View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3291_low_2 (Length: 776)

Name: NF3291_low_2
Description: NF3291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3291_low_2
NF3291_low_2
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-772)||(37764651-37765407)
chr7 (46-740)||(37743498-37744199)
chr7 (4-540)||(38601129-38601662)
chr7 (359-772)||(37560346-37560765)
chr7 (565-696)||(38600883-38601013)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (47-491)||(5811929-5812373)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 772
Target Start/End: Original strand, 37764651 - 37765407
Alignment:
Q  1 tcatcatcagaagacgccgaatcactgttgtcatcgctattgtcatcatcatcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37764651 tcatcatcagaagacgccgaatcactgttgtcatcgctattgtcat---catcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaat 37764747  T
Q  101 aatccatatcagggattactccatcacgcttaagctcatgtttcttattggatttagggttatttggtaattcatctacttgtgggtcgcttaagatagg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  37764748 aatccatatcagggattactccatcaggcttaagctcacgtttcttattggatttagggttatttggtaactcatctaattgtgagtcgcttaagatagg 37764847  T
Q  201 atggtttgcaactgatgtacttttggtttccctattcaatgttgcttggttgctaccatcattggatgcaactgaagtatcatttgcccacagcttagat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||  || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  37764848 atggtttgcaactgatgttctttcagtcttcttattcaatgttgcttggttgctaccatcattggatgcaactgaagtttcatttgcccacagcttagac 37764947  T
Q  301 gttgctcgaggttgcatgacctgaagaaattcacgaagcttcgggtcatcaatgtccatagaattgtcttcgtgtcctttagctctagcacgattgttga 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37764948 gttgctcgagattgcatgacctgaagaaattctcgaagcttcaggtcatcaatgtccatagaattgtcttcatgtcctttagctctagcacaattgttga 37765047  T
Q  401 catctggggtgattgctttattgtcnnnnnnncttgaatgtcgactccatggtcgaggaagatttgcatcacctagtttttgagccacctgcttggttga 500  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37765048 catctggggtgaacgctttagtgtctttttttcttgaatgtcgactccatggtcgaggaagatttgcatcacctagtttatgagccacctgcttggttga 37765147  T
Q  501 tgaaaacatggtcaagcattttttatggctctcagtttcaggaatataatataatggtgtgaaagaagtaaagaaaaaattaatggcataaacaacagac 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37765148 tgaaaacatggtcaagcattttttatggctctcagtttcag---tataatataatggtgtgaaagaagtaaagaaaaaattaatggcataaacaaccgac 37765244  T
Q  601 ctcacaagtaattctatgcgagtcaaggaaagatttattaaaatatcgaatcgcttcctgagctaccttggctgtacgaaatccgataaaagcaaacagt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  37765245 ctcacaagtaattctatgcgagtcaaggaaagatttattaaaatatcaaatcgctt---------ccttggctgtacgaaacccaataaaagcaaacagt 37765335  T
Q  701 cgagttttgccatttctgaattaacagtaaacaacacaaaacaatgaaatttctcaacaagtttccatgagg 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  37765336 cgagttttgccatttctgaattaacagtaaacaacacagagcaattaaaattctaaacaagtttccatgagg 37765407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 740
Target Start/End: Original strand, 37743498 - 37744199
Alignment:
Q  46 tcatcatcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaataatccatatcagggattactccatcacgcttaagctcatgtttct 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||| |   ||    
T  37743498 tcatcatcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaataatccatatcagaaattactccatcatgcttaatatcacgcgact 37743597  T
Q  146 tattggatttagggttatttggtaattcatctacttgtgggtcgcttaagataggatggtttgcaactgatgtacttttggtttccctattcaatgttgc 245  Q
    | | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||||| |||||     
T  37743598 tgtcggatttagggttatttggtaactcatctacatgtgagtcgcttaagataggatggtttgcaattaatgtactttcggtctccttattcagtgttgg 37743697  T
