View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3306-Insertion-1 (Length: 760)

Name: NF3306-Insertion-1
Description: NF3306
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3306-Insertion-1
NF3306-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-760)||(41135480-41136233)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 730; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 730; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 760
Target Start/End: Original strand, 41135480 - 41136233
Alignment:
Q  7 agtcatgagaaaaacattgagaaagatggacattgaaggtggccatggcatgaatggcacataccaacaatgagcatattcttgttgtactaggttgttg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41135480 agtcatgagaaaaacattgagaaagatggacattgaaggtggccatggcatgaatggcacataccaacaatgagcatattcttgttgtactaggttgttg 41135579  T
Q  107 ttacaaggcaccatgtgttggaaaagagatgtgattgtgatcatgaagccaccaaagagtaagagaccccaccattgctgtttgaatttccaaactatgg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41135580 ttacaaggcaccatgtgttggaaaagagatgtgattgtgatcatgaagccaccaaagagtaagagaccccaccattgctgtttgaatttccaaactatgg 41135679  T
Q  207 agaagcataaggaagtgagggagagaagaaagaggaacaacagtgtgtgtaaaggcggtgtatggccgatgattacatagcgacggtagattagagcatt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41135680 agaagcataaggaagtgagggagagaagaaagaggaacaacagtgtgtgtaaaggcggtgtatggccgatgattacatagcgacggtagattagagcatt 41135779  T
Q  307 tgctaccatgtagaacaccattagtgtgccaatgctgatcaattcaattataatgtctagttctgtgaaaagcgcaatcgatgctgtgcaaaatcctgcg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41135780 tgctaccatgtagaacaccattagcgtgccaatgctgatcaattcaattataatgtctagttctgtgaaaagcgcaatcgatgcagtgcaaaatcctgcg 41135879  T
Q  407 tcaataaaagagtcattagtcattttacaactgtatctgaatataattgaactatattttataaaatcaaacttttatcattgcgctaaaacctcgaaga 506  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41135880 tcaataaaagagtcaatagtcattttacaactatatctgaatataattgaactatattttataaaatcaaacttttatgattgcgctaaaacctcgaaga 41135979  T
Q  507 caatattagctcaaaaataaaatccaaaagttttaaaagatttattcataactgaaaattttcaaaagtatttgatgacaaacaatttgcttacccaaaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41135980 caatattagctcaaaaataaaatccaaaagttttaaaagatttattcataactgaaaattttcaaaagtatttgatgacaaacaatttgcttacccaaaa 41136079  T
Q  607 agatagtggcattcaatggagttcctgttgaaggatgtactttggctaaccaagatggaacaagccttgcccttcccatgacacaaaggtatctggcttg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41136080 agatagtggcattcaatggagttcctgttgaaggatgtactttggctaaccaagatggaacaagccttgcccttcccatgacacaaaggtatctggcttg 41136179  T
Q  707 tcctaacattgcaacaagaagagaagccactatacctaaacttgcacctgctcc 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41136180 tcctaacattgcaacaagaagagaagccactatacctaaactggcacctgctcc 41136233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University