View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3300_low_1 (Length: 814)
Name: NF3300_low_1
Description: NF3300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3300_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 44142689 - 44141899
Alignment:
| Q |
18 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttata |
117 |
Q |
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| T |
44142689 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcacgaaaaatgctatcttatataatggttagtttatt |
44142590 |
T |
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| Q |
118 |
atgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgta |
217 |
Q |
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| T |
44142589 |
atgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctata |
44142490 |
T |
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| Q |
218 |
aagaatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccatacca |
317 |
Q |
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| T |
44142489 |
aagaatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatggttttattaatttattttcttactacagtttttccatacca |
44142390 |
T |
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| Q |
318 |
aatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcacagttcattcaccagtgatccctcagggagacataattcaccccatttcctac |
417 |
Q |
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| T |
44142389 |
aatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcacagttcactcaccactgatccctcagggagacataattcaccccatttcctac |
44142290 |
T |
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| Q |
418 |
ctttttctccttacccttatcttttatgatttccagctggattccggacttttatgttttctgcagcttctgtccgaggagcaaaacatgggttttcctt |
517 |
Q |
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| T |
44142289 |
ctttttctccttacccttatcttttatgatttccagctggattccggacttttatgttttctgcagcttcagtccgaggagcaaaacatgggttttcctt |
44142190 |
T |
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| Q |
518 |
cacattcaataggtatactttcctcacttgagaaaaaacatttcttttctctatttgtatttgttcagtaattgagtggaaatgggcgaaagcatggttt |
617 |
Q |
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| T |
44142189 |
cacattcaataggtatactttcctcacttgagaaaaaacatttcttttctctatttgtatttgttcaataattgagtggaaatgggcgaaagcatggttt |
44142090 |
T |
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| Q |
618 |
gttttcatgagtttatttgggctatatatctttagggccactactgattcggattcatatcttctcaacttatttctgcaaaatgtaatccaaaagttaa |
717 |
Q |
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| T |
44142089 |
gttttcatgagtttatttgggctatatatctttagggctactactgattcggattcatatcttctcaacttatttctgcaaaatgtaatccaaaagttaa |
44141990 |
T |
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| Q |
718 |
atgtggttatatagtgcagatcgcattttctc----aacaaaacnnnnnnnncattaatggttgtataagatataacctcaggctcctttg |
804 |
Q |
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| T |
44141989 |
atgtggttatatagtgcagatcacattttctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacattaatggttgtataagatataacctcaggctcctttg |
44141899 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 44121837 - 44121691
Alignment:
| Q |
18 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagttta |
115 |
Q |
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| T |
44121837 |
ctaatcaatcttacaaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta |
44121739 |
T |
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| Q |
116 |
taatgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
168 |
Q |
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| T |
44121738 |
-----tcatatataagttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
44121691 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 50063352 - 50062794
Alignment:
| Q |
18 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttata |
117 |
Q |
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| T |
50063352 |
ctaatatatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcaccaaaaatgttatcttatataatggttagtttata |
50063253 |
T |
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| Q |
118 |
atgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgta |
217 |
Q |
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| T |
50063252 |
atgtaatgtataagttagtatgaataagcctatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgta |
50063153 |
T |
|
| Q |
218 |
aagaatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccatacca |
317 |
Q |
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| T |
50063152 |
aagaatttccatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccatacca |
50063053 |
T |
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| Q |
318 |
aatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcacagttcattcaccagtgatccctcagggaga-----------cataattcacc |
406 |
Q |
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| T |
50063052 |
aatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcatagttcactcaccactgatccctcagggtgacgtccacacttcataattcacc |
50062953 |
T |
|
| Q |
407 |
ccatttcctacctttttctccttacccttatcttttatgatttccagctggattccggacttttatgttttctgcagcttctgtccgaggagcaaaacat |
506 |
Q |
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| T |
50062952 |
ccatttccaacctttttctccttacccttatcttttatgatttccagctggattgcggacttttatgttttctgcagcttcagtccgaggagcaaaacat |
50062853 |
T |
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| Q |
507 |
gggttttccttcacattcaataggtatactttcctcacttgagaaaaaacatttctttt |
565 |
Q |
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| T |
50062852 |
gggttttccttcacattcaataggtatactttcctcacttgagaaaaaacatttctttt |
50062794 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 587 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 50062698 - 50062476
Alignment:
| Q |
587 |
aattgagtggaaatgggcgaaagcatggtttgttttcatgagtttatttgggctatatatctttagggccactactgattcggattcatatcttctcaac |
686 |
Q |
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| T |
50062698 |
aattgagcggaaatgggcgaaagcatattttgttttcatgagtttatttgggctatatatctttagggctactactgattcggattcatatcttctcaac |
50062599 |
T |
|
| Q |
687 |
ttatttctgcaaaatgtaatccaaaagttaaatgtggttatatagtgcagatcgcattttctc-----aacaaaacnnnnnnnncattaatggttgtata |
781 |
Q |
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| T |
50062598 |
ttatttctgcaaaatgtaatccaaaagttaaatgtggttatatagtgtagatcgcattttctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccttaatggttgtata |
50062499 |
T |
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| Q |
782 |
agatataacctcaggctcctttg |
804 |
Q |
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| T |
50062498 |
agatataacctcaggctcctttg |
50062476 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 50024497 - 50024351
Alignment:
| Q |
18 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagttta |
115 |
Q |
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| T |
50024497 |
ctaatcaatcttacaaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta |
50024399 |
T |
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| Q |
116 |
taatgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
168 |
Q |
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| T |
50024398 |
-----tcatttataagttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50024351 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 50031615 - 50031469
Alignment:
| Q |
18 |
ctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagttta |
115 |
Q |
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| T |
50031615 |
ctaatcaatcttacaaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta |
50031517 |
T |
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| Q |
116 |
taatgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
168 |
Q |
| |
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| T |
50031516 |
-----tcatttataagttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50031469 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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