Q  246 ttggttgctaccatcattggatgcaactgaagtatcatttgcccacagcttagatgttgctcgaggttgcatgacctgaagaaattcacgaagcttcggg 345  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||    
T  37743698 ttggttgttaccatcattggatacaactgaagtatcatttgcccacagcttagacattgcccgaggttgcatgacctgaagaaaatcttgaagctttggg 37743797  T
Q  346 tcatcaatgtccatagaattgtcttcgtgtcctttagctctagcacgattgttgacatctggggtgattgctttattgtcnnnnnnncttgaatgtcgac 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||  |||||| |||        ||||||||||||    
T  37743798 tcatcaatgtccatagaattgtcttcatgttccttagctctagcatgattgctaacatctgtggtgatcactttatcgtccttttttgttgaatgtcgac 37743897  T
Q  446 tccatggtcgaggaagatttgcatcacctagtttttgagccacctgcttggttgatgaaaacatggtcaagcattttttatggctctcagtttcaggaat 545  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  37743898 tccacggacgaggaagatttgcatcaccaagtttttgagccacctggttggtagataaaaacatggtcgagcatttttaatggctctcagtttcagtaat 37743997  T
Q  546 -------ataatataatggtgtgaaagaagtaaagaaaaaattaatggcataaacaacagacctcacaagtaattctatgcgagtcaaggaaagatttat 638  Q
           |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||    
T  37743998 atgataaataatataatagtgtgaaagaagttaagaaaaaa-taatggcataaacaaccgacctcacaagtaattgcttgcgtgtcaaggtaagatttat 37744096  T
Q  639 taaaatatcgaatcgcttcctgagctaccttggctgtacgaaatccgataaaagcaaacagtcgagttttgccatttctgaattaa-cagtaaacaacac 737  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||  | ||| |||| || ||||||| |||| |||||||||||||    
T  37744097 taaaatatttaatcgctgcctgagcttcctggtctgtacgaaatccgataaaagcaaattggcgacttttcccgtttctgagttaaccagtaaacaacac 37744196  T
Q  738 aaa 740  Q
    |||    
T  37744197 aaa 37744199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 38601662 - 38601129
Alignment:
Q  4 tcatcagaagacgccgaatcactgttgtcatcgctattgtcatcatcatcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaataat 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  38601662 tcatcagaagacgccgaatcactgttgtcatcgccattgtcatcatca---ctgctttcagaatcagaccactccgttgttaatttgctcttgaaataat 38601566  T
Q  104 ccatatcagggattactccatcacgcttaagctcatgtttcttattggatttagggttatttggtaattcatctacttgtgggtcgcttaagataggatg 203  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38601565 ccatatcagagattactccatcatgcttaagctcacgtttcttatcggatttagggttttttggtaattcatctacttgtgagtcgcttaagataggatg 38601466  T
Q  204 gtttgcaactgatgtacttttggtttccctattcaatgttgcttggttgctaccatcattggatgcaactgaagtatcatttgcccacagcttagatgtt 303  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  38601465 gtttgcaactgatgtcctttcggtctccttattcaatgttgcttggttgttaccatcattggatacaactgaagtatcatttgcccacagcttagacatt 38601366  T
Q  304 gctcgaggttgcatgacctgaagaaattcacgaagcttcgggtcatcaatgtccatagaattgtcttcgtgtcctttagctctagcacgattgttgacat 403  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38601365 gcccgaggttgcatgacctgaagaaaatcttgaagttttgggtcatcaatttccatagaattgtcttcatgtcctttagctctagcatgattgttaacat 38601266  T
Q  404 ctggggtgattgctttattgtcnnnnnnncttgaatgtcgactccatggtcgaggaagatttgcatcacctagtttttgagccacctgcttggttgatga 503  Q
     |||||||||  |||||||| |        |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38601265 gtggggtgatcactttattgactttttttgttgaatgttgactccacggacgaggaagatttgcatcaccaagtttttgagccacctgcttggttgatga 38601166  T
Q  504 aaacatggtcaagcattttttatggctctcagtttca 540  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38601165 aaacttggtcaagcattttttatggctctcggtttca 38601129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 359 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 37560765 - 37560346
Alignment:
Q  359 tagaattgtcttcgtgtcctttagctctagcacgattgttgacatctggggtgattgctttattgtcnnnnnnncttgaatgtcgactccatggtcgagg 458  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||| || |||| ||||||  ||| || |||||||||||        ||||||||||||||||  | ||| |    
