View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3288R-Insertion-1 (Length: 1070)

Name: NF3288R-Insertion-1
Description: NF3288R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3288R-Insertion-1
NF3288R-Insertion-1
[»] chr6 (35 HSPs)
chr6 (8-984)||(7993423-7994402)
chr6 (608-937)||(6589164-6589495)
chr6 (301-937)||(6594137-6594778)
chr6 (617-937)||(6415893-6416215)
chr6 (617-937)||(6432088-6432410)
chr6 (636-859)||(7119163-7119387)
chr6 (636-859)||(7131641-7131865)
chr6 (283-499)||(7131984-7132200)
chr6 (679-937)||(14820620-14820880)
chr6 (222-474)||(6432543-6432798)
chr6 (303-506)||(6403241-6403444)
chr6 (616-937)||(6426438-6426761)
chr6 (678-851)||(6402875-6403048)
chr6 (680-859)||(6410012-6410192)
chr6 (680-937)||(6394791-6395050)
chr6 (678-930)||(6585148-6585402)
chr6 (399-532)||(6602837-6602970)
chr6 (767-937)||(14818309-14818481)
chr6 (285-421)||(8913583-8913723)
chr6 (680-884)||(6423197-6423403)
chr6 (283-489)||(6423594-6423800)
chr6 (636-859)||(10579605-10579829)
chr6 (396-499)||(19632785-19632888)
chr6 (283-533)||(6596462-6596712)
chr6 (683-863)||(6596844-6597025)
chr6 (616-786)||(8913834-8914003)
chr6 (353-499)||(6588918-6589064)
chr6 (769-936)||(6603204-6603373)
chr6 (401-505)||(6426854-6426958)
chr6 (214-265)||(6436833-6436884)
chr6 (434-527)||(6410345-6410438)
chr6 (57-118)||(6417164-6417225)
chr6 (294-414)||(6436683-6436801)
chr6 (438-499)||(10579426-10579487)
chr6 (303-504)||(14821052-14821253)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (616-937)||(13470581-13470904)
chr3 (616-937)||(51764289-51764612)
chr3 (616-937)||(51113630-51113953)
chr3 (359-496)||(514317-514454)
chr3 (352-499)||(51764031-51764178)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (233-665)||(33160708-33161152)
chr1 (608-868)||(19468340-19468601)
chr1 (322-499)||(29658508-29658685)
chr1 (322-499)||(29691023-29691200)
chr1 (322-499)||(29718535-29718712)
chr1 (282-497)||(30827467-30827682)
chr1 (390-499)||(19468128-19468237)
chr1 (572-645)||(29658767-29658840)
chr1 (572-665)||(29691282-29691375)
chr1 (572-665)||(29718794-29718887)
chr1 (567-665)||(30827311-30827409)
chr1 (216-262)||(30827723-30827769)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (625-936)||(10614521-10614834)
chr7 (680-937)||(15092064-15092323)
chr7 (390-496)||(15091774-15091880)
chr7 (393-499)||(10169762-10169868)
chr7 (393-499)||(10177287-10177393)
chr7 (57-118)||(10615785-10615846)
chr7 (353-421)||(10615035-10615103)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (667-937)||(53761672-53761941)
chr4 (377-937)||(55908335-55908900)
chr4 (390-937)||(546840-547392)
chr4 (303-505)||(3438186-3438387)
chr4 (390-460)||(1600810-1600880)
chr4 (617-811)||(21834228-21834422)
chr4 (686-823)||(1600462-1600599)
chr4 (750-818)||(532237-532305)
chr4 (349-499)||(53761367-53761517)
chr4 (702-839)||(659736-659873)
chr4 (768-823)||(1519143-1519198)
chr4 (768-819)||(8184031-8184082)
chr4 (624-817)||(570400-570590)
chr4 (767-837)||(1537767-1537837)
chr4 (353-422)||(21833970-21834039)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (308-499)||(20477629-20477814)
chr5 (671-868)||(20477986-20478184)
chr5 (353-500)||(28532074-28532221)
chr5 (214-258)||(17205662-17205706)
chr5 (352-500)||(41889136-41889284)
chr5 (774-940)||(41901542-41901710)
chr5 (866-936)||(17205527-17205597)
chr5 (701-851)||(41889488-41889638)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (377-937)||(1037271-1037836)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (377-505)||(17627666-17627794)
chr8 (687-913)||(34936083-34936311)
chr8 (750-851)||(18315256-18315357)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (369-506)||(280-417)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (691-818)||(1388-1515)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (686-937)||(543-796)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 863; Significance: 0; HSPs: 35)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 863; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 984
Target Start/End: Original strand, 7993423 - 7994402
Alignment:
Q  8 aaccttaactccctcaacctctcgaactaccgttgtgaccttgacaaggttctccgggaaatctctactttcccatcattgaacatcacatcccttaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993423 aaccttaactccctcaacctctcgaactaccattgtgaccttgacaagtttctgcgggaaatctctactttcccatcattgaacatcacatcccttaata 7993522  T
Q  108 tctccgaccaaggcatctttcccggctatggtctgcgagcatttgcgcaaaacattaaaactttgacctctctcaattgttccaatacttttcttggtaa 207  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993523 tctccgaccaatgcaactttcccgcctatggtttgcgagcatttgcccaaaacattacaattttgacctctctcaattgttccaatacttttcttggtaa 7993622  T
Q  208 gggcggcctgttattcattgccaactgtttccctttgctcaaagaactcaacctcggtcacaatgacactagctacattaatgaatttcactatttgttg 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993623 gggcggcctgttactcattgccaattgtttccctttgctcaaagaactcaacctcggtcacaatgacactagctacattaatgaatttcactatttgttg 7993722  T
Q  308 tccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993723 tccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggtatttattttctgaatgatctacatgttgctgagttgtcattacttcttggtgatttggtgt 7993822  T
Q  408 ctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993823 ctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaa 7993922  T
Q  508 tgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgaga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993923 tgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgacggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgaga 7994022  T
Q  608 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994023 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 7994122  T
Q  708 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994123 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacat 7994222  T
Q  808 gtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggag 905  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7994223 gtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttaccgag 7994322  T
Q  906 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgc-actgaaagaaratttatttagggga-tttcatataagtgacaaaaa 984  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7994323 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaag-agatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaa 7994402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 608 - 937
Target Start/End: Original strand, 6589164 - 6589495
Alignment:
Q  608 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 707  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||| ||||| |||||||| |||   |||||| ||||||||||| | || || |    
T  6589164 gatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattga 6589263  T
Q  708 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacat 807  Q
    | | |||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |    
T  6589264 gaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaactt 6589363  T
Q  808 gtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggactt-tgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggag 905  Q
    |||||||||||  |||||||   |||||||||||  |||||| || ||||||   || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  6589364 gtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggag 6589463  T
Q  906 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589464 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 6589495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 301 - 937
Target Start/End: Original strand, 6594137 - 6594778
Alignment:
Q  301 tttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgat 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |  |  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||| || |    
T  6594137 tttgttatccaagtgtcgatgtatacaacatttgaatcttaagtacgctcgttttctgaatgatcaacatgttgccgagttgtctttgtttcttgctggt 6594236  T
Q  401 ttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaac 500  Q
    |||  ||| || |||||||||   ||       |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| | |||| |||| ||||||||||| |    
T  6594237 ttgaagtccattaaccttagttcttgcaaccatctcacagaatcagctttgttttcacttgttagaagttgtcctttacttagtgatatcaaaatggagc 6594336  T
Q  501 gcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattt---tcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtca 597  Q
    |||||||| | ||||  | ||||| || || ||  ||||  |||| ||||||   |  |  || |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  6594337 gcacaaatatcgggaaggagagtgcagtgagttctaattctttgagggatttcgttgttgtaaaccctcaattgaagtctctttgtttggctcgctgtga 6594436  T
Q  598 acagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgt 697  Q
     || |||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| || |||| |||||||  | || | ||   ||||||||||||||||||    
