View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3306_1D_high_3 (Length: 464)

Name: NF3306_1D_high_3
Description: NF3306_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3306_1D_high_3
NF3306_1D_high_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (12-441)||(10872543-10872972)
chr5 (12-441)||(10877614-10878043)
chr5 (12-441)||(10882685-10883114)
chr5 (12-441)||(10867340-10867769)
chr5 (12-441)||(10886600-10887029)
chr5 (12-311)||(10047088-10047387)
chr5 (12-311)||(39676883-39677182)
chr5 (308-441)||(39677330-39677463)
chr5 (97-312)||(37950226-37950441)
chr5 (308-441)||(10048284-10048417)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (25-311)||(30707963-30708249)
chr8 (322-377)||(30707637-30707692)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 10872972 - 10872543
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872972 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 10872873  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872872 aaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 10872773  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872772 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 10872673  T
312 ggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872672 gggcacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 10872573  T
412 atgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||    
10872572 aggcaactggcaactatagtagctggttca 10872543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 10878043 - 10877614
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10878043 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 10877944  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877943 aaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 10877844  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877843 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 10877744  T
312 ggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877743 gggcacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 10877644  T
412 atgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||    
10877643 aggcaactggcaactatagtagctggttca 10877614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 10883114 - 10882685
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10883114 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 10883015  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10883014 aaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 10882915  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10882914 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 10882815  T
312 ggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10882814 gggcacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 10882715  T
412 atgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||    
10882714 aggcaactggcaactatagtagctggttca 10882685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Original strand, 10867340 - 10867769
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867340 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 10867439  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867440 aaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 10867539  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867540 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 10867639  T
312 ggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867640 gggcacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 10867739  T
412 atgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||    
10867740 aggcaactggcaactatagtagctggttca 10867769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 10887029 - 10886600
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10887029 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 10886930  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10886929 aaaaaccttaccggttcagccatggctggtgcacttggcggctttaacgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 10886830  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10886829 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 10886730  T
312 ggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10886729 gggtacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaattcc 10886630  T
412 atgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||    
10886629 aggcaactggcaactatagtagctggttca 10886600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 10047088 - 10047387
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
10047088 gagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgtta 10047187  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
10047188 aaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgcacatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatc 10047287  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
10047288 ctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtgaatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccattgaggt 10047387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 39676883 - 39677182
Alignment:
12 gagatggacatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgcta 111  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
39676883 gagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgttgaagactagcgtggagtctttggttgagcttaacatgctt 39676982  T
112 aaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatc 211  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
39676983 aaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggcttcaatgcacatgctagtaatattgtttcagcagtttacttggcaacaggtcaagatc 39677082  T
212 ctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39677083 ctgctcaaaatgttgagagttctcattgtatgaccatgatggaagctgttaatgatggcaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 39677182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 308 - 441
Target Start/End: Original strand, 39677330 - 39677463
Alignment:
308 aggtggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaa 407  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
39677330 aggtgggtacagttggagggggtacacaacttgcatctcaatcagcttgtcttaatttacttggagttaagggagctagtaaagagagtccaggagcaaa 39677429  T
408 ttccatgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
     || | | || |||||||||||||||||||||||    
39677430 ctctaggcaattggcaactatagtagctggttca 39677463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 97 - 312
Target Start/End: Original strand, 37950226 - 37950441
Alignment:
97 gagcttaacatgctaaaaaaccttacgggttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttgg 196  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||| ||  | |||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||   | |    
37950226 gagctaaacatgctcaaaaaccttgctggttctgctgttgctggcactcttggtggattcaatgcccatgctagtaacattgtttctgccatttttatag 37950325  T
197 ctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactat 296  Q
    | || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || || || || |||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| || ||    
37950326 ccactggtcaagatccagctcaaaatgttgaaagttcccattgcataacaatgatggaagccgtaaatgatgggagagaccttcatatttcagtgacaat 37950425  T
297 gccttccattgaggtg 312  Q
    ||| ||||||||||||    
37950426 gccatccattgaggtg 37950441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 308 - 441
Target Start/End: Original strand, 10048284 - 10048417
Alignment:
308 aggtggggacagtaggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaaaggagctagtaaagagactccaggagcaaa 407  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
10048284 aggtgggtacagttggaggaggcacacagcttgcatcacaatcagcttgtttgaatttacttggtgttaagggtgctagtaaagaaactccaggagcaaa 10048383  T
408 ttccatgaaactggcaactatagtagctggttca 441  Q
    ||| | | || |||||||||| ||||| ||||||    
10048384 ttctaggcaattggcaactattgtagccggttca 10048417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30708249 - 30707963
Alignment:
25 gtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtgaagaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttacgg 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || |    
30708249 gtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtgaagaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactg 30708150  T
125 gttcagccatggctggtgctcttggtggtttcaatgcacatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgt 224  Q
    | |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||  | ||| | || || || ||||||||||||||||||||    
30708149 gatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgctcatgctagcaacattgtctctgctgtctacatagccactggtcaagatcctgctcagaatgt 30708050  T
225 tgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtgaatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccattgaggt 311  Q
     || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||    
30708049 ggagagttctcattgtattaccatgatggaagctgtgaatgatggcaaggaccttcacatttctgtcaccatgccttccattgaggt 30707963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30707692 - 30707637
Alignment:
322 ggagggggcacacaacttgcgtcgcaatcagcttgtctaaatttacttggtgttaa 377  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
30707692 ggagggggaacacaacttgcatctcagtcagcttgtcttaatttacttggtgttaa 30707637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University