View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3302_high_3 (Length: 470)

Name: NF3302_high_3
Description: NF3302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3302_high_3
NF3302_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-467)||(29622902-29623352)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (19-428)||(35754819-35755228)
chr5 (19-467)||(35385978-35386426)
chr5 (19-457)||(35410649-35411087)
chr5 (19-467)||(35366826-35367274)
chr5 (19-467)||(35376372-35376826)
chr5 (19-467)||(35423631-35424085)
chr5 (301-430)||(35370249-35370379)
chr5 (112-426)||(35437020-35437334)
chr5 (160-224)||(35388480-35388544)
chr5 (142-187)||(10716902-10716947)
chr5 (142-187)||(10746977-10747022)
chr5 (142-187)||(10740661-10740706)
chr5 (142-187)||(10763095-10763140)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-467)||(10420350-10420798)
chr1 (19-467)||(10415463-10415911)
chr1 (19-443)||(10409766-10410196)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-457)||(30662998-30663438)
chr2 (17-457)||(30671678-30672118)
chr2 (17-457)||(30626047-30626487)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (123-392)||(1153787-1154056)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (156-443)||(13564620-13564895)
chr8 (19-136)||(15294046-15294163)
chr8 (19-136)||(15474415-15474532)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (142-187)||(7495-7540)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (142-187)||(12899772-12899817)
chr6 (142-187)||(12958280-12958325)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 467
Target Start/End: Original strand, 29622902 - 29623352
Alignment:
Q  17 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29622902 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccattaatgagcctagctaa 29623001  T
Q  117 tccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaaga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623002 tccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaaga 29623101  T
Q  217 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttcta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623102 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttcta 29623201  T
Q  317 gactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623202 gactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtg 29623301  T
Q  417 tttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  29623302 tttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctcc 29623352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 35755228 - 35754819
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||| ||||||||||| | ||  | ||||||||||||||||||||  |    
T  35755228 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtagaggaattaacttgatctttacttgaatgttctgtagctccatgaatgagcctagctaggc 35755129  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  35755128 caaagtctcccaagtgggctacaatttcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactacgacttgttctgtatcattgtgaagata 35755029  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  35755028 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattaaaatttcctgacccttcattatcgtgcaacaacttttcaaga 35754929  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
    |||  ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  35754928 ctcccatttgacatgaactcaaaaacaatagctttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaagattccggtgct 35754829  T
Q  419 tcatctttcc 428  Q
    ||||||||||    
T  35754828 tcatctttcc 35754819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35386426 - 35385978
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || ||| ||| |||||| ||||||||||| | || || |||| |||||| |||||| || |    
T  35386426 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaatagtagaggaaataacttgatctttacttgaatgctctgtggttccaagaatgatcctagccaagc 35386327  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  35386326 caaagtctcccaagtgggctacaaagtcatcgtcaagaagaacgttgcttggcttaagatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagata 35386227  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||| | |||||| |||    
T  35386226 atcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttatgtgaggttgagattatgattttcagacccttcattattgtgcaaaaacttttcaaga 35386127  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
    |||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  35386126 ctctcatttgacatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacccttataatcaacacttgaacaacaggttaggaccttgacaagattctggtgct 35386027  T
Q  419 tcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    |||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  35386026 tcatctttcccagagcattgcattctgccatgaaactctttgctgctcc 35385978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 35411087 - 35410649
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| || ||| |||||| ||||||||||| | || || |||| ||||||||||||| || |    
T  35411087 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaattgtagaaaaaataacttgatctttacttgaatgctctgtggttccaagaatgagcctagccaagc 35410988  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  35410987 caaagtctcccaagtgggctacaaagtcatcgtcaagaagaacgttgctcggcttaagatcacagtgaactacagcttgctctgtctcattgtgaagata 35410888  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||||    
T  35410887 atcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattatgattttcagacccttcgttatcatgcaaaaacttttctaga 35410788  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
     ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||      
T  35410787 ttcccattaggcattaactcaaaaacaatagccttgaactcttcaccattataatcaacacttgaacaacacgttaggattttgacaagattacggtgcc 35410688  T
Q  419 tcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactct 457  Q
    ||||||||| || ||  || ||||| || ||||||||||    
T  35410687 tcatctttcttaaagcattgcattccgccatgaaactct 35410649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35367274 - 35366826