T  6594437 gcacttgaaagatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaaggtatttgt 6594536  T
Q  698 tacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagagg 797  Q
     | |||||||||| ||||| |||||| |  |||||| || || |||  ||| |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||| || || ||||    
T  6594537 caagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggagg 6594636  T
Q  798 tgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaactttgtaatga 895  Q
    ||||| || |||||||||||  |||| |||  || ||||||  || |||||| |||||||||| ||| | ||| ||||||  ||| |||  |||| || |    
T  6594637 tgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatca 6594736  T
Q  896 tgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    | | || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  6594737 tctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcac 6594778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 617 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 6416215 - 6415893
Alignment:
Q  617 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 716  Q
    |||||| ||||| || |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||  ||| |||    ||||||||||||||||| | ||||||| || |||||    
T  6416215 atcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgtt 6416116  T
Q  717 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatac 816  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||  ||||| || |||||||||||  |||||| ||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||    
T  6416115 gtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6416016  T
Q  817 aagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgt-tctggactttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtg 914  Q
    || ||||||||   |||| || |||| |||||| |||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| ||||| || |||| || || | |||||||    
T  6416015 aaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtg 6415916  T
Q  915 aaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  6415915 aaacatgtggtagagaactgcac 6415893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 617 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 6432410 - 6432088
Alignment:
Q  617 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 716  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    || ||||||  ||  ||  || |||||  ||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  6432410 atcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatttgcgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgtt 6432311  T
Q  717 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatac 816  Q
    ||||  | |  ||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  6432310 gtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatac 6432211  T
Q  817 aagggttaatggcgaaacactatatgcgatc-tcaagaattgttctggactt-tgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtg 914  Q
    ||| ||| |||  |||||||| |||| |||| | |||||||||| ||| ||| |||||||||| ||  |   |||| || |||| ||  || ||||||||    
T  6432210 aagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcacacagaagggagtg 6432111  T
Q  915 aaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    |||| |||||||||||| |||||    
T  6432110 aaacttgtggtagaaaaatgcac 6432088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 636 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119163
Alignment:
Q  636 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 735  Q
    ||||||||||||| ||  | || ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaa 7119288  T
Q  736 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 835  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||| ||||| |||| | |||| |||  ||||||    
T  7119287 cttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaaca 7119188  T
Q  836 ctatatgcgatctc-aagaattgtt 859  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||    
T  7119187 ctccatgtgatctcgaagaattgtt 7119163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 636 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131641
Alignment:
Q  636 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 735  Q
    ||||||||||||| ||  | || ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaa 7131766  T
Q  736 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 835  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||| ||||| |||| | |||| |||  ||||||    
T  7131765 cttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaaca 7131666  T
Q  836 ctatatgcgatctc-aagaattgtt 859  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||    
T  7131665 ctccatgtgatctcgaagaattgtt 7131641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 283 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 7132200 - 7131984
Alignment:
Q  283 cattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttg 382  Q
    |||||||| | |||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||   |||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||    
T  7132200 cattaatggaattcactgtatgttatccaagtggcgatgtatacaacatttgaatcttaggtgcacatattttctgaatgatgaacatgtttctgagttg 7132101  T
Q  383 tcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttc 482  Q
    || |   ||||| |||| ||  ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||     
T  7132100 tcttggtttcttcgtgacttactgtctgtaaaccttcgtgactgttggatgctcacagaattagccttgtattcactcgttagaaactgcccttcactta 7132001  T
Q  483 gtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    ||||  |||||||||||    
T  7132000 gtgagttcaaaatggaa 7131984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 679 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 14820880 - 14820620
Alignment:
Q  679 tatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaacttt 778  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| | |  ||||||||| |||    |||| || ||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  14820880 tatatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaacttt 14820781  T
Q  779 gtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggacttt-gcaactat 876  Q
    | |||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||   |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| |||| || | |||    
T  14820780 gcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattat 14820681  T
Q  877 tacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||||||||   ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14820680 tacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcac 14820620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 222 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 6432798 - 6432543
Alignment:
Q  222 tcattgccaactgtttccctttgctcaaagaactcaacctcggtcacaatga----cactagctacattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtc 317  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |      ||| | | ||| ||||| |||||| | | | || |||||||||     
T  6432798 tcattgccgattgtttccctttgctcaaacaactcaaccttggtcacacttttatccacaatc-acactaatgcatttcaatctctattatccaagtgta 6432700  T
Q  318 gatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaacct 417  Q
    ||| |||||||||||| ||||||  |||  || ||||||| ||||||| ||||||||||| || ||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  6432699 gatatatacaacatttggatctttgtggacttcattttctaaatgatcaacatgttgccgggtcgtctttgtttcttgctgatttggtgtctataaacct 6432600  T
Q  418 tagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtcc 474  Q
    |||| | |||||    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  6432599 tagtaattgtcgatatctcacagaatcagccctgttttcactcgttggaaactgtcc 6432543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 303 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 6403444 - 6403241
Alignment:
Q  303 tgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgattt 402  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||   ||| ||    
T  6403444 tgttatccaagtgtagatgtatacaacatttggatcttaataacagttattttctgaatgatttacatgttgctgagttttctttgtttctacatgagtt 6403345  T
Q  403 ggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgc 502  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||  |||||| | | ||||| |||||||||||||| ||   || ||||| |||||  |||||||||||||||||| |    
T  6403344 ggtgtctataaaccttaattcatgtttgatgcttagaaaatcaaccttgttttcactcctttcgaattgtccttcactcagtgaaatcaaaatggaacac 6403245  T
Q  503 acaa 506  Q
    ||||    
T  6403244 acaa 6403241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 616 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 6426761 - 6426438
Alignment:
Q  616 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 715  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||| | || ||||||||   ||||  ||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  6426761 catcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgt 6426662  T
Q  716 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 815  Q
