View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3308_low_26 (Length: 403)

Name: NF3308_low_26
Description: NF3308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3308_low_26
NF3308_low_26
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (1-383)||(37411774-37412155)
chr5 (14-374)||(37641204-37641564)
chr5 (14-383)||(37698119-37698485)
chr5 (14-374)||(37595656-37596016)
chr5 (1-367)||(37430070-37430433)
chr5 (14-374)||(37712950-37713307)
chr5 (14-374)||(37534432-37534783)
chr5 (5-378)||(37380796-37381172)
chr5 (14-224)||(37825221-37825431)
chr5 (14-364)||(37437027-37437374)
chr5 (14-383)||(37703994-37704360)
chr5 (4-224)||(37399445-37399665)
chr5 (4-218)||(37391585-37391799)
chr5 (271-378)||(37399276-37399383)
chr5 (253-374)||(37391418-37391539)
chr5 (266-374)||(37441519-37441627)
chr5 (266-360)||(37825488-37825582)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-373)||(24216215-24216571)
chr4 (4-364)||(16841366-16841714)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (4-218)||(14554348-14554562)
chr3 (266-383)||(14554634-14554748)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 37412155 - 37411774
Alignment:
Q  1 accgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412155 accgaagacctgaaaaaatcattaaaagcca-gttgagtcgttgaaggtgtttaagtttgaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgt 37412057  T
Q  101 tgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgtttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412056 tgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgtttt 37411957  T
Q  201 caaagaaaaagaggaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37411956 caaagaaaaagaggaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaaatgccattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatga 37411857  T
Q  301 tagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaataggacaatag 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37411856 tagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcaacaagaacaagtgaaaggtaaaataggacaatag 37411774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 374
Target Start/End: Original strand, 37641204 - 37641564
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  37641204 aaaaattattaaaagccaagttgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtc 37641303  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  37641304 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtattgtttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagag 37641403  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcat---gctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcata 310  Q
    | |||||||| | ||||||| |   | | ||||||||||   ||||||  ||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| |    
T  37641404 ggacaactagacaaaatatcgtccggtttagatgaagtg---ttgacagaaaaagagtttttgaattgtaacaaggcagaggtgtcatgttggttgcaca 37641500  T
Q  311 atgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaata 374  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||| || || || ||| || |||||||||||||||||    
T  37641501 gtgagaaagtgtaggaagtaaaatgagtaatcaacaacaacaacaagaagtgaaaggtaaaata 37641564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 383
Target Start/End: Original strand, 37698119 - 37698485
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| |||||||||||| || ||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| || |||||    
T  37698119 aaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagatagtgctattgggatgtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtc 37698218  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    |||||||||||| | |||| |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||||||    
T  37698219 caaaccaatcacgtaatccgactcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgcaacaatctgtattgtttttccaagattctgtcctggaagaaaaagag 37698318  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
    ||||| |||| |||||||||| | ||||| ||||||   || ||   || | |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  37698319 gaacatctagaccaaatatcaggttgagacgaagtg---ttaactgaaaatgagtttttgaattgtaacaaggcagaactgtcatgatggttgcataatg 37698415  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaataggacaatag 383  Q
    |||  |||||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||||||| |||||| | ||||||    
T  37698416 agagtgtgtaggaagtaaaatgagtaagcaacaacaacaagaaaaagtgaaaggcaaaataaggcaatag 37698485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 374
Target Start/End: Original strand, 37595656 - 37596016
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  37595656 aaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttaagattgttgcaactgaggtc 37595755  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  37595756 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagag 37595855  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
    ||||||| |    |   ||   | ||||||||||||   ||||||  ||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||    