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| |    
T  35367274 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagc 35367175  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  | ||  ||| || |||||||||||||    
T  35367174 caaagtctcccaagtgggctacagtgtcatcgtccagaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggatttctctgtaccattgtgaagata 35367075  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||| ||||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||  | ||||||||||    
T  35367074 atcgagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaactctgtgtctgaggctgagattatgatttccagacccttcgttatcatgcagaagcttttctaga 35366975  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
    ||    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35366974 cttcccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaatgcttgaacaacaagttaggatcttgacaagatttcggtgct 35366875  T
Q  419 tcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||| |||| ||||    
T  35366874 tcatctttcctagagcttcacattctgctttgaaactctttgctgctcc 35366826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35376826 - 35376372
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||||  | ||  | |||||| | || ||||||||| |    
T  35376826 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaattgtggaggaaataacttgatttttacttgaatattctgtagctccatggaggaacctagctaagc 35376727  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  35376726 caaagtctcctaagtgggccacaccgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagata 35376627  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccaga-tc-----cttcattatcgtgcaacatcttt 312  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||  |  ||| ||| ||     |||| ||| | |||||||  |||    
T  35376626 atccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttt 35376527  T
Q  313 tctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattcc 412  Q
    || ||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  35376526 tccagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattac 35376427  T
Q  413 ggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    |||| ||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  35376426 ggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccgcaatgaaactctttgctgctcc 35376372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 35424085 - 35423631
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||||  | ||  | |||||| | || ||||||||  |    
T  35424085 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaattgtggaggaaataacttgatttttacttgaatattctgtagctccatggaggaacctagctacgc 35423986  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||| |||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  35423985 caaagtctcctaagtgggtcacaccgtcatcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagata 35423886  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccaga-tc-----cttcattatcgtgcaacatcttt 312  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||  |  ||| ||| ||     |||| ||| | |||||||  |||    
T  35423885 atccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttt 35423786  T
Q  313 tctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattcc 412  Q
    |||||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |    
T  35423785 tctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacagcaagttaggattttcacaagattac 35423686  T
Q  413 ggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    |||| ||||||||||||| ||  || |||||  | |||||||||| |||| ||||    
T  35423685 ggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccaccatgaaactctttgctgctcc 35423631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 301 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 35370379 - 35370249
Alignment:
Q  301 tgcaacatcttttctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaa-tcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatc 399  Q
    |||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  35370379 tgcaacatgttttctaaactcccattgggcatgaactcaaaaacaatagccttggaactcttcaccattataatcaacacttgagcaacacgttaggatt 35370280  T
Q  400 ttgacaagattccggtgtttcatctttccta 430  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  35370279 ttgacaagattacggtgcctcatctttccta 35370249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 112 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 35437334 - 35437020
Alignment:
Q  112 gctaatccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgt 211  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||  || | ||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  |    || || ||    
T  35437334 gctaacccaaaatctcctaagtaagcaataatgtcatcgtcgagaagaacattacttggcttaatatcacagtgaactacagcttcatgggaattatggt 35437235  T
Q  212 gaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagatta-tggcttccagatccttcattatcgtgcaacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    || ||||||| |||| || |||||  | |  || ||||  |||||||| ||||||||       
T  35437234 gaagataatccaatgcatgggctacatcgagagcaacacttaacctttgtctgagatttagatttctagactcaagatg-ttcattattgtgcaacaagc 35437136  T
Q  311 tttctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagatt 410  Q
     ||||||||||    |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  ||||||||| ||| | ||| ||    
T  35437135 cttctagactccccataggcatgaattcaaaaactatagccttgaaaacttcaccattataatcaatacttgaacagaaagttaggagcttcagaaggtt 35437036  T
Q  411 ccggtgtttcatcttt 426  Q
       |||||||||||||    
T  35437035 tttgtgtttcatcttt 35437020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35388544 - 35388480
Alignment:
Q  160 acattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagataatccaa 224  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||    
T  35388544 acattgtttggcttaatatcacaatgaactacagcttgctcaaaattattgtgaagataatccaa 35388480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Original strand, 10716902 - 10716947
