View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3285_low_1 (Length: 646)

Name: NF3285_low_1
Description: NF3285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3285_low_1
NF3285_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (107-639)||(6723152-6723690)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (108-390)||(13108743-13109029)
chr7 (109-390)||(13111037-13111321)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (110-390)||(48023922-48024205)
chr3 (108-345)||(28784499-28784737)
chr3 (231-390)||(48024599-48024756)
chr3 (231-390)||(48025159-48025316)
chr3 (231-390)||(48027339-48027496)
chr3 (108-345)||(48707615-48707859)
chr3 (127-258)||(5354551-5354686)
chr3 (148-220)||(5913484-5913556)
chr3 (268-300)||(5907771-5907803)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (110-345)||(22804595-22804833)
chr4 (108-340)||(7230885-7231118)
chr4 (244-300)||(44640169-44640225)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (108-345)||(44731827-44732065)
chr8 (108-345)||(44734138-44734376)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (108-345)||(32797992-32798230)
chr5 (108-345)||(32800304-32800542)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (109-342)||(14662316-14662554)
chr2 (108-345)||(45338557-45338795)
chr2 (108-345)||(45336245-45336483)
chr2 (109-340)||(17648861-17649094)
chr2 (109-228)||(1454030-1454150)
chr2 (122-221)||(132777-132876)
chr2 (245-305)||(132712-132772)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (108-345)||(1550142-1550380)
chr1 (108-345)||(9535241-9535479)
chr1 (110-155)||(47695724-47695769)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 6723690 - 6723152
Alignment:
Q  107 tgctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacata--aaatctgtatt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  6723690 tgctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtcataagtttgtttgtaagactcaacatataaaatttgtatt 6723591  T
Q  205 aaatctactctaaacacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||    | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723590 aaatctactctaaacacgagtcatcattacctaagaacaataaacattatcacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgaca 6723491  T
Q  301 cttacacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaacagatattacac 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723490 cttacacttaaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaatagcaaaaatatcaatctccaacagatattacac 6723391  T
Q  401 tccattaaatgttgagnnnnnnnttggataaaattttgcttaatgactttcaagaccattaatctaactatgtttaactccataattgaaatataaataa 500  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6723390 tccattaaatgttgagaaaaagattggataaaattttgcttaatgactttcaagaccattaatctaactatgtttaactccataagtgaaatacaaataa 6723291  T
Q  501 tctccatatcaaaacttaagcagattacacatctcgctagctgagtccttttgcatacatgaaaagaattaatcataaacaacacattttctttaggcaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6723290 tctccatatcaaaacttaagcagattatacatctcgctagctgagaacttttgcatacatgaaaggaattaatcataaacaatacattttctttaggcaa 6723191  T
Q  601 gactggtctatttttaacaaccaatattccttcatctca 639  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723190 gcctggtctatttttaacaaccaatattccttcatctca 6723152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 108 - 390
Target Start/End: Original strand, 13108743 - 13109029
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||| || ||||||| |||  ||||    
T  13108743 gctaagatactttgatacattaaactgaagcatacactacaaatatatggagtcaagccataagtttgcttgtaagactgaatataaaatatgttctaaa 13108842  T
Q  208 tctactctaaa-cacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacact 302  Q
    |||||||| || ||| ||||||    | | ||||| ||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13108843 tctactcttaagcactagtcatcattacccaagaacaatatgtatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacact 13108942  T
Q  303 tacacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
    || |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13108943 tataaataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaacaatggaaaataattaac-aaaacaaaaaaaatatcaatctccaaca 13109029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 109 - 390
Target Start/End: Original strand, 13111037 - 13111321
Alignment:
Q  109 ctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaat 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||| | || |||||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||| | | |||||||| || | |||||    
T  13111037 ctaaaatattttgatacattaaactgaagcataaaatacaaatatattgagccaagccataagcttgcttgtaagagtgagcataaaatttgcactaaat 13111136  T
Q  209 ctactctaaa-cacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    ||||||| || ||| ||||||    | ||||||| |||| |||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13111137 ctactcttaagcactagtcatcattacctaagaacaatagacattattacctagggactattttacttactaaataagcaacaatctaattatggcactt 13111236  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13111237 ctacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtaaaaagtaattaac-aaaacag-aaaaatatcaatctccaaca 13111321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 110 - 390
Target Start/End: Original strand, 48023922 - 48024205
Alignment:
Q  110 taagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaatc 209  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  48023922 taagatacttttatacattaaactgaagcatacactacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactgaacataaaatctgcactaaatc 48024021  T
Q  210 tactctaaa-cacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactta 304  Q
    |||||| || ||| ||||||    | |||||   | || ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48024022 tactcttaagcactagtcatcattacctaagttcattagacatcattaccttgggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactta 48024121  T
Q  305 cacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
     || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  48024122 tacataaacaagtaacactttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaac-aaaagag-aaaaatatcaatctccaaca 48024205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 28784737 - 28784499
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||  ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  28784737 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacactacaaatatatagaatcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 28784638  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| ||||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28784637 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagacatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactataacactt 28784541  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  28784540 aaacttaaacaagcaacacattaattatgagagaaaataaca 28784499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 231 - 390
Target Start/End: Original strand, 48024599 - 48024756
Alignment:
Q  231 ctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaaacaacactttaatta 330  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||| ||||||||    
T  48024599 ctaagaacaataaacatcattaccttgggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacatgcaacattttaatta 48024698  T
