtttgtaagcaccataaactcaccattgtcatctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatct 707  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683541 tgaagggtcggttggtatgcaccataaactcaccattgtcatctttcttaccatctcttcatca---atttcatttttaatacacttgagtccaagatct 49683445  T
Q  708 tgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttct- 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49683444 tgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttcta 49683345  T
Q  807 aaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccgcc-aaatgtctagagaacagctctggagc-atatatcctggtgtcccc 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49683344 aaaccatcattccataactgtagacatctgatttgtgtgacaccccaccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccc 49683250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 448 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 49688600 - 49688144
Alignment:
Q  448 actctacattgcaacttaatatccacacaaattaaagtgtttcagatgataaattgatcaaagatcttgaaggagaggacaaaaagggtttgggtggtat 547  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49688600 actctgcattgtaactttatatccacacaaattacaatgtttcagatgataaatggatcgaagatgtagaaggagaagacaaaaagggtttgggtggtat 49688501  T
Q  548 ttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatgtgaagggtcggtttgtaagcaccataaactcaccattgtc 647  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  49688500 ttccagcacttcaaggctcccttccagcatttccaccactttatgcattgcttgtcggtgtgaaggatcggtttgtatgcaccataaactcaccactgtc 49688401  T
Q  648 atctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaat 747  Q
    || |||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49688400 atttttcttaccatttcttcatca---ttttcatttttaatagacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccaatgtggaaaat 49688304  T
Q  748 ataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgac 847  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49688303 ataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttctttgaccaaccattt----accatcattccataactgtagacatctgatttatgggac 49688208  T
Q  848 accccgcc-aaatgtctagagaacagctctggagcatatatcctggtg-tccccatgcaccaaat 910  Q
    ||||| || |||| ||  ||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  49688207 accccaccaaaatttcgggagaacaactctggagca-atatcctggcgttccccttgcaccaaat 49688144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 436 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 49711323 - 49710848
Alignment:
Q  436 ctagtgctacatactctacattgcaacttaatatccacacaaattaaagtgtttcagatgataaattgatcaaagatcttgaaggagaggacaaaaaggg 535  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||| | | | ||||||||||||||| |||   |||| |||||||||| |||||||||||    
T  49711323 ctagtgttacatactctgcattgcatcttaatatccataaaaatcacaatatttcagatgataaatggattggagatgttgaaggagaagacaaaaaggg 49711224  T
Q  536 tttgggtggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatgtgaagggtcggtttgtaagcaccataaa 635  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  49711223 tttgggtggtatttccagcatttgaagactcccttccagcatttccaccactttatgcattgctggtcgatgagaagggtcggtttgtatgcaccataaa 49711124  T
Q  636 ctcaccattgtcatctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatcc 735  Q
    ||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49711123 ctcaccactgacatttttctgaccatttcttcatca---ttttcatttttaatactcttgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatcc 49711027  T
Q  736 aatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttct-aaaccatcattccataactgtagacatc 834  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49711026 agtgtggaaaatataactcgctagaacaatcaacttcaaccttaatgttctttcttcgaccaaccatctctaaaaccatcattccgtaactgtagacatc 49710927  T
Q  835 tgatttatgtgacaccccgcc-aaatgtctagagaacagctctggagc-atatatcctggtg-tccccatgcaccaaat 910  Q
    ||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49710926 tgacttatgtgacaccccaccaaaatttctagagaacaactctggagcaatatatcctggtgttccccttgcaccaaat 49710848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 508 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 49714891 - 49714504
Alignment:
Q  508 aagatcttgaaggagaggacaaaaagggtttgggtggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatg 607  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||    
T  49714891 aagatgttgaaggagacgacaaaaagggtttgggtggtatttccagcacttgaaggctcccttccaacatttccaccactttatgcattcctggtcgatg 49714792  T
Q  608 tgaagggtcggtttgtaagcaccataaactcaccattgtcatctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatct 707  Q
     |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| | ||| |||||||     
T  49714791 cgaagggtcagttcgtatgcaccataaactcaccactgtcatttttcttaccatttcttcatca---atttcatttttaatacacctcagttcaagatcc 49714695  T
Q  708 tgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttct- 806  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||     