    |||||| | |  ||||||||| ||||    ||| |||  ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||  ||||||| |    
T  6426661 tgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaaca 6426562  T
Q  816 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttct-ggactttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 913  Q
    ||||  || |||  |||||  | ||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||  |||||| | ||| ||   | |||| ||    
T  6426561 caagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgt 6426462  T
Q  914 gaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  6426461 gaaacaagtggtagaaaactgcac 6426438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 678 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 6403048 - 6402875
Alignment:
Q  678 gtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactt 777  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||| || | |  ||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6403048 gtatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactt 6402949  T
Q  778 tgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa 851  Q
    || ||||||  | ||||| ||||||||| ||||| |||| | |||| |||  |||||||| |||| ||||||||    
T  6402948 tgcagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaa 6402875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 680 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 6410192 - 6410012
Alignment:
Q  680 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 779  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| | | ||||||| || ||||| |||| | || |||||||||||  |||||||||||||    
T  6410192 atatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttg 6410093  T
Q  780 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgtt 859  Q
     |||||| |||||  |||||||||||  |||||||||||| ||| |||  ||||| || |||| |||||| ||||||||||    
T  6410092 aagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgtt 6410012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 680 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 6395050 - 6394791
Alignment:
Q  680 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 779  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||| ||||    ||| ||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  6395050 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 6394951  T
Q  780 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactatt 877  Q
     ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||  ||||| || | || |||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||      
T  6394950 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattaca 6394851  T
Q  878 acttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||||||   ||||||  |||| || ||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  6394850 acttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcac 6394791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 678 - 930
Target Start/End: Original strand, 6585148 - 6585402
Alignment:
Q  678 gtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactt 777  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |  | |  ||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6585148 gtatatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactt 6585247  T
Q  778 tgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctg-gactttgcaacta 875  Q
    | ||||| |  || | ||||| |||||| ||||| |||||| |||| |||  |||||||| |||| |||||| |||| |||||||| |  |||| |||||    
T  6585248 tttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaacta 6585347  T
Q  876 ttacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaa 930  Q
    |||||  ||  |||| |  |||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  6585348 ttactgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaa 6585402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 399 - 532
Target Start/End: Original strand, 6602837 - 6602970
Alignment:
Q  399 atttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatgga 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  6602837 atttggtgtctataaaccttagtgaatgttcctacctcacagaattatccttgttttcacttgttaaaaactgtccttcacttagtgagatcaaaatgga 6602936  T
Q  499 acgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaat 532  Q
    |  |||| || |||||| || || ||||||||||    
T  6602937 agacacagatattgggaaagagaatgtagagaat 6602970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 767 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 14818481 - 14818309
Alignment:
Q  767 ggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac 865  Q
    ||||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||   |||||||| |||  |||||| |||||||||||||| |    
T  14818481 ggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggc 14818382  T
Q  866 ttt-gcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||| || | |||||||||||  ||||||| |||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14818381 ttttgcgattattacttgaaaattgtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcac 14818309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 285 - 421
Target Start/End: Original strand, 8913583 - 8913723
Alignment:
Q  285 ttaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttct----gaatgatctacatgttgccgagt 380  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| ||| ||||||| |    |||||||| |||||||| | |||    
T  8913583 ttaattaaattcaccatttgttatccaagtgtcaatgtttacaacatttggttcttaatagcacttattttatatatgaatgatcaacatgttgtcaagt 8913682  T
Q  381 tgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 421  Q
    |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8913683 tgtctttgtttcttggtaatttggtgtctataaaccttagt 8913723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 680 - 884
Target Start/End: Complemental strand, 6423403 - 6423197
Alignment:
Q  680 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 779  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||| || || | |  ||||||||| ||||| |||||  |  |||||||||||  | ||||||||||     
T  6423403 atatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacgtgcaatgaactttt 6423304  T
Q  780 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttct-ggactttgcaactatt 877  Q
     |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |   ||||||| ||||||||||| |||| ||||| | ||| ||||||||||||    
T  6423303 aagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactatt 6423204  T
Q  878 acttgaa 884  Q
    |||||||    
T  6423203 acttgaa 6423197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 283 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 6423800 - 6423594
Alignment:
Q  283 cattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttg 382  Q
    |||||||| | ||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||| |  |||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||     
T  6423800 cattaatggaattcgcaatttgttatccaagtgtcaatgtatacaacatttgaatcttgactgcatttattttctgaaggatcaacatgttgttgagtta 6423701  T
Q  383 tcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttc 482  Q
    || ||   | | ||| |||| |||||||||| ||| | ||| |||    | ||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  6423700 tctttttatatgggtaatttagtgtctataagcctcaatgattgttatcttctcgcagaaacaactttgttttcactcgttagaaactgtccttcactta 6423601  T
Q  483 gtgaaat 489  Q
    |||||||    
T  6423600 gtgaaat 6423594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 636 - 859
Target Start/End: Original strand, 10579605 - 10579829
Alignment:
Q  636 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 735  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |    |||||||||||||||| | | |||| | | | |||| ||||||| | |||||||||    
T  10579605 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaa 10579704  T
Q  736 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 835  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||| |||  |||| ||  ||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||   |||||    
T  10579705 cttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaaca 10579804  T
Q  836 ctatatgcgatctc-aagaattgtt 859  Q
    || ||| ||||||| ||||||||||    
T  10579805 ctctattcgatctcaaagaattgtt 10579829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 396 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 19632888 - 19632785
Alignment:
Q  396 gtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaat 495  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||| ||||||||||| | | |||||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||    
T  19632888 gtgatttggtgtctatcaaccttaatgactgttggaagctcacagaattatcattgttttcgctcgttagtaattgtccttcacttagtgagatcaaaat 19632789  T
Q  496 ggaa 499  Q
    ||||    
T  19632788 ggaa 19632785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 283 - 533
Target Start/End: Original strand, 6596462 - 6596712
Alignment:
