View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3306R-Insertion-1 (Length: 956)

Name: NF3306R-Insertion-1
Description: NF3306R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3306R-Insertion-1
NF3306R-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-934)||(43068641-43069591)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (393-443)||(34038218-34038268)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 754; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 754; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 934
Target Start/End: Original strand, 43068641 - 43069591
Alignment:
Q  8 aggtgacaaagggcaaaacaaatatttctagaaatgaatgtgaagggaatcaaagatggtaacagtaacaaaaattggatagttaagcaagatgtggatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43068641 aggtgacaaagggcaaaacaaatatttctagaaatgaatgtgaagggaatcaaagatggtaacagtaacaaaaattggattgttaagcaagatgtggatg 43068740  T
Q  108 atgatgatgtaactgattcaatttcgaatggatctattacagaagattcaatgaattctatgtgttcatcttcttcatcagagttagatgatgatcaaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43068741 atgatgatgtaactgattcaatttcgaatggatctattacagaagattcaatgaattctatgtgttcatcttcttcatcagagttagatgatgatcaaga 43068840  T
Q  208 agtatcctcttcaacttctagtttgtcatcttcatcatcatcacattcaaatggtcccttatatgaactatcagaacttatgaaccatctccctttgaag 307  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43068841 agcatcctcttcaacttctagtttgtcatcttcatcatcatcacattcaaatggtcccttatatgaactatcagaacttatgaaccatctccctttgaag 43068940  T
Q  308 taagca----atatttctcatgcatgatgc---------------------atttttatattctatatgaatattttgttgtactttaattcaattctat 382  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43068941 taagcaatatatatttctcatgcatgatgcattttttttgctatatatataatttttatattctatatgaatattttgttgtactttaattcaattctat 43069040  T
Q  383 atatttattgtgacatttgcaggagaggattgtctatgttttatcaagggaaggcacaatcttttggttctttagctagagtgcagagtgtagaagatct 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43069041 atatttattgtgacatttgcaggagaggattgtctatgttttatcaagggaaggcacaatcttttggttctttagctagagtgcagagtgtagaagatct 43069140  T
Q  483 ttctaagaaattagagagaccaaattacagaaacaaaaagaaatcatgcaaaagctttggccggtacttgtgcactccaaaggcaacaatatcacnnnnn 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  43069141 ttctaagaaattagagagaccaaattacagaaacaaaaagaaatcatgcaaaagctttggccggtacttgtgcactccaaaggcaacaatatca-aaaaa 43069239  T
Q  583 nnncttcaagaggagcttgtataataactagaagagggagtttccttggagggtctagatcttcctttgccgtacnnnnnnncttttgaaattcaatctt 682  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  43069240 aagcttcaagaggagcttgtataataactagaagagggagtttccttggagggtctagatcttcctttgccgtacaaaaaaacttttgaaattcaatctt 43069339  T
Q  683 gtaagagctttttgtttcatttcatgcac-aaaatattgaggaaaattttgaatcgctcatattttttgatgaaatgaaatcttcttaattattatatta 781  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43069340 gtaagagctttttgtttcatttcatgcacaaaaatattgaggaaaattttgaatcgctcatattttttgatgaaatgaaatcttcttaattattatatta 43069439  T
Q  782 cttattctacacgtagatgattgatcacgatgagtgtctcctcactcttatgttttccacatggtgataggattttctagtgtaactgtttggataaagg 881  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  43069440 cttattctacacgtagatgattgatc---atgagtgtctcctcactcttatgttttccatatggtgatagg-gtttccagtgtaactgtttggataaagg 43069535  T
Q  882 tggaaatgttagtagtag---gtttgttaggtagaaggaaaaggaagtagcacact 934  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43069536 tggaaatgttagtagtagtttgtttgttaggtagaaggaaaaggaagtagcacact 43069591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 393 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 34038268 - 34038218
Alignment:
Q  393 tgacatttgcaggagaggattgtctatgttttatcaagggaaggcacaatc 443  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  34038268 tgacttttgcaggagagggttgtcaatgttttatcaagggaaggctcaatc 34038218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University