View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3308_high_26 (Length: 361)

Name: NF3308_high_26
Description: NF3308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3308_high_26
NF3308_high_26
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (14-346)||(10767533-10767865)
chr8 (14-222)||(2032894-2033105)
chr8 (14-211)||(2046326-2046526)
chr8 (14-211)||(2036949-2037149)
chr8 (14-212)||(2050135-2050333)
chr8 (15-212)||(2028359-2028556)
chr8 (69-212)||(1950437-1950580)
chr8 (27-212)||(2054154-2054342)
chr8 (94-205)||(2057178-2057289)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-212)||(48908698-48908899)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (94-210)||(28736559-28736675)
chr2 (94-210)||(28713285-28713401)
chr2 (94-210)||(28743185-28743301)
chr2 (96-190)||(28786134-28786228)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 14 - 346
Target Start/End: Original strand, 10767533 - 10767865
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10767533 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcctttatttacaatagtaactttgat 10767632  T
Q  114 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10767633 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtata 10767732  T
Q  214 tgtatgcatctgtnnnnnnnttatgtgctctatcaatttttgttattattgttagtttcaccaacactttaaattgtagcatgtacgatgtctagcatgt 313  Q
    |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10767733 tgtatgcatctgtaaaaaaattatgtgctctatcaatttttgttattattgttagtttcaccaacactttaaattgtagcatgtacaatgtctagcatgt 10767832  T
Q  314 gtcctatcagacaccaacacgacaccatggttt 346  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10767833 gtcatatcggacaccaacacgacaccatggttt 10767865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 222
Target Start/End: Original strand, 2032894 - 2033105
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  2032894 agatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagaaatagcaatagatcctttgtttataatagtaattttgat 2032993  T
Q  114 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggt 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||   |||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||||||    
T  2032994 atttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactctcaaaccacaagagtttcctgtggtatgcaggt 2033093  T
Q  211 atatgtatgcat 222  Q
    || | |||||||    
T  2033094 atgtttatgcat 2033105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 2046326 - 2046526
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    |||||| || || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||| || | ||||    
T  2046326 agatggggtgaaaaggttttatgaacaagacacagaagtcaaaaaagatttttatacaagagatatgaatagatcttttatttacaatagcaattatgat 2046425  T
Q  114 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggt 210  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||   |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2046426 atttatagcccaccagcactcaattggagagatacttttgcttgttacttggctccacctgatactctcaaaccagaagagattcctgtggtatgcaggt 2046525  T
Q  211 a 211  Q
    |    
T  2046526 a 2046526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 2036949 - 2037149
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    |||||| || || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||| || | ||||    
T  2036949 agatggggtgaaaaggttttatgaacaagacacagaagtcaaaaaagatttttatacaagagatatgaatagatcttttatttacaatagcaattatgat 2037048  T
Q  114 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggt 210  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2037049 atttatagcccaccagcactcaattggagagatacttttgcttgttacttggctccacctgatactcttaaaccagaagagattcctgtggtatgcaggt 2037148  T
Q  211 a 211  Q
    |    
T  2037149 a 2037149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Original strand, 2050135 - 2050333
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    |||||| || || ||||||||||| |||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||   ||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  2050135 agatggggtgaaaaggttttatgaacaggctacagaagccaaaaaaagtttgtatacaagagatatgaatagatcctttgtttataatagtaattttgat 2050234  T
Q  114 atttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtat 212  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||    
T  2050235 atttatagctctccggcactcaattggagggatagttttgcgtgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagattttcccgcagtgtgcaggtat 2050333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 212
Target Start/End: Original strand, 2028359 - 2028556
Alignment:
Q  15 gatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgata 114  Q
    |||||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| |  ||||| || || ||||||||||||   |||  ||| ||||||||||| || || ||||||     
T  2028359 gatggtgtgaagaggtttcatgagatggagacagatgctaaaaaggagttttatacaagagatttgcatggatcatttatttacaaaagcaattttgatt 2028458  T