Q  283 cattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttg 382  Q
    |||||| ||| |||||| | |||| || || ||||||| ||| ||||||||  ||||  |  ||| || |||||| ||||||  ||||||||| | |||     
T  6596462 cattaacgaaattcactctctgttatcaaattgtcgatttattcaacatttgaatctggaatgcactttttttcttaatgatacacatgttgctgggttc 6596561  T
Q  383 tcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttc 482  Q
    || ||  |||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||   | |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| || |||     
T  6596562 tctttgtttcttggtgatttggtttctataaaccttaatcattgttcaaggctcacagaatcagccgtgttttccctcgtaagaaattgtccttcgctta 6596661  T
Q  483 gtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatt 533  Q
    |||| ||||||||| ||  ||||  | ||||||  | ||||||||||||||    
T  6596662 gtgagatcaaaatgcaaaacacagctattgggacggagagtgtagagaatt 6596712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 683 - 863
Target Start/End: Original strand, 6596844 - 6597025
Alignment:
Q  683 tctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtag 782  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||| ||||  |||||| | ||||||||||  |||||| ||| |||| ||||||| ||| | ||| ||||||| |     
T  6596844 tctgaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaa 6596943  T
Q  783 ttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctgg 863  Q
    ||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||  ||| |||  |||||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  6596944 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgg 6597025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 616 - 786
Target Start/End: Original strand, 8913834 - 8914003
Alignment:
Q  616 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 715  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||| |||  ||  ||||||| ||||||||||| | |||||||| | ||||    
T  8913834 catcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgattt-aattattgagattatatatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgt 8913932  T
Q  716 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 786  Q
    |||||||| |  ||||||||| | |  |  ||  |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  8913933 tgtaagattaaacatttgaacttcgttggatgatcaagagtgaagctacttgcaataaactttgtagttcc 8914003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 499
Target Start/End: Original strand, 6588918 - 6589064
Alignment:
Q  353 tttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgt 452  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |   |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||  | | | ||||||||||||| ||||    
T  6588918 tttctgaatgatcaacatgttgtcgaattgtcttcctttcttggtgatttggtgtccgtaaaccttagtaattgcagtaagatcacagaatcagctttgt 6589017  T
Q  453 tttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    || |||| | ||| || ||||| | |||| |||| |||| |||||||    
T  6589018 ttgcacttgctaggaagtgtcctttacttggtgagatcacaatggaa 6589064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 769 - 936
Target Start/End: Original strand, 6603204 - 6603373
Alignment:
Q  769 aatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa-gaattgttctggactt 867  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| |||||||| || || || ||||| | ||| |||  |||||| | ||||||||||||| || |||| |||| |||    
T  6603204 aatgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctt 6603303  T
Q  868 t-gcaactattacttgaact-ttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 936  Q
    | | |||||||| ||||| | |||| || |||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6603304 ttggaactatta-ttgaaatattgttattatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 6603373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 6426958 - 6426854
Alignment:
Q  401 ttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||     ||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||| || |||||||||     
T  6426958 ttggtgtctataaaccttagtggttgtcatcatctcacagaaacaacattgttttcacttgttagaaactgtccttcaattagtgagattaaaatggaag 6426859  T
Q  501 gcaca 505  Q
    |||||    
T  6426858 gcaca 6426854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 6436884 - 6436833
Alignment:
Q  214 cctgttattcattgccaactgtttccctttgctcaaagaactcaacctcggt 265  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6436884 cctgttactcattgccgattgtttccctttgctcaaacaactcaacctcggt 6436833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 6410438 - 6410345
Alignment:
Q  434 ctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtag 527  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||| || | |||| | |||||| || ||||||||    
T  6410438 ctcacagaattagcccagttttcactcgttagaaattgtccttcacttaatgagatcaaaatgaaaagaacaagtattgggaaagagagtgtag 6410345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 6417225 - 6417164
Alignment:
Q  57 ttctccgggaaatctctactttcccatcattgaacatcacatcccttaatatctccgaccaa 118  Q
    |||||||  ||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  6417225 ttctccgtaaaatctctcgttttccatcattgaacatcacatcacttaatatctccaaccaa 6417164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6436801 - 6436683
Alignment:
Q  294 ttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttct 393  Q
    |||||| |||||| ||||||||||   ||||||||||||| |||||| || | | ||| ||||||||  ||  |||||||||| ||||||| ||  | ||    
T  6436801 ttcactctttgttatccaagtgtca--gtatacaacatttggatcttgatcgtagttactttctgaagaataaacatgttgccaagttgtctttcttcct 6436704  T
Q  394 tggtgatttggtgtctataaa 414  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  6436703 tgctgatttggtgtctataaa 6436683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 438 - 499
Target Start/End: Original strand, 10579426 - 10579487
Alignment:
Q  438 cagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||    
T  10579426 cagaatcagccttgttttccctcgtaagaaattgtccttcgcttagtgagatcaaaatggaa 10579487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 14821253 - 14821052
Alignment:
Q  303 tgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgattt 402  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||| || ||| |  ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  || || |  ||   ||||||| ||||    
T  14821253 tgttatccaagtctccatgtatacaacatttggaacttcaaagcacttattttctaaataatcaacatgttgttgatttttgtttgtgtcttggtaattt 14821154  T
Q  403 ggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgc 502  Q
    ||| ||||||||||||| |   ||||     ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||  |||| ||||||||||| ||    
T  14821153 ggtatctataaaccttaatttttgtcatcatctcacagaaacaaccttgttttcactcgttaggaactgttattcacttattgaagtcaaaatggaatgc 14821054  T
Q  503 ac 504  Q
    ||    
T  14821053 ac 14821052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 144; Significance: 3e-75; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 616 - 937
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470904
Alignment:
Q  616 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 715  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    ||||  ||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgt 13470680  T
Q  716 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 815  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||| |||||||||    
T  13470681 tgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaata 13470780  T
Q  816 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 913  Q
    ||| ||||||||   ||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||| || || ||||||||    
T  13470781 caaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagt 13470880  T
Q  914 gaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  13470881 gaaacatgtggtagagaactgcac 13470904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 616 - 937
Target Start/End: Original strand, 51764289 - 51764612
Alignment:
Q  616 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 715  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | |||||| ||||| | ||| | |||||||||| ||||    
T  51764289 catcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgt 51764388  T
Q  716 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 815  Q
    | |||||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  || |||||  ||    
T  51764389 tctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcattta 51764488  T
Q  816 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgtt-ctggactttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 913  Q
    |||  ||| |||   ||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||| |||| || |||| | |||| |||||||    
T  51764489 caaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagt 51764588  T
Q  914 gaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  51764589 gaaacatgtggttgaaaactgcac 51764612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 616 - 937
Target Start/End: Original strand, 51113630 - 51113953