T  37595856 gaacaaccaaagtacggattgggttgagatgaagtg---ttgacagaaaaagagtttttgaattgtaacaaggcagagttgtcatgtttgttgcacaatg 37595952  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacag---cagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaata 374  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||   || || |||||| |||||||||||||||||    
T  37595953 agaaagtgtaggaagtaaaatgagtaagcagcaacaacaacaagaaaaagtgaaaggtaaaata 37596016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 37430070 - 37430433
Alignment:
Q  1 accgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     ||||||||| || |||||||    
T  37430070 accgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagttgaaagatggtgctattggccgctaattcaccgttcagattgt 37430169  T
Q  101 tgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgtttt 200  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||  | | | |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||     |||||||||| ||||| ||    
T  37430170 tgcaactaaggtccagaccaatcacataatcgtacatgatgtcgcacgtgacaccatcccactcgcagcaatctgtgccggttttccaagattctgtctt 37430269  T
Q  201 caaagaaaaagaggaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatga 300  Q
     |||||||||||||||||   || ||||| | || | ||||||||||||   |||| || || | | ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  37430270 gaaagaaaaagaggaacagtgagaccaaaaaccaggttgagatgaagtg---ttgataaaaaatgaattcttgaattgtaacaaggcagaactgtcatga 37430366  T
Q  301 tagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaagg 367  Q
    |  ||||| | ||| || || |||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||||||    
T  37430367 tgcttgcacattgaaaatgtataggaagtaaaaagagttagcagcatcaacaagaacaagtgaaagg 37430433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 374
Target Start/End: Original strand, 37712950 - 37713307
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  37712950 aaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtc 37713049  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  37713050 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttgccaagattctgtcttgaaagaaaaagag 37713149  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
    ||||||| |    |   ||   | ||||||||||||   ||||||  ||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| | ||    
T  37713150 gaacaaccaaagtacggattgggttgagatgaagtg---ttgacagaaaaagagtttttgaattgtaacaaggcagagttgtcatgtttgttgcacagtg 37713246  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaata 374  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| || || || | |||| |||||||||||||||||    
T  37713247 agaaagtgtgggaagtaaaatgagtaagcaacaacaacgagaagaagtgaaaggtaaaata 37713307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 374
Target Start/End: Original strand, 37534432 - 37534783
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  37534432 aaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtc 37534531  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||     
T  37534532 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaa 37534631  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
    ||||      ||  || ||   | ||||||||||||    |||||  ||   |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| | ||    
T  37534632 gaac------gcgcaaaatagagttgagatgaagtg---ctgacagaaaaagagtttttgaattgtaacaaggcagagttgtcatgtttgttgcacagtg 37534722  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaata 374  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||||||||||||||    
T  37534723 agaaagtgtaggaagtaaaatgagtaatcaacaacaacaagaaaaagtgaaaggtaaaata 37534783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 37381172 - 37380796
Alignment:
Q  5 aagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgca 104  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||    
T  37381172 aagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattgggatgtaattcaccattcagattgctgca 37381073  T
Q  105 cctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaa 204  Q
     || ||||||| |||||||||||||||  | | || ||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||    
T  37381072 actgaggtccagaccaatcacatgatctgacatggagtcgcacgtgacaccatcccacccacaacaatctgtattatttttccaagattctatcttgaaa 37380973  T
Q  205 gaaaaagaggaacaactaggccaa------atatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcat 298  Q
    ||||||| |||||| |||||||||      |||||    |  |||||||||   |||| |  || | |||| ||||| |||||||||||| |  | ||||    
T  37380972 gaaaaagtggaacatctaggccaaaaatgtatatcggatttcgatgaagtg---ttgaaagaaaatgagtttttgaaatgtaacaaggcagatgtatcat 37380876  T
Q  299 gatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaataggac 378  Q
    | | |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  37380875 gttggttgcacaatgagaaagtgtgggaagtaaaatgagtaagcaacaacaacaagaacaagtgaaaggtaaaaaaggac 37380796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 224
Target Start/End: Original strand, 37825221 - 37825431
