View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3296_low_36 (Length: 347)

Name: NF3296_low_36
Description: NF3296
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3296_low_36
NF3296_low_36
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (131-330)||(28494320-28494537)
chr1 (15-133)||(20186824-20186943)
chr1 (15-130)||(30339636-30339752)
chr1 (18-130)||(43740393-43740506)
chr1 (15-132)||(51787270-51787388)
chr1 (15-124)||(9672955-9673062)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (15-132)||(25955943-25956061)
chr5 (15-131)||(42250115-42250232)
chr5 (15-130)||(1501352-1501468)
chr5 (15-129)||(38280256-38280371)
chr5 (23-130)||(7886355-7886463)
chr5 (93-133)||(36826355-36826395)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (15-132)||(25185916-25186034)
chr7 (15-130)||(2286458-2286574)
chr7 (15-132)||(48057682-48057800)
chr7 (15-131)||(496682-496799)
chr7 (15-123)||(23844642-23844751)
chr7 (15-130)||(11765707-11765823)
chr7 (15-130)||(42535197-42535313)
chr7 (15-126)||(7527247-7527359)
chr7 (15-130)||(31427243-31427361)
chr7 (15-133)||(40855134-40855254)
chr7 (15-50)||(4649295-4649330)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (15-132)||(52055131-52055249)
chr4 (15-131)||(1158238-1158355)
chr4 (15-92)||(49866689-49866766)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (15-130)||(47940826-47940942)
chr3 (15-126)||(49786397-49786509)
chr3 (15-130)||(8152977-8153095)
chr3 (31-133)||(29836769-29836871)
chr3 (15-130)||(8436879-8436995)
chr3 (30-124)||(48778971-48779066)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (15-130)||(4076927-4077043)
chr8 (15-125)||(3780342-3780453)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-133)||(33594502-33594621)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-133)||(13922182-13922301)
chr2 (15-127)||(11828960-11829073)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 131 - 330
Target Start/End: Original strand, 28494320 - 28494537
Alignment:
Q  131 tttgtacaattcctatagagaattccagcatgacttttgatagataatataatgacatattttatgaatttaagttcacat---aacaatattatagtaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    |||| ||||||||||    
T  28494320 tttgtacaattcctatagagaattccagcatgacttttgatagataatataatgacatattttaagaatttaagttcaaattactacaacattatagtaa 28494419  T
Q  228 cataagtatttcaaatttgataagacaattcatattaggatgaactatacg---------------attgaagattctttcatacaaatcataattatac 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28494420 cataagtatttcaaatttgataagacaattcatattaggatgaactatacgattgaagatgactgcattgaagattctttcatacaaatcataattatac 28494519  T
Q  313 tacgtaatacgtagttta 330  Q
    ||||||||||||||||||    
T  28494520 tacgtaatacgtagttta 28494537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 133
Target Start/End: Original strand, 20186824 - 20186943
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20186824 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 20186923  T
Q  114 tgcatgtatcaccactcttt 133  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  20186924 tacatgtatcaccactcttt 20186943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 30339752 - 30339636
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  30339752 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 30339653  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    | |||||||||||||||    
T  30339652 tacatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Original strand, 43740393 - 43740506
Alignment:
Q  18 gatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtgtgc 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||| ||| |    
T  43740393 gatggatgataaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttc 43740492  T
Q  117 atgtatcaccactc 130  Q
    ||| ||||||||||    
T  43740493 atggatcaccactc 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 51787388 - 51787270
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  51787388 agagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 51787289  T
Q  114 tgcatgtatcaccactctt 132  Q
    | |||||||||||||||||    
T  51787288 tacatgtatcaccactctt 51787270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 124
Target Start/End: Original strand, 9672955 - 9673062
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  9672955 agagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtg 9673051  T
Q  114 tgcatgtatca 124  Q
    | |||||||||    
T  9673052 tacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Original strand, 25955943 - 25956061
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  25955943 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtg 25956042  T
Q  114 tgcatgtatcaccactctt 132  Q
    |||||||||||||||||||    
T  25956043 tgcatgtatcaccactctt 25956061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 42250232 - 42250115
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||    
T  42250232 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtg 42250133  T
Q  114 tgcatgtatcaccactct 131  Q
    ||||||||||||||||||    
T  42250132 tgcatgtatcaccactct 42250115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 1501352 - 1501468
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  1501352 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatc 1501451  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    |||||||||||||||||    
T  1501452 tgcatgtatcaccactc 1501468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 129
Target Start/End: Original strand, 38280256 - 38280371
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||    
T  38280256 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatg 38280355  T
Q  114 tgcatgtatcaccact 129  Q
    | ||||||||||||||    
T  38280356 tacatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886355
Alignment:
Q  23 atgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtgtgcatgta 121  Q
    |||||| |||||||||||||| | | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  122 tcaccactc 130  Q
    |||||||||    
T  7886363 tcaccactc 7886355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 36826395 - 36826355
Alignment:
Q  93 tgtgtatgtcacctatgggtgtgcatgtatcaccactcttt 133  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  36826395 tgtgtatgtcacctgtaggtgtgcatgtatcaccactcttt 36826355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Original strand, 25185916 - 25186034
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  25185916 agagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 25186015  T
Q  114 tgcatgtatcaccactctt 132  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25186016 tgcatgcatcaccactctt 25186034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 2286574 - 2286458
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||    
T  2286574 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 2286475  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    |||||||||||| ||||    
T  2286474 tgcatgtatcactactc 2286458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Original strand, 48057682 - 48057800
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  48057682 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtg 48057781  T
Q  114 tgcatgtatcaccactctt 132  Q
    | |||||||||||||||||    
T  48057782 tacatgtatcaccactctt 48057800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 496799 - 496682
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  496799 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 496700  T
Q  114 tgcatgtatcaccactct 131  Q