Alignment:
Q  616 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 715  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| | || ||||| | |  |||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||    
T  51113630 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 51113729  T
Q  716 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 815  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||| || || ||||||||  || |||||||||    
T  51113730 tgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaata 51113829  T
Q  816 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 913  Q
    ||| |||| |||  |||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||  ||  |||| |  |||| || ||| |||||||    
T  51113830 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagt 51113929  T
Q  914 gaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||| |||||||||||||| |||||    
T  51113930 gaagcatgtggtagaaaaatgcac 51113953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 496
Target Start/End: Original strand, 514317 - 514454
Alignment:
Q  359 aatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcac 458  Q
    ||||||| ||||||||  || ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| | ||  |||||   ||||||||| | | | |||||||| |||    
T  514317 aatgatcaacatgttgtggatttgtcattgtttcttggtcatttgttgtctataaacttgagcaaatgttcaatgctcacacatttatccttgtttgcac 514416  T
Q  459 tcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatg 496  Q
    | ||||  |||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  514417 ttgttaagaactgtccttcacttagtgagatcaaaatg 514454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 499
Target Start/End: Original strand, 51764031 - 51764178
Alignment:
Q  352 ttttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttg 451  Q
    ||||||||||||| |||||||||   | ||||| ||  ||||| || |||||||||| |||||||||||||  ||||  | ||||||  |||||||||||    
T  51764031 ttttctgaatgatatacatgttgtaaatttgtctttgtttcttagtaatttggtgtccataaaccttagtggttgtcctaagctcaccaaatcagccttg 51764130  T
Q  452 ttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
     || | || | |||  | ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  51764131 cttactcttgctaggtattgtccttcacttggtgagatcaaaatggaa 51764178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 120; Significance: 7e-61; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 233 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 33161152 - 33160708
Alignment:
Q  233 tgtttccctttgctcaaagaactcaacctcggtcac------------aatgacactagctacattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgat 320  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||            ||| |||||| || |||||||| |||||||| | | || ||||| |||| ||    
T  33161152 tgtttccctttgctcaaaaaactcaacctcggtcaccctcagttcaacaatcacactaacttcattaatggatttcactctctcttatccaactgtcaat 33161053  T
Q  321 gtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttag 420  Q
     ||||||| |||| ||||| |||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||| || ||||||||||||||||||||     
T  33161052 atatacaatatttggatctaaatcacacttattttctgaatgatcaacatgttgccgagttctctttgtttcttgctgctttggtgtctataaaccttaa 33160953  T
Q  421 tgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggataggg 520  Q
    || |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| | |||||| || |    
T  33160952 tggatgttggaggctcacagaatcagcattgttttcacttgttacaaactgtccttcacttagtgacatcaaaatggaatgcacaactattgggaaagag 33160853  T
Q  521 agtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatca 620  Q
    ||| ||||| ||   ||||  |||| ||| |||     |||||||||||| |||||||||| ||| ||   |||||| || |||||||||| |||||||     
T  33160852 agtatagagcatgataattctttgacggactttgaagtaagccctcaattaaagtctctttctttggcggactgtcagcacttgagagatgaaaacatcg 33160753  T
Q  621 tattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 665  Q
    |||||||| ||  ||| |||||||||||| || |||| |||||||    
T  33160752 tattgtttcctttcatgttccccaatttggaggtgcttgatttga 33160708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 608 - 868
Target Start/End: Original strand, 19468340 - 19468601
Alignment:
Q  608 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 707  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || |||||    ||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  19468340 gatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaa 19468439  T
Q  708 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacat 807  Q
    |||  |||| ||| || |||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |    
T  19468440 ggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagtt 19468539  T
Q  808 gtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggacttt 868  Q
    |||| |||||| |||| |||  |||||||| |||| |||||| ||||| |||| ||||||||    
T  19468540 gtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttt 19468601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 322 - 499
Target Start/End: Original strand, 29658508 - 29658685
Alignment:
Q  322 tatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 421  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  29658508 tatacaacatttggatcttagtcgcactaagtttctcaatgatcaacatgttgccgagttctctttgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttact 29658607  T
Q  422 gaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    | |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  29658608 ggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtgacatcaaaatggaa 29658685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 322 - 499
Target Start/End: Original strand, 29691023 - 29691200
Alignment:
Q  322 tatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 421  Q
    |||||||||||| ||||||| |  || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  29691023 tatacaacatttggatcttagtcacactaattttctcaatgatcaacatgttgccgagttctctttgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttact 29691122  T
Q  422 gaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    | |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  29691123 ggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtgacatcaaaatggaa 29691200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 322 - 499
Target Start/End: Original strand, 29718535 - 29718712
Alignment:
Q  322 tatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 421  Q
    |||||||||||| ||||||| |  || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  29718535 tatacaacatttggatcttagtcacactaattttctcaatgatcaacatgttgccgagttctctttgtttcttgctcatttggtgtctataaaccttact 29718634  T
Q  422 gaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    | |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  29718635 ggatgttggaagctgacagaatcagctttgttttcgctcgttataaattgtccttcacttagtgacatcaaaatggaa 29718712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 282 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 30827682 - 30827467
Alignment:
Q  282 acattaatgaatttcactatttgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagtt 381  Q
    ||||||||| |||||| | | | |||||||| | || || |||||||||||| ||||||| |  || || |||||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  30827682 acattaatggatttcaatctctcttgtccaactctccatatatacaacatttggatcttagtttcacttgttttctcaatgatcaacatgttgccgactt 30827583  T
Q  382 gtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcactt 481  Q
     || || ||||||  | |||| |||||||||||||||| |  |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||    
T  30827582 ctctttgcttcttcctcatttagtgtctataaaccttactcgatgttggaagctaacagaatcagctttgttttcgctcgttacaaattgtccttcactt 30827483  T
Q  482 cgtgaaatcaaaatgg 497  Q
      ||| ||||||||||    
T  30827482 actgacatcaaaatgg 30827467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 390 - 499
Target Start/End: Original strand, 19468128 - 19468237
Alignment:
Q  390 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaat 489  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |   |||||| | ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||| ||    
T  19468128 ttcttggtgatttagtgtctataaaccttagtgaatgtatggacctcacatattcaaccttgtttacactcgttaggaattgtccttcacttagtgagat 19468227  T
Q  490 caaaatggaa 499  Q
    ||||||||||    
T  19468228 caaaatggaa 19468237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 572 - 645
Target Start/End: Original strand, 29658767 - 29658840
Alignment:
Q  572 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaa 645  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29658767 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaa 29658840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 572 - 665
Target Start/End: Original strand, 29691282 - 29691375
Alignment:
Q  572 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 665  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||||||    