Q  331 tgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  48024699 tgacagaaaacagcagtagaaaataattaac-aaaaca-taaaaatatcaatctccaaca 48024756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 231 - 390
Target Start/End: Original strand, 48025159 - 48025316
Alignment:
Q  231 ctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaaacaacactttaatta 330  Q
    ||||||| |||| ||||||| | || |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  48025159 ctaagaacaatagacatcattaacttgggattgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacatttatacataaacaagcaacactttaatta 48025258  T
Q  331 tgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48025259 tgacagaaaacagcagtagaaaataattaac-aaaacag-aaaaatatcaatctccaaca 48025316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 231 - 390
Target Start/End: Original strand, 48027339 - 48027496
Alignment:
Q  231 ctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaaacaacactttaatta 330  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||    
T  48027339 ctaagaacaatagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagcaacacttaaatta 48027438  T
Q  331 tgacagaaaacaacagtagataataatgaacaaaaacagcaaaaatatcaatctccaaca 390  Q
    || ||||||||  ||||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48027439 tggcagaaaacggcagtaaaaaataattaac-aaaacag-aaaaatatcaatctccaaca 48027496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Original strand, 48707615 - 48707859
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||    
T  48707615 gctaagatactttgatacgttaaatttaagcatacactacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctacactaaa 48707714  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgac---- 299  Q
    |||||| ||||||| |||||    || |||| ||  ||| ||||||| ||||| |||||   |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||        
T  48707715 tctactttaaacactagtcatcattacctaaaaaccatagacatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataaacaacaatctaactatgacactt 48707811  T
Q  300 --acttacacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
      ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  48707812 aaacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 48707859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 258
Target Start/End: Original strand, 5354551 - 5354686
Alignment:
Q  127 ttaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaatctactctaaacacgagtc 226  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  5354551 ttaaacttaagcatacactacaaatatatagagccaagccataagcttacttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactctaaacactagtc 5354650  T
Q  227 a----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagg 258  Q
    |    || |||||||  ||||||||||| |||||||    
T  5354651 attattacctaagaaccataaacatcattacctagg 5354686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 5913556 - 5913484
Alignment:
Q  148 aaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaatctactctaaaca 220  Q
    |||||||||||| |||   ||||| ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5913556 aaatatatagagtcaaaccataagcttgcttgtaagattgaacataaaatctgcattaaatctactctaaaca 5913484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 268 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 5907803 - 5907771
Alignment:
Q  268 acttactaaataagcaacaatctaattatgaca 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5907803 acttgctaaataagcaacaatctaattatgaca 5907771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 110 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22804833 - 22804595
Alignment:
Q  110 taagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaatc 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22804833 taagatactttgatacattaaacttaaacatacactacaaatatatagagccaagccataagtctgtttgtaagactaaacataaaatctgcattaaatc 22804734  T
Q  210 tactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttac 305  Q
    |||||||||||| |||||    || |||||||  ||| ||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||     
T  22804733 tactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagacatcattaccta-ggactcttttacttaccaaataagcagcaatctaattatggcacttaa 22804635  T
Q  306 acttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||    
T  22804634 acttaaacaagcaacgcattaattatgagagaaaataaca 22804595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 340
Target Start/End: Original strand, 7230885 - 7231118
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| ||||| |||||||  |||| ||||||  | ||| |||||||||||||  ||||  ||  ||| |||| | ||||||||||||| | ||||    
T  7230885 gctaagatactttgacacattaagttaaagcatacataacaaa-atatagagccaagccataaactttcttggaagattgaacataaaatctgcactaaa 7230983  T
Q  208 tctactctaaacacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    ||| |||||||||| ||||||    | ||| |||  ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  7230984 tctgctctaaacactagtcatcattacctaggaaccatagacatcattacctacggactactttacttactaaataagcagcaatctaattatgacact- 7231082  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaa 340  Q
      |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  7231083 -aacttaaacaagcaacaatctaattatgacagaaaa 7231118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 244 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 44640225 - 44640169
Alignment:
Q  244 acatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgaca 300  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  44640225 acatcattacctagtgactactttacttattaaataaacaaaaatctaattatgaca 44640169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 44732065 - 44731827
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  44732065 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacactacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 44731966  T
Q  208 tctactctaaacacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| ||||||    | |||||||  ||| ||||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44731965 tctactctaaacactagtcatcatcacctaagaaccatatacatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacactt 44731869  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  44731868 aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 44731827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 44734376 - 44734138
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  44734376 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacactacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 44734277  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| ||||||| ||||| |||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  44734276 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagacatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaacctaactatgacactt 44734180  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  44734179 aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 44734138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 32798230 - 32797992
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  32798230 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacaatacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 32798131  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32798130 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagatatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacactt 32798034  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  32798033 aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 32797992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 32800542 - 32800304