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  37825221 aaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtc 37825320  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  37825321 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagag 37825420  T
Q  214 gaacaactagg 224  Q
    |||||||||||    
T  37825421 gaacaactagg 37825431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Original strand, 37437027 - 37437374
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  37437027 aaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttcagattgttgcaactgaggtc 37437126  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  37437127 cagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagag 37437226  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
     |||||| |    |   ||   | ||||||||||||   |||| |||||   |||| ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  37437227 aaacaaccaaagtacggattgggttgagatgaagtg---ttgagaagaaaagagtttttgaattgtaataaggcagaggtgtcatgatggttgcataatg 37437323  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaa 364  Q
    |||| |||| || |||||| ||||||| || || || | ||||||||||||    
T  37437324 agaaagtgtgggtagtaaagtgagtaagcaacaacaacgagaacaagtgaa 37437374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 383
Target Start/End: Original strand, 37703994 - 37704360
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | | |||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||    
T  37703994 aaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggttgtaattcacctttcagattgttgcaactgagatc 37704093  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||     |||||||||| ||||| || |||||||||||     
T  37704094 caaaccaatcacgtgatcagacacggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtgccggttttccaagattctgtcttaaaagaaaaagac 37704193  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
     ||||  ||| |  || | |  | | ||||||||||   ||||||  || | |||  |||||||||||||||||  |||| ||||| | | |||| ||||    
T  37704194 aaacacatagacagaaaaccgggtttagatgaagtg---ttgacagaaaatgagtgtttgaattgtaacaaggcggagctatcatgttggctgcacaatg 37704290  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaataggacaatag 383  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  37704291 agaaagtgtaggaagtaaaatgagtaagcagcaataacaagaacaagtgaaaagtaaaataaggcaatag 37704360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37399665 - 37399445
Alignment:
Q  4 gaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgc 103  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||| |||| || |||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  37399665 gaagacccagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggatgtaattcaccttttagtttgttgc 37399566  T
Q  104 acctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaa 203  Q
    | || ||||||| ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||    
T  37399565 aactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaa 37399466  T
Q  204 agaaaaagaggaacaactagg 224  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37399465 agaaaaagaggaacaactagg 37399445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37391799 - 37391585
Alignment:
Q  4 gaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgc 103  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||||    
T  37391799 gaagacccaaaaaaaaaatttaaagacaagttgagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatagtgctattgggatgtaaatcaccattcaaattgttgc 37391700  T
Q  104 acctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaa 203  Q
    | || ||||| |   ||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| ||||| || ||    
T  37391699 aactgaggtctagttcaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccacttgcaacaatttgtactgtttttccaagattctgtcttgaa 37391600  T
Q  204 agaaaaagaggaaca 218  Q
    |||||||||||||||    
T  37391599 agaaaaagaggaaca 37391585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 271 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 37399383 - 37399276
Alignment:
Q  271 ttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaa 370  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| || || || |||||||||||||||  |||    
T  37399383 ttgaattgtaacaaggcagaggtgtcatgatggttgcatagtgagaaagtgtatgaagtaaaatgagtaatcaacaacaacaagaacaagtgaaatttaa 37399284  T
Q  371 aataggac 378  Q
    || |||||    
T  37399283 aaaaggac 37399276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 253 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 37391539 - 37391418
Alignment:
Q  253 ttgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatca 352  Q
    ||||||| || | |||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||  |||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| || || || ||    
T  37391539 ttgacaaaaaatgagtttttgaattgtagcaaggcagagctatcatgaaggttgcacaatgagagagtataggaagtaaaatgagtaagcaacaacaaca 37391440  T
Q  353 agaacaagtgaaaggtaaaata 374  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  37391439 tgaacaagtgaaaggtaaaata 37391418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 266 - 374