T  29691282 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttga 29691375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 572 - 665
Target Start/End: Original strand, 29718794 - 29718887
Alignment:
Q  572 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 665  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||||||    
T  29718794 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttga 29718887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 567 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 30827409 - 30827311
Alignment:
Q  567 aattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 665  Q
    |||| |||||||||| ||| |||  |||| || | |||||||||| ||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  30827409 aattaaagtctctttctttggctggctgttaatacttgagagatgaaaacatcctattgtttacttctattttccccaatttggaggtgcttgatttga 30827311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 216 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 30827769 - 30827723
Alignment:
Q  216 tgttattcattgccaactgtttccctttgctcaaagaactcaacctc 262  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30827769 tgttactcattgccgattgtttccctttgctcaaacaactcaacctc 30827723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 1e-59; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 625 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 10614834 - 10614521
Alignment:
Q  625 gtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatc 724  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||  |||||||    ||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||     
T  10614834 gtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagatt 10614735  T
Q  725 aggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggtta 824  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  10614734 aggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggtta 10614635  T
Q  825 atggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgt 922  Q
    |||   ||||||| |||| |||||| ||||| |||  ||| | ||||||||||||||||||||||| | || |||| || || || ||||||||||||||    
T  10614634 atgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctcataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgt 10614535  T
Q  923 ggtagaaaactgca 936  Q
    ||||||||||||||    
T  10614534 ggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 680 - 937
Target Start/End: Original strand, 15092064 - 15092323
Alignment:
Q  680 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 779  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || | |  |||  ||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  15092064 atatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttg 15092163  T
Q  780 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa-gaattgttctggacttt-gcaactatt 877  Q
     ||||||  |||| |||||||||||  ||||| | |||| ||||||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  15092164 cagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactatt 15092263  T
Q  878 acttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||||||| ||||| || |||| || || | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15092264 acttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 15092323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 390 - 496
Target Start/End: Original strand, 15091774 - 15091880
Alignment:
Q  390 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaat 489  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  ||||| |  ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| || |||  ||||||    
T  15091774 ttcttagtaatttggtgtctataaaccttaatgcttgtcgtaatctcacagaaacaaccttgttttcactcggtagaaactgtccttcgcttattgaaat 15091873  T
Q  490 caaaatg 496  Q
    |||||||    
T  15091874 caaaatg 15091880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 499
Target Start/End: Original strand, 10169762 - 10169868
Alignment:
Q  393 ttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaa 492  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||  |  | ||||| | ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  10169762 ttggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaa 10169861  T
Q  493 aatggaa 499  Q
    |||||||    
T  10169862 aatggaa 10169868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 499
Target Start/End: Original strand, 10177287 - 10177393
Alignment:
Q  393 ttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaa 492  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||  |  | ||||| | ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  10177287 ttggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaa 10177386  T
Q  493 aatggaa 499  Q
    |||||||    
T  10177387 aatggaa 10177393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10615846 - 10615785
Alignment:
Q  57 ttctccgggaaatctctactttcccatcattgaacatcacatcccttaatatctccgaccaa 118  Q
    |||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  10615846 ttctccgcaaaatctctcgtttcccatcattgaacatcacatcacttaatatttccaaccaa 10615785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 353 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 10615103 - 10615035
Alignment:
Q  353 tttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagt 421  Q
    ||||||||||||| |||||||| | | ||||| | | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10615103 tttctgaatgatcaacatgttgtccaattgtcttcatttcttggtgatttgatgtccataaaccttagt 10615035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 8e-36; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 667 - 937
Target Start/End: Original strand, 53761672 - 53761941
Alignment:
Q  667 ttcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctacta 766  Q
    ||||||| || | |||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |     
T  53761672 ttcttgcgatcgaatatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaatt 53761771  T
Q  767 ggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac 865  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  ||| |  ||||| |   ||||||  | || |||||| |||||||||  ||| |    
T  53761772 ggaatgaactttgtagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacac--tctgtgatctcgaagaattgtcgtgggc 53761869  T
Q  866 -tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
     ||||||| |||||||  ||| |||| || |||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53761870 ttttgcaa-tattactgaaacattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcac 53761941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 377 - 937
Target Start/End: Original strand, 55908335 - 55908900
Alignment:
Q  377 gagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccat 476  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| || ||||| |    
T  55908335 gagttgtctttgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtcctt 55908434  T
Q  477 cacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagtc 576  Q
    |||||  |||  |||||||||||| ||||| | | |||  |  ||||||||| ||||  ||||| | |||||||| |  |  || || |||||| |||||    
T  55908435 cacttattgaggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaatttttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtc 55908534  T
Q  577 tctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaat 676  Q
     ||   |||||||  |  |   |||||   | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||  || ||| ||    
T  55908535 actccatttagcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccat 55908634  T
Q  677 ggtatatct---gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatga 773  Q
       ||||||   |||||||||||| | ||| |||||| |||||||||| | || ||||||||  ||||| | ||| |||||||||| |||||  |||| |    
T  55908635 aacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataa 55908734  T
Q  774 actttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgca 871  Q
    |||||  ||||||  |  |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||| |||  |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| | ||| ||    
T  55908735 actttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttaca 55908834  T
Q  872 actattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||| || || |||  |||| |||| || || ||| | || ||||||||||| || |||||||||||    
T  55908835 actgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 55908900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 390 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 547392 - 546840
Alignment:
Q  390 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaat 489  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| ||   |||||| | | |||||||||| |||||||||| || ||| | |||||| |||| ||    
T  547392 ttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagat 547293  T
Q  490 caaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagct 589  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||||||||||||  ||||  || | |||||||  |  |||||||||||||||||||||   ||| |||    