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  32800542 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacaatacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 32800443  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800442 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagatatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacactt 32800346  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  32800345 aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 32800304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 109 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14662554 - 14662316
Alignment:
Q  109 ctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaat 208  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||| |||||| ||| ||||||| ||||| |  ||||    
T  14662554 ctaagatactttgatacattaaactgaagcatacactacaaatatatagagccaagccataaacttgcttgtaaaactgaacataagatctgcacgaaat 14662455  T
Q  209 ctactctaaa-cacgagtcat----atctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    ||||||| || ||| ||||||    | |||  || |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14662454 ctactcttaagcactagtcattattacctagcaacaatagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacgatctaattatgacactt 14662355  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaaca 342  Q
    | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14662354 atacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaaca 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 45338795 - 45338557
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  45338795 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacaatacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 45338696  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45338695 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagatatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacactt 45338599  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45338598 aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 45338557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 45336483 - 45336245
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  45336483 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacaatacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 45336384  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45336383 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagatatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaaatatgacactt 45336287  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45336286 aaacttacacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 45336245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 109 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17649094 - 17648861
Alignment:
Q  109 ctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaat 208  Q
    |||||||| ||||||||||| | || || ||||||  | |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| | |||||||||| || | |||||    
T  17649094 ctaagatactttgatacatttagctgaagcatacataacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagattgaacataaaatatgcactaaat 17648995  T
Q  209 ctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactta 304  Q
    ||||||||||||| |||||    || ||||||| | || ||||||| ||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17648994 ctactctaaacactagtcatcattacctaagaatattagacatcattacctaaggactattttacatacttaataagcaacaatctaattatgaca-tta 17648896  T
Q  305 cacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaa 340  Q
     |||||||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  17648895 -acttaaacaagcaacaagctaattatgacagaaaa 17648861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1454150 - 1454030
Alignment:
Q  109 ctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaa-tctgtattaaa 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||  |||||| | | || |||||| |||| | ||||    
T  1454150 ctaagatactttgatacattaaactgaagcatacactacaaatatatagagccaagccataagctttcttgtaaaattgaaaataaaactctgcagtaaa 1454051  T
Q  208 tctactctaaacacgagtcat 228  Q
    |||| | ||||||| ||||||    
T  1454050 tctattttaaacactagtcat 1454030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 132876 - 132777
Alignment:
Q  122 atacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaatctactctaaacac 221  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| ||  ||||||||| || || ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  132876 atacatcaaactgaagcatacactacaaatatatagaggcaagccataagtctgcctgtaagactgaaaatcaaatctgcaataaatctactctaaacac 132777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 245 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 132772 - 132712
Alignment:
Q  245 catcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttac 305  Q
    |||||| || ||| |||| ||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  132772 catcattacttagtgactactttacttaataaataagcagctacctaattatgacacttac 132712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 1550380 - 1550142
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||    
T  1550380 gctaagatactttgatacattaaacttaagcatacattacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaa 1550281  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1550280 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagatatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacactt 1550184  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | ||||| |||| |||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  1550183 aaacttatacaagcaacacattaattatgacataaaataaca 1550142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 108 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9535479 - 9535241
Alignment:
Q  108 gctaagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatatagagccaagtaataagtttgtttgtaagactcaacataaaatctgtattaaa 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||  ||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||    
T  9535479 gctaagatactttgatacattaaacttaaacatacactacaaatatatagagtcaagccataaacttgcttgtaagactaaacataaaatctacactaaa 9535380  T
Q  208 tctactctaaacacgagtca----tatctaagaaaaataaacatcatcacctagggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacactt 303  Q
    |||||||||||||| |||||    || |||||||  ||| | ||||| ||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9535379 tctactctaaacactagtcatcattacctaagaaccatagaaatcattaccta-ggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacactt 9535283  T
Q  304 acacttaaacaaacaacactttaattatgacagaaaacaaca 345  Q
    | |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  9535282 aaacttaaacaagcaacacattaattttgacagaaaataaca 9535241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 155
Target Start/End: Original strand, 47695724 - 47695769
Alignment:
Q  110 taagatattttgatacattaaactaaatcatacactataaatatat 155  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  47695724 taagataatttgatacattaaactaaagcatacactgcaaatatat 47695769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University