View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3291-Insertion-8 (Length: 760)

Name: NF3291-Insertion-8
Description: NF3291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3291-Insertion-8
NF3291-Insertion-8
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (7-760)||(35047769-35048522)
chr4 (129-741)||(35026203-35026815)
chr4 (130-741)||(35040166-35040777)
chr4 (129-741)||(35032149-35032761)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (279-337)||(22941544-22941602)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (292-337)||(23610202-23610247)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 35048522 - 35047769
Alignment:
Q  7 aatttattcaaagaaacctattttttatttaataattgcataacctctcatgtttatctatttatgcattaatgccacatagtctcaactctcacgtatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35048522 aatttattcaaagaaacctattttttatttaataattgcataacctctcatgtttatctatttatgcattaatgccaaatagtctcaactctcacgtatt 35048423  T
Q  107 aattctgaccataaagttctgttgacaaacgtggagtaagaatgacttctagaggagatgctttgacgttggtcagtccactttgttcaaccataccaac 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35048422 aattctgaccataaagttctgttgacaaacgtggagtaagaatgacttctagaggagatgctttgacgttggtcagtccactttgttcaaccataccaac 35048323  T
Q  207 tggtcctccatcttgagtcactatatcaaatccatgcaacaaagttgcaagtgttatttgaattagcttaagaccaaatgatattccgggacacattctt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35048322 tggtcctccatcttgagtcactatatcaaatccatgcaacaaagttgcaagtgttatttgaattagcttaagaccaaatgatattccgggacacattctt 35048223  T
Q  307 ctacccgcaccaaatggaatcaactcaaaatgttggcctttgagatcaatatccttgtgtgttgtgaggaatctctctggtcgaaactctagtggattag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35048222 ctacccgcaccaaatggaatcaactcaaaatgttggcctttgagatcaatatccttgtgtgttgtgaggaatctctctggtcgaaactctagtggattag 35048123  T
Q  407 aatatataaaaggatcttgctgaagttttgaaatgtttgtaaggagacgagtaccagcgggcacatgatatccaccaatggtacaatcttcagtggactc 506  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35048122 aatatataaacggatcttgctgaagttttgaaatgtttgtaaggagacgagtaccagcgggcacatgatatccaccaatggtacaatcttcagtggactc 35048023  T
Q  507 atgaggcacatttagtggcacggttggacacaagcgcattgtttccttgataatagcttgaagatactctaacttgtgcaaatctgattccattaccatc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35048022 atgaggcacatttagtggcacggttggacacaagcgcattgtttccttgataatagcttgaagatactctaacttgtgcaaatctgattccattaccatc 35047923  T
Q  607 ttttctctaccaatttgtgtatctaattcttgtacggccttgttgaggatttcacggttgttgagaagtaaacatagagcccaagttaatgttgatgttg 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35047922 ttttctctaccaatttgtgtatctaattcttgtacggccttgctgaggatttcacggttgttgagaagtaaacatagagcccaagttaatgttgatgttg 35047823  T
Q  707 tagtgtctgtgccagctagaattaatgactgcaaatattgtgaaaaatgtttta 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35047822 tagtgtctgtgccagctagaattaatgactgcaaatattgtgaaaaatgtttta 35047769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 129 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 35026815 - 35026203
Alignment:
Q  129 tgacaaacgtggagtaagaatgacttctagaggagatgctttgacgttggtcagtccactttgttcaaccataccaactggtcctccatcttgagtcact 228  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||    
T  35026815 tgacaaacgtggactaaggatgacttgtagaggagaagctttgatgttggtcattccacttatttcaaccatatcaaccggtcctccatctgaagtcact 35026716  T
Q  229 atatcaaatccatgcaacaaagttgcaagtgttatttgaattagcttaagaccaaatgatattccgggacacattcttctacccgcaccaaatggaatca 328  Q
    || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35026715 atgtcaaacccatgcaacaatgtagcaagtgttatttgcataagttgaagaccaaatgagattccaggacacattcttctacctgcaccaaatggaatca 35026616  T
Q  329 actcaaaatgttggcctttgagatcaatatccttgtgtgttgtgaggaatctctctggtcgaaactctagtggattagaatatataaaaggatcttgctg 428  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||  |||||||  |  |||||| | ||    
T  35026615 actcgaaatgttggcctttgacatcaacatccttgtgtgttgtgaggaatctttctggtcgaaactccaacggatccgaatataacattggatctcgttg 35026516  T
Q  429 aagttttgaaatgtttgtaaggagacgagtaccagcgggcacatgatatccaccaatggtacaatcttcagtggactcatgaggcacatttagtggcacg 528  Q
    ||| || |||| ||| || |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||||| ||| |||||  |     
T  35026515 aagcttcgaaaggttggttaggagacgcgtaccagctggcacgtggtatccaccaatggtacaattctcaatagactcgtgaggcaaattcagtggtgct 35026416  T
Q  529 gttggacacaagcgcattgtttccttgataatagcttgaagatactctaacttgtgcaaatctgattccattaccatcttttctctaccaatttgtgtat 628  Q
    | |||  | |  |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||   |||||||| ||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  35026415 ggtgggtatagacgcaatgtttctttgataatggcttgaagatactccaacttcgtcaaatctgtttgtattgccatcttttccttaccaatttgtgtat 35026316  T
Q  629 ctaattcttgtacggccttgttgaggatttcacggttgttgagaagtaaacatagagcccaagttaatgttgatgttgtagtgtctgtgccagctagaat 728  Q
    ||||||| || | | | ||||| ||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||  || ||||||||||||  | ||||||||    
T  35026315 ctaattcatgaatgactttgtttaggacctcacgattgttaagaagtaaagatagagtccaagtcaatgttcctgctgtagtgtctgtagctgctagaat 35026216  T
Q  729 taatgactgcaaa 741  Q
    || || |||||||    
T  35026215 tagtgcctgcaaa 35026203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 130 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 35040777 - 35040166
Alignment:
Q  130 gacaaacgtggagtaagaatgacttctagaggagatgctttgacgttggtcagtccactttgttcaaccataccaactggtcctccatcttgagtcacta 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |    
T  35040777 gacaaacgtggagtaagaatgacttcaagtggagaggctttgattgtggtgagtccgctttgttcaaccatatcaactggtcctccatctttagtcacaa 35040678  T
Q  230 tatcaaatccatgcaacaaagttgcaagtgttatttgaattagcttaagaccaaatgatattccgggacacattcttctacccgcaccaaatggaatcaa 329  Q
    | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| ||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35040677 tgtcaaacccatgcaataaagtagcaagtgttatttgcatcagctgaagactaaatgagattccaggacatattcttctacccgcaccaaatggaatcaa 35040578  T
Q  330 ctcaaaatgttggcctttgagatcaatatccttgtgtgttgtgaggaatctctctggtcgaaactctagtggattagaatatataaaaggatcttgctga 429  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | ||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||||  |  |||||| | |||    
T  35040577 ctcaaaatgttggcccttgacatcgacatctttgttcgttgtaaggaatctctctggtcgaaactcatgcggatccgaatataacattggatctcgttga 35040478  T
Q  430 agttttgaaatgtttgtaaggagacgagtaccagcgggcacatgatatccaccaatggtacaatcttcagtggactcatgaggcacatttagtggcacgg 529  Q
    ||||| |||| ||| || | |||||| ||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||  |||    
T  35040477 agtttcgaaaggttagttatgagacgcgtaccggctggcacgtggtatccaccaacggtacaatcttcaatggactcatgaggcacatcgagtggtgcgg 35040378  T
Q  530 ttggacacaagcgcattgtttccttgataatagcttgaagatactctaacttgtgc-aaatctgattccattaccatcttttctctaccaatttgtgtat 628  Q
     |||  |||  |||| ||||||||||||||| ||||  ||||| || ||||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||||  |||||||||||||||    
