View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3291-Insertion-11 (Length: 656)
Name: NF3291-Insertion-11
Description: NF3291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3291-Insertion-11 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 6485917 - 6485330
Alignment:
| Q |
7 |
actttatgccgtctccttgttttctagtccacatatctcgatcatctggtataagtataacaatgtgattaggaaaccacacactccctcctgatgccac |
106 |
Q |
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| T |
6485917 |
actttatgccgtctccttgttttctagtccacat--ctcgatcatctggtataagtataacaatgtgattaggaaaccacacgctccctcctgatgccac |
6485820 |
T |
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| Q |
107 |
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206 |
Q |
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| T |
6485819 |
tgagagatatgcatcgcaagtatacaacgcaagtgacatacagcatagcagaacgtacgtaacttaaaatttttataagtcaaattcatgttacaatcta |
6485720 |
T |
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| Q |
207 |
tagtttgaatcagaagagtaatatatttgtcacaatctatgtcacaaattcttgtgaatagcttagaattgacttgaatatatgctatcaaatttgtcac |
306 |
Q |
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| T |
6485719 |
tagtttgaattggaagagtaatatatttttcacaatctatgtcacaaattcttgtgaatagcttacaattgacttgaatatatcctatcaaatttgtcac |
6485620 |
T |
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| Q |
307 |
atatactttcttttacattttaatataatgttttgaattgctacataacaacacgaacaaagtgatcctacttgatccatacatgatattaatgaaattt |
406 |
Q |
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| T |
6485619 |
atatactttcttttacattttaatataatgttttgaattactacataacaacacaaacaaagtgatcctgcttgatccatacattttattaatgaaattt |
6485520 |
T |
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| Q |
407 |
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506 |
Q |
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| T |
6485519 |
tataacaaaatataatgtactaatgaagtaaacttgtatcacctaaacagattgaaaaacagttgagccatgttgaatatttgtctgtgtgttaaagaag |
6485420 |
T |
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| Q |
507 |
tatggctttgtcataaaatatgttcaacactttgacaatacaagcagaaacattaatgctttgttatctacaaaaattctattctctctc |
596 |
Q |
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| T |
6485419 |
tatggctttgtcataaaatatgttcaacactttgacaatacaagcagaaacgttgatgctttgctacctacaaaaattctattctctctc |
6485330 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 596
Target Start/End: Original strand, 6932745 - 6933338
Alignment:
| Q |
7 |
actttatgccgtctccttgttttctagtccacatatctcgatcatctggtataagtataacaatgtgattaggaaaccacacactccctcctgatgccac |
106 |
Q |
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| T |
6932745 |
actttatgccgtctccttgttttctagtccacat--ctcgatcatctggtaaaagtataaaaatgtgattaggaaatcacacgctccctcctgatgccac |
6932842 |
T |
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| Q |
107 |
ag--ggagatatgcatcgcaagtatacaacgcaagtgacatacagcatagcagaacgtatgtaacttaaaaattttataagtcaaattcatgttacaatc |
204 |
Q |
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| T |
6932843 |
tgtgggagatatgcatcgcaagtatacaacgcaagtgacatacagcatagcagaacgtacgtaacttaaaaattttataagtcaaattcatgttacaatc |
6932942 |
T |
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| Q |
205 |
tatagtttgaatcagaagagtaatatatttgtcacaatctatgtcacaaattcttgtgaatagctta----gaattgacttgaatatatgctatcaaatt |
300 |
Q |
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| T |
6932943 |
tatagtttgaattggaagagtaatatatttgtcacaatctatgtcacaaattcttgtgaatagcttacaattaattgccttgaatatatgctatcaaatt |
6933042 |
T |
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| Q |
301 |
tgtcacatatactttcttttacattttaatataatgttttgaattgctacataacaacacgaacaaagtgatcctacttgatccatacatgatattaatg |
400 |
Q |
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| T |
6933043 |
tgtcacatatactttcttttacattttaatataatgttttgaattgctacataacaacacaaacaaagtgatcctgcttgatccatacatgatattaatg |
6933142 |
T |
|
| Q |
401 |
aaattttatcacaaaatataatgtactaatgaagtaaacttgtatcacctaaacagattgaaaaacagttgagccatgttgaatatttgtctgtgtgtta |
500 |
Q |
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| T |
6933143 |
aaattttataacaaaatataatgtactaatgaagtaaacttgtatcacctaaacagattgaaaaactgttgagccatgttgaatatttgtctgtgtgtta |
6933242 |
T |
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| Q |
501 |
aagaagtatggctttgtcataaaatatgttcaacactttgacaatacaagcagaaacattaatgctttgttatctacaaaaattctattctctctc |
596 |
Q |
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| T |
6933243 |
aagaagtatggctttgtcataaaatatgttcaacactttgacaatacaagcagaaacattgatgctttgttatctacaaaaattctattctctctc |
6933338 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 589 - 656
Target Start/End: Original strand, 6933355 - 6933422
Alignment:
| Q |
589 |
tctctctcactcccccttaaaatatattttctctacttggagtatgctttttcccgctgcttttagtt |
656 |
Q |
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| T |
6933355 |
tctctctcactcccccttaaaacatattttctctacttggagtatgctttttcccgctgcttttagtt |
6933422 |
T |
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