T  49714694 tgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatataactcgctggaacaatcaacttcaaccttaatgttctttcttcggccaaccatttcta 49714595  T
Q  807 aaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccg-ccaaatgtctagagaacagctctggagc-atatatcctggtgt 895  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  49714594 aaaccatcattccataactataaacatctgatttatgtgacaccccgtcaaaatttctggagaacaactctggagcaatatatcctggtgt 49714504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 443 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 49215971 - 49215529
Alignment:
Q  443 tacatactctacattgcaacttaatatccacacaaattaaagtgtttcagatgataaattgatcaaagatcttgaaggagaggacaaaaagggtttgggt 542  Q
    |||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| |   |||||||||||| ||||||    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49215971 tacatactctgcattgcatttcaatatccacacaaattacaacatttcagatgatagattgataggtgatgttgaaggagaagacaaaaagggtttgggt 49215872  T
Q  543 ggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatgtgaagggtcggtttgtaagcaccataaactcacca 642  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  49215871 ggtatttcaagcacttgaaggctcccttccaacatttccaccactttatgcattgctggtcgattcaaagggtctgtttgtatgcaccataaactcacca 49215772  T
Q  643 ttgtcatctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtgg 742  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  49215771 ctgtcatttttcttaccatttcttcatca---atttcatttttaatacacctgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtgg 49215675  T
Q  743 aaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttct-aaaccatcattccataactgtagacatctgattta 841  Q
    ||||||| ||||       ||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  49215674 aaaatattactc-------caatcaacttcaaccttaatgttctttcttcgacaaaccatttctaaaaccatcattccataactataaacatctgattta 49215582  T
Q  842 tgtgacaccccgcc-aaatgtctagagaacagctctggagc-atatatcctgg 892  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  49215581 tgtgacaccccaccaaaatgtctggagaacaactctggagcaatatatcctgg 49215529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49676107 - 49675897
Alignment:
Q  8 gttaacttcttattcttcaacaatttcatctcaacgtggtcgagtgaagacagtgacagtgaacgtacattaatacgtgatatccctgctccacgaccta 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  ||||||||||| ||| |||||||  || ||| ||||||||||| |||    
T  49676107 gttaactttttattcttcaacaatttcatctcaacgtgatcgggtgaggacgatgacagtgaacatacgttaatactcgacatcactgctccacgagcta 49676008  T
Q  108 ttacttcatcttcatgtccaaactcttccctcccactgccactataaatttttctcgatacctccaaaacctcatccattgaaggcctcaattccttgtc 207  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||  |||||| |||| | |||   || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  49676007 ttacttcctctacatttccaaactcatccctcccactaacactatcaattctcctcagcacgtccaaaacctcatccattgagggcctcaattccttatc 49675908  T
Q  208 ccgttgcaaac 218  Q
    ||| |||||||    
T  49675907 ccgctgcaaac 49675897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 518 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 49725657 - 49725328
Alignment:
Q  518 aggagaggacaaaaagggtttgggtggtatttctagcacttgaaggctcccttctagcatttccaccactttaytcattgttggtcgatgtgaagggtcg 617  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||||  | ||  | ||  || ||||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||  |||||||| |    
T  49725657 aggagatgacaaaaagggtttaggtggcatttgcaacaactcaactctaccttctagcatctccaccactttacttatatccggtcgagttgaagggttg 49725558  T
Q  618 gtttgtaagcaccataaactcaccattgtcatctttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaatt 717  Q
    ||||||| |||||||| |  ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||   |||||| | | |  |   |  |||||||| |||||  | |    
T  49725557 gtttgtatgcaccatagagccactattgtcatctttctcaccttttcgtcatcaatt---tcatttcttacattccgtaaaccaagatcctgatttgaat 49725461  T
Q  718 caagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaa-accatcat 816  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || || |  |||||||||   |||||||| ||||| |  ||||||||||| |  ||||||||    
T  49725460 caagacggttgtaaatccaatgaggaaaatatatttcactcgagcggtccacttcagtgttgatgttttttctcctcccaaccatttccatgaccatcat 49725361  T
Q  817 tccataactgtagacatctgatttatgtgacac 849  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  49725360 tccataactgtaaacatctgacttatgtgacac 49725328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 172 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49671744 - 49671698
Alignment:
Q  172 caaaacctcatccattgaaggcctcaattccttgtcccgttgcaaac 218  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  49671744 caaaacctcttccatggaaggtctcaattccttgtccctttgcaaac 49671698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University