T  35040377 ctgggtacagacgcaatgtttccttgataatggctttgagatattcaaactt-tgcaaaatctgattctattgccatattttccataccaatttgtgtat 35040279  T
Q  629 ctaattcttgtacggccttgttgaggatttcacggttgttgagaagtaaacatagagcccaagttaatgttgatgttgtagtgtctgtgccagctagaat 728  Q
    |||||||||| | ||| ||||| |  | |||| | ||||| ||||||||| | | || ||| || ||||| | ||  ||||||||||| || ||||||||    
T  35040278 ctaattcttgaatggctttgtttaaaacttcaggattgttaagaagtaaagaaacagaccaggtcaatgtcgctgcggtagtgtctgtacctgctagaat 35040179  T
Q  729 taatgactgcaaa 741  Q
    || || |||||||    
T  35040178 tagtgcctgcaaa 35040166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 129 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 35032761 - 35032149
Alignment:
Q  129 tgacaaacgtggagtaagaatgacttctagaggagatgctttgacgttggtcagtccactttgttcaaccataccaactggtcctccatcttgagtcact 228  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  35032761 tgacaaacgcggattaagaatgacttgtaaaggagaggctttgacattggtcagtctacagtgttcaaccatattaactggtcctccatcttgagtcact 35032662  T
Q  229 atatcaaatccatgcaacaaagttgcaagtgttatttgaattagcttaagaccaaatgatattccgggacacattcttctacccgcaccaaatggaatca 328  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| ||||| || | || ||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  35032661 atgttaaacccatgcaacaatgcagcaagtgtgatttgcatcaactgaagactaaatgagattccaggacatattcttctacccacgccaaatggaatca 35032562  T
Q  329 actcaaaatgttggcctttgagatcaatatccttgtgtgttgtgaggaatctctctggtcgaaactctagtggattagaatatataaaaggatcttgctg 428  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |  ||||  |||||||  |  |||||| | ||    
T  35032561 actcaaaatgttggcccttgacatcaacatccttgtgtgttgtgtgaaatctctctggttgaaactccaacggatctgaatataatattggatctcgttg 35032462  T
Q  429 aagttttgaaatgtttgtaaggagacgagtaccagcgggcacatgatatccaccaatggtacaatcttcagtggactcatgaggcacatttagtggcacg 528  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||  || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||| |||||  |     
T  35032461 aagttttgaaaggttggttaggagacacgtgccagctggcacgtggtatccaccaatggtacaatcctcaatagactcatgaggcaaattgagtggtcca 35032362  T
Q  529 gttggacacaagcgcattgtttccttgataatagcttgaagatactctaacttgtgcaaatctgattccattaccatcttttctctaccaatttgtgtat 628  Q
    | |||  |||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||  ||| |||| |||||  |||||||||||||||    
T  35032361 ggtgggtacaaacgcaatgtttccttgataatggcttggagatactccaactttgccaaatctgattttattgccatattttccataccaatttgtgtat 35032262  T
Q  629 ctaattcttgtacggccttgttgaggatttcacggttgttgagaagtaaacatagagcccaagttaatgttgatgttgtagtgtctgtgccagctagaat 728  Q
    |||||||||| | ||| ||||| || | |||| | ||||| ||||||||| |||| | ||| || ||||||  ||  ||||| |||||  | ||||||||    
T  35032261 ctaattcttgaatggctttgtttagaacttcaggattgttaagaagtaaagatagtgaccatgtcaatgttcctgcggtagtatctgtagccgctagaat 35032162  T
Q  729 taatgactgcaaa 741  Q
    ||||| |||||||    
T  35032161 taatgcctgcaaa 35032149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22941602 - 22941544
Alignment:
Q  279 accaaatgatattccgggacacattcttctacccgcaccaaatggaatcaactcaaaat 337  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  22941602 accaaatgttactcccggacacattcttcttccagcaccaaatggaatgaactcaaaat 22941544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 337
Target Start/End: Original strand, 23610202 - 23610247
Alignment:
Q  292 ccgggacacattcttctacccgcaccaaatggaatcaactcaaaat 337  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  23610202 ccgggacaaattctcctaccagcaccaaatggaatgaactcaaaat 23610247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University