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  10716902 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 10716947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Original strand, 10746977 - 10747022
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||    
T  10746977 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaa 10747022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Original strand, 10740661 - 10740706
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  10740661 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaa 10740706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Original strand, 10763095 - 10763140
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  10763095 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaa 10763140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Original strand, 10420350 - 10420798
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| |    
T  10420350 ttaccaggaggaacatatcctatacttcccttgattgtggaagaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagc 10420449  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||| || |||||||||||||    
T  10420450 caaagtctcccaagtgagctacaatgtcatcgtccagaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagata 10420549  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||  | ||||||||||    
T  10420550 attaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtctgaggctgagattatgaattccagacccttctttatcgtgcagaagcttttctaga 10420649  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10420650 ctccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcggtgtt 10420749  T
Q  419 tcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    ||||||||||||||| ||  | ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  10420750 tcatctttcctagagcttcgcgttctgctttgaaactctttgctcctcc 10420798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Original strand, 10415463 - 10415911
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| || || ||| | | |||||| ||||||||||| | || || |||| |||||||||||||||| |    
T  10415463 ttaccagtaggaatatatcctatagttcctttaatagtagaggaaatgacttgatctttacttgaatgctctgtggctccaagaatgagcctagctaagc 10415562  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10415563 caaagtctcccaagtgggctacaacgtcatcgtcaagaagaacgttgcttgacttaacatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagata 10415662  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctaga 318  Q
    ||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||| |||    
T  10415663 atcaagtgcatgagctagatcaagagcgatgtctaacctttgtgccaggctgagattatgaattccagacccttcgttatcgtgcagaatcttttccaga 10415762  T
Q  319 ctcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtt 418  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  10415763 ctccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgct 10415862  T
Q  419 tcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctctgctcctcc 467  Q
    |||||||||||| ||  || |||||  | |||||||||| |||| ||||    
T  10415863 tcatctttcctaaagcattgcattcctccatgaaactctttgctgctcc 10415911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 443
Target Start/End: Original strand, 10409766 - 10410196
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||| ||||||||||| | ||  | |||| |||| ||||||||||| |    
T  10409766 ttaccgggaggaacatatcctatagttcccttaattgtagaggaaataacttgatctttacttgaatgttctgtagctccacgaattagcctagctaagc 10409865  T
Q  119 caaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagata 218  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||  ||||| ||  |||| |||  |||| ||||||||||    
T  10409866 caaagtctcctaagtgagctacattgtcatcatcgagaagaacattgcttggtttaacgccactatgaaccaccacttgctctgcatcaatgtgaagata 10409965  T
Q  219 atccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccaga------tccttcattatcgtgcaacatcttt 312  Q
    |||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||  |  ||| |||      | ||| |||| | ||||| |  |||    
T  10409966 atccaatgcatgagctacgttgagaacaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcgtgttctttattaccatgcaaaaggttt 10410065  T
Q  313 tctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattcc 412  Q
    || | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10410066 tccaaactcccattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttaacaagattcc 10410165  T
Q  413 ggtgtttcatctttcctagagatttacattc 443  Q
    |||| ||||| ||||| |||| ||| |||||    
T  10410166 ggtgcttcatgtttcccagagctttgcattc 10410196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30663438 - 30662998
Alignment:
Q  17 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||    || || ||||||||| | ||| || ||    
T  30663438 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaa 30663339  T
Q  117 tccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaaga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | |  ||  || |||||||||||    
T  30663338 tccaaagtctcccaagtgggctaccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaaga 30663239  T
Q  217 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttcta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30663238 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttcta 30663139  T
Q  317 gactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtg 416  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  30663138 gactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtg 30663039  T
Q  417 tttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactct 457  Q
     ||||||||||| | || ||| ||||| ||  |||||||||    
T  30663038 cttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactct 30662998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30672118 - 30671678
Alignment:
Q  17 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||    || || ||||||||| | ||| || ||    
T  30672118 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaa 30672019  T
Q  117 tccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaaga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | |  ||  || |||||||||||    