T  547292 caaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggct 547193  T
Q  590 ctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaag 689  Q
         |  |    | ||||||| || ||||| | ||||| || |||| ||||||||||||||  |||| ||||| | || |||   |   ||||||||||    
T  547192 aaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaag 547093  T
Q  690 ---gtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 786  Q
       |||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || || |||||  |  |||||| ||| | ||||||||||||| ||||||    
T  547092 acagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcc 546993  T
Q  787 gaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaa 884  Q
     ||  | |||||| ||||| |||||  |||||  || ||||  |||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||| | |||| || | ||||| |||    
T  546992 taaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaa 546893  T
Q  885 ctttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
       |||  | |||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  546892 gaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 546840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 303 - 505
Target Start/End: Original strand, 3438186 - 3438387
Alignment:
Q  303 tgttgtccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgattt 402  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |    | ||| ||||| |||||||  ||||||| | |||||||  |  ||| |||||||||    
T  3438186 tgttatccaagtgtcaatgtatacaacatttggatcttcaaaa-acttactttctaaatgatcgccatgttgtcaagttgtccatgtttcatggtgattt 3438284  T
Q  403 ggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgc 502  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||| |||| || ||||||||| ||    
T  3438285 ggtgtctataaaccttagtgattgttcgatgctcacaaaattagccttattttcactcattagtaattgtccttcacttagtgagataaaaatggaatgc 3438384  T
Q  503 aca 505  Q
    |||    
T  3438385 aca 3438387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 390 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 1600880 - 1600810
Alignment:
Q  390 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactc 460  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1600880 ttcttggtgatttggtttctataaaccttagtgaatgtagtatgctcacagaatcagccttgtttgcactc 1600810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 617 - 811
Target Start/End: Original strand, 21834228 - 21834422
Alignment:
Q  617 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 716  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| ||     ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  21834228 atcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgtt 21834327  T
Q  717 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtca 811  Q
    ||||||| | |||||||||| || | | ||||   | |||||||||||   | || |||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||    
T  21834328 gtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 686 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600462
Alignment:
Q  686 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 785  Q
    |||||||||||| | |||||||||| || || ||| || || ||||||||| ||||| | ||| ||| | ||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  786 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggtt 823  Q
      || || |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggtt 1600462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 750 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 532305 - 532237
Alignment:
Q  750 caagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaa 818  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  532305 caagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 532237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 499
Target Start/End: Original strand, 53761367 - 53761517
Alignment:
Q  349 ttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagcc 448  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||   | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||   | | ||||| |||  |||    
T  53761367 ttattttctgaacaatcaacatgttgtaaatttgtctttgcttcttggtgatttggtgtccataaaccttagtcgttgttataagatcacaaaattggcc 53761466  T
Q  449 ttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    |||||| |||| | || ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  53761467 ttgtttgcacttgctaaaaactgtccttcacttagtgagatcaaaatggaa 53761517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 702 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 659873 - 659736
Alignment:
Q  702 ttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgtt 801  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||  |||| ||| |||||   ||| |||||| |||||||| || ||| || |||| |||||| || |||||||||||    
T  659873 ttttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagaggtgtt 659774  T
Q  802 gaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactat 839  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||   ||||||||||    
T  659773 gaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacactat 659736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 768 - 823
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519198
Alignment:
Q  768 gaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggtt 823  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggtt 1519198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 768 - 819
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184082
Alignment:
Q  768 gaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaag 819  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaag 8184082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 624 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 570590 - 570400
Alignment:
Q  624 tgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagat 723  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||| | || |||||||   ||||| ||  |||||||| | ||||||||   |||||||||  |    
T  570590 tgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagtatttgtcaagttttaag---atgttgtaaact 570494  T
Q  724 caggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaataca 817  Q
     |||||||||||| ||||  | ||  ||| |||||| || |  ||| ||||||||| |||||  || || |||||||||||| ||||| |||||    
T  570493 taggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgtcatataca 570400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 767 - 837
Target Start/End: Original strand, 1537767 - 1537837
Alignment:
Q  767 ggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacact 837  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||||| | |||||||    
T  1537767 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacact 1537837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 353 - 422
Target Start/End: Original strand, 21833970 - 21834039
Alignment:
Q  353 tttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtg 422  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||||  | | |||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  21833970 tttctgaatgatcaacatgttgtccagttgtattcatttcttggtgatttgatttccataaaccttagtg 21834039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 308 - 499
Target Start/End: Original strand, 20477629 - 20477814
Alignment:
Q  308 tccaagtgtcgatgtatacaacatttagatcttaatggcatttattttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgt 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |    | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||      ||||||  ||||||||||    
T  20477629 tccaagtgtccatgtatacaacatttggatcttcaaaagacttattttctgaatgatcaacttgttgccgagttgt------ttcttgcggatttggtgt 20477722  T
Q  408 ctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaa 499  Q
    ||||||| |||||||| |||  |   |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  20477723 ctataaatcttagtgattgtttgcatctcacagaattagccttgtattcactagttagaaactgtccttcactttgtgagatcaaaatggaa 20477814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 671 - 868
Target Start/End: Original strand, 20477986 - 20478184
Alignment:
Q  671 tgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaa 770  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |  | |||| || |||||||||| | |||||||||||| |||| |  |||  ||||| ||||||||| ||||    
T  20477986 tgcaatcgtatatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaa 20478085  T
Q  771 tgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa-gaattgttctggacttt 868  Q
    | ||| ||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| ||||||| ||| || |||||||| |||||||| ||| ||||    
T  20478086 taaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttt 20478184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 353 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 28532221 - 28532074
Alignment:
Q  353 tttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgt 452  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||||||| |   |||||||||||||| |||| || ||||||||| | |||   | ||| ||||||||| | ||||    
T  28532221 tttctgaatgatcaacatgttatccagttgtcttcgtttcttggtgatttgatgtccatcaaccttagtaattgtgataagctaacagaatcatctttgt 28532122  T
Q  453 tttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaac 500  Q
    || |||||| ||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||    
T  28532121 ttgcactcgctaggaactgtcctttacttggtgagatcacaatggaac 28532074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 214 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 17205706 - 17205662
Alignment:
Q  214 cctgttattcattgccaactgtttccctttgctcaaagaactcaa 258  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  17205706 cctgttactcattgccgattgtttccctttgctcaaagaactcaa 17205662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 500
Target Start/End: Original strand, 41889136 - 41889284
Alignment:
Q  352 ttttctgaatgatctacatgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttg 451  Q
    |||||||||| ||  ||||||||  |||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||| | | | | |||  ||| |||||||||||||| ||     
T  41889136 ttttctgaatcataaacatgttgtggagttgtcttcatttcttggtgatttggtatctataaacttgaatcattgttcgatactcacagaatcagcattc 41889235  T
Q  452 ttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaac 500  Q
    ||| ||||  |||  || ||||| |||||| |||  |||||||||||||    
T  41889236 tttgcacttcttaagaattgtccttcactttgtgttatcaaaatggaac 41889284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 774 - 940
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901710
Alignment:
Q  774 actttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa-gaattgttctggacttt-gca 871  Q
    |||||| |||||| || || |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  ||| |||| |||  |||||||| || ||||| |||||||| | |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  872 actattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgca 940  Q
    | | | |||| ||  |||||||||||| ||  || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgca 41901710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 866 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 17205597 - 17205527
Alignment:
Q  866 tttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 936  Q
    |||||| ||| |||| |||| |||||||||||| || ||  | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17205597 tttgcatctaatactggaacattgtaatgatgtcacagaaaaaggattgaaacatgtggtagaaaactgca 17205527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 701 - 851
Target Start/End: Original strand, 41889488 - 41889638
Alignment:
Q  701 gttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgt 800  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||  |||||||| || |||  ||| ||| |||||||||||| | ||||||||||  |||||| ||  | |||||||    
T  41889488 gttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgt 41889587  T
Q  801 tgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaa 851  Q
    ||||| | ||| ||||||  ||| |||  |||||||| |||  ||||||||    
T  41889588 tgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaa 41889638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 8e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 377 - 937
Target Start/End: Original strand, 1037271 - 1037836
Alignment:
Q  377 gagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccat 476  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| || ||||| |    
T  1037271 gagttgtctttgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtcctt 1037370  T
Q  477 cacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagtc 576  Q
    |||||  |||  |||||||||||| ||||| | | |||  |  ||||||||| ||||  ||||  | |||||||| |  |  || || |||||| |||||    
T  1037371 cacttattgaggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtc 1037470  T
Q  577 tctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaat 676  Q
     ||   |||| ||  |  |   |||||   | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||  || ||| ||    
T  1037471 actccatttaacttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccat 1037570  T
Q  677 ggtatatct---gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatga 773  Q
       ||||||   |||||||||||| | |||||||||| |||||||||| | || ||||||||  ||||| | | | |||||||||| |||||  |||| |    
T  1037571 aacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataa 1037670  T
Q  774 actttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgca 871  Q
    |||||  ||||||  |  |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||| |||  |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| | ||| ||    
T  1037671 actttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttaca 1037770  T
Q  872 actattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    ||| || || |||  |||| |||| || || ||| | || ||||||||||| || |||||||||||    
T  1037771 actgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 1037836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 377 - 505
Target Start/End: Original strand, 17627666 - 17627794
Alignment:
Q  377 gagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccat 476  Q
    |||||||| | | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  17627666 gagttgtcttcatttcttggtaatttggtgtctgtaaaccttagttattgtcggatgctcgacgaatcagccttgttttcactcgttagtaaatgtcctt 17627765  T
Q  477 cacttcgtgaaatcaaaatggaacgcaca 505  Q
    |||||  ||| || ||||||||| |||||    
T  17627766 cacttaatgagataaaaatggaatgcaca 17627794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 687 - 913
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936311
Alignment:
Q  687 aaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 786  Q
    ||||||||| | | |||||||||| ||||||| | || || |||||| || | ||||||||| ||| |||||| || |   |||||| |||||  |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  787 gaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggac-tttgcaactattacttgaa 884  Q
     || |||||||||||| || ||||| ||||||| ||| |||   ||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| | |||||||||||||||| ||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaa 34936282  T
Q  885 ctttgtaatgatgttacggaggagggagt 913  Q
      ||||  |||||| |||||| |||||||    
T  34936283 aattgttgtgatgtcacggagaagggagt 34936311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 750 - 851
Target Start/End: Original strand, 18315256 - 18315357
Alignment:
Q  750 caagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc 849  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||| || || |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  ||| |||| |||| ||||||    
T  18315256 caagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctc 18315355  T
Q  850 aa 851  Q
    ||    
T  18315356 aa 18315357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 369 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 417 - 280
Alignment:
Q  369 atgttgccgagttgtcattacttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaa 468  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||| || ||||| |||||||||| ||    
T  417 atgttgcagagttgtctttgtttcttggcgatttggtgtctataaatcttagtgaatgtagcatgctcacatactcaaccatgtttgcactcgttaggaa 318  T
Q  469 ctgtccatcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaa 506  Q
     | ||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||    
T  317 ttatccttcacttattgagatcaaaatggaacacacaa 280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 691 - 818
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1515
Alignment:
Q  691 tatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaag 790  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||| |||||   ||| ||   ||| | ||| | | |||||||||||||||||| |||    
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  791 ctagaggtgttgaacatgtcaaatacaa 818  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaa 1515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 686 - 937
Target Start/End: Original strand, 543 - 796
Alignment:
Q  686 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 785  Q
    |||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||   || ||||||||  ||||| | ||| |||||||||| |||||  |||| ||||||  |||||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  786 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc-aagaattgttctggact-ttgcaactattacttga 883  Q
    |  |  |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||  |||  |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| || || ||||| ||||| ||    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactgga 742  T
Q  884 actttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 937  Q
    |  |||| |||| || |  ||| | || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  743 aaattgtgatgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcac 796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University