    | ||||||||||||||||    
T  496699 tacatgtatcaccactct 496682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 23844751 - 23844642
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||||||| ||    
T  23844751 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatg 23844652  T
Q  114 tgcatgtatc 123  Q
    ||||||||||    
T  23844651 tgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 11765823 - 11765707
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  11765823 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 11765724  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    | |||||||||||||||    
T  11765723 tacatgtatcaccactc 11765707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 42535197 - 42535313
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  42535197 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 42535296  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    | ||| ||||| |||||    
T  42535297 tacatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Original strand, 7527247 - 7527359
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||  |     
T  7527247 agagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaata 7527346  T
Q  114 tgcatgtatcacc 126  Q
    |||||||||||||    
T  7527347 tgcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 31427243 - 31427361
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatg--tcacctatggg 111  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||   |||||||||     
T  31427243 agagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatgga 31427342  T
Q  112 tgtgcatgtatcaccactc 130  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31427343 tgtgcatgtatcaccactc 31427361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 133
Target Start/End: Original strand, 40855134 - 40855254
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtatag-gccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggt 112  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||  ||| ||||| |    
T  40855134 agagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggat 40855233  T
Q  113 gtgcatgtatcaccactcttt 133  Q
     |||||| |||| ||||||||    
T  40855234 atgcatgcatcatcactcttt 40855254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 50
Target Start/End: Original strand, 4649295 - 4649330
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttg 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4649295 agagatggatgaaaaggaagagagataaagtgtttg 4649330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Original strand, 52055131 - 52055249
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||  ||    
T  52055131 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatg 52055230  T
Q  114 tgcatgtatcaccactctt 132  Q
    |||||||||||||||||||    
T  52055231 tgcatgtatcaccactctt 52055249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 131
Target Start/End: Original strand, 1158238 - 1158355
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |  |||| | ||    
T  1158238 agagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatg 1158337  T
Q  114 tgcatgtatcaccactct 131  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  1158338 tgcatgtatcatcactct 1158355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 49866766 - 49866689
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa 92  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||| || ||| || | |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  49866766 agagatcgatgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaa 49866689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 47940942 - 47940826
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||    
T  47940942 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 47940843  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    |||||||||||| ||||    
T  47940842 tgcatgtatcactactc 47940826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 49786509 - 49786397
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  49786509 agagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 49786410  T
Q  114 tgcatgtatcacc 126  Q
    | |||||||||||    
T  49786409 tacatgtatcacc 49786397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 8153095 - 8152977
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttta-atgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  8153095 agagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtg 8152996  T
Q  114 tgc--atgtatcaccactc 130  Q
    |||  ||||||||||||||    
T  8152995 tgcatatgtatcaccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 133
Target Start/End: Original strand, 29836769 - 29836871
Alignment:
Q  31 gaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtgtgcatgtatcaccact 129  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  29836769 gaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 29836867  T
Q  130 cttt 133  Q
    ||||    
T  29836868 cttt 29836871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 8436879 - 8436995
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8436879 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtg 8436978  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    | ||| |||||||||||    
T  8436979 tacatatatcaccactc 8436995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 124
Target Start/End: Original strand, 48778971 - 48779066
Alignment:
Q  30 ggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtgtgcatgtatca 124  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48778971 ggaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 4076927 - 4077043
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  4076927 agagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggta 4077026  T
Q  114 tgcatgtatcaccactc 130  Q
    ||||||||||| |||||    
T  4077027 tgcatgtatcatcactc 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 125
Target Start/End: Original strand, 3780342 - 3780453
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggttt-aatgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||    
T  3780342 agagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatg 3780441  T
Q  114 tgcatgtatcac 125  Q
    | ||||||||||    
T  3780442 tacatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 133
Target Start/End: Original strand, 33594502 - 33594621
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||| ||    
T  33594502 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatg 33594601  T
Q  114 tgcatgtatcaccactcttt 133  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  33594602 tgcatgtatcactactcttt 33594621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 13922301 - 13922182
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  13922301 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 13922202  T
Q  114 tgcatgtatcaccactcttt 133  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  13922201 tacatgtatcaccactcttt 13922182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 11829073 - 11828960
Alignment:
Q  15 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtataggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaa-tgtgtatgtcacctatgggtg 113  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  11829073 agagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtg 11828974  T
Q  114 tgcatgtatcacca 127  Q
    ||||||| ||||||    
T  11828973 tgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University