T  30672018 tccaaagtctcccaagtgggctaccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaaga 30671919  T
Q  217 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttcta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30671918 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttcta 30671819  T
Q  317 gactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtg 416  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  30671818 gactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtg 30671719  T
Q  417 tttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactct 457  Q
     ||||||||||| | || ||| ||||| ||  |||||||||    
T  30671718 cttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactct 30671678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30626487 - 30626047
Alignment:
Q  17 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||    || || ||||||||| | ||| || ||    
T  30626487 acttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaa 30626388  T
Q  117 tccaaagtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaaga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||| | |  ||  || |||||||||||    
T  30626387 tccaaagtctcccaagtgggctaccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacattgaactacaacattctcagtaccattgtgaaga 30626288  T
Q  217 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttcta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30626287 taatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttcta 30626188  T
Q  317 gactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtg 416  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  30626187 gactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctattcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtg 30626088  T
Q  417 tttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactct 457  Q
     ||||||||||| | || ||| ||||| ||  |||||||||    
T  30626087 cttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactct 30626047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 123 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 1154056 - 1153787
Alignment:
Q  123 gtctcccaagtgggctacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagataatcc 222  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| | | |||||||||||||| ||||     
T  1154056 gtctcccaagtgggctacattgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactgtaacttgctttgtatcattgtgaagaaaatca 1153957  T
Q  223 aatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctagactca 322  Q
    | ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| |||||| |||||||| ||  || |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  1153956 agtgcatgagctatatcaagagcaaaatctaccctttttgtgagcttgagattgtgattttcagacccttcaatatcatgcaacatcttttctagactcc 1153857  T
Q  323 tattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagt 392  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||    
T  1153856 cgttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttgcaatcaatacttgagcaacaagt 1153787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 156 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 13564895 - 13564620
Alignment:
Q  156 aagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatc 255  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||            |||| | |    
T  13564895 aagaacgttgctcggcttaacatcacaatgacctaaggcttgctctacatcattgtgaagataatccaatgcataagcta------------tgtccacc 13564808  T
Q  256 ctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttga 355  Q
    ||||| |  | | |||||| |||  || ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13564807 ctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttattgtgcaacatcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagccttga 13564708  T
Q  356 aatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattc 443  Q
    |||| ||||| |||| ||||| |||||||||  |||  || ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  13564707 aatcgtcacccttattatcaatacttgaacattaaggaagaatcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattc 13564620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 15294163 - 15294046
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  | || | | ||| || ||| ||||||||||| | |  || |||||||||||||||||| || |    
T  15294163 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaatcttagaggcaataactttatctttacttgaatgctctatggttccatgaatgagcctagccaagc 15294064  T
Q  119 caaagtctcccaagtggg 136  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15294063 caaagtctcccaagtggg 15294046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 15474532 - 15474415
Alignment:
Q  19 ttaccaggaggaacatatcctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccatgaatgagcctagctaatc 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  | || | | ||| || ||| ||||||||||| | |  || |||||||||||||||||| || |    
T  15474532 ttaccaggaggaatatatcctatagttcctttaatcttagaggcaataactttatctttacttgaatgctctatggttccatgaatgagcctagccaagc 15474433  T
Q  119 caaagtctcccaagtggg 136  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15474432 caaagtctcccaagtggg 15474415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 7540 - 7495
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  7540 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaa 7495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12899817 - 12899772
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  12899817 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaa 12899772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12958325 - 12958280
Alignment:
Q  142 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 187  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||    
T  12958325 atgtcaccatcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaa 12958280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University