View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3296_high_6 (Length: 642)

Name: NF3296_high_6
Description: NF3296
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3296_high_6
NF3296_high_6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-639)||(29946413-29947037)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 29947037 - 29946413
Alignment:
Q  19 gttgttgtattggacactgacacgtgccagacaccgggcacggtttcaatctaaagt------gtcggtacttcaaagatcagaagtgtttgtgctacat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  29947037 gttgttgtattggacactgacacgtgccagacaccgggcacggtttcaatctaaagttagattgtcg-tactaaaaagatcagaagtgtttgtgctacat 29946939  T
Q  113 atgtgattattgatgttgttgtttgatttctacnnnnnnnagggtcttgacttttgacttgttttgtaggctaaacttgttaagcttcccaagaatcttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946938 atgtgattattgatgttgttgtttgatttctactttttt-agggtcttgacttttgacttgttttgtaggctaaacttgttaagcttcccaagaatcttt 29946840  T
Q  213 tggcgaaggtttctactgttaagaacacagagcaggtaattgaattgatgtaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946839 tggcgaaggtttctactgttaagaacacacagcaggtaattgaattgatgaaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggttt 29946740  T
Q  313 cggttttgttgtacaggttttggagcagttgccgagagtaatatcgtcgctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctc 412  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946739 tggttttgttgtacaggttttagagcagttgccgagagtaatatcgtctctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctc 29946640  T
Q  413 taattgataagtcattatgactgtgttgttttattatcgttatacatgtatattttgaactcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaact 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946639 taattgataagtcattatgactgtgttgtattattatcgttatacatgtatattttgaattcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaact 29946540  T
Q  513 tcgtgctgaaactgttatattcatcttgaatatatattctatcgatggctactgattacgtaaaacagcgatttgttcaaattagtatattacataatag 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29946539 tcgtgctgaaactgttatattcatcttgaatatatattctatcgatggctactgattacataaaacagcgatttgttcaaattagtatgttacataatag 29946440  T
Q  613 cactatagcgcctgcctatgttactgc 639  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  29946439 cactatagcgcctgcctatgtaactgc 29946413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University