Q  115 tttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtat 212  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2028459 tgtatagctcaccagcactcaattggagggatacttgtacttgttccttggctcctgatactcccaaaccagaagattttcctgttgtatgcaggtat 2028556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 69 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 1950580 - 1950437
Alignment:
Q  69 acaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctc 168  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  1950580 acaaaagatagaaataaatcatttatttacaaaagcaattttgatttgtatagctcaccagcactcaattggagggatacttgtgcttgttacttggctc 1950481  T
Q  169 ctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtat 212  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1950480 ctgatactcccaaaccacaagattttcctgttgtatgcaggtat 1950437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 27 - 212
Target Start/End: Original strand, 2054154 - 2054342
Alignment:
Q  27 aggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgatatttatagctcac 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||  || | ||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |    
T  2054154 aggttttatgaacaggatacagaagccaaaaaaagtttctatacaagagatatgcagagatcctttatttacaatagcaatgttgatatttatagctctc 2054253  T
Q  127 cagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggtat 212  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||   ||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  2054254 cagcactcaattggaaggatagttttggttgtaacttggctccacctgatactctcaaaccagaagagtttcctgtggtatgcaggtat 2054342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 94 - 205
Target Start/End: Original strand, 2057178 - 2057289
Alignment:
Q  94 tttacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatat 193  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  2057178 tttacaatagcaatgttgatatttatagctctccggcactcaattggagggatagttttagttgttacttggctcctgatactccaaaaccagaagattt 2057277  T
Q  194 tcctgtagtatg 205  Q
    ||| | ||||||    
T  2057278 tcccgcagtatg 2057289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 48908899 - 48908698
Alignment:
Q  14 agatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcttttatttacaatagtaactttgat 113  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    |   | | |||| ||| ||||||||  ||| |    
T  48908899 agatggtattaagagatttcatgagcaggatccagaagtaaaaaaagatttgtatacaacagatccgaagggaccctttacttataatagtaatattggt 48908800  T
Q  114 a---tttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatattcctgtagtatgcaggt 210  Q
        | | || ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  48908799 gggttgtctaactcaccagcgctcaattggagggatacttttatttgtttcttggctcctgatactcccaaaccagaagattttcctctagtatgcaggt 48908700  T
Q  211 at 212  Q
    ||    
T  48908699 at 48908698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 94 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28736675 - 28736559
Alignment:
Q  94 tttacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatat 193  Q
    |||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || | | || | ||||||| ||||||| |    
T  28736675 tttataatagtaattttgatttgtatagttcaccagcacttaattggagggatacttttatatgtgactttgcacttaatgcccccaaactagaagattt 28736576  T
Q  194 tcctgtagtatgcaggt 210  Q
     || |||||||||||||    
T  28736575 gccagtagtatgcaggt 28736559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28713401 - 28713285
Alignment:
Q  94 tttacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatat 193  Q
    |||| ||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||  | || |  |||||| ||||||| |    
T  28713401 tttataatagcaattttgatttgtatagatcaccagcacttaattggagggatacttttatatgtgactttgctgttaatgcctccaaactagaagattt 28713302  T
Q  194 tcctgtagtatgcaggt 210  Q
     || |||||||||||||    
T  28713301 gccagtagtatgcaggt 28713285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28743301 - 28743185
Alignment:
Q  94 tttacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaagatat 193  Q
    |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||   |  |||||||| || |||| |||||||||||| |    
T  28743301 tttataatagtaattttgatttgtatagttcaccagcgcttaattggagggatactttggcattgaagatggctcctaatgctccaaaaccagaagattt 28743202  T
Q  194 tcctgtagtatgcaggt 210  Q
     || |||||||||||||    
T  28743201 gccagtagtatgcaggt 28743185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 28786228 - 28786134
Alignment:
Q  96 tacaatagtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggctcctgatactcccaaaccagaaga 190  Q
    |||||||| || ||| || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  28786228 tacaatagcaattttaatctttatagttcatcagcactcaattggagggatacttttgtgtgttccttggctcctaatgctcctaaaccacaaga 28786134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University