Target Start/End: Original strand, 37441519 - 37441627
Alignment:
Q  266 agttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaa 365  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | ||| || | |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||    
T  37441519 agtttttgaattgtaacaaggcagaggtgtcatgtttgtttcacagtgagaaagtataggaagtaaaatgagtaagcagcaacaagaagaacatgtgaaa 37441618  T
Q  366 ggtaaaata 374  Q
    |||||||||    
T  37441619 ggtaaaata 37441627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 266 - 360
Target Start/End: Original strand, 37825488 - 37825582
Alignment:
Q  266 agttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaag 360  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||    
T  37825488 agtttttgaattgtaacaaggcagagttgtcatgtttgttgcacagtgagaaagtgtaggaagtaaaatgagtaatcaacaacaacaagaacaag 37825582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 24216571 - 24216215
Alignment:
Q  14 aaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtc 113  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24216571 aaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtgcaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaactaaggtc 24216472  T
Q  114 caaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagag 213  Q
    || ||||||||| | ||   |    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| || || ||  | ||| |||||| |    
T  24216471 cagaccaatcacgtaatttgacctagtgtcacacatgaccccatcccactcgcaacaatctgcaccatttttccaggattccgtcctgaaataaaaagtg 24216372  T
Q  214 gaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatg 313  Q
    |||||  ||| |||||||||  | | ||||||||||   ||||||| || | ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||| ||||    
T  24216371 gaacacatagaccaaatatcgggttcagatgaagtg---ttgacaacaaatgagttcttgaattgtaacaatgcagaactgtcatgatggttgcagaatg 24216275  T
Q  314 agaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaaggtaaaat 373  Q
    || | ||||| |||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||| ||||    
T  24216274 agtaagtgtaagaagtaaaatgagtaagcaacaacaacatgaacaagtgaaaggtcaaat 24216215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 16841714 - 16841366
Alignment:
Q  4 gaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgc 103  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||    
T  16841714 gaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtcttaactggaggatagtgctattgggatgtaattcacctttcaaattgttgc 16841615  T
Q  104 acctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaa 203  Q
    | || ||||||||||||| ||| | |||  |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||   ||||||||||| | ||| || ||    
T  16841614 aactgaggtccaaaccaaccacgtaatctgattcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgcaacaatccgtaccgtttttccaagattttgtcttgaa 16841515  T
Q  204 agaaaaagaggaacaactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaagaagtaagttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatag 303  Q
    ||||  |||||||         ||||||||| | ||||||||||||   ||||||  || | |||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| | |    
T  16841514 agaagtagaggaa---------caaatatcaagttgagatgaagtg---ttgacagaaaatgagtttttgaaatgtaacaaagcagagctgtcatgttgg 16841427  T
Q  304 ttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaa 364  Q
    ||||| ||||| || ||||  |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  16841426 ttgcagaatgacaaagtgtgtgaagtaaagtgagtaagcagcagcacaaagaacaagtgaa 16841366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Original strand, 14554348 - 14554562
Alignment:
Q  4 gaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgc 103  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || | ||||||||    
T  14554348 gaagacccaaaaatatcattaaaagctaggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattaggatgtaattcaccattcaaattgttgc 14554447  T
Q  104 acctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaa 203  Q
    | |||||||| |   ||||||| ||| |  | | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || ||    
T  14554448 aactaaggtctagttcaatcacgtgacctgatatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtactctttttccaagattctgtcttgaa 14554547  T
Q  204 agaaaaagaggaaca 218  Q
    |||||||||| ||||    
T  14554548 agaaaaagagaaaca 14554562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 266 - 383
Target Start/End: Original strand, 14554634 - 14554748
Alignment:
Q  266 agttcttgaattgtaacaaggcaaagctgtcatgatagttgcataatgagaaggtgtaggaagtaaaatgagtaaacagcagcatcaagaacaagtgaaa 365  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||   |||| ||  ||||| ||||||||    
T  14554634 agtttttgaattgtaacaaggcagaggtgtcatgttggttgcacaatgagaaagtataggaagtaaaatgagta---agcaacaataagaaaaagtgaaa 14554730  T
Q  366 ggtaaaataggacaatag 383  Q
    ||||||||| | ||||||    
T  14554731 ggtaaaataaggcaatag 14554748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University