T  37560765 tagaattttcttcatgtccttgagctctagcatgactgttaacatctcaggtaatagctttattgtcattttttgttgaatgtcgactccactgacgacg 37560666  T
Q  459 aagatttgcatcacctagtttttgagccacctgcttggttgatgaaa------acatggtcaagcattttttatggctctcagtttcaggaatataatat 552  Q
    |||||||  | ||||  | |||| |||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37560665 aagatttaaagcaccggggtttttagccacctgcttggttgatgaaattgaaaacatggtcaaacattttttatggctctcagtttcagtaatataa-at 37560567  T
Q  553 aatggtgtgaaagaagtaaagaaaaaattaatggcataaacaacagacctcacaagtaattctatgcgagtcaaggaaagatttattaaaatatcgaatc 652  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||| || |  |||| ||||||||||||    
T  37560566 aatagtgtgaaagaagttaagaaaaaattaatggtataaacaaccgacctcacaagtaattctaagcgtgtaaaggtaacaactattcaaatatcgaatc 37560467  T
Q  653 gcttcctgagctaccttggctgtacgaaatccgataaaagcaaacagtcgagttttgccatttctgaatt-aacagtaaacaacacaaaacaatgaaatt 751  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||| ||||| || |||||||||||||| | | || | ||| |    
T  37560466 gcttcctgagcttcctcggctgtacgaaatccgataaaagaaaatagtcaacttttgccatatctgagttaaacagtaaacaacatagagcagttaaaat 37560367  T
Q  752 tctcaacaagtttccatgagg 772  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  37560366 tctaaacaagtttccatgagg 37560346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 565 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 38601013 - 38600883
Alignment:
Q  565 gaagtaaagaaaaaattaatggcataaacaacagacctcacaagtaattctatgcgagtcaaggaaagatttattaaaatatcgaatcgcttcctgagct 664  Q
    ||||| |||||||||  ||||| | ||||||| |||||||||||||||| | || | ||||| | |||| ||||||| || |||||| ||||||||||||    
T  38601013 gaagttaagaaaaaac-aatggtacaaacaactgacctcacaagtaattttttgtgtgtcaaagtaagaattattaagatgtcgaattgcttcctgagct 38600915  T
Q  665 accttggctgtacgaaatccgataaaagcaaa 696  Q
     ||  | | ||||||||||| |||||||||||    
T  38600914 tcccggtcggtacgaaatccaataaaagcaaa 38600883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 9e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 47 - 491
Target Start/End: Original strand, 5811929 - 5812373
Alignment:
Q  47 catcatcactgctttcagaatcagaccactccgttgtcactttactcttgaaataatccatatcagggattactccatcacgcttaagctcatgtttctt 146  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||  || ||||||||| | ||||||||| ||  |||    
T  5811929 catcatcactgctttcagaatcggaccaatctgttgtcactttattcttgaaataatcaatatcagacatcactccatcatgattaagctcacgtgactt 5812028  T
Q  147 attggatttagggttatttggtaattcatctacttgtgggtcgcttaagataggatggtttgcaactgatgtacttttggtttccctattcaatgttgct 246  Q
     |  ||||  || |||||||||||| || ||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||    
T  5812029 gtcagattcgggattatttggtaatccaactacttgtctgtcacttaagataggatagtttgcaattgatgtaccgttggtctccttattcaatgttgct 5812128  T
Q  247 tggttgctaccatcattggatgcaactgaagtatcatttgcccacagcttagatgttgctcgaggttgcatgacctgaagaaattcacgaagcttcgggt 346  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| |||    
T  5812129 tggttgttaccatcattggatacaactgtagtttcgtttgcccacagcttagactttgcgcgaggttgcatgacctgaagaaaatcttgaagcttcaggt 5812228  T
Q  347 catcaatgtccatagaattgtcttcgtgtcctttagctctagcacgattgttgacatctggggtgattgctttattgtcnnnnnnncttgaatgtcgact 446  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||  || ||||||||||  ||||||||||        ||||||| | |||    
T  5812229 catcaatgtctttagaattgtcttcttgccctttagctctagcatgattttttgcacctggggtgatcactttattgtccttttttattgaatgccaact 5812328  T
Q  447 ccatggtcgaggaagatttgcatcacctagtttttgagccacctg 491  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5812329 ccacggacaaggaagatttgcatcaccgcgtttttgagccacctg 5812373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University